mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/fom/FOMInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: FOMInitDialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:51 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.fom;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 /**
2 26 Feb 07 jari 15  *
2 26 Feb 07 jari 16  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 17  * @version
2 26 Feb 07 jari 18  */
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.JTabbedPane;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.event.ChangeListener;
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50 public class FOMInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     public final static int CAST   = 1;
2 26 Feb 07 jari 53     public final static int KMEANS = 2;
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     IterationPanel iPanel;
2 26 Feb 07 jari 56     KMCPanel kPanel;
2 26 Feb 07 jari 57     CASTPanel cPanel;
2 26 Feb 07 jari 58     JTabbedPane methodTabPane;
2 26 Feb 07 jari 59     JCheckBox takeAverageBox;
2 26 Feb 07 jari 60     SampleSelectionPanel sPanel;
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     boolean okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 63     /** Creates new FOMInitDialog */
2 26 Feb 07 jari 64     public FOMInitDialog(JFrame parentFrame, boolean modality) {
2 26 Feb 07 jari 65         super(parentFrame, "FOM: Figure of Merit", modality);
2 26 Feb 07 jari 66         setBounds(0, 0, 450, 400);
2 26 Feb 07 jari 67         setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
2 26 Feb 07 jari 68         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 69         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 70         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 71         constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 72         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 73         
2 26 Feb 07 jari 74         JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 75         pane.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 76         pane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 77         
2 26 Feb 07 jari 78         sPanel = new SampleSelectionPanel();
2 26 Feb 07 jari 79         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         gridbag.setConstraints(sPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 82         pane.add(sPanel);
2 26 Feb 07 jari 83         
2 26 Feb 07 jari 84         iPanel = new IterationPanel();
2 26 Feb 07 jari 85         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 20);
2 26 Feb 07 jari 86         gridbag.setConstraints(iPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 87         pane.add(iPanel);
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         javax.swing.UIManager.put("TabbedPane.selected", Color.white);
2 26 Feb 07 jari 90         methodTabPane = new JTabbedPane();
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         kPanel = new KMCPanel();
2 26 Feb 07 jari 93         cPanel = new CASTPanel();
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         methodTabPane.add("K-Means / K-Medians", kPanel);
2 26 Feb 07 jari 96         methodTabPane.add("CAST", cPanel);
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 100, 90);
2 26 Feb 07 jari 99         gridbag.setConstraints(methodTabPane, constraints);
2 26 Feb 07 jari 100         pane.add(methodTabPane);
2 26 Feb 07 jari 101         
2 26 Feb 07 jari 102         takeAverageBox = new JCheckBox("Take Average", true);
2 26 Feb 07 jari 103         takeAverageBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 104         
2 26 Feb 07 jari 105         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 106         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 30);
2 26 Feb 07 jari 107         
2 26 Feb 07 jari 108         addContent(pane);
2 26 Feb 07 jari 109         EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 110         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 111         this.addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 112         methodTabPane.addChangeListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 113         //      methodTabPane.addChangeListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 114         pack();
2 26 Feb 07 jari 115         setSize(600,450);
2 26 Feb 07 jari 116         // setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118     
2 26 Feb 07 jari 119     public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 120         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 121         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 122         
2 26 Feb 07 jari 123         super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         if (visible) {
2 26 Feb 07 jari 126             okButton.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 127         }
2 26 Feb 07 jari 128     }
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 131     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 132         
2 26 Feb 07 jari 133         gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 134         gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 135         gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 136         gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 137         gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 138         gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     class KMCPanel extends JPanel{
