mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ease/gotree/GONode.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * GONode.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on August 11, 2004, 10:33 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ease.gotree;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.AlphaComposite;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Composite;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.font.FontRenderContext;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.font.LineBreakMeasurer;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.font.TextAttribute;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.font.TextLayout;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.geom.Point2D;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.Serializable;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.text.AttributedCharacterIterator;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.text.AttributedString;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.ITreeNode;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.ITreeNodeRenderer;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.KNodeImpl;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 /**
2 26 Feb 07 jari 35  *
2 26 Feb 07 jari 36  * @author  braisted
2 26 Feb 07 jari 37  */
2 26 Feb 07 jari 38 public class GONode extends KNodeImpl implements ITreeNodeRenderer {
2 26 Feb 07 jari 39     /** GO ID
2 26 Feb 07 jari 40      */
2 26 Feb 07 jari 41     private String goID;
2 26 Feb 07 jari 42     /** GO Term
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     private String goTerm;
2 26 Feb 07 jari 45     /** GO Category
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     private String goCategory;
2 26 Feb 07 jari 48     /** p-value
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     private double pValue;
2 26 Feb 07 jari 51     /** number of list hits
2 26 Feb 07 jari 52      */
2 26 Feb 07 jari 53     private int listHits;
2 26 Feb 07 jari 54     /** number of population hits
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     private int listSize;
2 26 Feb 07 jari 57     /** list size
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     private int popHits;
2 26 Feb 07 jari 60     /** population size
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     private int popSize;
2 26 Feb 07 jari 63     /** lower p-value threshold
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private double lowerThr;
2 26 Feb 07 jari 66     /** upper p-value threshold
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     private double upperThr;
2 26 Feb 07 jari 69     /** cluster index
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     private int clusterIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     //Rendering fields
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     private int renderingHint;
2 26 Feb 07 jari 77     private int VERBOSE_HEIGHT = 130;
2 26 Feb 07 jari 78     private int VERBOSE_WIDTH = 125;
2 26 Feb 07 jari 79     private int NON_VERBOSE_HEIGHT = 15;
2 26 Feb 07 jari 80     private int NON_VERBOSE_WIDTH = 15;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     private int GO_ID_HEIGHT = 20;
2 26 Feb 07 jari 83     private int GO_TERM_HEIGHT = 70;
2 26 Feb 07 jari 84     private int GO_STAT_HEIGHT = 20;
2 26 Feb 07 jari 85     private int GO_POP_HEIGHT = 20;
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     public void setParents(ITreeNode[] p){
2 26 Feb 07 jari 88       Vector v = new Vector(p.length);
2 26 Feb 07 jari 89       for(int i=0; i<p.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 90         v.add(p[i]);
2 26 Feb 07 jari 91       }
2 26 Feb 07 jari 92       this.setParents(v);
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94     public void setChildren(ITreeNode[] c){
2 26 Feb 07 jari 95       Vector v = new Vector(c.length);
