mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ease/gotree/GOTreeViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * GOTreeViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on August 11, 2004, 10:31 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ease.gotree;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.FileNotFoundException;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.io.FileReader;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.io.Serializable;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.util.Iterator;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.TMEV;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.ITreeNode;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.ITreeNodeRenderer;
2 26 Feb 07 jari 58 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ktree.Ktree;
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60 /**
2 26 Feb 07 jari 61  *
2 26 Feb 07 jari 62  * @author  braisted
2 26 Feb 07 jari 63  */
2 26 Feb 07 jari 64 public class GOTreeViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     private String category;
2 26 Feb 07 jari 67     private Ktree tree;
2 26 Feb 07 jari 68     private Vector nodes;
2 26 Feb 07 jari 69     private DefaultMutableTreeNode viewerNode;
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     private int selectionPolarity = 0;
2 26 Feb 07 jari 72     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 73     private boolean verbose = false;
2 26 Feb 07 jari 74     private GOTreeHeader header;
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     private JMenu newTreeMenu;
2 26 Feb 07 jari 77     private JMenu launchMenu;
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     private double upper = 0.05;
2 26 Feb 07 jari 82     private double lower = 0.01;
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     private String baseFileSystem;
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     private GONode[][] storedNodes;
2 26 Feb 07 jari 87     private String[] headerFields;
2 26 Feb 07 jari 88     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /** Creates a new instance of GOTreeViewer */
2 26 Feb 07 jari 91     public GOTreeViewer() {
2 26 Feb 07 jari 92         
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     public GOTreeViewer(GONode root) {
2 26 Feb 07 jari 96         super(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 97         tree = new Ktree(root);
2 26 Feb 07 jari 98         add(tree, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     public GOTreeViewer(GONode [][] data, DefaultMutableTreeNode viewerNode, String baseFileSystem) {
2 26 Feb 07 jari 103         super(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 104         this.storedNodes = data;
2 26 Feb 07 jari 105         this.baseFileSystem = baseFileSystem;
2 26 Feb 07 jari 106         tree = new Ktree(data);
2 26 Feb 07 jari 107         header = new GOTreeHeader(data[0][0], this, upper, lower);
2 26 Feb 07 jari 108         this.viewerNode = viewerNode;
2 26 Feb 07 jari 109         add(tree, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 110         nodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 111         for(int i = 0; i < data.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 112             for(int j = 0; j < data[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 113                 nodes.addElement(data[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 114             }
2 26 Feb 07 jari 115         }
2 26 Feb 07 jari 116         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 117         tree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 118         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 119         createPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 120     }
2 26 Feb 07 jari 121
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     public GOTreeViewer(String goCategory, String [] headerFields, String [][] data, DefaultMutableTreeNode viewerNode, String baseFileSystem) {
2 26 Feb 07 jari 124         super(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 125         
2 26 Feb 07 jari 126         this.viewerNode = viewerNode;
2 26 Feb 07 jari 127         this.baseFileSystem = baseFileSystem;
2 26 Feb 07 jari 128         category = goCategory;
2 26 Feb 07 jari 129         this.storedNodes = constructTree(goCategory, headerFields, data);
2 26 Feb 07 jari 130         this.headerFields = headerFields;
2 26 Feb 07 jari 131         tree = new Ktree(storedNodes);
2 26 Feb 07 jari 132         header = new GOTreeHeader(storedNodes[0][0], this, upper, lower);
2 26 Feb 07 jari 133         add(tree, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,1.0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 134         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 135         tree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 136         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 137         createPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 138         setVerboseNodeStyle(false);
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     /**
2 26 Feb 07 jari 141      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 142      */
2 26 Feb 07 jari 143     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 144       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 145           new Object[]{storedNodes, baseFileSystem,
2 26 Feb 07 jari 146           category, headerFields, new Integer(selectionPolarity), 
2 26 Feb 07 jari 147         new Boolean(verbose), new Double(upper), new Double(lower)});
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     /**
2 26 Feb 07 jari 150      * Re-creates a GOTreeViewer from stored data in an XMLEncoded file.  
2 26 Feb 07 jari 151      * 
2 26 Feb 07 jari 152      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 153      * @param storedNodes
2 26 Feb 07 jari 154      * @param baseFileSystem
2 26 Feb 07 jari 155      * @param category
2 26 Feb 07 jari 156      * @param headerFields
2 26 Feb 07 jari 157      * @param selectionPolarity
2 26 Feb 07 jari 158      * @param verbose
2 26 Feb 07 jari 159      * @param upper
2 26 Feb 07 jari 160      * @param lower
2 26 Feb 07 jari 161      */
2 26 Feb 07 jari 162     public GOTreeViewer(GONode[][] storedNodes, String baseFileSystem, 
2 26 Feb 07 jari 163         String category, String [] headerFields, Integer selectionPolarity, 
2 26 Feb 07 jari 164       Boolean verbose, Double upper, Double lower){
2 26 Feb 07 jari 165       this.storedNodes = storedNodes;
2 26 Feb 07 jari 166       this.headerFields = headerFields;
2 26 Feb 07 jari 167       this.baseFileSystem = baseFileSystem;
2 26 Feb 07 jari 168       this.category = category;
2 26 Feb 07 jari 169       
2 26 Feb 07 jari 170         this.tree = new Ktree(this.storedNodes);
2 26 Feb 07 jari 171       this.selectionPolarity = selectionPolarity.intValue();
2 26 Feb 07 jari 172       this.verbose = verbose.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 173       this.upper = upper.doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 174       this.lower = lower.doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 175       this.header = new GOTreeHeader(this.storedNodes[0][0], this, this.upper, this.lower);
2 26 Feb 07 jari 176         
2 26 Feb 07 jari 177       this.nodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 178         for(int i = 0; i < storedNodes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 179             for(int j = 0; j < storedNodes[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 180                 nodes.addElement(storedNodes[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 181             }
2 26 Feb 07 jari 182         }
2 26 Feb 07 jari 183       
2 26 Feb 07 jari 184         this.setVerboseNodeStyle(this.verbose);
2 26 Feb 07 jari 185       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 186       tree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 187       this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 188       createPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190
2 26 Feb 07 jari 191     
2 26 Feb 07 jari 192     private GONode [][] constructTree(String goCategory, String [] header, String [][] data) {
2 26 Feb 07 jari 193         Hashtable termHash = new Hashtable(data.length);
2 26 Feb 07 jari 194         int goAccIndex= 0, termIndex = 0, listHitIndex = 0, popHitIndex = 0, statIndex = 0, catIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 195         String [] keys = { "Acc.", "Term", "List Hits", "Pop. Hits", "File"};
2 26 Feb 07 jari 196         boolean haveAcc = false;
2 26 Feb 07 jari 197         GONode currNode;
2 26 Feb 07 jari 198         //find the indices for the key fields
2 26 Feb 07 jari 199         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 200         for(int i = 0; i < keys.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 201             for(int j = 0; j < header.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 202                 if(header[j].equals(keys[i])) {
2 26 Feb 07 jari 203                     index = j;
2 26 Feb 07 jari 204                 }
2 26 Feb 07 jari 205             }
2 26 Feb 07 jari 206             if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 207                 goAccIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 208             else if(i == 1)
2 26 Feb 07 jari 209                 termIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 210             else if(i == 2)
2 26 Feb 07 jari 211                 listHitIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 212             else if(i == 3)
2 26 Feb 07 jari 213                 popHitIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 214             else
2 26 Feb 07 jari 215                 catIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 216         }
2 26 Feb 07 jari 217         
2 26 Feb 07 jari 218         if(goAccIndex < 4) {
2 26 Feb 07 jari 219             haveAcc = true;
2 26 Feb 07 jari 220             statIndex = 8;
2 26 Feb 07 jari 221         } else {
2 26 Feb 07 jari 222             statIndex = 7;
2 26 Feb 07 jari 223         }
2 26 Feb 07 jari 224         
2 26 Feb 07 jari 225         //accumulate primary nodes.