2 26 Feb 07 jari 142         JRadioButton meansButton, mediansButton;
2 26 Feb 07 jari 143         JTextField intervalInputField;
2 26 Feb 07 jari 144         JTextField iterationInputField;
2 26 Feb 07 jari 145         
2 26 Feb 07 jari 146         KMCPanel() {
2 26 Feb 07 jari 147             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 148             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 149             
2 26 Feb 07 jari 150             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 151             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 152             this.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.lightGray,2));
2 26 Feb 07 jari 153             
2 26 Feb 07 jari 154             JPanel panel1 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 155             GridBagLayout grid1 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 156             panel1.setLayout(grid1);
2 26 Feb 07 jari 157             panel1.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 158             panel1.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(10,10,15,10));
2 26 Feb 07 jari 159             
2 26 Feb 07 jari 160             meansButton = new JRadioButton("Calculate means", true);
2 26 Feb 07 jari 161             meansButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 162             meansButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 163             meansButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 164             mediansButton = new JRadioButton("Calculate medians", false);
2 26 Feb 07 jari 165             mediansButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 166             mediansButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 167             mediansButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 168             
2 26 Feb 07 jari 169             ButtonGroup chooseMeansOrMedians = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 170             chooseMeansOrMedians.add(meansButton);
2 26 Feb 07 jari 171             chooseMeansOrMedians.add(mediansButton);
2 26 Feb 07 jari 172             
2 26 Feb 07 jari 173             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 100);
2 26 Feb 07 jari 174             grid1.setConstraints(meansButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 175             panel1.add(meansButton);
2 26 Feb 07 jari 176             
2 26 Feb 07 jari 177             buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 178             grid1.setConstraints(mediansButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 179             panel1.add(mediansButton);
2 26 Feb 07 jari 180             
2 26 Feb 07 jari 181             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 40);
2 26 Feb 07 jari 182             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 183             gridbag.setConstraints(panel1, constraints);
2 26 Feb 07 jari 184             this.add(panel1);
2 26 Feb 07 jari 185             
2 26 Feb 07 jari 186             JPanel panel2 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 187             GridBagLayout grid2 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 188             panel2.setLayout(grid2);
2 26 Feb 07 jari 189             panel2.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 190             
2 26 Feb 07 jari 191             constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 192             
2 26 Feb 07 jari 193             JLabel intervalLabel = new JLabel("Maximum number of clusters (enter an integer > 0):   ");
2 26 Feb 07 jari 194             intervalLabel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 195             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 100);
2 26 Feb 07 jari 196             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 197             grid2.setConstraints(intervalLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 198             panel2.add(intervalLabel);
2 26 Feb 07 jari 199             
2 26 Feb 07 jari 200             intervalInputField = new JTextField("20", 7);
2 26 Feb 07 jari 201             buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 202             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 203             grid2.setConstraints(intervalInputField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 204             panel2.add(intervalInputField);
2 26 Feb 07 jari 205             
2 26 Feb 07 jari 206             JLabel iterationLabel = new JLabel("Maximum number of iterations (enter an integer > 0):   ");
2 26 Feb 07 jari 207             iterationLabel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 208             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 50, 100);
2 26 Feb 07 jari 209             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 210             constraints.insets.top = 10;
2 26 Feb 07 jari 211             grid2.setConstraints(iterationLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 212             panel2.add(iterationLabel);
2 26 Feb 07 jari 213             
2 26 Feb 07 jari 214             iterationInputField = new JTextField("50", 7);
2 26 Feb 07 jari 215             buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 216             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 217             grid2.setConstraints(iterationInputField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 218             panel2.add(iterationInputField);