2 26 Feb 07 jari 96       for(int i=0; i<c.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 97         v.add(c[i]);
2 26 Feb 07 jari 98       }
2 26 Feb 07 jari 99       this.setChildren(v);
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     public GONode(){super();}
2 26 Feb 07 jari 102     public GONode(String goID, String goTerm, String goCategory, double pValue, int clusterHits, int clusterSize,
2 26 Feb 07 jari 103     int popHits, int popSize, int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 104         super();
2 26 Feb 07 jari 105         this.goID = goID;
2 26 Feb 07 jari 106         this.goTerm = goTerm;
2 26 Feb 07 jari 107         this.goCategory = goCategory;
2 26 Feb 07 jari 108         this.pValue = pValue;
2 26 Feb 07 jari 109         this.listHits = clusterHits;
2 26 Feb 07 jari 110         this.listSize = clusterSize;
2 26 Feb 07 jari 111         this.popHits = popHits;
2 26 Feb 07 jari 112         this.popSize = popSize;
2 26 Feb 07 jari 113         this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     public GONode(GONode origNode) {
2 26 Feb 07 jari 117         super();
2 26 Feb 07 jari 118         this.goID = origNode.getGOID();
2 26 Feb 07 jari 119         this.goTerm = origNode.getTerm();
2 26 Feb 07 jari 120         this.goCategory = origNode.getCategory();
2 26 Feb 07 jari 121         this.pValue = origNode.getPValue();
2 26 Feb 07 jari 122         this.listHits = origNode.getListHits();
2 26 Feb 07 jari 123         this.listSize = origNode.getListSize();
2 26 Feb 07 jari 124         this.popHits = origNode.getPopHits();
2 26 Feb 07 jari 125         this.popSize = origNode.getPopSize();        
2 26 Feb 07 jari 126         this.upperThr = origNode.getUpperThr();
2 26 Feb 07 jari 127         this.lowerThr = origNode.getLowerThr();
2 26 Feb 07 jari 128         this.children = origNode.getChildren();
2 26 Feb 07 jari 129         this.parents = origNode.getParents();
2 26 Feb 07 jari 130         this.level = origNode.getLevel();
2 26 Feb 07 jari 131         this.verboseRendering = origNode.isVerboseRendering();
2 26 Feb 07 jari 132         this.clusterIndex = origNode.getClusterIndex();
2 26 Feb 07 jari 133     }
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     public String getTerm() {
2 26 Feb 07 jari 136         return goTerm;
2 26 Feb 07 jari 137     }
2 26 Feb 07 jari 138     
2 26 Feb 07 jari 139     public String getGOID() {
2 26 Feb 07 jari 140         return goID;
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     public double getPValue() {
2 26 Feb 07 jari 144         return pValue;
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147     public String getCategory() {
2 26 Feb 07 jari 148         return this.goCategory;
2 26 Feb 07 jari 149     }
2 26 Feb 07 jari 150     
2 26 Feb 07 jari 151     public int getListHits() {
2 26 Feb 07 jari 152         return listHits;
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155     public int getListSize() {
2 26 Feb 07 jari 156         return listSize;
2 26 Feb 07 jari 157     }
2 26 Feb 07 jari 158     
2 26 Feb 07 jari 159     public int getPopHits() {
2 26 Feb 07 jari 160         return popHits;
2 26 Feb 07 jari 161     }
2 26 Feb 07 jari 162     
2 26 Feb 07 jari 163     public int getPopSize() {
2 26 Feb 07 jari 164         return popSize;
2 26 Feb 07 jari 165     }
2 26 Feb 07 jari 166     
2 26 Feb 07 jari 167     public void setTerm(String term) {
2 26 Feb 07 jari 168         this.goTerm = term;
2 26 Feb 07 jari 169     }
2 26 Feb 07 jari 170     
2 26 Feb 07 jari 171     public void setListHits(int hits) {
2 26 Feb 07 jari 172         this.listHits = hits;
2 26 Feb 07 jari 173     }
2 26 Feb 07 jari 174  
2 26 Feb 07 jari 175     public void setListSize(int size) {
2 26 Feb 07 jari 176         this.listSize = size;
2 26 Feb 07 jari 177     }
2 26 Feb 07 jari 178     
2 26 Feb 07 jari 179     public void setPopHits(int hits) {
