mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/gdm/GDMExpViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: GDMExpViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.11 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.gdm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GradientPaint;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.event.MouseMotionListener;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.awt.event.WindowListener;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 35 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 36 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 37 import java.util.Enumeration;
2 26 Feb 07 jari 38 import java.util.Hashtable;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.swing.JScrollBar;
2 26 Feb 07 jari 51 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 52 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 58 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 59 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 60 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 61 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 62 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 63 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 64 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66 public class GDMExpViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     private JPanel content;
2 26 Feb 07 jari 69     private GDMExpHeader expColumnHeaderSP;
2 26 Feb 07 jari 70     private GDMExpHeader expRowHeaderSP;
2 26 Feb 07 jari 71     private JScrollBar upperRightCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 72     private JScrollBar lowerLeftCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     private FloatMatrix expDistMatrix;
2 26 Feb 07 jari 75     private FloatMatrix rawMatrix;
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     private IData expData;
2 26 Feb 07 jari 78     private IData arrayData;
2 26 Feb 07 jari 79     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 80     private JFrame mainframe;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     private static final int TRACE_SPACE = 50;
2 26 Feb 07 jari 83     private static final int MAX_MATRIX_WIDTH = 400;
2 26 Feb 07 jari 84     private static final int MAX_COL_WIDTH = MAX_MATRIX_WIDTH;
2 26 Feb 07 jari 85     private static final int MAX_COL_HEIGHT = 500;
2 26 Feb 07 jari 86     private static final int MAX_ROW_WIDTH = MAX_COL_HEIGHT;
2 26 Feb 07 jari 87     private static final int MAX_ROW_HEIGHT = MAX_COL_WIDTH;
2 26 Feb 07 jari 88     private static final int NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE = -1;
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     private int num_experiments;
2 26 Feb 07 jari 91     private int maxExpNameLength;
2 26 Feb 07 jari 92     private int probes;
2 26 Feb 07 jari 93     private int featuresCount;
2 26 Feb 07 jari 94     private int label;
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     private int displayEvery = 1;
2 26 Feb 07 jari 97     private Insets insets;
2 26 Feb 07 jari 98     private Color clusterBorderColor;
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     private int elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 101     private int paletteStyle;
2 26 Feb 07 jari 102     private int labelIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 103     private int maxLabelWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 104     private boolean isGRScale;
2 26 Feb 07 jari 105     private boolean isDrawBorders;
2 26 Feb 07 jari 106     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 107     private boolean isTracing = false;
2 26 Feb 07 jari 108     private int tracespace;
2 26 Feb 07 jari 109     private int xWidth;
2 26 Feb 07 jari 110     private int xHeight;
2 26 Feb 07 jari 111     private Dimension elementSize = new Dimension(15,15);
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     public static Color zeroColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 114     public static Color NaNColor = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 115     public static Color diagColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 116     
2 26 Feb 07 jari 117     private float maxValue;
2 26 Feb 07 jari 118     private float minValue;
2 26 Feb 07 jari 119     private float origMaxValue;
2 26 Feb 07 jari 120     private float origMinValue;
2 26 Feb 07 jari 121     
2 26 Feb 07 jari 122     private int colorScheme = IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME;
2 26 Feb 07 jari 123     private BufferedImage negGreenColorImage = createGradientImage(Color.green, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 124     private BufferedImage posRedColorImage = createGradientImage(Color.black, Color.red);
2 26 Feb 07 jari 125     private BufferedImage negBlueColorImage = createGradientImage(Color.blue, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 126     private BufferedImage posYellowColorImage = createGradientImage(Color.black, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 127     private BufferedImage negCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 128     private BufferedImage posCustomColorImage;
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     private BufferedImage posColorImage = posRedColorImage;
2 26 Feb 07 jari 131     private BufferedImage negColorImage = negGreenColorImage;
2 26 Feb 07 jari 132     private Color borderColor;
2 26 Feb 07 jari 133     private boolean isDrawClusterBorders=true;
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     private String distanceMetric;
2 26 Feb 07 jari 136     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 139     private int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 140     private int numOfClusters;
2 26 Feb 07 jari 141     private int [] clusterlength;
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     private int [] indices;
2 26 Feb 07 jari 144     private boolean sortByProximity = true;
2 26 Feb 07 jari 145     
2 26 Feb 07 jari 146     private boolean imposeClusterOrder = false;
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148     private static final String PARAMETER = "command-parameter";
2 26 Feb 07 jari 149     private static final String CHANGE_ANNOTATION_WIDTH = "Change Annotation Width";
2 26 Feb 07 jari 150     private static final String BORDER_COLOR_CMD = "select-border-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 151     private static final String COLOR_SCALE_CMD = "set-color-scale-cmd";
2 26 Feb 07 jari 152     private static final String DISPLAY_LABEL_ACTION = "display--label-action";
2 26 Feb 07 jari 153     private static final String DISPLAY_LABEL_CMD    = "display-label-cmd";
2 26 Feb 07 jari 154     private static final String GREEN_RED_COLOR_SCHEME_CMD = "display-green-red-scheme-cmd";
2 26 Feb 07 jari 155     private static final String BLUE_YELLOW_COLOR_SCHEME_CMD = "display-blue-yellow-scheme-cmd";
2 26 Feb 07 jari 156     private static final String CUSTOM_COLOR_SCHEME_CMD = "display-custom-color-scheme-cmd";
2 26 Feb 07 jari 157     private static final String DISPLAY_DRAW_BORDERS_CMD = "display-draw-borders-cmd";
2 26 Feb 07 jari 158     private static final String DISPLAY_2X2_CMD = "display-2x2-cmd";
2 26 Feb 07 jari 159     private static final String DISPLAY_5X5_CMD = "display-5x5-cmd";
2 26 Feb 07 jari 160     private static final String DISPLAY_10X10_CMD = "display-10x10-cmd";
2 26 Feb 07 jari 161     private static final String DISPLAY_15X15_CMD = "display-15x15-cmd";
2 26 Feb 07 jari 162     private static final String DISPLAY_OTHER_CMD = "display-other-cmd";
2 26 Feb 07 jari 163     private static final String SET_CLUSTER_BORDER_CMD = "set-cluster-border-cmd";
2 26 Feb 07 jari 164     private static final String ANNOTATION_WIDTH_ACTION = "annotation-width-action";
2 26 Feb 07 jari 165     private static final String ANNOTATION_WIDTH_CMD = "annotation-width-cmd";
2 26 Feb 07 jari 166     private static final String TOGGLE_PROXIMITY_SORT_CMD = "Toggle-proximity-cmd";
2 26 Feb 07 jari 167     
2 26 Feb 07 jari 168     public static final String SORT_BY_EXP_NAME_CMD = "sort-by-experiment-cmd";
2 26 Feb 07 jari 169     public static final String SORT_BY_ORIGINAL_ORDER_CMD = "sort-by-original-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 170     public static final String SORT_BY_PROXIMITY_CMD = "sort-by-proximity-cmd";
2 26 Feb 07 jari 171     private static final String SAVE_NEIGHBORS_CMD = "save-k-neighbors";
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173     /**
2 26 Feb 07 jari 174      * Constructs a <code>GDMExpViewer</code> for specified results.
2 26 Feb 07 jari 175      */
2 26 Feb 07 jari 176     
2 26 Feb 07 jari 177     public GDMExpViewer(){}
2 26 Feb 07 jari 178
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180     public GDMExpViewer(IFramework fmwk, AlgorithmData aData, String distMetric, int displayEvery, int [][] clusters, int numOfClusters) {
2 26 Feb 07 jari 181         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         this.framework = fmwk;
2 26 Feb 07 jari 184         this.distanceMetric = distMetric;
2 26 Feb 07 jari 185         
2 26 Feb 07 jari 186         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 187
2 26 Feb 07 jari 188         setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 189         
2 26 Feb 07 jari 190         this.expData = fmwk.getData();
2 26 Feb 07 jari 191         this.experiment = expData.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 192         
2 26 Feb 07 jari 193         this.probes = expData.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 194         this.featuresCount = expData.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 195         
2 26 Feb 07 jari 196         this.displayEvery = displayEvery;
2 26 Feb 07 jari 197         this.expDistMatrix = (aData.getMatrix("gdMatrix")).getSubMatrix(displayEvery);
2 26 Feb 07 jari 198         
2 26 Feb 07 jari 199         this.rawMatrix = (aData.getMatrix("rawMatrix")).getSubMatrix(displayEvery);
2 26 Feb 07 jari 200         
2 26 Feb 07 jari 201         AlgorithmParameters params = aData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 204         this.numOfClusters = numOfClusters;
2 26 Feb 07 jari 205         
2 26 Feb 07 jari 206         this.maxValue = params.getFloat("maxDist");
2 26 Feb 07 jari 207         this.minValue = params.getFloat("minDist");
2 26 Feb 07 jari 208         this.origMaxValue = maxValue;
2 26 Feb 07 jari 209         this.origMinValue = minValue;
2 26 Feb 07 jari 210         
2 26 Feb 07 jari 211         this.maxExpNameLength = params.getInt("maxExpNameLength");
2 26 Feb 07 jari 212         
2 26 Feb 07 jari 213         this.num_experiments = this.featuresCount/displayEvery;
2 26 Feb 07 jari 214         
2 26 Feb 07 jari 215         this.borderColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 216         this.clusterBorderColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 217         
2 26 Feb 07 jari 218         this.insets = new Insets(1, 1, 1, 1);
2 26 Feb 07 jari 219         
2 26 Feb 07 jari 220         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 221         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 222         
2 26 Feb 07 jari 223         if(this.displayEvery==1) {
2 26 Feb 07 jari 224             setIndices(createIndices());
2 26 Feb 07 jari 225         } else if (this.displayEvery > 1) {
2 26 Feb 07 jari 226             setIndices(createIndices(this.displayEvery));
2 26 Feb 07 jari 227         }
2 26 Feb 07 jari 228         
2 26 Feb 07 jari 229         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 230         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 231         addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 232         addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 233         
2 26 Feb 07 jari 234         this.expColumnHeaderSP = createHeader(TRACE_SPACE, true, xWidth, MAX_COL_HEIGHT, elementSize);
2 26 Feb 07 jari 235         this.expRowHeaderSP = createHeader(TRACE_SPACE, false, MAX_ROW_WIDTH, xHeight, elementSize);
2 26 Feb 07 jari 236         
2 26 Feb 07 jari 237         this.expColumnHeaderSP.setMatrixListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 238         this.expRowHeaderSP.setMatrixListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 239         
2 26 Feb 07 jari 240         this.content = createContent(MAX_MATRIX_WIDTH, MAX_MATRIX_WIDTH, listener);
2 26 Feb 07 jari 241         
2 26 Feb 07 jari 242         this.upperRightCornerSB = createScrollBar(JScrollBar.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 243         this.lowerLeftCornerSB = createScrollBar(JScrollBar.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 244         
2 26 Feb 07 jari 245         setMaxWidth(content, expColumnHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 246         setMaxHeight(content, expRowHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 247         
2 26 Feb 07 jari 248         expColumnHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 249         expRowHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         expColumnHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 252         expRowHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 253         
2 26 Feb 07 jari 254         add(content);
2 26 Feb 07 jari 255         
2 26 Feb 07 jari 256         // Create a "pop-up" context menu for GDM Viewer
2 26 Feb 07 jari 257         popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 258         
2 26 Feb 07 jari 259         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 260         setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 261         
2 26 Feb 07 jari 262     }
2 26 Feb 07 jari 263     
2 26 Feb 07 jari 264     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 265       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 266           new Object[]{this.experiment, expDistMatrix, rawMatrix, 
2 26 Feb 07 jari 267           new Integer(probes), new Integer(featuresCount), new Float(minValue), distanceMetric,
2 26 Feb 07 jari 268         new Float(origMaxValue), new Float(origMinValue), new Float(maxValue), new Integer(maxExpNameLength), 
2 26 Feb 07 jari 269         new Integer(displayEvery), clusters, new Integer(numOfClusters)});
2 26 Feb 07 jari 270     }  
2 26 Feb 07 jari 271     
2 26 Feb 07 jari 272     /**
2 26 Feb 07 jari 273      * Creates a new GDMExpViewer from saved state data.  
