mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/st_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>ST: Support Trees</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <br>
2 26 Feb 07 jari 7 The Support Tree algorithm permits the resampling options to be set separately
2 26 Feb 07 jari 8 for the gene tree and the experiment tree.
2 26 Feb 07 jari 9 <br>
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 <h2>Tree Construction Options</h2>
2 26 Feb 07 jari 12 The Draw Gene Tree and Draw Experiment Tree options allow you to
2 26 Feb 07 jari 13 select to construct a gene tree, an experiment tree, or both.
2 26 Feb 07 jari 14 <br>
2 26 Feb 07 jari 15 <h2>Resampling Options</h2>
2 26 Feb 07 jari 16 You can elect to resample either genes or experiments or neither using either
2 26 Feb 07 jari 17 a bootstraping or a jackknifing method.
2 26 Feb 07 jari 18 <br>
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 <h3>Bootstraping</h3>
2 26 Feb 07 jari 21 The matrix is reconstructed such that each expression vector has the original number
2 26 Feb 07 jari 22 of values but the values are a random selection (with replacement) of the original values.
2 26 Feb 07 jari 23 Values in the original expression vector may occur more than once since the selection uses
2 26 Feb 07 jari 24 replacement.
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 <h3>Jackknifing</h3>
2 26 Feb 07 jari 27 Jackknifing takes each expression vector and randomly selects to omit an element.
2 26 Feb 07 jari 28 This method produces expression vectors that have one fewer element and this is often
2 26 Feb 07 jari 29 done to minimize the effect of single outlier values.
2 26 Feb 07 jari 30 <br>
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 <h2>Iterations</h2>
2 26 Feb 07 jari 33 This indicates how many times the expression matrix should be reconstructed and clustered.
2 26 Feb 07 jari 34 <br>
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 <h2> Distance Metric Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 37 This area allows the selection of the metric to be used to assess gene-to-gene
2 26 Feb 07 jari 38 or sample-to-sample distances.  The initial metric displayed (choosen) corresponds to the global
2 26 Feb 07 jari 39 setting in the Multiple Array Viewer's 'Metrics' menu.  Alterations to the
2 26 Feb 07 jari 40 chosen metric in this dialog will only alter the metric used for the current
2 26 Feb 07 jari 41 algorithm run.  The global setting in the main 'Metrics' menu will remain unchanged.
2 26 Feb 07 jari 42 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 43 Euclidean Distance and Pearson Correllation tend to be the most frequently used options.  
2 26 Feb 07 jari 44 An appendix in the MeV manual describes the distance metrics offered in MeV. 
2 26 Feb 07 jari 45 <br>
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47 <h2> Linkage Method </h2>
2 26 Feb 07 jari 48 This parameter is used to indicate the convention
2 26 Feb 07 jari 49 used for determining cluster-to-cluster distances
2 26 Feb 07 jari 50 when constructing the hierarchical tree.
2 26 Feb 07 jari 51 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 52 Single Linkage: The distances are measured between
2 26 Feb 07 jari 53 each member of one cluster each member of the other
2 26 Feb 07 jari 54 cluster.  The minimum of these distances is considered
2 26 Feb 07 jari 55 the cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 56 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 57 Average Linkage: The average distance of each member of
2 26 Feb 07 jari 58 one cluster to each member of the other cluster is used
2 26 Feb 07 jari 59 as a measure of cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 60 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 61 Complete Linkage: The distances are measured between
2 26 Feb 07 jari 62 each member of one cluster each member of the other
2 26 Feb 07 jari 63 cluster.  The maximum of these distances is considered
2 26 Feb 07 jari 64 the cluster-to-cluster distance.
2 26 Feb 07 jari 65 <br>
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 <h2>Support Tree Legend</h2>
2 26 Feb 07 jari 68 A legend to relate support tree output colors to % support
2 26 Feb 07 jari 69 is displayed by selecting the support tree legend menu item
2 26 Feb 07 jari 70 in the main help menu.
2 26 Feb 07 jari 71 <br>
2 26 Feb 07 jari 72         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 73     </body>
2 26 Feb 07 jari 74 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:51 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)