mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ease/EASETableViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: EASETableViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:01 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  * EASETableViewer.java
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * Created on October 8, 2003, 2:02 PM
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ease;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.io.PrintWriter;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.io.Serializable;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.TableViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.util.BrowserLauncher;
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44 /** Displays ease results
2 26 Feb 07 jari 45  */
2 26 Feb 07 jari 46 public class EASETableViewer extends TableViewer implements Serializable {
2 26 Feb 07 jari 47     
2 26 Feb 07 jari 48     private DefaultMutableTreeNode easeRoot;
2 26 Feb 07 jari 49     private JPopupMenu menu;
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 52     private int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 53     private String [] headerNames;
2 26 Feb 07 jari 54     private boolean clusterAnalysis;
2 26 Feb 07 jari 55     private boolean haveAccessionNumbers;
2 26 Feb 07 jari 56     private JMenuItem launchMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     /** Creates a new instance of EASETableViewer
2 26 Feb 07 jari 59      * @param headerNames Header names
2 26 Feb 07 jari 60      * @param data Primary data structure
2 26 Feb 07 jari 61      * @param analysisNode EASE analysis node.  This permits references to cluster viewers.
2 26 Feb 07 jari 62      * @param experiment The <CODE>Experiment</CODE> object encapsultes index mapping to <CODE>IData</CODE>
2 26 Feb 07 jari 63      * @param clusters Cluster indices
2 26 Feb 07 jari 64      * @param haveAccessionNumbers True if acc. numbers are appended
2 26 Feb 07 jari 65      * @param clusterAnalysis true if result is cluter analysis, else result is a survey
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public EASETableViewer(String [] headerNames, Object [][] data, DefaultMutableTreeNode analysisNode, Experiment experiment, int [][] clusters, boolean haveAccessionNumbers, boolean clusterAnalysis) {
2 26 Feb 07 jari 68         super(headerNames, data);
2 26 Feb 07 jari 69         this.headerNames = headerNames;
2 26 Feb 07 jari 70         this.clusterAnalysis = clusterAnalysis;
2 26 Feb 07 jari 71         this.haveAccessionNumbers = haveAccessionNumbers;
2 26 Feb 07 jari 72         
2 26 Feb 07 jari 73         setNumerical(0, true);
2 26 Feb 07 jari 74         if(clusterAnalysis){
2 26 Feb 07 jari 75             if(!haveAccessionNumbers){
2 26 Feb 07 jari 76                 setNumerical(3, true);
2 26 Feb 07 jari 77             }
2 26 Feb 07 jari 78             //set the rest to numerical for proper sorting
2 26 Feb 07 jari 79             for(int i = 4; i < headerNames.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 80                 setNumerical(i, true);
2 26 Feb 07 jari 81         } else {
2 26 Feb 07 jari 82             if(!haveAccessionNumbers){
2 26 Feb 07 jari 83                 setNumerical(3, true);
2 26 Feb 07 jari 84             } else {
2 26 Feb 07 jari 85                 setNumerical(5, true);
2 26 Feb 07 jari 86             }
2 26 Feb 07 jari 87             setNumerical(4, true);
2 26 Feb 07 jari 88         }
2 26 Feb 07 jari 89         easeRoot = analysisNode;
2 26 Feb 07 jari 90         menu = createPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 91         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 92         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 93         table.addMouseListener(new Listener());
2 26 Feb 07 jari 94         if(table.getRowCount() > 0)
2 26 Feb 07 jari 95             table.getSelectionModel().setSelectionInterval(0,0);
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     public EASETableViewer(String [] headerNames, Object [][] data) {
2 26 Feb 07 jari 100        super(headerNames, data);
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102     
2 26 Feb 07 jari 103     
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     /** Creats the context menu
2 26 Feb 07 jari 106      * @return  */
2 26 Feb 07 jari 107     private JPopupMenu createPopupMenu(){
2 26 Feb 07 jari 108         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 109         JPopupMenu menu = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 110         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 111         
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         item = new JMenuItem("Store Selection as Cluster");