2 26 Feb 07 jari 226         nodes = new Vector(data.length);
2 26 Feb 07 jari 227         for(int i = 0; i < data.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 228             if(data[i][catIndex].indexOf(category) != -1) {   //row of interest
2 26 Feb 07 jari 229                 GONode node = new GONode(data[i][goAccIndex], data[i][termIndex], category, Double.parseDouble(data[i][statIndex]), Integer.parseInt(data[i][listHitIndex]),
2 26 Feb 07 jari 230                 Integer.parseInt(data[i][listHitIndex+1]), Integer.parseInt(data[i][popHitIndex]), Integer.parseInt(data[i][popHitIndex+1]), i);
2 26 Feb 07 jari 231                 node.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 232                 node.setLowerThr(0.01d);
2 26 Feb 07 jari 233                 node.setUpperThr(0.05d);
2 26 Feb 07 jari 234                 nodes.addElement(node);
2 26 Feb 07 jari 235             }
2 26 Feb 07 jari 236         }
2 26 Feb 07 jari 237         
2 26 Feb 07 jari 238         makeAssociations(nodes);
2 26 Feb 07 jari 239         
2 26 Feb 07 jari 240         //nodes know associations and depth in tree
2 26 Feb 07 jari 241         //now construct the 2D GONode array structure
2 26 Feb 07 jari 242         
2 26 Feb 07 jari 243         //make a root, will need to set parameters later.
2 26 Feb 07 jari 244         GONode myRoot = new GONode("GO:00000001", category, category, 1.0, 100,100,100,100,-1);
2 26 Feb 07 jari 245         myRoot.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 246         
2 26 Feb 07 jari 247         //?? if a node does not have a parent, should it connect to the main root ??
2 26 Feb 07 jari 248         
2 26 Feb 07 jari 249         //maybe look for nodes without parents and attach them to the root
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 252             currNode = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 253             if(!currNode.hasParents()) {
2 26 Feb 07 jari 254                 currNode.addParent(myRoot);
2 26 Feb 07 jari 255                 myRoot.addChild(currNode);
2 26 Feb 07 jari 256             }
2 26 Feb 07 jari 257         }
2 26 Feb 07 jari 258         
2 26 Feb 07 jari 259         //OK, everyonne is connected, hopefully, now set the levels
2 26 Feb 07 jari 260         nodes.addElement(myRoot);
2 26 Feb 07 jari 261         setLevelIndex(nodes);
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263         
2 26 Feb 07 jari 264         
2 26 Feb 07 jari 265         //get maximum depth
2 26 Feb 07 jari 266         
2 26 Feb 07 jari 267         int maxDepth = 0;
2 26 Feb 07 jari 268         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 269             currNode = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 270             maxDepth = Math.max(maxDepth, currNode.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 271         }
2 26 Feb 07 jari 272       
2 26 Feb 07 jari 273         //max depth gives the height of the tree
2 26 Feb 07 jari 274         GONode [][] nodeData = new GONode[maxDepth+1][];
2 26 Feb 07 jari 275         
2 26 Feb 07 jari 276         for(int i = 0; i < nodeData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 277             nodeData[i] = getLevelNodes(nodes, i);
2 26 Feb 07 jari 278         }
2 26 Feb 07 jari 279
2 26 Feb 07 jari 280         //set real stats for the root
2 26 Feb 07 jari 281         
2 26 Feb 07 jari 282         //Set parmeters for the root
2 26 Feb 07 jari 283         ITreeNode [] children = myRoot.getChildren();
2 26 Feb 07 jari 284         
2 26 Feb 07 jari 285         if(children.length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 286             myRoot.setListSize(((GONode)children[0]).getListSize());
2 26 Feb 07 jari 287             myRoot.setListHits(((GONode)children[0]).getListSize());  //root has size number of hits
2 26 Feb 07 jari 288             
2 26 Feb 07 jari 289             myRoot.setPopSize(((GONode)children[0]).getPopSize());
2 26 Feb 07 jari 290             myRoot.setPopHits(((GONode)children[0]).getPopSize());  //root has size number of hits
2 26 Feb 07 jari 291         }
2 26 Feb 07 jari 292         
2 26 Feb 07 jari 293         
2 26 Feb 07 jari 294         return nodeData;
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296     
2 26 Feb 07 jari 297     private GONode [] getLevelNodes(Vector nodes, int level) {
2 26 Feb 07 jari 298         Vector levelNodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 299         GONode node;
2 26 Feb 07 jari 300         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 301             node = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 302             if(node.getLevel() == level)
2 26 Feb 07 jari 303                 levelNodes.addElement(node);
2 26 Feb 07 jari 304         }
2 26 Feb 07 jari 305         
2 26 Feb 07 jari 306         GONode [] n = new GONode[levelNodes.size()];
2 26 Feb 07 jari 307         
2 26 Feb 07 jari 308         for(int i = 0; i < n.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 309             n[i] = (GONode)(levelNodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 310         }
2 26 Feb 07 jari 311         return n;
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313     
2 26 Feb 07 jari 314     private boolean makeAssociations(Vector nodes) {
2 26 Feb 07 jari 315         //Get hash table of association vectors
2 26 Feb 07 jari 316         //key will be a term string, associations (parents) will be
2 26 Feb 07 jari 317         // terms in the value Vector key;
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         Hashtable impliesTable = null;
2 26 Feb 07 jari 320         try {
2 26 Feb 07 jari 321             impliesTable= getAllAssociations();
2 26 Feb 07 jari 322         } catch (FileNotFoundException fnfe) {
2 26 Feb 07 jari 323             System.out.println("fnfe");
2 26 Feb 07 jari 324             fnfe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 325             return false;
2 26 Feb 07 jari 326         } catch (IOException ioe) {
2 26 Feb 07 jari 327             System.out.println("ioe");
2 26 Feb 07 jari 328             ioe.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 329             return false;
2 26 Feb 07 jari 330         }
2 26 Feb 07 jari 331         
2 26 Feb 07 jari 332         if(impliesTable == null || impliesTable.size() == 0)
2 26 Feb 07 jari 333             return false;
2 26 Feb 07 jari 334         