2 26 Feb 07 jari 219             constraints.insets.top = 0;
2 26 Feb 07 jari 220             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 221             
2 26 Feb 07 jari 222             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 20);
2 26 Feb 07 jari 223             gridbag.setConstraints(panel2, constraints);
2 26 Feb 07 jari 224             this.add(panel2);
2 26 Feb 07 jari 225             
2 26 Feb 07 jari 226             JPanel textPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 227             GridBagLayout textGrid = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 228             textPanel.setLayout(textGrid);
2 26 Feb 07 jari 229             textPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 230             textPanel.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(20,10,20,10));
2 26 Feb 07 jari 231             
2 26 Feb 07 jari 232             JLabel label2 = new JLabel("K-Means / K-Medians will be run using a starting K (number of clusters) = 1,");
2 26 Feb 07 jari 233             label2.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 234             constraints.anchor = GridBagConstraints.SOUTHWEST;
2 26 Feb 07 jari 235             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 33);
2 26 Feb 07 jari 236             textGrid.setConstraints(label2, constraints);
2 26 Feb 07 jari 237             textPanel.add(label2);
2 26 Feb 07 jari 238             
2 26 Feb 07 jari 239             JLabel label3 = new JLabel("with K being incremented by 1 in each subsequent iteration, up to the");
2 26 Feb 07 jari 240             label3.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 241             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 242             buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 33);
2 26 Feb 07 jari 243             textGrid.setConstraints(label3, constraints);
2 26 Feb 07 jari 244             textPanel.add(label3);
2 26 Feb 07 jari 245             
2 26 Feb 07 jari 246             JLabel label4 = new JLabel("maximum number of clusters specified above");
2 26 Feb 07 jari 247             label4.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 248             constraints.anchor = GridBagConstraints.NORTHWEST;
2 26 Feb 07 jari 249             buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 0, 34);
2 26 Feb 07 jari 250             textGrid.setConstraints(label4, constraints);
2 26 Feb 07 jari 251             textPanel.add(label4);
2 26 Feb 07 jari 252             
2 26 Feb 07 jari 253             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 254             buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 40);
2 26 Feb 07 jari 255             gridbag.setConstraints(textPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 256             this.add(textPanel);
2 26 Feb 07 jari 257         }
2 26 Feb 07 jari 258     }
2 26 Feb 07 jari 259     
2 26 Feb 07 jari 260     class CASTPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 261         JTextField thresholdInputField;
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263         CASTPanel() {
2 26 Feb 07 jari 264             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 265             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 266             
2 26 Feb 07 jari 267             JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 268             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 269             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 270             this.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.lightGray,2));
2 26 Feb 07 jari 271             
2 26 Feb 07 jari 272             JPanel panel1 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 273             GridBagLayout grid1 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 274             panel1.setLayout(grid1);
2 26 Feb 07 jari 275             panel1.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 276             
2 26 Feb 07 jari 277             JLabel thresholdLabel = new JLabel("Interval ( enter a value between 0 and 1):    ");
2 26 Feb 07 jari 278             thresholdLabel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 279             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 100);
2 26 Feb 07 jari 280             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 281             grid1.setConstraints(thresholdLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 282             panel1.add(thresholdLabel);
2 26 Feb 07 jari 283             
2 26 Feb 07 jari 284             thresholdInputField = new JTextField("0.1", 7);
2 26 Feb 07 jari 285             buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 286             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 287             grid1.setConstraints(thresholdInputField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 288             panel1.add(thresholdInputField);
2 26 Feb 07 jari 289             
2 26 Feb 07 jari 290             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 60);
2 26 Feb 07 jari 291             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 292             //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 293             gridbag.setConstraints(panel1, constraints);
2 26 Feb 07 jari 294             this.add(panel1);
2 26 Feb 07 jari 295             
2 26 Feb 07 jari 296             /*
2 26 Feb 07 jari 297             JLabel label1 = new JLabel("(Interval should be between 0 and 1)");
