mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/ttest_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>TTEST: T-test</h1> <h2> Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <h2>Group Assignments</h2>
2 26 Feb 07 jari 7 <h3>Group Selection Controls</h3>
2 26 Feb 07 jari 8 This set of buttons permits each experiment to be placed into
2 26 Feb 07 jari 9 group A, group B, or neither group.  If an experiment is placed in
2 26 Feb 07 jari 10 neither group it will be ignored for the purposes the analysis.
2 26 Feb 07 jari 11 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 12 Note that groups A and B must each have at least two members
2 26 Feb 07 jari 13 following the assignment.
2 26 Feb 07 jari 14 <h3>Save Grouping</h3>
2 26 Feb 07 jari 15 The save grouping button allows you to save the grouping
2 26 Feb 07 jari 16 to file.  This is particularly useful when there are many experiments.
2 26 Feb 07 jari 17 <h3>Load Grouping</h3>
2 26 Feb 07 jari 18 This button allows you to select and load a saved grouping.
2 26 Feb 07 jari 19 <h3>Reset</h3>
2 26 Feb 07 jari 20 The reset button returns all of the group selection control buttons
2 26 Feb 07 jari 21 to Group A, the initial state.
2 26 Feb 07 jari 22 <br>
2 26 Feb 07 jari 23 <h2>Variance assumption</h2>
2 26 Feb 07 jari 24 This option applies to between subjects t-test only. By default, degree of freedom is calculated
2 26 Feb 07 jari 25 on a gene by gene basis assuming that the two groups have unequal variances. The other option
2 26 Feb 07 jari 26 assumes equal variances of the two groups, and calculates degree of freedom as (nA + nB - 2), where
2 26 Feb 07 jari 27 nA and nB are the number of valid values in groups A and B respectively. The formula for the t-ratio is also
2 26 Feb 07 jari 28  slightly different
2 26 Feb 07 jari 29 <br>
2 26 Feb 07 jari 30 <h2>P-Value Parameters</h2>
2 26 Feb 07 jari 31 This set of controls are used to indicate the method by which p-values are determined for 
2 26 Feb 07 jari 32 each gene and allows the input of the critical p-value.
2 26 Feb 07 jari 33 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 34 p-values can be computed either from the theoretical t-distribution, or from permutations 
2 26 Feb 07 jari 35 of the data for each gene between the two groups. 
2 26 Feb 07 jari 36 <h3>p-values based on t-distribution</h3>
2 26 Feb 07 jari 37 Using this option a gene's p-value is taken directly from the theoretical t-distribution
2 26 Feb 07 jari 38 based on the gene's calculated t-value.
2 26 Feb 07 jari 39 <h3>p-values based on permutation</h3>
2 26 Feb 07 jari 40 Using this option a gene's p-value is determined by forming a distribution based on
2 26 Feb 07 jari 41 permutations of the data for that gene.  The permutations allow each value in the expression
2 26 Feb 07 jari 42 vector in group A or group B to be randomly placed into either group (the size of each
2 26 Feb 07 jari 43 group is conserved).  t-values are constructed following each permutation to construct
2 26 Feb 07 jari 44 a distribution which is used to generate p values for each gene based on it's t-value.
2 26 Feb 07 jari 45 <br><br>
2 26 Feb 07 jari 46 If permutations are used, two buttons allow you to select to permute
2 26 Feb 07 jari 47 the values a number of times indicated or to permute the values a number of
2 26 Feb 07 jari 48 times equal to the maximum number of permutations possible.
2 26 Feb 07 jari 49 <h3>Critical p-value</h3>
2 26 Feb 07 jari 50 This text field allows you to enter the alpha or critical p-value.
2 26 Feb 07 jari 51 <br>
2 26 Feb 07 jari 52 <h2>P-Value / false discovery corrections</h2>
2 26 Feb 07 jari 53 The p-values for each p can be adjusted to correct for the large number
2 26 Feb 07 jari 54 of observations (genes) and the increased possibility of considering a gene without
2 26 Feb 07 jari 55 a real significant change to be considered significant.  Three options are given for 
2 26 Feb 07 jari 56 this correction.
2 26 Feb 07 jari 57 <h3>Just Alpha (no correction)</h3>
2 26 Feb 07 jari 58 Using this option the alpha is not altered.
2 26 Feb 07 jari 59 <h3>Standard Bonferroni Correction</h3>
2 26 Feb 07 jari 60 In the standard Bonferroni correction, the user-specified alpha is divided 
2 26 Feb 07 jari 61 by the number of genes to give the critical p-value. 
2 26 Feb 07 jari 62 This is much more stringent than using an uncorrected alpha.
2 26 Feb 07 jari 63 <h3>Adjusted Bonferroni Correction</h3>
2 26 Feb 07 jari 64 In the adjusted Bonferroni correction, the t-values for all the genes are 
2 26 Feb 07 jari 65 ranked in descending order. For the gene with the highest t-value, the critical 
2 26 Feb 07 jari 66 p-value becomes (alpha / n), where n is the total number of genes; 
2 26 Feb 07 jari 67 for the gene with the second-highest t-value, the critical p-value will be (alpha/ n-1), 
2 26 Feb 07 jari 68 and so on. The stringency of this correction falls somewhere between no correction
2 26 Feb 07 jari 69 and the Standard Bonferroni.
2 26 Feb 07 jari 70 <H3>False discovery control</H3>
2 26 Feb 07 jari 71 Under this option, with confidence of (1 - alpha), the number or proportion of false positives 
2 26 Feb 07 jari 72 in the significant gene list should not exceed the input value. 
2 26 Feb 07 jari 73 <br>
2 26 Feb 07 jari 74 <h2> Hierarchical Clustering </h2>
2 26 Feb 07 jari 75 This check box selects whether to perform hierarchical clustering on the elements in each cluster
2 26 Feb 07 jari 76 created.
2 26 Feb 07 jari 77 <br>
2 26 Feb 07 jari 78         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 79     </body>
2 26 Feb 07 jari 80 </html>
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82

Generated on Thu Jul 20 09:26:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)