2 26 Feb 07 jari 335         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 336             makeAssociations(impliesTable, nodes, (GONode)(nodes.elementAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 337         }
2 26 Feb 07 jari 338         return true;
2 26 Feb 07 jari 339     }
2 26 Feb 07 jari 340     
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     private void makeAssociations(Hashtable impTable, Vector nodes, GONode baseNode) {
2 26 Feb 07 jari 343         String term = baseNode.getTerm();
2 26 Feb 07 jari 344         Vector termVector;
2 26 Feb 07 jari 345         if(!impTable.containsKey(term))
2 26 Feb 07 jari 346             return;
2 26 Feb 07 jari 347         else {
2 26 Feb 07 jari 348             termVector = (Vector)impTable.get(term);
2 26 Feb 07 jari 349             
2 26 Feb 07 jari 350             if(termVector == null)
2 26 Feb 07 jari 351                 return;
2 26 Feb 07 jari 352             
2 26 Feb 07 jari 353             GONode currParent, parentNode;
2 26 Feb 07 jari 354             
2 26 Feb 07 jari 355             for(int i = 0; i < termVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 356                 parentNode = this.getNode(nodes, (String)(termVector.elementAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 357                 if(parentNode != null) {
2 26 Feb 07 jari 358                     //make the associations, note that !ifContains will apply on these adds
2 26 Feb 07 jari 359                     baseNode.addParent(parentNode);
2 26 Feb 07 jari 360                     parentNode.addChild(baseNode);
2 26 Feb 07 jari 361                     //recurse
2 26 Feb 07 jari 362                     makeAssociations(impTable, nodes, parentNode);
2 26 Feb 07 jari 363                 }
2 26 Feb 07 jari 364             }
2 26 Feb 07 jari 365         }
2 26 Feb 07 jari 366     }
2 26 Feb 07 jari 367     
2 26 Feb 07 jari 368     public int getViewerWidth() {
2 26 Feb 07 jari 369         return tree.getTreePixelWidth();
2 26 Feb 07 jari 370     }
2 26 Feb 07 jari 371     
2 26 Feb 07 jari 372     private void setLevelIndex(Vector nodes) {
2 26 Feb 07 jari 373         GONode currNode;
2 26 Feb 07 jari 374         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 375             currNode = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 376             currNode.setLevel(currNode.getMaxPathLengthToRoot()-1);
2 26 Feb 07 jari 377         }
2 26 Feb 07 jari 378     }
2 26 Feb 07 jari 379     
2 26 Feb 07 jari 380     private Hashtable getAllAssociations() throws FileNotFoundException, IOException {
2 26 Feb 07 jari 381         //create hash table for implies using (implies_associator)
2 26 Feb 07 jari 382         //This will then be used to add implied categories
2 26 Feb 07 jari 383         int idx;
2 26 Feb 07 jari 384         String impliesFile, line;
2 26 Feb 07 jari 385         Hashtable implied_associations = new Hashtable(10000);
2 26 Feb 07 jari 386         
2 26 Feb 07 jari 387         File impliesFolder = TMEV.getFile(baseFileSystem+"/Data/Class/Implies/");
2 26 Feb 07 jari 388         String folderPath = impliesFolder.getPath();
2 26 Feb 07 jari 389         impliesFile = folderPath+"/"+category+".txt";
2 26 Feb 07 jari 390         
2 26 Feb 07 jari 391         File file = new File(impliesFile);
2 26 Feb 07 jari 392         if(!file.exists() || !file.isFile())  //if implies file is missing move on
2 26 Feb 07 jari 393             return null;
2 26 Feb 07 jari 394         
2 26 Feb 07 jari 395         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(impliesFile));
2 26 Feb 07 jari 396         
2 26 Feb 07 jari 397         while((line = in.readLine()) != null){
2 26 Feb 07 jari 398             idx = line.indexOf('\t');
2 26 Feb 07 jari 399             
2 26 Feb 07 jari 400             if(idx >= line.length() || idx < 1)  //must include a tab
2 26 Feb 07 jari 401                 continue;
2 26 Feb 07 jari 402             
2 26 Feb 07 jari 403             if(!implied_associations.containsKey(line.substring(0,idx).trim())) {
2 26 Feb 07 jari 404                 implied_associations.put(line.substring(0,idx).trim(), new Vector());
2 26 Feb 07 jari 405                 ((Vector)(implied_associations.get(line.substring(0,idx).trim()))).addElement(line.substring(idx, line.length()).trim());
2 26 Feb 07 jari 406             } else {
2 26 Feb 07 jari 407                 ((Vector)(implied_associations.get(line.substring(0,idx).trim()))).addElement(line.substring(idx, line.length()).trim());
2 26 Feb 07 jari 408             }
2 26 Feb 07 jari 409         }
2 26 Feb 07 jari 410         return implied_associations;
2 26 Feb 07 jari 411     }
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413     
2 26 Feb 07 jari 414     
2 26 Feb 07 jari 415     private GONode getNode(Vector nodes, String key) {
2 26 Feb 07 jari 416         Iterator iter = nodes.iterator();
2 26 Feb 07 jari 417         GONode currNode;
2 26 Feb 07 jari 418         GONode foundNode = null;
2 26 Feb 07 jari 419         boolean found = false;
2 26 Feb 07 jari 420         
2 26 Feb 07 jari 421         while(!found && iter.hasNext()) {
2 26 Feb 07 jari 422             currNode = (GONode)(iter.next());
2 26 Feb 07 jari 423             if(key.equals(currNode.getTerm())) {
2 26 Feb 07 jari 424                 foundNode = currNode;
2 26 Feb 07 jari 425                 found = true;
2 26 Feb 07 jari 426             }
2 26 Feb 07 jari 427         }
2 26 Feb 07 jari 428         return foundNode;
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430     
2 26 Feb 07 jari 431     
2 26 Feb 07 jari 432     
2 26 Feb 07 jari 433   /*  
2 26 Feb 07 jari 434     public static void main(String [] args) {
2 26 Feb 07 jari 435         
2 26 Feb 07 jari 436         //        GONode node = new GONode("GO:0001234", "mitotic spindle formation, biological process", "biological process", 0.000012, 10, 12, 14, 5067);
2 26 Feb 07 jari 437         //          GONode node = new GONode("GO:0001234", "transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway", "biological process", 0.000012, 10, 12, 14, 5067);
2 26 Feb 07 jari 438         GONode node = new GONode("GO:0001234", "G-protein signaling, coupled to IP3 second messenger (phospholipase C activating)", "biological process", 0.00124, 23, 33, 63, 25067,-1);
2 26 Feb 07 jari 439         GONode node1 = new GONode("GO:0001234", "transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway", "biological process", 0.000012, 10, 12, 14, 5067, -1);
2 26 Feb 07 jari 440         GONode node2 = new GONode("GO:0001234", "transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway", "biological process", 0.000012, 10, 12, 14, 5067, -1);