2 26 Feb 07 jari 298             buildConstraints(constraints, 0, 1, 2, 1, 0, 10);
2 26 Feb 07 jari 299             //constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 300             gridbag.setConstraints(label1, constraints);
2 26 Feb 07 jari 301             this.add(label1);
2 26 Feb 07 jari 302              */
2 26 Feb 07 jari 303             
2 26 Feb 07 jari 304             JPanel textPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 305             GridBagLayout textGrid = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 306             textPanel.setLayout(textGrid);
2 26 Feb 07 jari 307             textPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 308             textPanel.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(10,10,10,10));
2 26 Feb 07 jari 309             
2 26 Feb 07 jari 310             JLabel label2 = new JLabel("CAST will be run with threshold affinities starting with above interval,");
2 26 Feb 07 jari 311             label2.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 312             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 33);
2 26 Feb 07 jari 313             constraints.anchor = GridBagConstraints.SOUTHWEST;
2 26 Feb 07 jari 314             textGrid.setConstraints(label2, constraints);
2 26 Feb 07 jari 315             textPanel.add(label2);
2 26 Feb 07 jari 316             
2 26 Feb 07 jari 317             JLabel label3 = new JLabel("with affinity being incremented by the interval value in subsequent");
2 26 Feb 07 jari 318             label3.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 319             buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 33);
2 26 Feb 07 jari 320             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 321             textGrid.setConstraints(label3, constraints);
2 26 Feb 07 jari 322             textPanel.add(label3);
2 26 Feb 07 jari 323             
2 26 Feb 07 jari 324             JLabel label4 = new JLabel("iterations, up to a maximum threshold affinity of 1.0");
2 26 Feb 07 jari 325             label4.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 326             buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 0, 34);
2 26 Feb 07 jari 327             constraints.anchor = GridBagConstraints.NORTHWEST;
2 26 Feb 07 jari 328             textGrid.setConstraints(label4, constraints);
2 26 Feb 07 jari 329             textPanel.add(label4);
2 26 Feb 07 jari 330             
2 26 Feb 07 jari 331             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 332             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 40);
2 26 Feb 07 jari 333             gridbag.setConstraints(textPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 334             this.add(textPanel);
2 26 Feb 07 jari 335             
2 26 Feb 07 jari 336         }
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     
2 26 Feb 07 jari 340     public boolean isOkPressed() {
2 26 Feb 07 jari 341         return okPressed;
2 26 Feb 07 jari 342     }
2 26 Feb 07 jari 343     
2 26 Feb 07 jari 344     
2 26 Feb 07 jari 345     public int getMethod() {
2 26 Feb 07 jari 346         int method = 0;
2 26 Feb 07 jari 347         if (methodTabPane.getSelectedIndex() == 0) {
2 26 Feb 07 jari 348             method = KMEANS;
2 26 Feb 07 jari 349         } else if(methodTabPane.getSelectedIndex() == 1) {
2 26 Feb 07 jari 350             method = CAST;
2 26 Feb 07 jari 351         }
2 26 Feb 07 jari 352         
2 26 Feb 07 jari 353         return method;
2 26 Feb 07 jari 354     }
2 26 Feb 07 jari 355     
2 26 Feb 07 jari 356     public boolean useMeans() {
2 26 Feb 07 jari 357         return kPanel.meansButton.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 358     }
2 26 Feb 07 jari 359     
2 26 Feb 07 jari 360     public float getInterval() {
2 26 Feb 07 jari 361         String s2 = cPanel.thresholdInputField.getText();
2 26 Feb 07 jari 362         float interval = Float.parseFloat(s2);
2 26 Feb 07 jari 363         return interval;
2 26 Feb 07 jari 364     }
2 26 Feb 07 jari 365     
2 26 Feb 07 jari 366     public int getIterations() {
2 26 Feb 07 jari 367         String s1 = kPanel.intervalInputField.getText();
2 26 Feb 07 jari 368         int k = Integer.parseInt(s1);
2 26 Feb 07 jari 369         return k;
2 26 Feb 07 jari 370     }
2 26 Feb 07 jari 371     
2 26 Feb 07 jari 372     public int getKMCIterations(){
2 26 Feb 07 jari 373         String s1 = kPanel.iterationInputField.getText();
2 26 Feb 07 jari 374         int iterations = Integer.parseInt(s1);
2 26 Feb 07 jari 375         return iterations;
2 26 Feb 07 jari 376     }
2 26 Feb 07 jari 377     
2 26 Feb 07 jari 378     public int getFOMIterations() {
2 26 Feb 07 jari 379         String s = iPanel.iterationField.getText();
2 26 Feb 07 jari 380         return Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 381     }
2 26 Feb 07 jari 382     
2 26 Feb 07 jari 383     public boolean isAverage() {
2 26 Feb 07 jari 384         return takeAverageBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 385     }
2 26 Feb 07 jari 386     
2 26 Feb 07 jari 387     public boolean isClusterGenes(){
2 26 Feb 07 jari 388         return sPanel.calcGenes.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 389     }
2 26 Feb 07 jari 390     
2 26 Feb 07 jari 391     private void resetControls(){
2 26 Feb 07 jari 392         //  this.methodTabPane.setSelectedIndex(0);  set kmc as reset value???