2 26 Feb 07 jari 114         item.setActionCommand("store-cluster-command");
2 26 Feb 07 jari 115         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 116         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 117         
2 26 Feb 07 jari 118         JMenu launchMenu = new JMenu("Open Viewer");
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         item = new JMenuItem("Expression Image");
2 26 Feb 07 jari 121         item.setActionCommand("launch-expression-image-command");
2 26 Feb 07 jari 122         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 123         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         item = new JMenuItem("Centroid Graph");
2 26 Feb 07 jari 126         item.setActionCommand("launch-centroid-graph-command");
2 26 Feb 07 jari 127         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 128         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         item = new JMenuItem("Expression Graph");
2 26 Feb 07 jari 131         item.setActionCommand("launch-expression-graph-command");
2 26 Feb 07 jari 132         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 133         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 134         
2 26 Feb 07 jari 135         menu.add(launchMenu);
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         item = new JMenuItem("Save EASE Table");
2 26 Feb 07 jari 140         item.setActionCommand("save-ease-table-command");
2 26 Feb 07 jari 141         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 142         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 143         
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 146         
2 26 Feb 07 jari 147         if(this.haveAccessionNumbers){
2 26 Feb 07 jari 148             this.launchMenuItem = new JMenuItem("Open Web Page");
2 26 Feb 07 jari 149             this.launchMenuItem.setActionCommand("launch-browser-command");
2 26 Feb 07 jari 150             this.launchMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 151             menu.add(this.launchMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         return menu;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 158         super.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 159         if(this.easeRoot == null){
2 26 Feb 07 jari 160             try {
2 26 Feb 07 jari 161                 DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)framework.getCurrentNode().getParent();
2 26 Feb 07 jari 162                 Object userObject = node.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 163                 if(userObject instanceof String){
2 26 Feb 07 jari 164                     if(((String)userObject).indexOf("EASE") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 165                         this.easeRoot = node;
2 26 Feb 07 jari 166                     }
2 26 Feb 07 jari 167                 }
2 26 Feb 07 jari 168             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 169                 System.out.println("selection exception");
2 26 Feb 07 jari 170                 e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 171             }
2 26 Feb 07 jari 172         }
2 26 Feb 07 jari 173     }
2 26 Feb 07 jari 174     
2 26 Feb 07 jari 175     /** Handles opening cluster viewers.
2 26 Feb 07 jari 176      */
2 26 Feb 07 jari 177     private void onOpenViewer(String viewerType){
2 26 Feb 07 jari 178         int index = getSelectedRow();
2 26 Feb 07 jari 179         
2 26 Feb 07 jari 180         if(index == -1 || easeRoot == null)
2 26 Feb 07 jari 181             return;
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)easeRoot.getChildAt(1);
2 26 Feb 07 jari 184         if(node.getChildCount() < index)
2 26 Feb 07 jari 185             return;
2 26 Feb 07 jari 186         node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(index));
2 26 Feb 07 jari 187         
2 26 Feb 07 jari 188         if(viewerType.equals("expression image")){
2 26 Feb 07 jari 189             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(0));
2 26 Feb 07 jari 190         } else if(viewerType.equals("centroid graph")){
2 26 Feb 07 jari 191             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(1));
2 26 Feb 07 jari 192         } else if(viewerType.equals("expression graph")){
2 26 Feb 07 jari 193             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(2));
2 26 Feb 07 jari 194         }
2 26 Feb 07 jari 195         
2 26 Feb 07 jari 196         if(framework != null)
2 26 Feb 07 jari 197             framework.setTreeNode(node);
2 26 Feb 07 jari 198     }
2 26 Feb 07 jari 199     
2 26 Feb 07 jari 200     
2 26 Feb 07 jari 201     /** Handles sotrage of clusters from selected line.