2 26 Feb 07 jari 441         GONode node3 = new GONode("GO:0001234", "transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway", "biological process", 0.000012, 10, 12, 14, 5067, -1);
2 26 Feb 07 jari 442         
2 26 Feb 07 jari 443         GONode [][] nodes = new GONode[2][];
2 26 Feb 07 jari 444         GONode [] lev1 = new GONode[1];
2 26 Feb 07 jari 445         GONode [] lev2 = new GONode[3];
2 26 Feb 07 jari 446         
2 26 Feb 07 jari 447         lev1[0] = node;
2 26 Feb 07 jari 448         lev2[0] = node1;
2 26 Feb 07 jari 449         lev2[1] = node2;
2 26 Feb 07 jari 450         lev2[2] = node3;
2 26 Feb 07 jari 451         
2 26 Feb 07 jari 452         nodes[0] = lev1;
2 26 Feb 07 jari 453         nodes[1] = lev2;
2 26 Feb 07 jari 454         
2 26 Feb 07 jari 455         node.addChild(node1);
2 26 Feb 07 jari 456         node.addChild(node2);
2 26 Feb 07 jari 457         node.addChild(node3);
2 26 Feb 07 jari 458         
2 26 Feb 07 jari 459         node1.addParent(node);
2 26 Feb 07 jari 460         node2.addParent(node);
2 26 Feb 07 jari 461         node3.addParent(node);
2 26 Feb 07 jari 462       /*
2 26 Feb 07 jari 463        node.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 464        node1.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 465        node2.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 466        node3.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL);
2 26 Feb 07 jari 467        
2 26 Feb 07 jari 468        */
2 26 Feb 07 jari 469     /*
2 26 Feb 07 jari 470         node.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 471         node1.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 472         node2.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 473         node3.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 474         
2 26 Feb 07 jari 475         GOTreeViewer viewer = new GOTreeViewer(nodes, new DefaultMutableTreeNode(), baseFileSystem);
2 26 Feb 07 jari 476         
2 26 Feb 07 jari 477         viewer.setVerboseNodeStyle(false);
2 26 Feb 07 jari 478         
2 26 Feb 07 jari 479         javax.swing.JFrame frame = new javax.swing.JFrame();
2 26 Feb 07 jari 480         frame.getContentPane().add(viewer);
2 26 Feb 07 jari 481         frame.setSize(200, 400);
2 26 Feb 07 jari 482         frame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 483     }
2 26 Feb 07 jari 484     */
2 26 Feb 07 jari 485     
2 26 Feb 07 jari 486     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 487      */
2 26 Feb 07 jari 488     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 489         return null;
2 26 Feb 07 jari 490     }
2 26 Feb 07 jari 491     
2 26 Feb 07 jari 492     /** Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 493      */
2 26 Feb 07 jari 494     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 495         return this.tree;
2 26 Feb 07 jari 496     }
2 26 Feb 07 jari 497     
2 26 Feb 07 jari 498     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 499      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 500      */
2 26 Feb 07 jari 501     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 502         return null;
2 26 Feb 07 jari 503     }
2 26 Feb 07 jari 504     
2 26 Feb 07 jari 505     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 506      */
2 26 Feb 07 jari 507     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 508         return null;
2 26 Feb 07 jari 509     }
2 26 Feb 07 jari 510     
2 26 Feb 07 jari 511     /** Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 512      */
2 26 Feb 07 jari 513     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 514         //  if(!this.verbose)
2 26 Feb 07 jari 515         return header;
2 26 Feb 07 jari 516         //   return null;
2 26 Feb 07 jari 517     }
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519     /** Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 520      */
2 26 Feb 07 jari 521     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 522         return null;
2 26 Feb 07 jari 523     }
2 26 Feb 07 jari 524     
2 26 Feb 07 jari 525     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 526      */
2 26 Feb 07 jari 527     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 528         return null;
2 26 Feb 07 jari 529     }
2 26 Feb 07 jari 530     
2 26 Feb 07 jari 531     /** Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 532      */
2 26 Feb 07 jari 533     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 534     }
2 26 Feb 07 jari 535     
2 26 Feb 07 jari 536     /** Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 537      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 538      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 539      */
2 26 Feb 07 jari 540     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 541     }
2 26 Feb 07 jari 542     
2 26 Feb 07 jari 543     /** Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 544      */
2 26 Feb 07 jari 545     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 546     }
2 26 Feb 07 jari 547     
2 26 Feb 07 jari 548     /** Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 549      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 550      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 551      */
2 26 Feb 07 jari 552     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 553     }
2 26 Feb 07 jari 554     
2 26 Feb 07 jari 555     /** Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 556      */
2 26 Feb 07 jari 557     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 558         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 559         header.update();
2 26 Feb 07 jari 560        
2 26 Feb 07 jari 561         if(this.viewerNode == null)
2 26 Feb 07 jari 562             this.viewerNode = (DefaultMutableTreeNode)(framework.getCurrentNode().getParent());
2 26 Feb 07 jari 563     }
2 26 Feb 07 jari 564     
2 26 Feb 07 jari 565     private void setStraightConnectorStyle(boolean isStraight) {
2 26 Feb 07 jari 566         tree.setStraightConnectorStyle(isStraight);
2 26 Feb 07 jari 567         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 568     }
2 26 Feb 07 jari 569     
2 26 Feb 07 jari 570     private void setVerboseNodeStyle(boolean isVerbose) {
2 26 Feb 07 jari 571         int rendering;
2 26 Feb 07 jari 572         if(isVerbose) {