2 26 Feb 07 jari 393         this.sPanel.calcGenes.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 394         kPanel.meansButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 395         kPanel.intervalInputField.setText("20");
2 26 Feb 07 jari 396         kPanel.iterationInputField.setText("50");
2 26 Feb 07 jari 397         cPanel.thresholdInputField.setText("0.1");
2 26 Feb 07 jari 398         iPanel.iterationField.setText("1");
2 26 Feb 07 jari 399     }
2 26 Feb 07 jari 400     
2 26 Feb 07 jari 401     public static void main(String[] args) {
2 26 Feb 07 jari 402         JFrame dummyFrame = new JFrame();
2 26 Feb 07 jari 403         FOMInitDialog fDialog = new FOMInitDialog(dummyFrame, true);
2 26 Feb 07 jari 404         fDialog.show();
2 26 Feb 07 jari 405         System.out.println(fDialog.getIterations());
2 26 Feb 07 jari 406         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 407     }
2 26 Feb 07 jari 408     
2 26 Feb 07 jari 409     class SampleSelectionPanel extends JPanel{
2 26 Feb 07 jari 410         JRadioButton calcGenes;
2 26 Feb 07 jari 411         JRadioButton calcExperiments;
2 26 Feb 07 jari 412         
2 26 Feb 07 jari 413         SampleSelectionPanel() {
2 26 Feb 07 jari 414             this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Sample Selection", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12) ,Color.black));
2 26 Feb 07 jari 415             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 416             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 417             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 418             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 419             
2 26 Feb 07 jari 420             calcGenes = new JRadioButton("Gene Cluster FOM", true);
2 26 Feb 07 jari 421             calcGenes.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 422             calcGenes.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 423             calcGenes.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 424             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 425             gridbag.setConstraints(calcGenes, constraints);
2 26 Feb 07 jari 426             this.add(calcGenes);
2 26 Feb 07 jari 427             
2 26 Feb 07 jari 428             calcExperiments = new JRadioButton("Sample Cluster FOM");
2 26 Feb 07 jari 429             calcExperiments.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 430             calcExperiments.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 431             calcExperiments.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 432             buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 433             gridbag.setConstraints(calcExperiments, constraints);
2 26 Feb 07 jari 434             this.add(calcExperiments);
2 26 Feb 07 jari 435             
2 26 Feb 07 jari 436             ButtonGroup group = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 437             group.add(calcGenes);
2 26 Feb 07 jari 438             group.add(calcExperiments);
2 26 Feb 07 jari 439         }
2 26 Feb 07 jari 440     }
2 26 Feb 07 jari 441     
2 26 Feb 07 jari 442     private class IterationPanel extends ParameterPanel {
2 26 Feb 07 jari 443         
2 26 Feb 07 jari 444         JLabel iterationLabel;
2 26 Feb 07 jari 445         JTextField iterationField;
2 26 Feb 07 jari 446         
2 26 Feb 07 jari 447         public IterationPanel() {
2 26 Feb 07 jari 448             super("FOM Iteration Selection");
2 26 Feb 07 jari 449             setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 450             iterationLabel = new JLabel("Number of FOM Iterations");
2 26 Feb 07 jari 451             iterationLabel.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 452             iterationField = new JTextField("1", 5);
2 26 Feb 07 jari 453             add(iterationLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0, GridBagConstraints.EAST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,10,10), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 454             add(iterationField, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,0, GridBagConstraints.EAST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,10,10), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 455         }
2 26 Feb 07 jari 456         
2 26 Feb 07 jari 457         public void setEnabled(boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 458             iterationLabel.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 459             iterationField.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 460             if(enable)
2 26 Feb 07 jari 461                 iterationField.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 462             else
2 26 Feb 07 jari 463                 iterationField.setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 464         }
2 26 Feb 07 jari 465     }
2 26 Feb 07 jari 466     
2 26 Feb 07 jari 467     protected class EventListener extends WindowAdapter implements ActionListener, ChangeListener{
2 26 Feb 07 jari 468         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 469             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 470             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 471                 okPressed = true;
2 26 Feb 07 jari 472                 int method = FOMInitDialog.this.methodTabPane.getSelectedIndex();
2 26 Feb 07 jari 473                 int fomI = 1;
2 26 Feb 07 jari 474                 //KMC
2 26 Feb 07 jari 475                 int k = -1;
2 26 Feb 07 jari 476                 float inter = -1.0f, kmcIter = -1, progress = -1;
2 26 Feb 07 jari 477                 try{
2 26 Feb 07 jari 478                     if(method == 0){
2 26 Feb 07 jari 479                         fomI = Integer.parseInt(iPanel.iterationField.getText());
2 26 Feb 07 jari 480                         progress++;
2 26 Feb 07 jari 481                         k = Integer.parseInt(FOMInitDialog.this.kPanel.intervalInputField.getText());
2 26 Feb 07 jari 482                         progress++;
2 26 Feb 07 jari 483                         kmcIter = Integer.parseInt(kPanel.iterationInputField.getText());
2 26 Feb 07 jari 484                         progress++;
2 26 Feb 07 jari 485                     }
2 26 Feb 07 jari 486                     else{
2 26 Feb 07 jari 487                         inter = Float.parseFloat(FOMInitDialog.this.cPanel.thresholdInputField.getText());
2 26 Feb 07 jari 488                     }
2 26 Feb 07 jari 489                 } catch (NumberFormatException e){