2 26 Feb 07 jari 274      * 
2 26 Feb 07 jari 275      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 276      * @param expDistMatrix
2 26 Feb 07 jari 277      * @param rawMatrix
2 26 Feb 07 jari 278      * @param probes
2 26 Feb 07 jari 279      * @param featuresCount
2 26 Feb 07 jari 280      * @param minValue
2 26 Feb 07 jari 281      * @param distMetric
2 26 Feb 07 jari 282      * @param origMaxValue
2 26 Feb 07 jari 283      * @param origMinValue
2 26 Feb 07 jari 284      * @param maxValue
2 26 Feb 07 jari 285      * @param maxExpNameLength
2 26 Feb 07 jari 286      * @param displayEvery
2 26 Feb 07 jari 287      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 288      * @param numOfClusters
2 26 Feb 07 jari 289      */
2 26 Feb 07 jari 290     public GDMExpViewer(Experiment e, FloatMatrix expDistMatrix, FloatMatrix rawMatrix, 
2 26 Feb 07 jari 291       Integer probes, Integer featuresCount, Float minValue, String distMetric, 
2 26 Feb 07 jari 292       Float origMaxValue, Float origMinValue, Float maxValue, Integer maxExpNameLength, 
2 26 Feb 07 jari 293       Integer displayEvery, int [][] clusters, Integer numOfClusters) {
2 26 Feb 07 jari 294     
2 26 Feb 07 jari 295          setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         this.distanceMetric = distMetric;
2 26 Feb 07 jari 298         
2 26 Feb 07 jari 299         setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 300         this.probes = probes.intValue();
2 26 Feb 07 jari 301         this.featuresCount = featuresCount.intValue();
2 26 Feb 07 jari 302         
2 26 Feb 07 jari 303         this.displayEvery = displayEvery.intValue();
2 26 Feb 07 jari 304         this.expDistMatrix = expDistMatrix;
2 26 Feb 07 jari 305         
2 26 Feb 07 jari 306         this.rawMatrix = rawMatrix;
2 26 Feb 07 jari 307         
2 26 Feb 07 jari 308         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 309         this.numOfClusters = numOfClusters.intValue();
2 26 Feb 07 jari 310         
2 26 Feb 07 jari 311         this.maxValue = maxValue.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 312         this.minValue = minValue.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 313         this.origMaxValue = origMaxValue.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 314         this.origMinValue = origMinValue.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 315         
2 26 Feb 07 jari 316         this.maxExpNameLength = maxExpNameLength.intValue();
2 26 Feb 07 jari 317         
2 26 Feb 07 jari 318         this.num_experiments = this.featuresCount/(displayEvery.intValue());
2 26 Feb 07 jari 319         
2 26 Feb 07 jari 320         this.borderColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 321         this.clusterBorderColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 322         
2 26 Feb 07 jari 323         this.insets = new Insets(1, 1, 1, 1);
2 26 Feb 07 jari 324         
2 26 Feb 07 jari 325         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 326         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 327     
2 26 Feb 07 jari 328         if(this.displayEvery==1) {
2 26 Feb 07 jari 329             setIndices(createIndices());
2 26 Feb 07 jari 330         } else if (this.displayEvery > 1) {
2 26 Feb 07 jari 331             setIndices(createIndices(this.displayEvery));
2 26 Feb 07 jari 332         }
2 26 Feb 07 jari 333         this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 334
2 26 Feb 07 jari 335         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 336         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 337         addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 338         addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 339         
2 26 Feb 07 jari 340          this.expColumnHeaderSP = createHeader(TRACE_SPACE, true, xWidth, MAX_COL_HEIGHT, elementSize);
2 26 Feb 07 jari 341         this.expRowHeaderSP = createHeader(TRACE_SPACE, false, MAX_ROW_WIDTH, xHeight, elementSize);
2 26 Feb 07 jari 342        
2 26 Feb 07 jari 343         this.expColumnHeaderSP.setMatrixListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 344         this.expRowHeaderSP.setMatrixListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 345         
2 26 Feb 07 jari 346         this.content = createContent(MAX_MATRIX_WIDTH, MAX_MATRIX_WIDTH, listener);
2 26 Feb 07 jari 347         
2 26 Feb 07 jari 348         this.upperRightCornerSB = createScrollBar(JScrollBar.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 349         this.lowerLeftCornerSB = createScrollBar(JScrollBar.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 350         
2 26 Feb 07 jari 351         setMaxWidth(content, expColumnHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 352         setMaxHeight(content, expRowHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 353         
2 26 Feb 07 jari 354         expColumnHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 355         expRowHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 356         
2 26 Feb 07 jari 357         expColumnHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 358         expRowHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 359         
2 26 Feb 07 jari 360         add(content);
2 26 Feb 07 jari 361         
2 26 Feb 07 jari 362         // Create a "pop-up" context menu for GDM Viewer
2 26 Feb 07 jari 363         popup = createJPopupMenu(listener); 
2 26 Feb 07 jari 364         
2 26 Feb 07 jari 365         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 366         setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 367     }
2 26 Feb 07 jari 368
2 26 Feb 07 jari 369
2 26 Feb 07 jari 370   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 371    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 372    */
2 26 Feb 07 jari 373   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 374     this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 375     }
2 26 Feb 07 jari 376     
2 26 Feb 07 jari 377     
2 26 Feb 07 jari 378     public void setMainFrame(JFrame mframe) {
2 26 Feb 07 jari 379         this.mainframe = mframe;
2 26 Feb 07 jari 380     }
2 26 Feb 07 jari 381     
2 26 Feb 07 jari 382     private void setIndices(int [] indexes) {
2 26 Feb 07 jari 383         this.indices = indexes;
2 26 Feb 07 jari 384     }
2 26 Feb 07 jari 385     
2 26 Feb 07 jari 386     private int [] getIndices() {
2 26 Feb 07 jari 387         return this.indices;
2 26 Feb 07 jari 388     }
2 26 Feb 07 jari 389     
2 26 Feb 07 jari 390     private int [] createIndices(int displayEvery) {
2 26 Feb 07 jari 391         
2 26 Feb 07 jari 392         int indicesSize = this.num_experiments;
2 26 Feb 07 jari 393         int [] indices = new int [indicesSize];
2 26 Feb 07 jari 394         int i=0, total=0, index=0;
2 26 Feb 07 jari 395         
2 26 Feb 07 jari 396         for (index=0; index < this.probes; index++) {
2 26 Feb 07 jari 397             if ((total % this.displayEvery == 0) && (i<indicesSize)) {
2 26 Feb 07 jari 398                 indices[i] = index;
2 26 Feb 07 jari 399                 i++;
2 26 Feb 07 jari 400             }
2 26 Feb 07 jari 401             total++;
2 26 Feb 07 jari 402         }
2 26 Feb 07 jari 403         
2 26 Feb 07 jari 404         total = 0;
2 26 Feb 07 jari 405         if (this.numOfClusters > 0) {
2 26 Feb 07 jari 406             clusterlength = new int [numOfClusters];
2 26 Feb 07 jari 407             i=0;
2 26 Feb 07 jari 408             for (int j=0; j<this.numOfClusters; j++) {
2 26 Feb 07 jari 409                 for(int k=0; k<clusters[j].length; k++) {
2 26 Feb 07 jari 410                     if ( (total % this.displayEvery == 0) && (i < indicesSize)) {
2 26 Feb 07 jari 411                         indices[i] = clusters[j][k];
2 26 Feb 07 jari 412                         i++;
2 26 Feb 07 jari 413                         clusterlength[j] ++;
2 26 Feb 07 jari 414                     }
2 26 Feb 07 jari 415                     total++;
2 26 Feb 07 jari 416                 }
2 26 Feb 07 jari 417             }
2 26 Feb 07 jari 418         }
2 26 Feb 07 jari 419         return indices;
2 26 Feb 07 jari 420     }
2 26 Feb 07 jari 421     
2 26 Feb 07 jari 422     private int [] createIndices() {
2 26 Feb 07 jari 423         int [] indices = new int [this.num_experiments];
2 26 Feb 07 jari 424         for (int i=0; i<indices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 425             indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 426         }
2 26 Feb 07 jari 427         
2 26 Feb 07 jari 428         
2 26 Feb 07 jari 429         if (this.numOfClusters > 0) {
2 26 Feb 07 jari 430             clusterlength = new int [this.num_experiments];
2 26 Feb 07 jari 431             int i=0;
2 26 Feb 07 jari 432             
2 26 Feb 07 jari 433             for (int j=0; j<this.numOfClusters; j++) {
2 26 Feb 07 jari 434                 for(int k=0; k<clusters[j].length; k++) {
2 26 Feb 07 jari 435                     indices[i] = clusters[j][k];
2 26 Feb 07 jari 436                     clusterlength[j] ++;
2 26 Feb 07 jari 437                     i++;
2 26 Feb 07 jari 438                 }
2 26 Feb 07 jari 439             }
2 26 Feb 07 jari 440         }
2 26 Feb 07 jari 441         
2 26 Feb 07 jari 442         return indices;
2 26 Feb 07 jari 443     }
2 26 Feb 07 jari 444     
2 26 Feb 07 jari 445     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 446         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 447         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 448         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 449             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 450         } else {
2 26 Feb 07 jari 451             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 452         }
2 26 Feb 07 jari 453     }
2 26 Feb 07 jari 454     
2 26 Feb 07 jari 455     private void setMaxHeight(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 456         int c_height = content.getPreferredSize().height;
2 26 Feb 07 jari 457         int h_height = header.getPreferredSize().height;
2 26 Feb 07 jari 458         if (c_height > h_height) {
2 26 Feb 07 jari 459             header.setPreferredSize(new Dimension(header.getPreferredSize().width, c_height));
2 26 Feb 07 jari 460         } else {
2 26 Feb 07 jari 461             content.setPreferredSize(new Dimension(content.getPreferredSize().width, h_height));
2 26 Feb 07 jari 462         }
2 26 Feb 07 jari 463     }
2 26 Feb 07 jari 464     
2 26 Feb 07 jari 465     /**
2 26 Feb 07 jari 466      * Returns a gradient image for positive values.
2 26 Feb 07 jari 467      */
2 26 Feb 07 jari 468     public BufferedImage getPosColorImage() {
2 26 Feb 07 jari 469         return posColorImage;
2 26 Feb 07 jari 470     }
2 26 Feb 07 jari 471     
2 26 Feb 07 jari 472     /**
2 26 Feb 07 jari 473      * Returns a gradient image for negative values.
2 26 Feb 07 jari 474      */
2 26 Feb 07 jari 475     public BufferedImage getNegColorImage() {
2 26 Feb 07 jari 476         return negColorImage;
2 26 Feb 07 jari 477     }
2 26 Feb 07 jari 478     
2 26 Feb 07 jari 479     
2 26 Feb 07 jari 480     /**
2 26 Feb 07 jari 481      * Returns a gradient image for positive values.
