mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/sota_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>SOTA: Self Organizing Tree Algorithm</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>General SOTA Terminology</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 The topology of the resulting tree is a binary tree structure where each terminal
2 26 Feb 07 jari 8 node represents a cluster.
2 26 Feb 07 jari 9 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 10 Centroid Vector: a vector that is representative of the membership of a node.
2 26 Feb 07 jari 11 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 12 Members: Expression Elements associated with a Node.
2 26 Feb 07 jari 13 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 14 Node: a structure which contains a Centroid Vector and a number of associated
2 26 Feb 07 jari 15 expression profiles (members).
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 Cell: a Node which is the terminal Node in a branch of the tree (a.k.a. leaf node).
2 26 Feb 07 jari 18 The members of the cell are considered members of an expression cluster.
2 26 Feb 07 jari 19 <br>
2 26 Feb 07 jari 20 <h2>Sample Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 21 This area is used to select to cluster genes or samples.
2 26 Feb 07 jari 22 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 23 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 24 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 25 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 26 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 27 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 28 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 29 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 30 <br>
2 26 Feb 07 jari 31 <h2>Growth Termination Criteria</h2>
2 26 Feb 07 jari 32 <h3>Max Cycles</h3> 
2 26 Feb 07 jari 33 This integer value represents the maximum iterations allowed.  The resulting number 
2 26 Feb 07 jari 34 of clusters produced by SOTA is (Max Cycles +1) unless other criteria are satisfied prior 
2 26 Feb 07 jari 35 the indicated maximum number of cycles.
2 26 Feb 07 jari 36 <br>
2 26 Feb 07 jari 37 <h3>Max epochs/cycle</h3>
2 26 Feb 07 jari 38 This integer value indicates the maximum number of training epochs allowed per cycle.
2 26 Feb 07 jari 39 <br>
2 26 Feb 07 jari 40 <h3>Max. Cell Diversity</h3>
2 26 Feb 07 jari 41 This value represents a maximum variability allowed within a cluster. 
2 26 Feb 07 jari 42 All resulting clusters will fall below this level of 'diversity' 
2 26 Feb 07 jari 43 (mean gene to cluster centroid distance) if diversity is used as the cell 
2 26 Feb 07 jari 44 division criteria. (Unless Max cycles are reached at which time some 
2 26 Feb 07 jari 45 clusters may still exceed this parameter)
2 26 Feb 07 jari 46 <br>
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48 <h3>Min Epoch Error Improvement</h3>
2 26 Feb 07 jari 49 This value is used as a threshold for signaling the start of a new cycle and a
2 26 Feb 07 jari 50 cell division.  The tree diversity is monitored during a training epoch and 
2 26 Feb 07 jari 51 when the diversity fails to improve by more than this value then training has
2 26 Feb 07 jari 52 been considered to have stabilized and a new cycle begins.
2 26 Feb 07 jari 53 <br>
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56 <h3>Run Maximum Number of Cycles (unrestricted growth)</h3>
2 26 Feb 07 jari 57 The algorithm will run until Max Cycles or until all of the input 
2 26 Feb 07 jari 58 set are fully partitioned such that each cluster has one gene or several identical gene vectors.
2 26 Feb 07 jari 59 <br>
2 26 Feb 07 jari 60
2 26 Feb 07 jari 61 <h2>Centroid Migration and Neighborhood Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 62 <h3>Migration Weights</h3>
2 26 Feb 07 jari 63 These values are used to scale the movement of cluster centroids 
2 26 Feb 07 jari 64 (characteristic gene expression patterns) toward a gene vector which has been 
2 26 Feb 07 jari 65 associated with a neighborhood.  When a gene is associated with a cluster 
2 26 Feb 07 jari 66 the centroid adapts to become more like the newly associated gene vector. 
2 26 Feb 07 jari 67 The parent and sister cell migration weights should be smaller than the 
2 26 Feb 07 jari 68 weight for the winning cell (Cell to which the gene vector is associated.).
2 26 Feb 07 jari 69 <br>
2 26 Feb 07 jari 70
2 26 Feb 07 jari 71 <h3>Neighborhood Level</h3>
2 26 Feb 07 jari 72 This value determines which cells are candidates to accept new expression elements.
2 26 Feb 07 jari 73 When elements are considered for redistribution to new node during a cell division
2 26 Feb 07 jari 74 candidate cells are determined by moving up the tree toward the root this number of levels.
2 26 Feb 07 jari 75 From that node, all cells (terminal nodes) within this subtree are targets for possibly
2 26 Feb 07 jari 76 accepting expression vectors.  (Each vector moves into the cell to which it is most similar).
2 26 Feb 07 jari 77 <br>
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79 <h2>Cell Division Criteria</h2>
2 26 Feb 07 jari 80 <h3>Use Cell Diversity</h3>
2 26 Feb 07 jari 81 Cell diversity is the mean distance between the cell's members (expression profiles) to the cell's
2 26 Feb 07 jari 82 centroid vector.  When considering which cell to divide, the cell with the greatest diversity
2 26 Feb 07 jari 83 is split. (providing it's diversity exceeds Max Cell Diversity (see above))
2 26 Feb 07 jari 84 <br>
2 26 Feb 07 jari 85
2 26 Feb 07 jari 86 <h3>Use Cell Variability</h3>
2 26 Feb 07 jari 87 Cell variability is the maximum element-to-element distance within a cell.
2 26 Feb 07 jari 88 The cell having the largest internal gene-to-gene distance is selected as the next cell to divide. 
2 26 Feb 07 jari 89 In this case the stopping criteria is changed so that growth
2 26 Feb 07 jari 90 continues until the most variable cell falls below a variability criteria generated using
2 26 Feb 07 jari 91 the provided pValue (see below)
2 26 Feb 07 jari 92 <br>
2 26 Feb 07 jari 93
2 26 Feb 07 jari 94 <h3>pValue</h3>
2 26 Feb 07 jari 95 This value is used when using variability as the cell division criteria.  A distribution of all element to element
2 26 Feb 07 jari 96 distances is generated by resampling the data set with each expression vector having randomized ordering of vector elements.
2 26 Feb 07 jari 97 The resulting distribution represents random gene to gene distances.  The pValue supplied is applied to this
2 26 Feb 07 jari 98 resampled distribution to generate a variability cutoff. 
2 26 Feb 07 jari 99 Clusters falling below this variability cutoff have a probability of having members
2 26 Feb 07 jari 100 that are paired by chance at or below the supplied pValue.  
2 26 Feb 07 jari 101 <br>
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103 <h2>Hierarchical Clustering</h2>
2 26 Feb 07 jari 104 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 105 created.
2 26 Feb 07 jari 106 <br>
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 109     </body>
2 26 Feb 07 jari 110 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:51 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)