2 26 Feb 07 jari 490                     if(progress == -1) {
2 26 Feb 07 jari 491                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Number format error. Expecting an integer for FOM iteration parameter.", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 492                         iPanel.iterationField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 493                         iPanel.iterationField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 494                     } else if(method == 0){
2 26 Feb 07 jari 495                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Number format error.", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 496                         if(progress == 0){
2 26 Feb 07 jari 497                             kPanel.intervalInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 498                             kPanel.intervalInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 499                         }
2 26 Feb 07 jari 500                         else {
2 26 Feb 07 jari 501                             kPanel.iterationInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 502                             kPanel.iterationInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 503                         }
2 26 Feb 07 jari 504                     } else {
2 26 Feb 07 jari 505                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Number format error.", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 506                         cPanel.thresholdInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 507                         cPanel.thresholdInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 508                     }
2 26 Feb 07 jari 509                     return;
2 26 Feb 07 jari 510                 }
2 26 Feb 07 jari 511                 if(method == 0){
2 26 Feb 07 jari 512                     if(fomI < 1) {
2 26 Feb 07 jari 513                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "FOM iterations must be > 0", "Invalid Input Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 514                         iPanel.iterationField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 515                         iPanel.iterationField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 516                         return;
2 26 Feb 07 jari 517                     }
2 26 Feb 07 jari 518                     if(k < 1){
2 26 Feb 07 jari 519                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Maximum Number of Clusters must be > 0", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 520                         kPanel.intervalInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 521                         kPanel.intervalInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 522                         return;
2 26 Feb 07 jari 523                     }
2 26 Feb 07 jari 524                     if(kmcIter < 1){
2 26 Feb 07 jari 525                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Maximum Number of intervals per KMC run must be > 0", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 526                         kPanel.iterationInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 527                         kPanel.iterationInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 528                         return;
2 26 Feb 07 jari 529                     }
2 26 Feb 07 jari 530                     
2 26 Feb 07 jari 531                 } else {
2 26 Feb 07 jari 532                     if(inter <= 0 || inter >= 1.0f){
2 26 Feb 07 jari 533                         JOptionPane.showMessageDialog(FOMInitDialog.this, "Interval must be > 0 and < 1.0", "Number Format Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 534                         cPanel.thresholdInputField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 535                         cPanel.thresholdInputField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 536                         return;
2 26 Feb 07 jari 537                     }
2 26 Feb 07 jari 538                 }
2 26 Feb 07 jari 539                 javax.swing.UIManager.put("TabbedPane.selected", Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 540                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 541             } else if (command.equals("cancel-command")){
2 26 Feb 07 jari 542                 javax.swing.UIManager.put("TabbedPane.selected", Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 543                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 544             } else if (command.equals("reset-command")){
2 26 Feb 07 jari 545                 resetControls();
2 26 Feb 07 jari 546             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 547                 HelpWindow helpWindow = new HelpWindow(FOMInitDialog.this, "FOM Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 548                 if(helpWindow.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 549                     helpWindow.setSize(450, 600);
2 26 Feb 07 jari 550                     helpWindow.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 551                     helpWindow.show();
2 26 Feb 07 jari 552                 }
2 26 Feb 07 jari 553                 else{
2 26 Feb 07 jari 554                     helpWindow.dispose();
2 26 Feb 07 jari 555                 }
2 26 Feb 07 jari 556             }
2 26 Feb 07 jari 557         }
2 26 Feb 07 jari 558         public void windowClosing(java.awt.event.WindowEvent we){
2 26 Feb 07 jari 559             javax.swing.UIManager.put("TabbedPane.selected", Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 560         }
2 26 Feb 07 jari 561         
2 26 Feb 07 jari 562         public void stateChanged(javax.swing.event.ChangeEvent changeEvent) {
2 26 Feb 07 jari 563             //only methodTabbedPane has change events listener
2 26 Feb 07 jari 564             JTabbedPane tPane = (JTabbedPane)(changeEvent.getSource());
2 26 Feb 07 jari 565             if(tPane.getSelectedIndex() == 0)
2 26 Feb 07 jari 566                 iPanel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 567             else
2 26 Feb 07 jari 568                 iPanel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 569         }
2 26 Feb 07 jari 570         
2 26 Feb 07 jari 571     }
2 26 Feb 07 jari 572     
2 26 Feb 07 jari 573     
2 26 Feb 07 jari 574     
2 26 Feb 07 jari 575     
2 26 Feb 07 jari 576 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)