2 26 Feb 07 jari 482      */
2 26 Feb 07 jari 483     public void setPosColorImage(BufferedImage image) {
2 26 Feb 07 jari 484         this.posColorImage = image;
2 26 Feb 07 jari 485     }
2 26 Feb 07 jari 486     
2 26 Feb 07 jari 487     /**
2 26 Feb 07 jari 488      * Returns a gradient image for negative values.
2 26 Feb 07 jari 489      */
2 26 Feb 07 jari 490     public void setNegColorImage(BufferedImage image) {
2 26 Feb 07 jari 491         this.negColorImage = image;
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493     
2 26 Feb 07 jari 494     public void setBorderColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 495         this.borderColor = color;
2 26 Feb 07 jari 496     }
2 26 Feb 07 jari 497     
2 26 Feb 07 jari 498     private GDMExpHeader createHeader(int tracespace, boolean colHdr,
2 26 Feb 07 jari 499     int width, int height, Dimension eSize) {
2 26 Feb 07 jari 500         
2 26 Feb 07 jari 501         GDMExpHeader hdr = new GDMExpHeader(insets, tracespace, colHdr, experiment, width, height, eSize, maxExpNameLength, featuresCount, indices);
2 26 Feb 07 jari 502         
2 26 Feb 07 jari 503         return hdr;
2 26 Feb 07 jari 504     }
2 26 Feb 07 jari 505     
2 26 Feb 07 jari 506     private JPanel createContent(int width, int height, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 507         JPanel cPanel = new JPanel(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 508         cPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 509         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 510         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 511         cPanel.setSize(xWidth+5, xHeight+5);
2 26 Feb 07 jari 512         cPanel.setPreferredSize(new Dimension(xWidth+5, xHeight+5));
2 26 Feb 07 jari 513         cPanel.setOpaque(true);
2 26 Feb 07 jari 514         cPanel.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 515         return cPanel;
2 26 Feb 07 jari 516     }
2 26 Feb 07 jari 517     
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519     private JScrollBar createScrollBar(int orientation) {
2 26 Feb 07 jari 520         
2 26 Feb 07 jari 521         JScrollBar jsb = new JScrollBar(orientation);
2 26 Feb 07 jari 522         
2 26 Feb 07 jari 523         // VERTICAL Upper Right Corner ScrollBar for Column Header component
2 26 Feb 07 jari 524         if (orientation == JScrollBar.VERTICAL) {
2 26 Feb 07 jari 525             jsb.setModel(expColumnHeaderSP.getVerticalScrollBar().getModel());
2 26 Feb 07 jari 526         } else {
2 26 Feb 07 jari 527             // HORIZONTAL Lower Left Corner ScrollBar for Row Header component
2 26 Feb 07 jari 528             jsb.setModel(expRowHeaderSP.getHorizontalScrollBar().getModel());
2 26 Feb 07 jari 529         }
2 26 Feb 07 jari 530         return jsb;
2 26 Feb 07 jari 531     }
2 26 Feb 07 jari 532     
2 26 Feb 07 jari 533     
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     /**
2 26 Feb 07 jari 536      * Returns index of top row.
2 26 Feb 07 jari 537      */
2 26 Feb 07 jari 538     private int getTopIndex(int top) {
2 26 Feb 07 jari 539         if (top<0) {
2 26 Feb 07 jari 540             return 0;
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542         return (top-insets.top)/elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 543     }
2 26 Feb 07 jari 544     
2 26 Feb 07 jari 545     /**
2 26 Feb 07 jari 546      * Returns index of left column.
2 26 Feb 07 jari 547      */
2 26 Feb 07 jari 548     private int getLeftIndex(int left) {
2 26 Feb 07 jari 549         if (left<0) {
2 26 Feb 07 jari 550             return 0;
2 26 Feb 07 jari 551         }
2 26 Feb 07 jari 552         return (left-insets.left)/(elementSize.width+getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 553     }
2 26 Feb 07 jari 554     
2 26 Feb 07 jari 555     
2 26 Feb 07 jari 556     /**
2 26 Feb 07 jari 557      * Returns index of right column.
2 26 Feb 07 jari 558      */
2 26 Feb 07 jari 559     private int getRightIndex(int right, int limit) {
2 26 Feb 07 jari 560         if (right<0) {
2 26 Feb 07 jari 561             return 0;
2 26 Feb 07 jari 562         }
2 26 Feb 07 jari 563         int result = (right-insets.left)/(elementSize.width+getSpacing())+1;
2 26 Feb 07 jari 564         return result > limit ? limit : result;
2 26 Feb 07 jari 565     }
2 26 Feb 07 jari 566     
2 26 Feb 07 jari 567     
2 26 Feb 07 jari 568     /**
2 26 Feb 07 jari 569      * Returns index of bottom row.
2 26 Feb 07 jari 570      */
2 26 Feb 07 jari 571     private int getBottomIndex(int bottom, int limit) {
2 26 Feb 07 jari 572         if (bottom<0) {
2 26 Feb 07 jari 573             return 0;
2 26 Feb 07 jari 574         }
2 26 Feb 07 jari 575         int result = (bottom-insets.top)/elementSize.height+1;
2 26 Feb 07 jari 576         return result > limit ? limit : result;
2 26 Feb 07 jari 577     }
2 26 Feb 07 jari 578     
2 26 Feb 07 jari 579     public void paint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 580         super.paint(g1D);
2 26 Feb 07 jari 581         if (num_experiments == 0 || framework == null) { // empty data
2 26 Feb 07 jari 582             return;
2 26 Feb 07 jari 583         }
2 26 Feb 07 jari 584         
2 26 Feb 07 jari 585         Graphics2D g2D = (Graphics2D)g1D;
2 26 Feb 07 jari 586         
2 26 Feb 07 jari 587         if (isAntiAliasing) {//Anti-aliasing is on
2 26 Feb 07 jari 588             g2D.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 589             g2D.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 590         }
2 26 Feb 07 jari 591         
2 26 Feb 07 jari 592         drawColumns(g2D);
2 26 Feb 07 jari 593         
2 26 Feb 07 jari 594         if (isDrawClusterBorders && numOfClusters > 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 595             drawClusterBorder(g2D);
2 26 Feb 07 jari 596         }
2 26 Feb 07 jari 597         
2 26 Feb 07 jari 598         return;
2 26 Feb 07 jari 599     }
2 26 Feb 07 jari 600     
2 26 Feb 07 jari 601     private void drawClusterBorder(Graphics2D g2d) {
2 26 Feb 07 jari 602         
2 26 Feb 07 jari 603         int xPosition = insets.left;
2 26 Feb 07 jari 604         int yPosition = insets.top;
2 26 Feb 07 jari 605         int width=0, height=0;
2 26 Feb 07 jari 606         
2 26 Feb 07 jari 607         Graphics g = (Graphics) g2d;
2 26 Feb 07 jari 608         
2 26 Feb 07 jari 609         g.setColor(clusterBorderColor);
2 26 Feb 07 jari 610         
2 26 Feb 07 jari 611         for (int i = 0; i < this.numOfClusters; i++) {
2 26 Feb 07 jari 612             height = this.clusterlength[i]* (this.elementSize.height + getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 613             xPosition = insets.left;
2 26 Feb 07 jari 614             
2 26 Feb 07 jari 615             for (int j = 0; j < this.numOfClusters; j++) {
2 26 Feb 07 jari 616                 width = this.clusterlength[j] * (this.elementSize.width + getSpacing());
2 26 Feb 07 jari 617                 g.drawRect( xPosition, yPosition, width, height);
2 26 Feb 07 jari 618                 xPosition += width;
2 26 Feb 07 jari 619             }
2 26 Feb 07 jari 620             yPosition += height;
2 26 Feb 07 jari 621         }
2 26 Feb 07 jari 622     }
2 26 Feb 07 jari 623     
2 26 Feb 07 jari 624     private void drawRowColorBar(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 625         Rectangle bounds = g.getClipBounds();
2 26 Feb 07 jari 626         final int top = getTopIndex(bounds.y);
2 26 Feb 07 jari 627         int bottom =0;
2 26 Feb 07 jari 628         
2 26 Feb 07 jari 629         bottom = getBottomIndex(bounds.y+bounds.height, featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 630         
2 26 Feb 07 jari 631         for (int row=top; row<bottom; row++) {
2 26 Feb 07 jari 632             fillRowClusterRectAt(g, row, 5);
2 26 Feb 07 jari 633         }
2 26 Feb 07 jari 634     }
2 26 Feb 07 jari 635     
2 26 Feb 07 jari 636     /**
2 26 Feb 07 jari 637      * fills cluster colors
2 26 Feb 07 jari 638      */
2 26 Feb 07 jari 639     private void fillRowClusterRectAt(Graphics g, int row, int xLoc) {
2 26 Feb 07 jari 640         
2 26 Feb 07 jari 641         Color expColor = null;
2 26 Feb 07 jari 642         
2 26 Feb 07 jari 643         expColor = expData.getExperimentColor(indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 644         
2 26 Feb 07 jari 645         if(expColor == null)
2 26 Feb 07 jari 646             expColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 647         
2 26 Feb 07 jari 648         g.setColor(expColor);
2 26 Feb 07 jari 649         g.fillRect(xLoc, row*elementSize.height + insets.top, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 650     }
2 26 Feb 07 jari 651     
2 26 Feb 07 jari 652     private void drawColumnColorBar(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 653         Rectangle bounds = g.getClipBounds();
2 26 Feb 07 jari 654         final int left = getLeftIndex(bounds.x);
2 26 Feb 07 jari 655         int right = 0;
2 26 Feb 07 jari 656         
2 26 Feb 07 jari 657         right = getRightIndex(bounds.x+bounds.width, featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 658         
2 26 Feb 07 jari 659         for (int column = left; column < right; column++) {
2 26 Feb 07 jari 660             fillColumnClusterRectAt(g, 5, column);
2 26 Feb 07 jari 661         }
2 26 Feb 07 jari 662     }
2 26 Feb 07 jari 663     
2 26 Feb 07 jari 664     /**
2 26 Feb 07 jari 665      * fills cluster colors
2 26 Feb 07 jari 666      */
2 26 Feb 07 jari 667     private void fillColumnClusterRectAt(Graphics g, int yLoc, int column) {
2 26 Feb 07 jari 668         
2 26 Feb 07 jari 669         Color expColor = null;
2 26 Feb 07 jari 670         
2 26 Feb 07 jari 671         expColor = expData.getExperimentColor(indices[column]);
2 26 Feb 07 jari 672         
2 26 Feb 07 jari 673         if(expColor == null)
2 26 Feb 07 jari 674             expColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 675         
2 26 Feb 07 jari 676         g.setColor(expColor);
2 26 Feb 07 jari 677         g.fillRect(column*elementSize.width + insets.top, yLoc, elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 678     }
2 26 Feb 07 jari 679     
2 26 Feb 07 jari 680     private void drawColumns(Graphics2D g) {
2 26 Feb 07 jari 681         
2 26 Feb 07 jari 682         Rectangle bounds = g.getClipBounds();
2 26 Feb 07 jari 683         final int top = getTopIndex(bounds.y);
2 26 Feb 07 jari 684         final int left = getLeftIndex(bounds.x);
2 26 Feb 07 jari 685         
2 26 Feb 07 jari 686         int bottom = 0;
2 26 Feb 07 jari 687         int right = 0;
2 26 Feb 07 jari 688         
2 26 Feb 07 jari 689         bottom = getBottomIndex(bounds.y+bounds.height, featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 690         right = getRightIndex(bounds.x+bounds.width, featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 691         
2 26 Feb 07 jari 692         for (int column = left; column < right; column++) {
2 26 Feb 07 jari 693             drawColumn(g, column, top, bottom);
2 26 Feb 07 jari 694         }
2 26 Feb 07 jari 695         
2 26 Feb 07 jari 696         drawPerimeter(g);
2 26 Feb 07 jari 697     }
2 26 Feb 07 jari 698     
2 26 Feb 07 jari 699     private void drawPerimeter(Graphics2D g){
2 26 Feb 07 jari 700         Color color = g.getColor();
2 26 Feb 07 jari 701         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 702         if(this.isDrawClusterBorders && this.numOfClusters > 0)
2 26 Feb 07 jari 703             g.drawRect(0,0, getXSize()-insets.right+1, getYSize()-insets.bottom+1);
2 26 Feb 07 jari 704         else
2 26 Feb 07 jari 705             g.drawRect(0,0, getXSize()-insets.right, getYSize()-insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 706         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 707     }
2 26 Feb 07 jari 708     
2 26 Feb 07 jari 709     /**
2 26 Feb 07 jari 710      * Draws a specified column.
