mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/dialogs/dialogHelpUtil/dialogHelpPages/variance_filter_parameters.html

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 <html>
2 26 Feb 07 jari 2     <body bgcolor = "#FFFFCC"><basefont face = "Arial">
2 26 Feb 07 jari 3   <h1>Variance Filter</h1><h2>Parameter Information</h2>
2 26 Feb 07 jari 4             <hr size = 10>
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 <br>
2 26 Feb 07 jari 7 The variance filter allows the removal of genes with low variation of expression over the 
2 26 Feb 07 jari 8 loaded samples.  This filter is basically used to remove ‘flat genes’ that don’t vary much 
2 26 Feb 07 jari 9 in expression over the conditions of the experiment.  The variance filter has three possible 
2 26 Feb 07 jari 10 criteria for specifying which genes to keep.  The Enable Variance Filter check box turns the 
2 26 Feb 07 jari 11 filter on and off.  Be sure to observe the History Node log to see the number of genes 
2 26 Feb 07 jari 12 retained after using the filter.  Note that the variance filter is performed after other 
2 26 Feb 07 jari 13 filters such as Percent Cutoff Filter is imposed.  This convention insures that the genes 
2 26 Feb 07 jari 14 that are tested for variance also contain some minimum level of ‘good’ (not missing) data.
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 <h2>Percentage of Highest SD Genes</h2>
2 26 Feb 07 jari 17 The <i>Percentage of Highest SD Genes</i> option ranks the genes based on standard deviation and 
2 26 Feb 07 jari 18 then the genes that are kept are some percentage of this ranked list. For and example, 
2 26 Feb 07 jari 19 if we have 1000 genes and the percentage was set to 20%, then the result would be a 
2 26 Feb 07 jari 20 final list of the 200 most variable genes.
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 <h2>Number of Desired High SD Genes</h2>
2 26 Feb 07 jari 23 The <i>Number of Desired High SD Genes</i> option also ranks the genes based on SD and
2 26 Feb 07 jari 24 then the number of genes specified are selected from this SD ordered list such that 
2 26 Feb 07 jari 25 the highest SD genes are selected.
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 <h2>SD Cutoff Value</h2>
2 26 Feb 07 jari 28 The <i>SD Cutoff Value</i> option uses an actual SD value such that all genes having 
2 26 Feb 07 jari 29 an SD greater than this value are selected.
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31         </basefont>
2 26 Feb 07 jari 32     </body>
2 26 Feb 07 jari 33 </html>

Generated on Thu Jul 20 09:26:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)