2 26 Feb 07 jari 573             rendering = ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE;
2 26 Feb 07 jari 574             tree.setInterNodeHeight(60);
2 26 Feb 07 jari 575             tree.setInterNodeWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 576         } else {
2 26 Feb 07 jari 577             rendering = ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_MINIMAL;
2 26 Feb 07 jari 578             tree.setInterNodeHeight(40);
2 26 Feb 07 jari 579             tree.setInterNodeWidth(15);
2 26 Feb 07 jari 580         }
2 26 Feb 07 jari 581         
2 26 Feb 07 jari 582         verbose = isVerbose;
2 26 Feb 07 jari 583         
2 26 Feb 07 jari 584         for(int i =0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 585             ((GONode)(nodes.elementAt(i))).setRenderingHint(rendering);
2 26 Feb 07 jari 586         }
2 26 Feb 07 jari 587         
2 26 Feb 07 jari 588         tree.updateSize();  //update tree size
2 26 Feb 07 jari 589         header.update();    //THEN update header size
2 26 Feb 07 jari 590         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 591     }
2 26 Feb 07 jari 592     
2 26 Feb 07 jari 593     
2 26 Feb 07 jari 594     private void setThresholds() {
2 26 Feb 07 jari 595         EaseThresholdDialog dialog = new EaseThresholdDialog((JFrame)framework.getFrame(), this.lower, this.upper);
2 26 Feb 07 jari 596         if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 597             
2 26 Feb 07 jari 598             setThresholds(dialog.getUpperThreshold(), dialog.getLowerThreshold());
2 26 Feb 07 jari 599             
2 26 Feb 07 jari 600             tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 601             header.repaint();
2 26 Feb 07 jari 602         }
2 26 Feb 07 jari 603     }
2 26 Feb 07 jari 604     
2 26 Feb 07 jari 605     
2 26 Feb 07 jari 606     public void setThresholds(double upper, double lower) {
2 26 Feb 07 jari 607         this.lower = lower;
2 26 Feb 07 jari 608         this.upper = upper;
2 26 Feb 07 jari 609         
2 26 Feb 07 jari 610         GONode currNode;
2 26 Feb 07 jari 611         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 612             currNode = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 613             currNode.setLowerThr(lower);
2 26 Feb 07 jari 614             currNode.setUpperThr(upper);
2 26 Feb 07 jari 615         }
2 26 Feb 07 jari 616         header.setThresholds(upper, lower);
2 26 Feb 07 jari 617     }
2 26 Feb 07 jari 618     
2 26 Feb 07 jari 619     
2 26 Feb 07 jari 620     private void setSelected(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 621         if(tree.checkSelection(x, y, selectionPolarity)) {
2 26 Feb 07 jari 622             newTreeMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 623             launchMenu.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 624             header.updateInfo(new GONode((GONode)tree.getSelectedNode()));
2 26 Feb 07 jari 625         } else {
2 26 Feb 07 jari 626             header.updateInfo((new GONode((GONode)this.tree.getRoot())));
2 26 Feb 07 jari 627             newTreeMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 628             launchMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 629         }
2 26 Feb 07 jari 630         tree.repaint();
2 26 Feb 07 jari 631     }
2 26 Feb 07 jari 632     
2 26 Feb 07 jari 633     private void launchNewGOTreeViewer() {
2 26 Feb 07 jari 634         Vector selectedNodes = tree.getSelectedPathNodes();
2 26 Feb 07 jari 635         if(selectedNodes.isEmpty())
2 26 Feb 07 jari 636             return;
2 26 Feb 07 jari 637         
2 26 Feb 07 jari 638         Vector nodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 639         GONode node;
2 26 Feb 07 jari 640         //  int maxLevel = 0;
2 26 Feb 07 jari 641         int minLevel = Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 642         //get selected nodes, make a new set of nodes and get the max level.
2 26 Feb 07 jari 643         for(int i = 0 ; i < selectedNodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 644             node = (GONode)(selectedNodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 645             // maxLevel = Math.max(maxLevel, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 646             minLevel = Math.min(minLevel, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 647             nodes.add(new GONode(node));
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649         
2 26 Feb 07 jari 650         int newDepth = 0;
2 26 Feb 07 jari 651         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 652             node = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 653             node.setLevel(node.getLevel()-minLevel);
2 26 Feb 07 jari 654             newDepth = Math.max(newDepth, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 655             node.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 656         }
2 26 Feb 07 jari 657         
2 26 Feb 07 jari 658         //take off unselected nodes from children and parents.
2 26 Feb 07 jari 659         pruneExtraNodes(nodes, selectedNodes, newDepth);
2 26 Feb 07 jari 660         
2 26 Feb 07 jari 661         Vector levelArrayVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 662         
2 26 Feb 07 jari 663         for(int i = 0; i < newDepth+1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 664             levelArrayVector.addElement(getLevelNodes(nodes, i));
2 26 Feb 07 jari 665         }
2 26 Feb 07 jari 666         
2 26 Feb 07 jari 667         //have nodes by level, need to compress levels
2 26 Feb 07 jari 668         GONode [] array;
2 26 Feb 07 jari 669         Vector toRemove = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 670         for(int i = 0; i < levelArrayVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 671             array = (GONode [])(levelArrayVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 672             if( array.length < 1) {
2 26 Feb 07 jari 673                 toRemove.add(array);
2 26 Feb 07 jari 674             }
2 26 Feb 07 jari 675         }
2 26 Feb 07 jari 676         
2 26 Feb 07 jari 677         //remove empty levels from the array
2 26 Feb 07 jari 678         for(int i = 0; i < toRemove.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 679             levelArrayVector.remove(toRemove.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 680         }
2 26 Feb 07 jari 681         
2 26 Feb 07 jari 682         //new data, and set level.