2 26 Feb 07 jari 180         this.popHits = hits;
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     public void setPopSize(int size) {
2 26 Feb 07 jari 184         this.popSize = size;
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     public void setLowerThr(double lower) {
2 26 Feb 07 jari 188        lowerThr = lower;
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191     public void setUpperThr(double upper) {
2 26 Feb 07 jari 192         upperThr = upper;
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195     public double getLowerThr() {
2 26 Feb 07 jari 196         return lowerThr;
2 26 Feb 07 jari 197     }
2 26 Feb 07 jari 198     
2 26 Feb 07 jari 199     public double getUpperThr() {
2 26 Feb 07 jari 200         return upperThr;
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     public int getClusterIndex() {
2 26 Feb 07 jari 204         return clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 205     }
2 26 Feb 07 jari 206
2 26 Feb 07 jari 207     public void addChild(GONode node) {
2 26 Feb 07 jari 208         super.addChild(node);
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     public void addParent(GONode node) {
2 26 Feb 07 jari 212         super.addParent(node);
2 26 Feb 07 jari 213     }
2 26 Feb 07 jari 214
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     //Rendering methods
2 26 Feb 07 jari 217     
2 26 Feb 07 jari 218     /**
2 26 Feb 07 jari 219      * Sets the rendering hint
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     public void setRenderingHint(int hint) {
2 26 Feb 07 jari 222         renderingHint = hint;
2 26 Feb 07 jari 223         setDimensions();
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225     
2 26 Feb 07 jari 226     /**
2 26 Feb 07 jari 227      * Renderer menthod to display a GONode
2 26 Feb 07 jari 228      */
2 26 Feb 07 jari 229     public void renderNode(Graphics2D g2, int x, int y, int modifier) {
2 26 Feb 07 jari 230         Color origColor = g2.getColor();
2 26 Feb 07 jari 231         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 232         Composite composite = g2.getComposite();
2 26 Feb 07 jari 233         
2 26 Feb 07 jari 234         if(modifier == ITreeNodeRenderer.NON_PATH_NODE) {
2 26 Feb 07 jari 235             AlphaComposite alphaComp = AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, 0.3f);
2 26 Feb 07 jari 236             g2.setComposite(alphaComp);
2 26 Feb 07 jari 237         }
2 26 Feb 07 jari 238         
2 26 Feb 07 jari 239         int yOffset = 0;
2 26 Feb 07 jari 240             this.x = x;
2 26 Feb 07 jari 241             this.y = y;
2 26 Feb 07 jari 242             
2 26 Feb 07 jari 243         if(verboseRendering) {
2 26 Feb 07 jari 244             this.x = x;
2 26 Feb 07 jari 245             this.y = y;
2 26 Feb 07 jari 246             
2 26 Feb 07 jari 247             //draw 2 pixel border
2 26 Feb 07 jari 248             g2.drawRect(x,y,w,h);
2 26 Feb 07 jari 249             yOffset += 1;
2 26 Feb 07 jari 250             g2.drawRect(x+1, y+yOffset, w-2, h-2);
2 26 Feb 07 jari 251
2 26 Feb 07 jari 252             //render go id area according to pValue
2 26 Feb 07 jari 253             if(pValue > upperThr)
2 26 Feb 07 jari 254                 g2.setColor(Color.green);
2 26 Feb 07 jari 255             else if(pValue <= upperThr && pValue > lowerThr)
2 26 Feb 07 jari 256                 g2.setColor(Color.orange);
2 26 Feb 07 jari 257             else
2 26 Feb 07 jari 258                 g2.setColor(Color.red); 
2 26 Feb 07 jari 259             
2 26 Feb 07 jari 260             yOffset += 1;
2 26 Feb 07 jari 261             g2.fillRect(x+2, y+yOffset, w-3, GO_ID_HEIGHT);
2 26 Feb 07 jari 262             yOffset += GO_ID_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 263             
2 26 Feb 07 jari 264             //reset color
2 26 Feb 07 jari 265             g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 266             