2 26 Feb 07 jari 711      */
2 26 Feb 07 jari 712     private void drawColumn(Graphics2D g, int column, final int top, final int bottom) {
2 26 Feb 07 jari 713         for (int row = top; row < bottom; row++) {
2 26 Feb 07 jari 714             drawSlideDataElement(g, row, column);
2 26 Feb 07 jari 715         }
2 26 Feb 07 jari 716     }
2 26 Feb 07 jari 717     
2 26 Feb 07 jari 718     /**
2 26 Feb 07 jari 719      * Draws an element rectangle to specified row and column.
2 26 Feb 07 jari 720      */
2 26 Feb 07 jari 721     private void drawSlideDataElement(Graphics g, final int row, final int column) {
2 26 Feb 07 jari 722         
2 26 Feb 07 jari 723         Color holdColor;
2 26 Feb 07 jari 724         
2 26 Feb 07 jari 725         float distance = expDistMatrix.get(indices[row], indices[column]);
2 26 Feb 07 jari 726         if (Float.isNaN(distance)) {
2 26 Feb 07 jari 727             holdColor = NaNColor;
2 26 Feb 07 jari 728         } else if (distance == 0 && row == column) {
2 26 Feb 07 jari 729             holdColor = diagColor;
2 26 Feb 07 jari 730         } else if (distance == 0 && row != column) {
2 26 Feb 07 jari 731             holdColor = zeroColor;
2 26 Feb 07 jari 732         } else {
2 26 Feb 07 jari 733             holdColor = getColor(distance);
2 26 Feb 07 jari 734         }
2 26 Feb 07 jari 735         g.setColor(holdColor);
2 26 Feb 07 jari 736         g.fillRect( getXPos(column), getYPos(row), elementSize.width, elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 737         
2 26 Feb 07 jari 738         if (isDrawBorders && elementSize.width > 2) {
2 26 Feb 07 jari 739             g.setColor(borderColor);
2 26 Feb 07 jari 740             g.drawRect( getXPos(column), getYPos(row), elementSize.width -1, elementSize.height -1);
2 26 Feb 07 jari 741         }
2 26 Feb 07 jari 742     }
2 26 Feb 07 jari 743     
2 26 Feb 07 jari 744     /**
2 26 Feb 07 jari 745      * Creates a gradient image with specified initial colors.
2 26 Feb 07 jari 746      */
2 26 Feb 07 jari 747     private BufferedImage createGradientImage(Color color1, Color color2) {
2 26 Feb 07 jari 748         BufferedImage image = new BufferedImage(256, 1, BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 749         Graphics2D graphics = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 750         GradientPaint gp = new GradientPaint(0, 0, color1, 255, 0, color2);
2 26 Feb 07 jari 751         graphics.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 752         graphics.drawRect(0, 0, 255, 1);
2 26 Feb 07 jari 753         return image;
2 26 Feb 07 jari 754     }
2 26 Feb 07 jari 755     
2 26 Feb 07 jari 756     private Color getColor(float value) {
2 26 Feb 07 jari 757         if (Float.isNaN(value) || posColorImage == null || negColorImage == null) {
2 26 Feb 07 jari 758             return NaNColor;
2 26 Feb 07 jari 759         }
2 26 Feb 07 jari 760         //float maximum = value < 0 ? this.minValue : this.maxValue;
2 26 Feb 07 jari 761         
2 26 Feb 07 jari 762         int colorIndex = (int)(255*(value-this.minValue)/this.maxValue);
2 26 Feb 07 jari 763         if(colorIndex > 255)
2 26 Feb 07 jari 764             colorIndex = 255;
2 26 Feb 07 jari 765         if(colorIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 766             colorIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 767         int rgb = value < 0 ? negColorImage.getRGB(255-colorIndex, 0) : posColorImage.getRGB(colorIndex, 0);
2 26 Feb 07 jari 768         
2 26 Feb 07 jari 769         return new Color(rgb);
2 26 Feb 07 jari 770     }
2 26 Feb 07 jari 771     
2 26 Feb 07 jari 772     
2 26 Feb 07 jari 773     private void setFontSize(int width) {
2 26 Feb 07 jari 774         if (width > 12)
2 26 Feb 07 jari 775             width = 12;
2 26 Feb 07 jari 776         setFont(new Font("monspaced", Font.PLAIN, width));
2 26 Feb 07 jari 777     }
2 26 Feb 07 jari 778     
2 26 Feb 07 jari 779     public void setElementWidth(int width) {
2 26 Feb 07 jari 780         this.elementWidth = width;
2 26 Feb 07 jari 781         setFontSize(width);
2 26 Feb 07 jari 782     }
2 26 Feb 07 jari 783     
2 26 Feb 07 jari 784     public int getElementWidth() {
2 26 Feb 07 jari 785         return this.elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 786     }
2 26 Feb 07 jari 787     
2 26 Feb 07 jari 788     void setTracing(boolean isTracing) {
2 26 Feb 07 jari 789         this.isTracing = isTracing;
2 26 Feb 07 jari 790     }
2 26 Feb 07 jari 791     
2 26 Feb 07 jari 792     private int getSpacing() {
2 26 Feb 07 jari 793         if (isTracing)
2 26 Feb 07 jari 794             return tracespace;
2 26 Feb 07 jari 795         return 0;
2 26 Feb 07 jari 796     }
2 26 Feb 07 jari 797     
2 26 Feb 07 jari 798     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 799         return this;
2 26 Feb 07 jari 800     }
2 26 Feb 07 jari 801     
2 26 Feb 07 jari 802     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 803         return expColumnHeaderSP;
2 26 Feb 07 jari 804     }
2 26 Feb 07 jari 805     
2 26 Feb 07 jari 806     public JComponent getColumnHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 807         return expColumnHeaderSP;
2 26 Feb 07 jari 808     }
2 26 Feb 07 jari 809     
2 26 Feb 07 jari 810     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 811         return expRowHeaderSP;
2 26 Feb 07 jari 812     }
2 26 Feb 07 jari 813     
2 26 Feb 07 jari 814     public JComponent getUpperRightCornerSB() {
2 26 Feb 07 jari 815         return upperRightCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 816     }
2 26 Feb 07 jari 817     
2 26 Feb 07 jari 818     public JComponent getLowerLeftCornerSB() {
2 26 Feb 07 jari 819         return lowerLeftCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 820     }
2 26 Feb 07 jari 821     
2 26 Feb 07 jari 822     /**
2 26 Feb 07 jari 823      * Returns a width of the viewer.
2 26 Feb 07 jari 824      */
2 26 Feb 07 jari 825     private int getXSize() {
2 26 Feb 07 jari 826         int size = 0;
2 26 Feb 07 jari 827         size = (featuresCount*elementSize.width)+((featuresCount-1)*getSpacing()+insets.left+insets.right);
2 26 Feb 07 jari 828         
2 26 Feb 07 jari 829         return size;
2 26 Feb 07 jari 830     }
2 26 Feb 07 jari 831     
2 26 Feb 07 jari 832     /**
2 26 Feb 07 jari 833      * Returns a height of the viewer.
2 26 Feb 07 jari 834      */
2 26 Feb 07 jari 835     private int getYSize() {
2 26 Feb 07 jari 836         int size = 0;
2 26 Feb 07 jari 837         size = (featuresCount*elementSize.height)+((featuresCount-1)*getSpacing()+insets.top+insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 838         
2 26 Feb 07 jari 839         return size;
2 26 Feb 07 jari 840     }
2 26 Feb 07 jari 841     
2 26 Feb 07 jari 842     /**
2 26 Feb 07 jari 843      * Returns max label width.
2 26 Feb 07 jari 844      */
2 26 Feb 07 jari 845     private int getMaxExpNameLength() {
2 26 Feb 07 jari 846         return maxExpNameLength;
2 26 Feb 07 jari 847     }
2 26 Feb 07 jari 848     
2 26 Feb 07 jari 849     
2 26 Feb 07 jari 850     /**
2 26 Feb 07 jari 851      * Updates the viewer size.