2 26 Feb 07 jari 683         GONode [][] data = new GONode[levelArrayVector.size()][];
2 26 Feb 07 jari 684         for(int i = 0; i < data.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 685             data[i] = (GONode [])(levelArrayVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 686             for(int j = 0; j < data[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 687                 data[i][j].setLevel(i);
2 26 Feb 07 jari 688             }
2 26 Feb 07 jari 689         }
2 26 Feb 07 jari 690         
2 26 Feb 07 jari 691         GOTreeViewer viewer = new GOTreeViewer(data, viewerNode, baseFileSystem);
2 26 Feb 07 jari 692         viewer.setThresholds(upper, lower);
2 26 Feb 07 jari 693         
2 26 Feb 07 jari 694         JFrame frame = new JFrame();
2 26 Feb 07 jari 695         
2 26 Feb 07 jari 696         JScrollPane pane = new JScrollPane(viewer.getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 697         pane.setColumnHeaderView(viewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 698         frame.getContentPane().add(pane);
2 26 Feb 07 jari 699         
2 26 Feb 07 jari 700         Dimension screenDim = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 701         
2 26 Feb 07 jari 702         frame.setSize( (int)(screenDim.width/3), (int)(screenDim.height/2) );
2 26 Feb 07 jari 703         frame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 704         viewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 705     }
2 26 Feb 07 jari 706     
2 26 Feb 07 jari 707     private void pruneExtraNodes(Vector nodes, Vector selectedNodes, int depth) {
2 26 Feb 07 jari 708         GONode currNode, nodeToAdd;
2 26 Feb 07 jari 709         
2 26 Feb 07 jari 710         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 711             currNode = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 712             
2 26 Feb 07 jari 713             //handle parents first
2 26 Feb 07 jari 714             if(currNode.getLevel() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 715                 currNode.clearParents();
2 26 Feb 07 jari 716             } else {
2 26 Feb 07 jari 717                 ITreeNode [] parents = (ITreeNode []) (currNode.getParents());
2 26 Feb 07 jari 718                 Vector parentsToKeep = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 719                 for(int j = 0; j < parents.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 720                     nodeToAdd = null;
2 26 Feb 07 jari 721                     if(selectedNodes.contains(parents[j])) {
2 26 Feb 07 jari 722                         nodeToAdd = findNode(nodes, ((GONode)(parents[j])).getGOID());
2 26 Feb 07 jari 723                         if(nodeToAdd != null)
2 26 Feb 07 jari 724                             parentsToKeep.addElement(nodeToAdd);
2 26 Feb 07 jari 725                     }
2 26 Feb 07 jari 726                 }
2 26 Feb 07 jari 727                 currNode.setParents(parentsToKeep);
2 26 Feb 07 jari 728             }
2 26 Feb 07 jari 729             
2 26 Feb 07 jari 730             //now children
2 26 Feb 07 jari 731             if(currNode.getLevel() == depth) {
2 26 Feb 07 jari 732                 currNode.clearChildren();
2 26 Feb 07 jari 733             } else {
2 26 Feb 07 jari 734                 ITreeNode [] children = (ITreeNode[])(currNode.getChildren());
2 26 Feb 07 jari 735                 Vector childrenToKeep = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 736                 for(int j = 0; j < children.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 737                     nodeToAdd = null;
2 26 Feb 07 jari 738                     if(selectedNodes.contains(children[j])) {
2 26 Feb 07 jari 739                         nodeToAdd = findNode(nodes, ((GONode)(children[j])).getGOID());
2 26 Feb 07 jari 740                         if(nodeToAdd != null)
2 26 Feb 07 jari 741                             childrenToKeep.addElement(nodeToAdd);
2 26 Feb 07 jari 742                     }
2 26 Feb 07 jari 743                 }
2 26 Feb 07 jari 744                 currNode.setChildren(childrenToKeep);
2 26 Feb 07 jari 745             }
2 26 Feb 07 jari 746         }
2 26 Feb 07 jari 747     }
2 26 Feb 07 jari 748     
2 26 Feb 07 jari 749     /** Handles opening cluster viewers.
2 26 Feb 07 jari 750      */
2 26 Feb 07 jari 751     private void onOpenViewer(String viewerType){
2 26 Feb 07 jari 752         
2 26 Feb 07 jari 753         GONode selNode = (GONode)(tree.getSelectedNode());
2 26 Feb 07 jari 754         
2 26 Feb 07 jari 755         if(selNode == null)
2 26 Feb 07 jari 756             return;
2 26 Feb 07 jari 757         
2 26 Feb 07 jari 758         int index = selNode.getClusterIndex();
2 26 Feb 07 jari 759         
2 26 Feb 07 jari 760         if(index == -1 || viewerNode == null)
2 26 Feb 07 jari 761             return;
2 26 Feb 07 jari 762         
2 26 Feb 07 jari 763         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)viewerNode.getChildAt(1);
2 26 Feb 07 jari 764         if(node.getChildCount() < index)
2 26 Feb 07 jari 765             return;
2 26 Feb 07 jari 766         node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(index));
2 26 Feb 07 jari 767         
2 26 Feb 07 jari 768         if(viewerType.equals("expression image")){
2 26 Feb 07 jari 769             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(0));
2 26 Feb 07 jari 770         } else if(viewerType.equals("centroid graph")){
2 26 Feb 07 jari 771             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(1));
2 26 Feb 07 jari 772         } else if(viewerType.equals("expression graph")){
2 26 Feb 07 jari 773             node = (DefaultMutableTreeNode)(node.getChildAt(2));
2 26 Feb 07 jari 774         }
2 26 Feb 07 jari 775         
2 26 Feb 07 jari 776         if(framework != null)
2 26 Feb 07 jari 777             framework.setTreeNode(node);
2 26 Feb 07 jari 778     }
2 26 Feb 07 jari 779     
2 26 Feb 07 jari 780     private void createDockedGOTreeViewer() {
2 26 Feb 07 jari 781         Vector selectedNodes = tree.getSelectedPathNodes();
2 26 Feb 07 jari 782         if(selectedNodes.isEmpty())
2 26 Feb 07 jari 783             return;
2 26 Feb 07 jari 784         
2 26 Feb 07 jari 785         Vector nodes = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 786         GONode node;
2 26 Feb 07 jari 787         //  int maxLevel = 0;
2 26 Feb 07 jari 788         int minLevel = Integer.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 789         //get selected nodes, make a new set of nodes and get the max level.
2 26 Feb 07 jari 790         for(int i = 0 ; i < selectedNodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 791             node = (GONode)(selectedNodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 792             // maxLevel = Math.max(maxLevel, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 793             minLevel = Math.min(minLevel, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 794             nodes.add(new GONode(node));
2 26 Feb 07 jari 795         }
2 26 Feb 07 jari 796         
2 26 Feb 07 jari 797         //set levels
2 26 Feb 07 jari 798         int newDepth = 0;
2 26 Feb 07 jari 799         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 800             node = (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 801             node.setLevel(node.getLevel()-minLevel);
2 26 Feb 07 jari 802             newDepth = Math.max(newDepth, node.getLevel());
2 26 Feb 07 jari 803             node.setRenderingHint(ITreeNodeRenderer.RENDERING_HINT_VERBOSE);
2 26 Feb 07 jari 804         }
2 26 Feb 07 jari 805         
2 26 Feb 07 jari 806         //take off unselected nodes from children and parents.