2 26 Feb 07 jari 267             //render go id text
2 26 Feb 07 jari 268             TextLayout layout = new TextLayout(goID, g2.getFont(), g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 269             layout.draw(g2, x + (w - layout.getAdvance())/2, y + layout.getAscent() + (this.GO_ID_HEIGHT - layout.getAscent())/2);
2 26 Feb 07 jari 270             
2 26 Feb 07 jari 271             //render go id divider
2 26 Feb 07 jari 272             g2.drawLine(x, y + yOffset, x+w, y + yOffset);
2 26 Feb 07 jari 273             
2 26 Feb 07 jari 274             //render go term text
2 26 Feb 07 jari 275             int yLoc = y + yOffset +2;
2 26 Feb 07 jari 276             int marginLoc = x + 6;
2 26 Feb 07 jari 277             renderGoTermText(g2, marginLoc, yLoc);
2 26 Feb 07 jari 278             
2 26 Feb 07 jari 279             //render go term divider
2 26 Feb 07 jari 280             g2.drawLine(x, y + GO_TERM_HEIGHT + yOffset, x+w, y + GO_TERM_HEIGHT + yOffset);
2 26 Feb 07 jari 281             yOffset += GO_TERM_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 282             
2 26 Feb 07 jari 283             //render p-value
2 26 Feb 07 jari 284             //renderPVaue(g2, yOffset);
2 26 Feb 07 jari 285             DecimalFormat format;
2 26 Feb 07 jari 286             
2 26 Feb 07 jari 287             String pStr;
2 26 Feb 07 jari 288             if (pValue < 0.0001){    
2 26 Feb 07 jari 289                 format = new DecimalFormat("0.#####E00");
2 26 Feb 07 jari 290                 pStr = format.format(pValue);
2 26 Feb 07 jari 291             } else {
2 26 Feb 07 jari 292                 format = new DecimalFormat("0.#####");
2 26 Feb 07 jari 293                 pStr = format.format(pValue);
2 26 Feb 07 jari 294             }
2 26 Feb 07 jari 295                 
2 26 Feb 07 jari 296             layout = new TextLayout("p = "+pStr, g2.getFont(), g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 297             layout.draw(g2, x + (w - layout.getAdvance())/2, y + yOffset + layout.getAscent() + (this.GO_STAT_HEIGHT - layout.getAscent())/2);
2 26 Feb 07 jari 298                    
2 26 Feb 07 jari 299             g2.drawLine(x, y + GO_STAT_HEIGHT + yOffset, x+w, y + GO_STAT_HEIGHT + yOffset);
2 26 Feb 07 jari 300             yOffset += GO_STAT_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 301             
2 26 Feb 07 jari 302             layout = new TextLayout("("+String.valueOf(listHits)+")   ("+String.valueOf(popHits)+")", g2.getFont(), g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 303             layout.draw(g2, x + (w - layout.getAdvance())/2, y + yOffset + layout.getAscent() + (this.GO_POP_HEIGHT - layout.getAscent())/2 - 2);
2 26 Feb 07 jari 304      
2 26 Feb 07 jari 305             if(modifier == ITreeNodeRenderer.SELECTED_NODE) {
2 26 Feb 07 jari 306                 g2.setColor(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 307                 g2.drawRect(x-3, y-3, w+6, h+6);
2 26 Feb 07 jari 308                 g2.drawRect(x-2, y-2, w+4, h+4);
2 26 Feb 07 jari 309                 g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 310             } else if(modifier == ITreeNodeRenderer.PATH_NODE) {
2 26 Feb 07 jari 311                 g2.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 312                 g2.drawRect(x-3, y-3, w+6, h+6);
2 26 Feb 07 jari 313                 g2.drawRect(x-2, y-2, w+4, h+4);                
2 26 Feb 07 jari 314                 g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 315             }
2 26 Feb 07 jari 316             
2 26 Feb 07 jari 317         } else {
2 26 Feb 07 jari 318                     
2 26 Feb 07 jari 319             //render go id area according to pValue
2 26 Feb 07 jari 320             if(pValue > upperThr)
2 26 Feb 07 jari 321                 g2.setColor(Color.green);
2 26 Feb 07 jari 322             else if(pValue <= upperThr && pValue > lowerThr)