2 26 Feb 07 jari 852      */
2 26 Feb 07 jari 853     private void updateSize(int annotationSize) {
2 26 Feb 07 jari 854         
2 26 Feb 07 jari 855         int width = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 856         int height = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 857         
2 26 Feb 07 jari 858         setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 859         setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 860         
2 26 Feb 07 jari 861         expColumnHeaderSP.setNumExperiments(featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 862         expColumnHeaderSP.updateSize(annotationSize);
2 26 Feb 07 jari 863         
2 26 Feb 07 jari 864         expRowHeaderSP.setNumExperiments(featuresCount);
2 26 Feb 07 jari 865         expRowHeaderSP.updateSize(annotationSize);
2 26 Feb 07 jari 866         
2 26 Feb 07 jari 867         setMaxWidth(content, expColumnHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 868         setMaxHeight(content, expRowHeaderSP);
2 26 Feb 07 jari 869         
2 26 Feb 07 jari 870         expColumnHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 871         expRowHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 872         
2 26 Feb 07 jari 873         this.upperRightCornerSB.setValues(190, 10, 100, 200);
2 26 Feb 07 jari 874         this.lowerLeftCornerSB.setValues(100, 10, 100, 200);
2 26 Feb 07 jari 875         
2 26 Feb 07 jari 876         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 877         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 878         
2 26 Feb 07 jari 879         repaint();
2 26 Feb 07 jari 880     }
2 26 Feb 07 jari 881     
2 26 Feb 07 jari 882     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 883         
2 26 Feb 07 jari 884         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 885         this.expData = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 886         onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 887         
2 26 Feb 07 jari 888         this.probes = expData.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 889         this.featuresCount = expData.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 890         
2 26 Feb 07 jari 891         this.num_experiments = featuresCount/displayEvery;
2 26 Feb 07 jari 892         
2 26 Feb 07 jari 893         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 894         setFontSize(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 895         
2 26 Feb 07 jari 896         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 897         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 898         
2 26 Feb 07 jari 899         expColumnHeaderSP.setData(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 900         expColumnHeaderSP.setContentWidth(xWidth+10);
2 26 Feb 07 jari 901         expColumnHeaderSP.setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 902         
2 26 Feb 07 jari 903         expRowHeaderSP.setData(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 904         expRowHeaderSP.setContentHeight(xHeight+10);
2 26 Feb 07 jari 905         expRowHeaderSP.setElementHeight(elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 906         
2 26 Feb 07 jari 907         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 908         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 909         
2 26 Feb 07 jari 910         onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 911         onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 912     }
2 26 Feb 07 jari 913     
2 26 Feb 07 jari 914     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 915         
2 26 Feb 07 jari 916         this.probes = expData.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 917         this.featuresCount = expData.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 918         this.num_experiments = this.featuresCount/displayEvery;
2 26 Feb 07 jari 919         
2 26 Feb 07 jari 920         
2 26 Feb 07 jari 921         paletteStyle = menu.getPaletteStyle();
2 26 Feb 07 jari 922         isGRScale = menu.isGRScale();
2 26 Feb 07 jari 923         if (menu.isTracing() == isTracing &&
2 26 Feb 07 jari 924         labelIndex == menu.getLabelIndex() &&
2 26 Feb 07 jari 925         isAntiAliasing == menu.isAntiAliasing()) {
2 26 Feb 07 jari 926             return;
2 26 Feb 07 jari 927         }
2 26 Feb 07 jari 928         
2 26 Feb 07 jari 929         isAntiAliasing = menu.isAntiAliasing();
2 26 Feb 07 jari 930         expColumnHeaderSP.setAntiAliasing(isAntiAliasing);
2 26 Feb 07 jari 931         expRowHeaderSP.setAntiAliasing(isAntiAliasing);
2 26 Feb 07 jari 932         labelIndex = menu.getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 933         isTracing = menu.isTracing();
2 26 Feb 07 jari 934         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, elementSize.height));
2 26 Feb 07 jari 935         
2 26 Feb 07 jari 936         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 937         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 938         
2 26 Feb 07 jari 939         expColumnHeaderSP.setContentWidth(xWidth);
2 26 Feb 07 jari 940         expColumnHeaderSP.setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 941         expColumnHeaderSP.setTracing(isTracing);
2 26 Feb 07 jari 942         
2 26 Feb 07 jari 943         expRowHeaderSP.setContentHeight(xHeight);
2 26 Feb 07 jari 944         expRowHeaderSP.setElementHeight(elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 945         expRowHeaderSP.setTracing(isTracing);
2 26 Feb 07 jari 946         
2 26 Feb 07 jari 947         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 948         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 949         
2 26 Feb 07 jari 950         updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 951     }
2 26 Feb 07 jari 952     
2 26 Feb 07 jari 953     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 954         
2 26 Feb 07 jari 955         this.expData = data;
2 26 Feb 07 jari 956         
2 26 Feb 07 jari 957         this.probes = expData.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 958         this.featuresCount = expData.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 959         
2 26 Feb 07 jari 960         this.num_experiments = this.featuresCount/displayEvery;
2 26 Feb 07 jari 961         
2 26 Feb 07 jari 962         expColumnHeaderSP.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 963         expRowHeaderSP.setData(data);
2 26 Feb 07 jari 964         
2 26 Feb 07 jari 965         updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 966     }
2 26 Feb 07 jari 967     
2 26 Feb 07 jari 968     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 969         return;
2 26 Feb 07 jari 970     }
2 26 Feb 07 jari 971     
2 26 Feb 07 jari 972     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 973         return;
2 26 Feb 07 jari 974     }
2 26 Feb 07 jari 975     
2 26 Feb 07 jari 976     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 977         return null;
2 26 Feb 07 jari 978     }
2 26 Feb 07 jari 979     
2 26 Feb 07 jari 980     /**
2 26 Feb 07 jari 981      * @return true, if specified row and column are exists.
2 26 Feb 07 jari 982      */
2 26 Feb 07 jari 983     private boolean isLegalPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 984         if (isLegalRow(row) && isLegalColumn(column)) {
2 26 Feb 07 jari 985             return true;
2 26 Feb 07 jari 986         }
2 26 Feb 07 jari 987         return false;
2 26 Feb 07 jari 988     }
2 26 Feb 07 jari 989     
2 26 Feb 07 jari 990     /**
2 26 Feb 07 jari 991      * @return true, if specified column is exists.
2 26 Feb 07 jari 992      */
2 26 Feb 07 jari 993     private boolean isLegalColumn(int column) {
2 26 Feb 07 jari 994         if (column < 0 || column > featuresCount -1) {
2 26 Feb 07 jari 995             return false;
2 26 Feb 07 jari 996         }
2 26 Feb 07 jari 997         return true;
2 26 Feb 07 jari 998     }
2 26 Feb 07 jari 999     
2 26 Feb 07 jari 1000     /**
2 26 Feb 07 jari 1001      * @return true, if specified row is exists.
2 26 Feb 07 jari 1002      */
2 26 Feb 07 jari 1003     private boolean isLegalRow(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1004         if (row < 0 || row > featuresCount -1) {
2 26 Feb 07 jari 1005             return false;
2 26 Feb 07 jari 1006         }
2 26 Feb 07 jari 1007         return true;
2 26 Feb 07 jari 1008     }
2 26 Feb 07 jari 1009     
2 26 Feb 07 jari 1010     /**
2 26 Feb 07 jari 1011      * Finds column by specified x coordinate.
2 26 Feb 07 jari 1012      * @return -1 if column was not found.
2 26 Feb 07 jari 1013      */
2 26 Feb 07 jari 1014     private int findColumn(int targetx) {
2 26 Feb 07 jari 1015         int columnSize = elementSize.width + getSpacing();
2 26 Feb 07 jari 1016         
2 26 Feb 07 jari 1017         if (targetx > featuresCount*columnSize - getSpacing() + insets.left || targetx < insets.left) {
2 26 Feb 07 jari 1018             return -1;
2 26 Feb 07 jari 1019         } else {
2 26 Feb 07 jari 1020             return ((targetx)/columnSize);
2 26 Feb 07 jari 1021         }
2 26 Feb 07 jari 1022     }
2 26 Feb 07 jari 1023     
2 26 Feb 07 jari 1024     /**
2 26 Feb 07 jari 1025      * Finds row by specified y coordinate.
2 26 Feb 07 jari 1026      * @return -1 if row was not found.
2 26 Feb 07 jari 1027      */
2 26 Feb 07 jari 1028     private int findRow(int targety) {
2 26 Feb 07 jari 1029         int rowSize = num_experiments*elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 1030         if (targety > rowSize + insets.top || targety < insets.top) {
2 26 Feb 07 jari 1031             return -1;
2 26 Feb 07 jari 1032         } else {
2 26 Feb 07 jari 1033             return (targety)/elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 1034         }
2 26 Feb 07 jari 1035     }
2 26 Feb 07 jari 1036     
2 26 Feb 07 jari 1037     /**
2 26 Feb 07 jari 1038      * Returns x coordinate of a column.
2 26 Feb 07 jari 1039      */
2 26 Feb 07 jari 1040     private int getXPos(int column) {
2 26 Feb 07 jari 1041         return column*(elementSize.width + getSpacing()) + insets.left;
2 26 Feb 07 jari 1042     }
2 26 Feb 07 jari 1043     
2 26 Feb 07 jari 1044     /**
2 26 Feb 07 jari 1045      * Returns y coordinate of a row.
2 26 Feb 07 jari 1046      */
2 26 Feb 07 jari 1047     private int getYPos(int row) {
2 26 Feb 07 jari 1048         return row * elementSize.height + insets.top;
2 26 Feb 07 jari 1049     }
2 26 Feb 07 jari 1050     
2 26 Feb 07 jari 1051     /**
2 26 Feb 07 jari 1052      * Draws a rectangle with specified color.
2 26 Feb 07 jari 1053      */
2 26 Feb 07 jari 1054     private void drawColoredBoxAt(Graphics g, int row, int column, Color color) {
2 26 Feb 07 jari 1055         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 1056         g.drawRect(insets.left + column*(elementSize.width+getSpacing()), insets.top + row*elementSize.height, elementSize.width-1, elementSize.height-1);
2 26 Feb 07 jari 1057     }
2 26 Feb 07 jari 1058     
2 26 Feb 07 jari 1059     public void displayGDMSpotInfo(int col, int row) {
2 26 Feb 07 jari 1060         new GDMExpSpotInfoDisplay(mainframe, this.expData, expDistMatrix, rawMatrix, distanceMetric, col, row);
2 26 Feb 07 jari 1061     }
2 26 Feb 07 jari 1062     
2 26 Feb 07 jari 1063     /**
2 26 Feb 07 jari 1064      * Creates a check box menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 1065      */
2 26 Feb 07 jari 1066     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, Listener listener, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1067         JCheckBoxMenuItem item = new JCheckBoxMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 1068         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 1069         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1070         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 1071         return item;
2 26 Feb 07 jari 1072     }
2 26 Feb 07 jari 1073     
2 26 Feb 07 jari 1074     /**
2 26 Feb 07 jari 1075      * Creates a check box menu item with specified name and acton command.
2 26 Feb 07 jari 1076      */
2 26 Feb 07 jari 1077     private JCheckBoxMenuItem createJCheckBoxMenuItem(String name, String command, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1078         return createJCheckBoxMenuItem(name, command, listener, false);
2 26 Feb 07 jari 1079     }
2 26 Feb 07 jari 1080     
2 26 Feb 07 jari 1081     /**
2 26 Feb 07 jari 1082      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and state.
2 26 Feb 07 jari 1083      */
2 26 Feb 07 jari 1084     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, Listener listener, ButtonGroup buttonGroup, boolean isSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1085         JRadioButtonMenuItem item = new JRadioButtonMenuItem(name);
2 26 Feb 07 jari 1086         item.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 1087         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1088         item.setSelected(isSelected);
2 26 Feb 07 jari 1089         if (buttonGroup != null) {
2 26 Feb 07 jari 1090             buttonGroup.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1091         }
2 26 Feb 07 jari 1092         return item;
2 26 Feb 07 jari 1093     }
2 26 Feb 07 jari 1094     
2 26 Feb 07 jari 1095     /**
2 26 Feb 07 jari 1096      * Creates a radio button menu item with specified name, acton command and button group.