2 26 Feb 07 jari 807         pruneExtraNodes(nodes, selectedNodes, newDepth);
2 26 Feb 07 jari 808         
2 26 Feb 07 jari 809         Vector levelArrayVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 810         
2 26 Feb 07 jari 811         for(int i = 0; i < newDepth+1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 812             levelArrayVector.addElement(getLevelNodes(nodes, i));
2 26 Feb 07 jari 813         }
2 26 Feb 07 jari 814         
2 26 Feb 07 jari 815         //have nodes by level, need to compress levels
2 26 Feb 07 jari 816         GONode [] array;
2 26 Feb 07 jari 817         Vector toRemove = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 818         for(int i = 0; i < levelArrayVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 819             array = (GONode [])(levelArrayVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 820             if( array.length < 1) {
2 26 Feb 07 jari 821                 toRemove.add(array);
2 26 Feb 07 jari 822             }
2 26 Feb 07 jari 823         }
2 26 Feb 07 jari 824         
2 26 Feb 07 jari 825         //remove empty levels from the array
2 26 Feb 07 jari 826         for(int i = 0; i < toRemove.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 827             levelArrayVector.remove(toRemove.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 828         }
2 26 Feb 07 jari 829         
2 26 Feb 07 jari 830         //new data, and set level.
2 26 Feb 07 jari 831         GONode [][] data = new GONode[levelArrayVector.size()][];
2 26 Feb 07 jari 832         for(int i = 0; i < data.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 833             data[i] = (GONode [])(levelArrayVector.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 834             for(int j = 0; j < data[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 835                 data[i][j].setLevel(i);
2 26 Feb 07 jari 836             }
2 26 Feb 07 jari 837         }
2 26 Feb 07 jari 838         
2 26 Feb 07 jari 839         GOTreeViewer viewer = new GOTreeViewer(data, viewerNode, baseFileSystem);
2 26 Feb 07 jari 840         viewer.setThresholds(upper, lower);
2 26 Feb 07 jari 841         DefaultMutableTreeNode newNode = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("GO Subtree", viewer));
2 26 Feb 07 jari 842         
2 26 Feb 07 jari 843         framework.addNode(viewerNode, newNode);
2 26 Feb 07 jari 844         framework.setTreeNode(newNode);
2 26 Feb 07 jari 845     }
2 26 Feb 07 jari 846     
2 26 Feb 07 jari 847     
2 26 Feb 07 jari 848     
2 26 Feb 07 jari 849     private GONode findNode(Vector nodes, String goID) {
2 26 Feb 07 jari 850         for(int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 851             if( ((GONode)(nodes.elementAt(i))).getGOID().equals(goID))
2 26 Feb 07 jari 852                 return (GONode)(nodes.elementAt(i));
2 26 Feb 07 jari 853         }
2 26 Feb 07 jari 854         return null;
2 26 Feb 07 jari 855     }
2 26 Feb 07 jari 856     
2 26 Feb 07 jari 857     private void createPopupMenu(ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 858         popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 859         
2 26 Feb 07 jari 860         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 861         JCheckBoxMenuItem checkBoxItem;
2 26 Feb 07 jari 862         ButtonGroup bg;
2 26 Feb 07 jari 863         
2 26 Feb 07 jari 864         //node style
2 26 Feb 07 jari 865         JMenu menu = new JMenu("Node Style");
2 26 Feb 07 jari 866         
2 26 Feb 07 jari 867         bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 868         checkBoxItem = new JCheckBoxMenuItem("Minimal", true);
2 26 Feb 07 jari 869         checkBoxItem.setActionCommand("simple-node-command");
2 26 Feb 07 jari 870         checkBoxItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 871         bg.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 872         menu.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 873         
2 26 Feb 07 jari 874         checkBoxItem = new JCheckBoxMenuItem("Verbose");
2 26 Feb 07 jari 875         checkBoxItem.setActionCommand("verbose-node-command");
2 26 Feb 07 jari 876         checkBoxItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 877         bg.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 878         menu.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 879         
2 26 Feb 07 jari 880         popup.add(menu);
2 26 Feb 07 jari 881         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 882         
2 26 Feb 07 jari 883         
2 26 Feb 07 jari 884         //Connector style
2 26 Feb 07 jari 885         menu = new JMenu("Connector Style");
2 26 Feb 07 jari 886         bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 887         
2 26 Feb 07 jari 888         checkBoxItem = new JCheckBoxMenuItem("Curved", true);
2 26 Feb 07 jari 889         checkBoxItem.setActionCommand("curved-connector-command");
2 26 Feb 07 jari 890         checkBoxItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 891         bg.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 892         menu.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 893         
2 26 Feb 07 jari 894         checkBoxItem = new JCheckBoxMenuItem("Straight");
2 26 Feb 07 jari 895         checkBoxItem.setActionCommand("straight-connector-command");
2 26 Feb 07 jari 896         checkBoxItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 897         bg.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 898         menu.add(checkBoxItem);
2 26 Feb 07 jari 899         
2 26 Feb 07 jari 900         popup.add(menu);
2 26 Feb 07 jari 901         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 902         
2 26 Feb 07 jari 903         item = new JMenuItem("Set Thresholds");
2 26 Feb 07 jari 904         item.setActionCommand("set-thresholds-command");
2 26 Feb 07 jari 905         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 906         
2 26 Feb 07 jari 907         popup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 908         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 909         
2 26 Feb 07 jari 910         menu = new JMenu("Selection Polarity");
2 26 Feb 07 jari 911         
2 26 Feb 07 jari 912         bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 913         
2 26 Feb 07 jari 914         JCheckBoxMenuItem box = new JCheckBoxMenuItem("Select Ancestors");
2 26 Feb 07 jari 915         box.setActionCommand("ancestor-selection-command");
2 26 Feb 07 jari 916         box.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 917         bg.add(box);
2 26 Feb 07 jari 918         menu.add(box);
2 26 Feb 07 jari 919         
2 26 Feb 07 jari 920         box = new JCheckBoxMenuItem("Select Successors");
2 26 Feb 07 jari 921         box.setActionCommand("successor-selection-command");
2 26 Feb 07 jari 922         box.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 923         bg.add(box);
2 26 Feb 07 jari 924         menu.add(box);
2 26 Feb 07 jari 925         
2 26 Feb 07 jari 926         box = new JCheckBoxMenuItem("Bipolar Selection", true);
2 26 Feb 07 jari 927         box.setActionCommand("bipolar-selection-command");
2 26 Feb 07 jari 928         box.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 929         bg.add(box);
2 26 Feb 07 jari 930         menu.add(box);
2 26 Feb 07 jari 931         
2 26 Feb 07 jari 932         popup.add(menu);
2 26 Feb 07 jari 933         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 934         
2 26 Feb 07 jari 935         newTreeMenu = new JMenu("Create Subset Viewer");