2 26 Feb 07 jari 323                 g2.setColor(Color.orange);
2 26 Feb 07 jari 324             else
2 26 Feb 07 jari 325                 g2.setColor(Color.red); 
2 26 Feb 07 jari 326
2 26 Feb 07 jari 327             g2.fillOval(x,y,w,h);
2 26 Feb 07 jari 328             g2.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 329             g2.drawOval(x,y,w,h);
2 26 Feb 07 jari 330             g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 331             
2 26 Feb 07 jari 332             if(modifier == ITreeNodeRenderer.SELECTED_NODE) {
2 26 Feb 07 jari 333                 g2.setColor(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 334                 g2.drawOval(x-3, y-3, w+6, h+6);
2 26 Feb 07 jari 335                 g2.drawOval(x-2, y-2, w+4, h+4);   
2 26 Feb 07 jari 336                 g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 337             } else if(modifier == ITreeNodeRenderer.PATH_NODE) {
2 26 Feb 07 jari 338                 g2.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 339                 g2.drawOval(x-3, y-3, w+6, h+6);
2 26 Feb 07 jari 340                 g2.drawOval(x-2, y-2, w+4, h+4);                
2 26 Feb 07 jari 341                 g2.setColor(origColor);
2 26 Feb 07 jari 342             }
2 26 Feb 07 jari 343         }
2 26 Feb 07 jari 344         g2.setComposite(composite);        
2 26 Feb 07 jari 345     }
2 26 Feb 07 jari 346     
2 26 Feb 07 jari 347     private void renderPVaue(Graphics2D g2, int yOffset) {
2 26 Feb 07 jari 348         DecimalFormat format = new DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 349         format.setMaximumFractionDigits(5);
2 26 Feb 07 jari 350         format.setMaximumIntegerDigits(1);
2 26 Feb 07 jari 351         format.setMinimumIntegerDigits(1);
2 26 Feb 07 jari 352         format.setMinimumFractionDigits(4);
2 26 Feb 07 jari 353         String pStr = format.format(pValue);
2 26 Feb 07 jari 354         TextLayout layout = new TextLayout("p = "+pStr, g2.getFont(), g2.getFontRenderContext());
2 26 Feb 07 jari 355         layout.draw(g2, x + (w - layout.getAdvance())/2, y + yOffset + layout.getAscent() + (this.GO_STAT_HEIGHT - layout.getAscent())/2);
2 26 Feb 07 jari 356     }
2 26 Feb 07 jari 357     
2 26 Feb 07 jari 358     private void renderGoTermText(Graphics2D g2, int marginLoc, int yLoc) {
2 26 Feb 07 jari 359         TextLayout layout;
2 26 Feb 07 jari 360
2 26 Feb 07 jari 361         AttributedString goTermAttStr = new AttributedString(goTerm);
2 26 Feb 07 jari 362         goTermAttStr.addAttribute(TextAttribute.JUSTIFICATION, TextAttribute.JUSTIFICATION_NONE);
2 26 Feb 07 jari 363         goTermAttStr.addAttribute(TextAttribute.FONT, new Font("Arial", Font.PLAIN, 12));
2 26 Feb 07 jari 364   
2 26 Feb 07 jari 365         int width = g2.getFontMetrics().stringWidth(goTerm);
2 26 Feb 07 jari 366         if(width > 4 * w)
2 26 Feb 07 jari 367             goTermAttStr.addAttribute(TextAttribute.FONT, new Font("Arial", Font.PLAIN, 11));
2 26 Feb 07 jari 368         
2 26 Feb 07 jari 369         AttributedCharacterIterator iter = goTermAttStr.getIterator();
2 26 Feb 07 jari 370         FontRenderContext frc = new FontRenderContext(null, true, true);
2 26 Feb 07 jari 371         LineBreakMeasurer lbm = new LineBreakMeasurer(iter, frc);
2 26 Feb 07 jari 372         
2 26 Feb 07 jari 373         Vector layouts = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 374         Vector penPos = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 375         Point2D.Float penPoint;
2 26 Feb 07 jari 376         while(lbm.getPosition() < iter.getEndIndex()) {
2 26 Feb 07 jari 377             layout = lbm.nextLayout(w - 2*5);
2 26 Feb 07 jari 378             yLoc += layout.getAscent();
2 26 Feb 07 jari 379             
2 26 Feb 07 jari 380             penPoint = new Point2D.Float(marginLoc, yLoc);
2 26 Feb 07 jari 381             