2 26 Feb 07 jari 202      */
2 26 Feb 07 jari 203     private void onStoreCluster(){
2 26 Feb 07 jari 204         int [] tableIndices = table.getSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 205         if(tableIndices == null || tableIndices.length == 0)
2 26 Feb 07 jari 206             return;
2 26 Feb 07 jari 207         //convert to possibly sorted table indices
2 26 Feb 07 jari 208         for(int i = 0; i < tableIndices.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 209             tableIndices[i] = ((DefaultViewerTableModel) model).getRow( tableIndices[i] );
2 26 Feb 07 jari 210         
2 26 Feb 07 jari 211         int [] geneIndices = getGeneIndices(tableIndices);
2 26 Feb 07 jari 212         geneIndices = mapExperimentIndicesToIData(geneIndices);
2 26 Feb 07 jari 213         //storing as sub-cluster allows storing various sets of indices as separate clusters from
2 26 Feb 07 jari 214         //the same viewer.
2 26 Feb 07 jari 215         framework.storeSubCluster(geneIndices, experiment, ClusterRepository.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 216     }
2 26 Feb 07 jari 217     
2 26 Feb 07 jari 218     /** Handles opening browser on accessions.
2 26 Feb 07 jari 219      */
2 26 Feb 07 jari 220     private void onOpenBrowser(){
2 26 Feb 07 jari 221         int [] tableIndices = table.getSelectedRows();
2 26 Feb 07 jari 222         if( tableIndices == null || tableIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 223             return;
2 26 Feb 07 jari 224         String file = (String) this.table.getValueAt(tableIndices[0], 1);
2 26 Feb 07 jari 225         String acc = (String) this.table.getValueAt(tableIndices[0], 2);
2 26 Feb 07 jari 226         
2 26 Feb 07 jari 227         if(acc == null || acc.equals("") || acc.equals(" ")){
2 26 Feb 07 jari 228             JOptionPane.showMessageDialog(this.framework.getFrame(), "No accession exists for this entry.", "Web access denial", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 229             return;
2 26 Feb 07 jari 230         }
2 26 Feb 07 jari 231         
2 26 Feb 07 jari 232         String url = EASEURLFactory.constructURL(file,acc);
2 26 Feb 07 jari 233         if(url == null)
2 26 Feb 07 jari 234             return;
2 26 Feb 07 jari 235         try{
2 26 Feb 07 jari 236             BrowserLauncher.openURL(url);
2 26 Feb 07 jari 237         } catch (java.io.IOException e) {
2 26 Feb 07 jari 238             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 239         }
2 26 Feb 07 jari 240     }
2 26 Feb 07 jari 241     
2 26 Feb 07 jari 242     /** Saves the ease table to file
2 26 Feb 07 jari 243      */
2 26 Feb 07 jari 244     private void onSaveEaseTable(){
2 26 Feb 07 jari 245         JFileChooser chooser = new JFileChooser(TMEV.getFile("/Data"));
2 26 Feb 07 jari 246         String fileName = "";
2 26 Feb 07 jari 247         if(chooser.showSaveDialog(this) == JFileChooser.APPROVE_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 248             File file = chooser.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 249             fileName = file.getName();
2 26 Feb 07 jari 250             try{
2 26 Feb 07 jari 251                 PrintWriter pw = new PrintWriter(new FileOutputStream(file));
2 26 Feb 07 jari 252                 int rows = table.getRowCount();
2 26 Feb 07 jari 253                 int cols = table.getColumnCount();
2 26 Feb 07 jari 254                 
2 26 Feb 07 jari 255                 for(int row = 0; row < rows; row++){
2 26 Feb 07 jari 256                     for(int col = 0; col < cols; col++){
2 26 Feb 07 jari 257                         pw.print(((String)(table.getValueAt(row, col))) + "\t");
2 26 Feb 07 jari 258                     }
2 26 Feb 07 jari 259                     pw.print("\n");
2 26 Feb 07 jari 260                 }
2 26 Feb 07 jari 261                 pw.flush();
2 26 Feb 07 jari 262                 pw.close();
2 26 Feb 07 jari 263             } catch ( IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 264                 ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 265                 javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(this, ("Error Saving Table to file: "+fileName), "Output Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 266             }
2 26 Feb 07 jari 267             
2 26 Feb 07 jari 268         }
2 26 Feb 07 jari 269     }
2 26 Feb 07 jari 270     
2 26 Feb 07 jari 271     /** Returns genes indices on selected row.
