mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/usc_parameters1.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial" padding=10>
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>USC: Uncorrelated Shrunken Centroids</h1> 
2 26 Feb 07 jari 4         <h1>Initialization Dialog</h1>
2 26 Feb 07 jari 5             <hr size = 1>
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7       <h2> Enter all Class Labels </h2>
2 26 Feb 07 jari 8       Enter the labels for each of the classes that are in your training set.  If there are more than 2 classes, 
2 26 Feb 07 jari 9       click the Up Arrow of the '# of Classes' spinner.  Be advised that you should be entering each and every 
2 26 Feb 07 jari 10       unique class label here.  You will be asked later to assign these labels to your known training hybs.
2 26 Feb 07 jari 11       <br>
2 26 Feb 07 jari 12       
2 26 Feb 07 jari 13       <h2>Analysis Options</h2>
2 26 Feb 07 jari 14       The USC algorithm works performing through two main processes - training and classification.
2 26 Feb 07 jari 15       One can elect to perform training (with the built in option of classification afterwords) or classification only.
2 26 Feb 07 jari 16       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 17       The 'Training & Classify' option results in specific 'Delta' and 'Rho' values along with 'Training Ratios' 
2 26 Feb 07 jari 18       which can stored as a file and used for classification at a later time.
2 26 Feb 07 jari 19       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 20       The 'Classification Only' option takes a file input of ratios, delta and rho generated from training and 
2 26 Feb 07 jari 21       results in a classification of the elements.
2 26 Feb 07 jari 22       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 23       
2 26 Feb 07 jari 24       <h2> Advanced Parameters </h2>
2 26 Feb 07 jari 25       # Folds refers to the # of times one would like 'Random Permutations' to occur during cross validation.  
2 26 Feb 07 jari 26       For example, if there are 10 training hybs, and # Folds is set to 5, 2 hybs will be removed and used as 
2 26 Feb 07 jari 27       the 'test subset' during each Fold.  After 5 folds, all 10 hybs will have been removed and used in the 
2 26 Feb 07 jari 28       'test subset' once.
2 26 Feb 07 jari 29       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 30       #CV Runs is how many times one would like to run cross validation.
2 26 Feb 07 jari 31       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 32       # Bins is the # of Delta values that one would like to try during cross validation.  For example, if 'Max Delta' 
2 26 Feb 07 jari 33       is 20 and '# Bins' is 50, the Delta values would range from 0 - 20 by increments of 0.4 (20 / 50 = 0.4).  
2 26 Feb 07 jari 34       Delta = { 0, 0.4, 0.8, 1.2... 20 }.
2 26 Feb 07 jari 35       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 36       Max Delta is the maximum Delta (Shrinkage) value to use during cross validation.
2 26 Feb 07 jari 37       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 38       Corr Low and Corr High are the minimum and maximum values one would like to try as a Correlation Threshold value.  
2 26 Feb 07 jari 39       When the correlation between 2 genes is greater than this value, 1 of the genes will 
2 26 Feb 07 jari 40       be removed from analysis.
2 26 Feb 07 jari 41       <br><br>
2 26 Feb 07 jari 42       Corr Step is the increment by which one would like to step between 'Corr Low' and 'Corr High'.  By default, 
2 26 Feb 07 jari 43       cross validation will occur using the set Correlation Threshold = { 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0 }.
2 26 Feb 07 jari 44       <br>
2 26 Feb 07 jari 45         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 46     </body>
2 26 Feb 07 jari 47 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)