2 26 Feb 07 jari 382             if(layouts.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 383                 TextLayout prevLine = (TextLayout)layouts.elementAt(layouts.size()-1);
2 26 Feb 07 jari 384                 prevLine = prevLine.getJustifiedLayout((w-2*5));
2 26 Feb 07 jari 385                 layouts.setElementAt(prevLine, layouts.size()-1);
2 26 Feb 07 jari 386             }
2 26 Feb 07 jari 387             
2 26 Feb 07 jari 388             penPos.addElement(penPoint);
2 26 Feb 07 jari 389             layouts.addElement(layout);
2 26 Feb 07 jari 390             yLoc += layout.getDescent() + layout.getLeading();
2 26 Feb 07 jari 391         }
2 26 Feb 07 jari 392         
2 26 Feb 07 jari 393         //have layouts and pen positions
2 26 Feb 07 jari 394         for(int i = 0; i < layouts.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 395             layout = (TextLayout)(layouts.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 396             penPoint = (Point2D.Float)(penPos.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 397             layout.draw(g2, penPoint.x, penPoint.y);
2 26 Feb 07 jari 398         }
2 26 Feb 07 jari 399     }
2 26 Feb 07 jari 400     
2 26 Feb 07 jari 401     private void setDimensions() {
2 26 Feb 07 jari 402         if(renderingHint == ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE) {
2 26 Feb 07 jari 403             w = VERBOSE_WIDTH;
2 26 Feb 07 jari 404             h = VERBOSE_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 405             verboseRendering = true;
2 26 Feb 07 jari 406         } else {
2 26 Feb 07 jari 407             w = NON_VERBOSE_WIDTH;
2 26 Feb 07 jari 408             h = NON_VERBOSE_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 409             verboseRendering = false;
2 26 Feb 07 jari 410         }
2 26 Feb 07 jari 411     }
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413
2 26 Feb 07 jari 414   /**
2 26 Feb 07 jari 415    * @return Returns the goCategory.
2 26 Feb 07 jari 416    */
2 26 Feb 07 jari 417   public String getGoCategory() {
2 26 Feb 07 jari 418     return goCategory;
2 26 Feb 07 jari 419   }
2 26 Feb 07 jari 420   /**
2 26 Feb 07 jari 421    * @param goCategory The goCategory to set.
2 26 Feb 07 jari 422    */
2 26 Feb 07 jari 423   public void setGoCategory(String goCategory) {
2 26 Feb 07 jari 424     this.goCategory = goCategory;
2 26 Feb 07 jari 425   }
2 26 Feb 07 jari 426   /**
2 26 Feb 07 jari 427    * @return Returns the goID.
2 26 Feb 07 jari 428    */
2 26 Feb 07 jari 429   public String getGoID() {
2 26 Feb 07 jari 430     return goID;
2 26 Feb 07 jari 431   }
2 26 Feb 07 jari 432   /**
2 26 Feb 07 jari 433    * @param goID The goID to set.
2 26 Feb 07 jari 434    */
2 26 Feb 07 jari 435   public void setGoID(String goID) {
2 26 Feb 07 jari 436     this.goID = goID;
2 26 Feb 07 jari 437   }
2 26 Feb 07 jari 438   /**
2 26 Feb 07 jari 439    * @return Returns the goTerm.
2 26 Feb 07 jari 440    */
2 26 Feb 07 jari 441   public String getGoTerm() {
2 26 Feb 07 jari 442     return goTerm;
2 26 Feb 07 jari 443   }
2 26 Feb 07 jari 444   /**
2 26 Feb 07 jari 445    * @param goTerm The goTerm to set.
2 26 Feb 07 jari 446    */
2 26 Feb 07 jari 447   public void setGoTerm(String goTerm) {
2 26 Feb 07 jari 448     this.goTerm = goTerm;
2 26 Feb 07 jari 449   }
2 26 Feb 07 jari 450   /**
2 26 Feb 07 jari 451    * @param clusterIndex The clusterIndex to set.
2 26 Feb 07 jari 452    */
2 26 Feb 07 jari 453   public void setClusterIndex(int clusterIndex) {
2 26 Feb 07 jari 454     this.clusterIndex = clusterIndex;
2 26 Feb 07 jari 455   }
2 26 Feb 07 jari 456   /**
2 26 Feb 07 jari 457    * @param value The pValue to set.
2 26 Feb 07 jari 458    */
2 26 Feb 07 jari 459   public void setPValue(double value) {
2 26 Feb 07 jari 460     pValue = value;
2 26 Feb 07 jari 461   }
2 26 Feb 07 jari 462 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)