2 26 Feb 07 jari 936         newTreeMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 937         
2 26 Feb 07 jari 938         item = new JMenuItem("In New Window...");
2 26 Feb 07 jari 939         item.setActionCommand("new-subtree-command");
2 26 Feb 07 jari 940         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 941         newTreeMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 942         
2 26 Feb 07 jari 943         item = new JMenuItem("Docked in Result Tree...");
2 26 Feb 07 jari 944         item.setActionCommand("new-docked-subtree-command");
2 26 Feb 07 jari 945         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 946         newTreeMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 947         
2 26 Feb 07 jari 948         popup.add(newTreeMenu);
2 26 Feb 07 jari 949         popup.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 950         
2 26 Feb 07 jari 951         launchMenu = new JMenu("Open Viewer");
2 26 Feb 07 jari 952         launchMenu.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 953         
2 26 Feb 07 jari 954         item = new JMenuItem("Expression Image");
2 26 Feb 07 jari 955         item.setActionCommand("launch-expression-image-command");
2 26 Feb 07 jari 956         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 957         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 958         
2 26 Feb 07 jari 959         item = new JMenuItem("Centroid Graph");
2 26 Feb 07 jari 960         item.setActionCommand("launch-centroid-graph-command");
2 26 Feb 07 jari 961         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 962         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 963         
2 26 Feb 07 jari 964         item = new JMenuItem("Expression Graph");
2 26 Feb 07 jari 965         item.setActionCommand("launch-expression-graph-command");
2 26 Feb 07 jari 966         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 967         launchMenu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 968         
2 26 Feb 07 jari 969         popup.add(launchMenu);
2 26 Feb 07 jari 970     }
2 26 Feb 07 jari 971     
2 26 Feb 07 jari 972     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 973         
2 26 Feb 07 jari 974         public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 975             String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 976             
2 26 Feb 07 jari 977             if(command.equals("verbose-node-command")) {
2 26 Feb 07 jari 978                 setVerboseNodeStyle(true);
2 26 Feb 07 jari 979             } else if (command.equals("simple-node-command")) {
2 26 Feb 07 jari 980                 setVerboseNodeStyle(false);
2 26 Feb 07 jari 981             } else if (command.equals("straight-connector-command")) {
2 26 Feb 07 jari 982                 setStraightConnectorStyle(true);
2 26 Feb 07 jari 983             } else if (command.equals("curved-connector-command")) {
2 26 Feb 07 jari 984                 setStraightConnectorStyle(false);
2 26 Feb 07 jari 985             } else if (command.equals("set-thresholds-command")) {
2 26 Feb 07 jari 986                 setThresholds();
2 26 Feb 07 jari 987             } else if (command.equals("bipolar-selection-command")) {
2 26 Feb 07 jari 988                 selectionPolarity = 0;
2 26 Feb 07 jari 989             } else if (command.equals("ancestor-selection-command")) {
2 26 Feb 07 jari 990                 selectionPolarity = 1;
2 26 Feb 07 jari 991             } else if (command.equals("successor-selection-command")) {
2 26 Feb 07 jari 992                 selectionPolarity = 2;
2 26 Feb 07 jari 993             } else if (command.equals("new-subtree-command")) {
2 26 Feb 07 jari 994                 launchNewGOTreeViewer();
2 26 Feb 07 jari 995             } else if (command.equals("new-docked-subtree-command")) {
2 26 Feb 07 jari 996                 createDockedGOTreeViewer();
2 26 Feb 07 jari 997             } else if(command.equals("launch-expression-image-command")){
2 26 Feb 07 jari 998                 onOpenViewer("expression image");
2 26 Feb 07 jari 999             } else if(command.equals("launch-centroid-graph-command")){
2 26 Feb 07 jari 1000                 onOpenViewer("centroid graph");
2 26 Feb 07 jari 1001             } else if(command.equals("launch-expression-graph-command")){
2 26 Feb 07 jari 1002                 onOpenViewer("expression graph");
2 26 Feb 07 jari 1003             }
2 26 Feb 07 jari 1004             
2 26 Feb 07 jari 1005         }
2 26 Feb 07 jari 1006         
2 26 Feb 07 jari 1007         public void mousePressed(MouseEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 1008             if(evt.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1009                 popup.show(tree, evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1010             } else {
2 26 Feb 07 jari 1011                 if(evt.getModifiers() == MouseEvent.BUTTON1_MASK)
2 26 Feb 07 jari 1012                     setSelected(evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1013             }
2 26 Feb 07 jari 1014         }
2 26 Feb 07 jari 1015         
2 26 Feb 07 jari 1016         public void mouseClicked(MouseEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 1017             if(evt.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1018                 popup.show(tree, evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1019             } else {
2 26 Feb 07 jari 1020                 if(evt.getModifiers() == MouseEvent.BUTTON1_MASK)
2 26 Feb 07 jari 1021                     setSelected(evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1022             }
2 26 Feb 07 jari 1023         }
2 26 Feb 07 jari 1024         
2 26 Feb 07 jari 1025         public void mouseReleased(MouseEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 1026             if(evt.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1027                 popup.show(tree, evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1028             } else {
2 26 Feb 07 jari 1029                 if(evt.getModifiers() == MouseEvent.BUTTON1_MASK)
2 26 Feb 07 jari 1030                     setSelected(evt.getX(), evt.getY());
2 26 Feb 07 jari 1031             }
2 26 Feb 07 jari 1032         }
2 26 Feb 07 jari 1033         
2 26 Feb 07 jari 1034     }
2 26 Feb 07 jari 1035     
2 26 Feb 07 jari 1036     
2 26 Feb 07 jari 1037     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1038      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1039      */
2 26 Feb 07 jari 1040     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1041         return -1;
2 26 Feb 07 jari 1042     }
2 26 Feb 07 jari 1043     
2 26 Feb 07 jari 1044   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1045    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 1046    */
2 26 Feb 07 jari 1047   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 1048     ;
2 26 Feb 07 jari 1049   }
2 26 Feb 07 jari 1050
2 26 Feb 07 jari 1051   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1052    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 1053    */
2 26 Feb 07 jari 1054   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1055     return this.exptID;
2 26 Feb 07 jari 1056   }
2 26 Feb 07 jari 1057
2 26 Feb 07 jari 1058   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1059    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1060    */
2 26 Feb 07 jari 1061   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1062     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 1063   }
2 26 Feb 07 jari 1064 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)