2 26 Feb 07 jari 1097      */
2 26 Feb 07 jari 1098     private JRadioButtonMenuItem createJRadioButtonMenuItem(String name, String command, Listener listener, ButtonGroup buttonGroup) {
2 26 Feb 07 jari 1099         return createJRadioButtonMenuItem(name, command, listener, buttonGroup, false);
2 26 Feb 07 jari 1100     }
2 26 Feb 07 jari 1101     
2 26 Feb 07 jari 1102     
2 26 Feb 07 jari 1103     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1104         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 1105         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 1106         return popup;
2 26 Feb 07 jari 1107     }
2 26 Feb 07 jari 1108     
2 26 Feb 07 jari 1109     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 1110         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 1111         ButtonGroup buttonGroup;
2 26 Feb 07 jari 1112         
2 26 Feb 07 jari 1113         JMenu colorSchemeMenu = new JMenu("Color Scheme");
2 26 Feb 07 jari 1114         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1115         colorSchemeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Black/Red Scheme", GREEN_RED_COLOR_SCHEME_CMD, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1116         colorSchemeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Black/Yellow Scheme", BLUE_YELLOW_COLOR_SCHEME_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1117         colorSchemeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Custom Color Scheme", CUSTOM_COLOR_SCHEME_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1118         menu.add(colorSchemeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1119         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1120         
2 26 Feb 07 jari 1121         JMenu sizeMenu = new JMenu("Element Size");
2 26 Feb 07 jari 1122         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 1123         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("2 x 2", DISPLAY_2X2_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1124         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("5 x 5", DISPLAY_5X5_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1125         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("10 x 10", DISPLAY_10X10_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1126         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("15 x 15", DISPLAY_15X15_CMD, listener, buttonGroup, true));
2 26 Feb 07 jari 1127         sizeMenu.add(createJRadioButtonMenuItem("Other", DISPLAY_OTHER_CMD, listener, buttonGroup));
2 26 Feb 07 jari 1128         menu.add(sizeMenu);
2 26 Feb 07 jari 1129         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1130         
2 26 Feb 07 jari 1131         menu.add(createJCheckBoxMenuItem("Draw Borders", DISPLAY_DRAW_BORDERS_CMD, listener));
2 26 Feb 07 jari 1132         
2 26 Feb 07 jari 1133         /*
2 26 Feb 07 jari 1134         if (numOfClusters > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1135             menu.add(createJCheckBoxMenuItem("Draw Cluster Borders", SET_CLUSTER_BORDER_CMD, listener, true));
2 26 Feb 07 jari 1136         } else {
2 26 Feb 07 jari 1137             menu.add(createJCheckBoxMenuItem("Draw Cluster Borders", SET_CLUSTER_BORDER_CMD, listener, false));
2 26 Feb 07 jari 1138         }
2 26 Feb 07 jari 1139         */
2 26 Feb 07 jari 1140         
2 26 Feb 07 jari 1141         menu.addSeparator();        
2 26 Feb 07 jari 1142         
2 26 Feb 07 jari 1143         item = new JMenuItem("Toggle Sort on Proximity");
2 26 Feb 07 jari 1144         item.setActionCommand(TOGGLE_PROXIMITY_SORT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1145         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1146         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1147         
2 26 Feb 07 jari 1148         item = new JMenuItem("Save k Neighbors");
2 26 Feb 07 jari 1149         item.setActionCommand(SAVE_NEIGHBORS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1150         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1151         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1152         
2 26 Feb 07 jari 1153         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1154         
2 26 Feb 07 jari 1155         item = new JMenuItem("Impose Cluster Result");
2 26 Feb 07 jari 1156         item.setActionCommand("impose-cluster-order");
2 26 Feb 07 jari 1157         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1158         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1159           
2 26 Feb 07 jari 1160         item = new JMenuItem("Restore Loaded Order");
2 26 Feb 07 jari 1161         item.setActionCommand(GDMExpViewer.SORT_BY_ORIGINAL_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1162         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1163         menu.add(item);        
2 26 Feb 07 jari 1164         
2 26 Feb 07 jari 1165         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1166         
2 26 Feb 07 jari 1167         item = new JMenuItem("Select Border Color");
2 26 Feb 07 jari 1168         item.setActionCommand(BORDER_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1169         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1170         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1171         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1172         
2 26 Feb 07 jari 1173         item = new JMenuItem("Set Color Scale");
2 26 Feb 07 jari 1174         item.setActionCommand(COLOR_SCALE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1175         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1176         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1177         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 1178         
2 26 Feb 07 jari 1179         item = new JMenuItem("Change Annotation Width");
2 26 Feb 07 jari 1180         item.setActionCommand(ANNOTATION_WIDTH_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1181         item.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1182         menu.add(item);
2 26 Feb 07 jari 1183     }
2 26 Feb 07 jari 1184     
2 26 Feb 07 jari 1185     /**
2 26 Feb 07 jari 1186      * Sets the user specified spot size.
2 26 Feb 07 jari 1187      */
2 26 Feb 07 jari 1188     
2 26 Feb 07 jari 1189     private void onElementSizeChanged(int width, int height) {
2 26 Feb 07 jari 1190         this.elementSize = new Dimension(width, height);
2 26 Feb 07 jari 1191         xWidth = getXSize();
2 26 Feb 07 jari 1192         xHeight = getYSize();
2 26 Feb 07 jari 1193         
2 26 Feb 07 jari 1194         expColumnHeaderSP.setContentWidth(xWidth);
2 26 Feb 07 jari 1195         expColumnHeaderSP.setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1196         expColumnHeaderSP.setElementHeight(elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 1197         
2 26 Feb 07 jari 1198         expRowHeaderSP.setContentHeight(xHeight);
2 26 Feb 07 jari 1199         expRowHeaderSP.setElementWidth(elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1200         expRowHeaderSP.setElementHeight(elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 1201         
2 26 Feb 07 jari 1202         expColumnHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1203         expRowHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1204         
2 26 Feb 07 jari 1205         updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 1206     }
2 26 Feb 07 jari 1207     
2 26 Feb 07 jari 1208     /**
2 26 Feb 07 jari 1209      * Sets the user specified spot size.
2 26 Feb 07 jari 1210      */
2 26 Feb 07 jari 1211     private void onElementSizeChanged() {
2 26 Feb 07 jari 1212         GDMElementSizeDialog dialog = new GDMElementSizeDialog(mainframe, elementSize);
2 26 Feb 07 jari 1213         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1214             Dimension size = dialog.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 1215             onElementSizeChanged(size.width, size.height);
2 26 Feb 07 jari 1216         }
2 26 Feb 07 jari 1217     }
2 26 Feb 07 jari 1218     
2 26 Feb 07 jari 1219     private void onDrawBordersChanged(boolean state) {
2 26 Feb 07 jari 1220         isDrawBorders = state;
2 26 Feb 07 jari 1221         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1222         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1223     }
2 26 Feb 07 jari 1224     
2 26 Feb 07 jari 1225     private void onDrawClusterBorderChange(boolean state) {
2 26 Feb 07 jari 1226         if (numOfClusters > 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 1227             isDrawClusterBorders = state;
2 26 Feb 07 jari 1228             expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1229             repaint();
2 26 Feb 07 jari 1230         }
2 26 Feb 07 jari 1231     }
2 26 Feb 07 jari 1232     /**
2 26 Feb 07 jari 1233      * Sets the color pallete colors
2 26 Feb 07 jari 1234      */
2 26 Feb 07 jari 1235     private void onColorSchemeChange(int scheme){
2 26 Feb 07 jari 1236         
2 26 Feb 07 jari 1237         
2 26 Feb 07 jari 1238         if (this.colorScheme == scheme && scheme != IDisplayMenu.CUSTOM_COLOR_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 1239             return;
2 26 Feb 07 jari 1240         } else {
2 26 Feb 07 jari 1241             if (scheme == IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 1242                 setPosColorImage(posRedColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1243                 this.colorScheme = scheme;
2 26 Feb 07 jari 1244             } else if (scheme == IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME) {
2 26 Feb 07 jari 1245                 setPosColorImage(posYellowColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1246                 this.colorScheme = scheme;
2 26 Feb 07 jari 1247             } else {
2 26 Feb 07 jari 1248                 GDMColorSelectionDialog dialog = new GDMColorSelectionDialog((Frame)mainframe, true, getPosColorImage());
2 26 Feb 07 jari 1249                 
2 26 Feb 07 jari 1250                 if(dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION)
2 26 Feb 07 jari 1251                     return;
2 26 Feb 07 jari 1252                 setPosColorImage(dialog.getPositiveGradient());
2 26 Feb 07 jari 1253                 this.colorScheme = scheme;
2 26 Feb 07 jari 1254             }
2 26 Feb 07 jari 1255             
2 26 Feb 07 jari 1256         }
2 26 Feb 07 jari 1257         
2 26 Feb 07 jari 1258         expColumnHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1259         expRowHeaderSP.setPosColorImages(posColorImage);
2 26 Feb 07 jari 1260         
2 26 Feb 07 jari 1261         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1262         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1263         
2 26 Feb 07 jari 1264         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1265     }
2 26 Feb 07 jari 1266     
2 26 Feb 07 jari 1267     private void onBorderColorChanged() {
2 26 Feb 07 jari 1268         
2 26 Feb 07 jari 1269         GDMBorderColorDialog dialog = new GDMBorderColorDialog((Frame)mainframe, true, borderColor);
2 26 Feb 07 jari 1270         if (dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION)
2 26 Feb 07 jari 1271             return;
2 26 Feb 07 jari 1272         setBorderColor(dialog.getBorderColor());
2 26 Feb 07 jari 1273         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1274         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1275     }
2 26 Feb 07 jari 1276     
2 26 Feb 07 jari 1277     private void onColorScaleChanged() {
2 26 Feb 07 jari 1278         BufferedImage grad = getPosColorImage();
2 26 Feb 07 jari 1279         Color lowerColor = new Color(grad.getRGB(0,0));
2 26 Feb 07 jari 1280         Color upperColor = new Color(grad.getRGB(grad.getWidth()-1, 0));
2 26 Feb 07 jari 1281         GDMColorScaleDialog dialog = new GDMColorScaleDialog((Frame)mainframe, minValue, maxValue, expDistMatrix, num_experiments, lowerColor, upperColor);
2 26 Feb 07 jari 1282         dialog.setGDMScaleListener(new ScaleListener());
2 26 Feb 07 jari 1283         int res = dialog.showModal();
2 26 Feb 07 jari 1284         minValue = dialog.getLowerLimit();  // if reset it will return the original values.
2 26 Feb 07 jari 1285         maxValue = dialog.getUpperLimit();
2 26 Feb 07 jari 1286         expColumnHeaderSP.setValues(minValue, maxValue);
2 26 Feb 07 jari 1287         expRowHeaderSP.setValues(minValue, maxValue);
2 26 Feb 07 jari 1288         expColumnHeaderSP.updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 1289         expRowHeaderSP.updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 1290         validate();
2 26 Feb 07 jari 1291         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1292         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1293         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1294     }
2 26 Feb 07 jari 1295     
2 26 Feb 07 jari 1296     /**
2 26 Feb 07 jari 1297      * Sets the user specified spot size.
