mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/sota_tree_config_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>SOTA Tree Configuration</h1> <h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2> Distance Threshold </h2>
2 26 Feb 07 jari 7 This floating point parameter is used as a cutoff value.  Elements on nodes
2 26 Feb 07 jari 8 which have distances below this threshold can be considered as one entity
2 26 Feb 07 jari 9 (or cluster). Consequently the lower level detail of the tree is ignored.
2 26 Feb 07 jari 10 <br>
2 26 Feb 07 jari 11 <h2> Minimum Pixel Distance </h2>
2 26 Feb 07 jari 12 This integer is the minimum height of a node in the tree in units of pixels.
2 26 Feb 07 jari 13 Nodes which are close and would ordinarily have a node height below
2 26 Feb 07 jari 14 this value are forced to appear this number of pixels above the
2 26 Feb 07 jari 15 lower level node.
2 26 Feb 07 jari 16 <br>
2 26 Feb 07 jari 17 <h2> Maximum Pixel Distance </h2>
2 26 Feb 07 jari 18 Maximum Pixel Distance (integer) is the maximum distance that any node can have.
2 26 Feb 07 jari 19 Nodes which are distant and would ordinarily have a node height greater
2 26 Feb 07 jari 20 than this value are constrained to appear this number of pixels above the
2 26 Feb 07 jari 21 lower level node.
2 26 Feb 07 jari 22 <br>
2 26 Feb 07 jari 23         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 24     </body>
2 26 Feb 07 jari 25 </html>