mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/svm1_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>SVM: Support Vector Machines</h1> 
2 26 Feb 07 jari 4         <h1>Process Initialization Dialog</h1>
2 26 Feb 07 jari 5         <h2> Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 6             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 7
2 26 Feb 07 jari 8 <h2> Sample Selection </h2>
2 26 Feb 07 jari 9 The sample selection option indicates whether to cluster genes or experiments.
2 26 Feb 07 jari 10 <br>
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 <h2>Process Selection</h2>
2 26 Feb 07 jari 13 The SVM algorithm works performing two main processes, training and classification.
2 26 Feb 07 jari 14 One can elect to perform training only, classification only, or both phases of the SVM classification
2 26 Feb 07 jari 15 technique.
2 26 Feb 07 jari 16 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17 The 'Training Only' option results in a set of numerical weights which can stored as a file and used for classification
2 26 Feb 07 jari 18 at a later time.
2 26 Feb 07 jari 19 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 20 The 'Classification Only' option takes a file input of weights generated from training and results in a binary classification
2 26 Feb 07 jari 21 of the elements.
2 26 Feb 07 jari 22 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 23 The 'Training and Classification' option provides the ability to use the input set as a training set to produce weights which
2 26 Feb 07 jari 24 are immediately applied to perform the classification.
2 26 Feb 07 jari 25 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 26 The 'One-out Iterative Validation' iteratively performs an SVM training and classification run.
2 26 Feb 07 jari 27 On each iteration one element is moved to the neutral classification and therefore will not
2 26 Feb 07 jari 28 impact the SVM training nor the classification of elements.  The final classification will not
2 26 Feb 07 jari 29 be biased by an initial classification of the element.
2 26 Feb 07 jari 30 <h3>** Note that the One-out Iterative Validation will iterate a training and classification
2 26 Feb 07 jari 31 run for each element being classified.  This may not be practical nor necessary for the 
2 26 Feb 07 jari 32 classification of large numbers of genes. In the case of genes the impact of one gene
2 26 Feb 07 jari 33 in producing a discriminate is relatively small and the time to iteratively run for
2 26 Feb 07 jari 34 each gene could be prohibitive for large sets of genes.  This feature is more practical
2 26 Feb 07 jari 35 to use when classifying experiments.
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 40 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 41 created.
2 26 Feb 07 jari 42 <br>
2 26 Feb 07 jari 43         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 44     </body>
2 26 Feb 07 jari 45 </html>
2 26 Feb 07 jari 46

Generated on Thu Jul 20 09:26:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)