2 26 Feb 07 jari 272      * @param rows Selected rows
2 26 Feb 07 jari 273      * @return Associated indices
2 26 Feb 07 jari 274      */
2 26 Feb 07 jari 275     private int [] getGeneIndices(int [] rows){
2 26 Feb 07 jari 276         int numGenes = 0;
2 26 Feb 07 jari 277         for(int i = 0; i < rows.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 278             numGenes += clusters[rows[i]].length;
2 26 Feb 07 jari 279         int [] indices = new int [numGenes];
2 26 Feb 07 jari 280         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 281         for(int i = 0; i < rows.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 282             for(int j = 0; j < clusters[rows[i]].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 283                 indices[cnt] = clusters[rows[i]][j];
2 26 Feb 07 jari 284                 cnt++;
2 26 Feb 07 jari 285             }
2 26 Feb 07 jari 286         }
2 26 Feb 07 jari 287         return indices;
2 26 Feb 07 jari 288     }
2 26 Feb 07 jari 289     
2 26 Feb 07 jari 290     private int [] mapExperimentIndicesToIData(int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 291         int [] idataIndices = new int [indices.length];
2 26 Feb 07 jari 292         for(int i = 0; i < indices.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 293             idataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 294         return idataIndices;
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296     
2 26 Feb 07 jari 297     private void validateMenuOptions(){
2 26 Feb 07 jari 298         int row = this.getSelectedRow();
2 26 Feb 07 jari 299         if(row < 0)
2 26 Feb 07 jari 300             return;
2 26 Feb 07 jari 301         //know that accessions exist
2 26 Feb 07 jari 302         this.launchMenuItem.setEnabled( this.table.getValueAt(row, 1) != null && !this.table.getValueAt(row, 1).equals(" ") );
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304     
2 26 Feb 07 jari 305     /** Handles events
2 26 Feb 07 jari 306      */
2 26 Feb 07 jari 307     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener{
2 26 Feb 07 jari 308         
2 26 Feb 07 jari 309         public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 310             String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 311             if(command.equals("store-cluster-command")){
2 26 Feb 07 jari 312                 onStoreCluster();
2 26 Feb 07 jari 313             } else if(command.equals("launch-expression-image-command")){
2 26 Feb 07 jari 314                 onOpenViewer("expression image");
2 26 Feb 07 jari 315             } else if(command.equals("launch-centroid-graph-command")){
2 26 Feb 07 jari 316                 onOpenViewer("centroid graph");
2 26 Feb 07 jari 317             } else if(command.equals("launch-expression-graph-command")){
2 26 Feb 07 jari 318                 onOpenViewer("expression graph");
2 26 Feb 07 jari 319             } else if(command.equals("launch-browser-command")){
2 26 Feb 07 jari 320                 onOpenBrowser();
2 26 Feb 07 jari 321             } else if(command.equals("save-ease-table-command")){
2 26 Feb 07 jari 322                 onSaveEaseTable();
2 26 Feb 07 jari 323             }
2 26 Feb 07 jari 324         }
2 26 Feb 07 jari 325         
2 26 Feb 07 jari 326         public void mousePressed(MouseEvent me){
2 26 Feb 07 jari 327             if(me.isPopupTrigger()){
2 26 Feb 07 jari 328                 if(launchMenuItem != null)
2 26 Feb 07 jari 329                     validateMenuOptions();
2 26 Feb 07 jari 330                 menu.show(me.getComponent(), me.getX(), me.getY());
2 26 Feb 07 jari 331             }
2 26 Feb 07 jari 332         }
2 26 Feb 07 jari 333         
2 26 Feb 07 jari 334         public void mouseReleased(MouseEvent me){
2 26 Feb 07 jari 335             if(me.isPopupTrigger()){
2 26 Feb 07 jari 336                 if(launchMenuItem != null)
2 26 Feb 07 jari 337                     validateMenuOptions();
2 26 Feb 07 jari 338                 menu.show(me.getComponent(), me.getX(), me.getY());
2 26 Feb 07 jari 339             }
2 26 Feb 07 jari 340         }
2 26 Feb 07 jari 341         
2 26 Feb 07 jari 342     }
2 26 Feb 07 jari 343     
2 26 Feb 07 jari 344     
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)