2 26 Feb 07 jari 1298      */
2 26 Feb 07 jari 1299     private void onAnnotationWidthChanged() {
2 26 Feb 07 jari 1300         
2 26 Feb 07 jari 1301         GDMAnnotationSizeDialog dialog = new GDMAnnotationSizeDialog(mainframe);
2 26 Feb 07 jari 1302         
2 26 Feb 07 jari 1303         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1304             int annotationSize = dialog.getAnnotationSize();
2 26 Feb 07 jari 1305             
2 26 Feb 07 jari 1306             expColumnHeaderSP.setAnnotationSize(annotationSize);
2 26 Feb 07 jari 1307             expRowHeaderSP.setAnnotationSize(annotationSize);
2 26 Feb 07 jari 1308             
2 26 Feb 07 jari 1309             updateSize(annotationSize);
2 26 Feb 07 jari 1310         }
2 26 Feb 07 jari 1311     }
2 26 Feb 07 jari 1312     
2 26 Feb 07 jari 1313     private void toggleSortByProximity(){
2 26 Feb 07 jari 1314         sortByProximity = !sortByProximity;
2 26 Feb 07 jari 1315         this.expColumnHeaderSP.setSortByProximity(sortByProximity);
2 26 Feb 07 jari 1316         this.expRowHeaderSP.setSortByProximity(sortByProximity);
2 26 Feb 07 jari 1317     }
2 26 Feb 07 jari 1318     
2 26 Feb 07 jari 1319     private void onSortByProximity(int baseIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1320         this.isDrawClusterBorders = false;
2 26 Feb 07 jari 1321         this.numOfClusters = 0;
2 26 Feb 07 jari 1322         
2 26 Feb 07 jari 1323         QSort qsort = new QSort(this.expDistMatrix.A[baseIndex]);
2 26 Feb 07 jari 1324         int [] sortedIndices = qsort.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 1325         
2 26 Feb 07 jari 1326         //to handle random placement of base if sorting on NaN or have a tie
2 26 Feb 07 jari 1327         if(sortedIndices[0] != baseIndex){
2 26 Feb 07 jari 1328             boolean notFound = true;
2 26 Feb 07 jari 1329             for(int i=0; i<sortedIndices.length && notFound; i++){
2 26 Feb 07 jari 1330                 if(sortedIndices[i] == baseIndex){
2 26 Feb 07 jari 1331                     sortedIndices[i] = sortedIndices[0];
2 26 Feb 07 jari 1332                     sortedIndices[0] = baseIndex;
2 26 Feb 07 jari 1333                     notFound = false;
2 26 Feb 07 jari 1334                 }
2 26 Feb 07 jari 1335             }
2 26 Feb 07 jari 1336         }
2 26 Feb 07 jari 1337         
2 26 Feb 07 jari 1338         setIndices(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 1339         
2 26 Feb 07 jari 1340         expColumnHeaderSP.setIndices(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 1341         expRowHeaderSP.setIndices(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 1342         
2 26 Feb 07 jari 1343         onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 1344         validate();
2 26 Feb 07 jari 1345         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1346         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1347     }
2 26 Feb 07 jari 1348     
2 26 Feb 07 jari 1349     private void onSortByExperimentName() {
2 26 Feb 07 jari 1350         String [] expNames = new String[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 1351         String [] sortedExpNames = new String[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 1352         int [] sortedIndices = new int[indices.length];
2 26 Feb 07 jari 1353         
2 26 Feb 07 jari 1354         for(int i = 0; i < this.indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1355             expNames[i] = this.expData.getSampleName(this.indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1356             sortedExpNames[i] = this.expData.getSampleName(this.indices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1357         }
2 26 Feb 07 jari 1358         
2 26 Feb 07 jari 1359         Arrays.sort(sortedExpNames);
2 26 Feb 07 jari 1360         
2 26 Feb 07 jari 1361         for(int i = 0; i < this.indices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1362             for(int j = 0; j < this.indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1363                 if(expNames[i].equals(sortedExpNames[j]))
2 26 Feb 07 jari 1364                     sortedIndices[i] = indices[j];
2 26 Feb 07 jari 1365             }
2 26 Feb 07 jari 1366         }
2 26 Feb 07 jari 1367         
2 26 Feb 07 jari 1368         
2 26 Feb 07 jari 1369         expColumnHeaderSP.setIndices(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 1370         expRowHeaderSP.setIndices(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 1371         
2 26 Feb 07 jari 1372         onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 1373         validate();
2 26 Feb 07 jari 1374         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1375         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1376     }
2 26 Feb 07 jari 1377     
2 26 Feb 07 jari 1378     private void onSortByClusterChange() {
2 26 Feb 07 jari 1379         if (numOfClusters > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1380             isDrawClusterBorders=true;
2 26 Feb 07 jari 1381           //  drawClusterBorderItem.setState(true);
2 26 Feb 07 jari 1382             
2 26 Feb 07 jari 1383             if(this.displayEvery==1) {
2 26 Feb 07 jari 1384                 setIndices(createIndices());
2 26 Feb 07 jari 1385             } else if (this.displayEvery > 1) {
2 26 Feb 07 jari 1386                 setIndices(createIndices(this.displayEvery));
2 26 Feb 07 jari 1387             }
2 26 Feb 07 jari 1388             
2 26 Feb 07 jari 1389             expColumnHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 1390             expRowHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 1391             
2 26 Feb 07 jari 1392             onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 1393         }
2 26 Feb 07 jari 1394     }
2 26 Feb 07 jari 1395     
2 26 Feb 07 jari 1396     private void onRestoreOriginalOrder() {
2 26 Feb 07 jari 1397         
2 26 Feb 07 jari 1398         numOfClusters = 0;
2 26 Feb 07 jari 1399         
2 26 Feb 07 jari 1400         setIndices(this.createIndices(this.displayEvery));
2 26 Feb 07 jari 1401         
2 26 Feb 07 jari 1402         isDrawClusterBorders=false;
2 26 Feb 07 jari 1403         
2 26 Feb 07 jari 1404         
2 26 Feb 07 jari 1405         expColumnHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 1406         expRowHeaderSP.setIndices(indices);
2 26 Feb 07 jari 1407         
2 26 Feb 07 jari 1408         onDataChanged(this.expData);
2 26 Feb 07 jari 1409         validate();
2 26 Feb 07 jari 1410         expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1411         expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1412     }
2 26 Feb 07 jari 1413     
2 26 Feb 07 jari 1414     private void setLabelIndex(int style) {
2 26 Feb 07 jari 1415         label = style;
2 26 Feb 07 jari 1416     }
2 26 Feb 07 jari 1417     
2 26 Feb 07 jari 1418     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 1419      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 1420      */
2 26 Feb 07 jari 1421     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1422         if(cornerIndex == IViewer.UPPER_RIGHT_CORNER)
2 26 Feb 07 jari 1423             return this.upperRightCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 1424         else if(cornerIndex == IViewer.LOWER_LEFT_CORNER)
2 26 Feb 07 jari 1425             return this.lowerLeftCornerSB;
2 26 Feb 07 jari 1426         return null;
2 26 Feb 07 jari 1427     }
2 26 Feb 07 jari 1428     
2 26 Feb 07 jari 1429     
2 26 Feb 07 jari 1430     private void onSaveNeighbors(){
2 26 Feb 07 jari 1431         GDMMemberSelectionDialog dialog = new GDMMemberSelectionDialog(new JFrame(), this.num_experiments);
2 26 Feb 07 jari 1432         if(dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION){
2 26 Feb 07 jari 1433             int k = dialog.getK();
2 26 Feb 07 jari 1434             if(k <= 0)
2 26 Feb 07 jari 1435                 return;
2 26 Feb 07 jari 1436             if(k > this.num_experiments)
2 26 Feb 07 jari 1437                 k = this.num_experiments;
2 26 Feb 07 jari 1438             int [] rows = getRows(k);
2 26 Feb 07 jari 1439             String [][] auxData = getAuxilaryData(k);
2 26 Feb 07 jari 1440             String [] auxHeaders = new String[3];
2 26 Feb 07 jari 1441             auxHeaders[0] = "Scaled Dist.";
2 26 Feb 07 jari 1442             auxHeaders[1] = "Actual Dist.";
2 26 Feb 07 jari 1443             auxHeaders[2] = "Value Pairs";
2 26 Feb 07 jari 1444             try{
2 26 Feb 07 jari 1445                 ExperimentUtil.saveExperimentClusterWithAux(framework.getFrame(), this.experiment, this.expData, rows, auxHeaders, auxData);
2 26 Feb 07 jari 1446             } catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 1447                 JOptionPane.showMessageDialog(this, "Error saving file: "+e.getMessage(), "Output Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 1448             }
2 26 Feb 07 jari 1449         }
2 26 Feb 07 jari 1450     }
2 26 Feb 07 jari 1451     
2 26 Feb 07 jari 1452     
2 26 Feb 07 jari 1453     private int [] getRows(int k) {
2 26 Feb 07 jari 1454         int [] rows = new int[k];
2 26 Feb 07 jari 1455         for(int i = 0; i < k; i++){
2 26 Feb 07 jari 1456             rows[i] = indices[i];
2 26 Feb 07 jari 1457         }
2 26 Feb 07 jari 1458         return rows;
2 26 Feb 07 jari 1459     }
2 26 Feb 07 jari 1460     
2 26 Feb 07 jari 1461     
2 26 Feb 07 jari 1462     private String [][] getAuxilaryData(int k){
2 26 Feb 07 jari 1463         String [][] data = new String[k][3];
2 26 Feb 07 jari 1464         FloatMatrix matrix = this.experiment.getMatrix().transpose();
2 26 Feb 07 jari 1465         for(int i = 0; i < k; i++){
2 26 Feb 07 jari 1466             data[i][0] = Float.toString(this.expDistMatrix.get(indices[0], i));
2 26 Feb 07 jari 1467             data[i][1] = Float.toString(this.rawMatrix.get(indices[0], i));
2 26 Feb 07 jari 1468             data[i][2] = getValuePairCount(matrix, indices[0], i);
2 26 Feb 07 jari 1469         }
2 26 Feb 07 jari 1470         return data;
2 26 Feb 07 jari 1471     }
2 26 Feb 07 jari 1472     
2 26 Feb 07 jari 1473     private String getValuePairCount(FloatMatrix matrix, int row, int col){
2 26 Feb 07 jari 1474         int cols = matrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1475         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1476         for(int i = 0; i < cols; i++){
2 26 Feb 07 jari 1477             if(!Float.isNaN(matrix.get(row, i)) && !Float.isNaN(matrix.get(col, i)))
2 26 Feb 07 jari 1478                 count++;
2 26 Feb 07 jari 1479         }
2 26 Feb 07 jari 1480         return Integer.toString(count);
2 26 Feb 07 jari 1481     }
2 26 Feb 07 jari 1482     
2 26 Feb 07 jari 1483         private void imposeClusterOrder() {
2 26 Feb 07 jari 1484         
2 26 Feb 07 jari 1485         Hashtable results = getResultHash();
2 26 Feb 07 jari 1486         boolean noUseableResult = false;
2 26 Feb 07 jari 1487         
2 26 Feb 07 jari 1488         Hashtable goodResults = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 1489         
2 26 Feb 07 jari 1490         Enumeration keys = results.keys();
2 26 Feb 07 jari 1491         Object [] result;
2 26 Feb 07 jari 1492         String key;
2 26 Feb 07 jari 1493         
2 26 Feb 07 jari 1494         
2 26 Feb 07 jari 1495         while(keys.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 1496             key = (String)keys.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 1497             result = (Object [])(results.get(key));
2 26 Feb 07 jari 1498             
2 26 Feb 07 jari 1499                         //need to handle HCL differently since it can be a gene or an experiemnt order
2 26 Feb 07 jari 1500             if(key.indexOf("HCL") != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1501                 int [][] clusters = new int[1][];
2 26 Feb 07 jari 1502                 clusters[0] = ((int[][])result[1])[1];  //experiment result order
2 26 Feb 07 jari 1503                 
2 26 Feb 07 jari 1504                 if(clusters[0] == null)  //if no exp tree then continue
2 26 Feb 07 jari 1505                     continue;
2 26 Feb 07 jari 1506                 
2 26 Feb 07 jari 1507                 if((this.experiment == result[0]) && checkClustersSize(clusters)) {
2 26 Feb 07 jari 1508                     goodResults.put(key, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1509                 }             
2 26 Feb 07 jari 1510             }
2 26 Feb 07 jari 1511             
2 26 Feb 07 jari 1512             //make sure it's the same experiment (same cutoffs), same number of genes (not exp. cluster)
2 26 Feb 07 jari 1513             else if((this.experiment == result[0]) && checkClustersSize((int[][])result[1]) ) {
2 26 Feb 07 jari 1514                 goodResults.put(key, result[1]);                
2 26 Feb 07 jari 1515             }            
2 26 Feb 07 jari 1516         }
2 26 Feb 07 jari 1517         
2 26 Feb 07 jari 1518         if(goodResults.size() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 1519             GDMResultSelectionDialog dialog = new GDMResultSelectionDialog((JFrame)framework.getFrame(), goodResults.keys());
2 26 Feb 07 jari 1520             if( dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION ) {
2 26 Feb 07 jari 1521                 int [][] clusters = ((int [][])goodResults.get(dialog.getSelectedResult()));
2 26 Feb 07 jari 1522                 imposeClusterOrder(clusters);
2 26 Feb 07 jari 1523             }                        
2 26 Feb 07 jari 1524         } else {
2 26 Feb 07 jari 1525             JOptionPane.showMessageDialog(framework.getFrame(), "There are currently no appropriate clustering results to apply to this GDM.", "No Results Available", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);                
2 26 Feb 07 jari 1526         }        
2 26 Feb 07 jari 1527     }
2 26 Feb 07 jari 1528     
2 26 Feb 07 jari 1529     private boolean checkClustersSize(int [][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 1530         int cnt = 0;
2 26 Feb 07 jari 1531         for(int i = 0; i < clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1532             cnt += clusters[i].length;
2 26 Feb 07 jari 1533         }
2 26 Feb 07 jari 1534         
2 26 Feb 07 jari 1535         if( ((int)(cnt/displayEvery)) == this.num_experiments) 
2 26 Feb 07 jari 1536             return true;                 
2 26 Feb 07 jari 1537         return false;
2 26 Feb 07 jari 1538     }
2 26 Feb 07 jari 1539     
2 26 Feb 07 jari 1540     
2 26 Feb 07 jari 1541     
2 26 Feb 07 jari 1542     public Hashtable getResultHash(){
2 26 Feb 07 jari 1543         Hashtable table = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 1544         DefaultMutableTreeNode analysisNode = framework.getResultTree().getAnalysisNode();
2 26 Feb 07 jari 1545         DefaultMutableTreeNode analysisRoot;
2 26 Feb 07 jari 1546         DefaultMutableTreeNode currentNode;
2 26 Feb 07 jari 1547         Object object;
2 26 Feb 07 jari 1548         Object [] vals;
2 26 Feb 07 jari 1549         boolean stop = false;
2 26 Feb 07 jari 1550         
2 26 Feb 07 jari 1551         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 1552         Experiment exp; 
2 26 Feb 07 jari 1553         int [][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 1554         
2 26 Feb 07 jari 1555         int childCount = analysisNode.getChildCount();
2 26 Feb 07 jari 1556         //String algTitles = new String[analysisNode.getChildCount()];
2 26 Feb 07 jari 1557         String algName = "";
2 26 Feb 07 jari 1558         Enumeration _enum;
2 26 Feb 07 jari 1559         
2 26 Feb 07 jari 1560         for(int i = 0; i < childCount; i++){
2 26 Feb 07 jari 1561             analysisRoot = ((DefaultMutableTreeNode)(analysisNode.getChildAt(i)));
2 26 Feb 07 jari 1562             object = analysisRoot.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 1563             if(object != null){
2 26 Feb 07 jari 1564                 if(object instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 1565                     algName = ((LeafInfo)object).toString();
2 26 Feb 07 jari 1566                 } else if(object instanceof String) {
2 26 Feb 07 jari 1567                     algName = (String)object;
2 26 Feb 07 jari 1568                 }
2 26 Feb 07 jari 1569                 
2 26 Feb 07 jari 1570                 _enum = analysisRoot.depthFirstEnumeration();
2 26 Feb 07 jari 1571                 while (!stop && _enum.hasMoreElements()){
2 26 Feb 07 jari 1572                     currentNode = (DefaultMutableTreeNode)_enum.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 1573                     if(currentNode.getUserObject() instanceof LeafInfo){
2 26 Feb 07 jari 1574                        viewer = ((LeafInfo)currentNode.getUserObject()).getViewer();
2 26 Feb 07 jari 1575                        if(viewer != null) {
2 26 Feb 07 jari 1576                             exp = viewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 1577                             clusters = viewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 1578                             if(exp != null && clusters != null) {
2 26 Feb 07 jari 1579                                 vals = new Object[2];
2 26 Feb 07 jari 1580                                 vals[0] = exp;
2 26 Feb 07 jari 1581                                 vals[1] = clusters;
2 26 Feb 07 jari 1582                                 table.put(algName, vals);
2 26 Feb 07 jari 1583                                 stop = true;
2 26 Feb 07 jari 1584                             }                            
2 26 Feb 07 jari 1585                        }                                                    
2 26 Feb 07 jari 1586                     }                    
2 26 Feb 07 jari 1587                 }
2 26 Feb 07 jari 1588                 stop = false;                
2 26 Feb 07 jari 1589             }
2 26 Feb 07 jari 1590         }        
2 26 Feb 07 jari 1591         return table;
2 26 Feb 07 jari 1592     }
2 26 Feb 07 jari 1593     
2 26 Feb 07 jari 1594     
2 26 Feb 07 jari 1595     private void imposeClusterOrder(int [][] newClusters) {
2 26 Feb 07 jari 1596         this.clusters = newClusters;
2 26 Feb 07 jari 1597         this.numOfClusters = clusters.length;
2 26 Feb 07 jari 1598         onSortByClusterChange();
2 26 Feb 07 jari 1599     }
2 26 Feb 07 jari 1600
2 26 Feb 07 jari 1601     
2 26 Feb 07 jari 1602     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 1603         return null;
2 26 Feb 07 jari 1604     }
2 26 Feb 07 jari 1605     
2 26 Feb 07 jari 1606     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1607         return this.experiment;
2 26 Feb 07 jari 1608     }
2 26 Feb 07 jari 1609     
2 26 Feb 07 jari 1610     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1611      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1612      */
2 26 Feb 07 jari 1613     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1614         return org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 1615     }    
2 26 Feb 07 jari 1616     
2 26 Feb 07 jari 1617     
2 26 Feb 07 jari 1618     /**
2 26 Feb 07 jari 1619      * The listener to listen to mouse, keyboard and window events.
2 26 Feb 07 jari 1620      */
2 26 Feb 07 jari 1621     
2 26 Feb 07 jari 1622     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, MouseMotionListener, KeyListener, WindowListener {
2 26 Feb 07 jari 1623         
2 26 Feb 07 jari 1624         private int oldRow = -1;
2 26 Feb 07 jari 1625         private int oldColumn = -1;
2 26 Feb 07 jari 1626         private String oldStatusText;
2 26 Feb 07 jari 1627         
2 26 Feb 07 jari 1628         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1629             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1630             
2 26 Feb 07 jari 1631             if (command.equals(ANNOTATION_WIDTH_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1632                 onAnnotationWidthChanged();
2 26 Feb 07 jari 1633             } else if (command.equals(DISPLAY_2X2_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1634                 onElementSizeChanged(2, 2);
2 26 Feb 07 jari 1635             } else if (command.equals(DISPLAY_5X5_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1636                 onElementSizeChanged(5,  5);
2 26 Feb 07 jari 1637             } else if (command.equals(DISPLAY_10X10_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1638                 onElementSizeChanged(10, 10);
2 26 Feb 07 jari 1639             } else if (command.equals(DISPLAY_15X15_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1640                 onElementSizeChanged(15, 15);
2 26 Feb 07 jari 1641             } else if (command.equals(DISPLAY_OTHER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1642                 onElementSizeChanged();
2 26 Feb 07 jari 1643             } else if (command.equals(GREEN_RED_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1644                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.GREEN_RED_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 1645             } else if (command.equals(BLUE_YELLOW_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1646                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.BLUE_YELLOW_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 1647             } else if (command.equals(CUSTOM_COLOR_SCHEME_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1648                 onColorSchemeChange(IDisplayMenu.CUSTOM_COLOR_SCHEME);
2 26 Feb 07 jari 1649             } else if (command.equals(DISPLAY_DRAW_BORDERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1650                 onDrawBordersChanged(((javax.swing.JCheckBoxMenuItem)(event.getSource())).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 1651             } else if (command.equals(BORDER_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1652                 onBorderColorChanged();
2 26 Feb 07 jari 1653             } else if (command.equals(COLOR_SCALE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1654                 onColorScaleChanged();
2 26 Feb 07 jari 1655             } else if (command.equals(SET_CLUSTER_BORDER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1656                 onDrawClusterBorderChange(((javax.swing.JCheckBoxMenuItem)(event.getSource())).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 1657             } else if (command.equals(TOGGLE_PROXIMITY_SORT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1658                 toggleSortByProximity();
2 26 Feb 07 jari 1659             } else if (command.equals(SORT_BY_PROXIMITY_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1660                 onSortByProximity(event.getID());
2 26 Feb 07 jari 1661             } else if (command.equals(SAVE_NEIGHBORS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1662                 onSaveNeighbors();
2 26 Feb 07 jari 1663             } else if (command.equals(SORT_BY_EXP_NAME_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1664                 onSortByExperimentName();
2 26 Feb 07 jari 1665             } else if (command.equals(SORT_BY_ORIGINAL_ORDER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1666                 onRestoreOriginalOrder();
2 26 Feb 07 jari 1667             } else if (command.equals("impose-cluster-order")) {
2 26 Feb 07 jari 1668                 imposeClusterOrder();
2 26 Feb 07 jari 1669             }
2 26 Feb 07 jari 1670         }
2 26 Feb 07 jari 1671         
2 26 Feb 07 jari 1672         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1673             requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 1674         }
2 26 Feb 07 jari 1675         
2 26 Feb 07 jari 1676         public void mouseClicked(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1677             if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 1678                 int column = findColumn(event.getX());
2 26 Feb 07 jari 1679                 int row = findRow(event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1680                 
2 26 Feb 07 jari 1681                 if (!isLegalPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1682                     return;
2 26 Feb 07 jari 1683                 }
2 26 Feb 07 jari 1684                 displayGDMSpotInfo(indices[column], indices[row]);
2 26 Feb 07 jari 1685             }
2 26 Feb 07 jari 1686             else {
2 26 Feb 07 jari 1687                 int column = findColumn(event.getX());
2 26 Feb 07 jari 1688                 int row = findRow(event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1689                 popup.show(event.getComponent(), event.getX(), event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1690             }
2 26 Feb 07 jari 1691         }
2 26 Feb 07 jari 1692         
2 26 Feb 07 jari 1693         public void mouseMoved(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1694             if (num_experiments == 0 || event.isShiftDown())
2 26 Feb 07 jari 1695                 return;
2 26 Feb 07 jari 1696             
2 26 Feb 07 jari 1697             int column = findColumn(event.getX());
2 26 Feb 07 jari 1698             int row = findRow(event.getY());
2 26 Feb 07 jari 1699             
2 26 Feb 07 jari 1700             if (isCurrentPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1701                 return;
2 26 Feb 07 jari 1702             }
2 26 Feb 07 jari 1703             
2 26 Feb 07 jari 1704             Graphics g = null;
2 26 Feb 07 jari 1705             Graphics2D g2D = (Graphics2D) g;
2 26 Feb 07 jari 1706             
2 26 Feb 07 jari 1707             if (isLegalPosition(row, column)) {
2 26 Feb 07 jari 1708                 
2 26 Feb 07 jari 1709                 g = getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1710                 
2 26 Feb 07 jari 1711                 drawColoredBoxAt(g, row, column, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 1712
2 26 Feb 07 jari 1713                 framework.setStatusText(
2 26 Feb 07 jari 1714                 " Column " + column +
2 26 Feb 07 jari 1715                 "     " +  //some padding
2 26 Feb 07 jari 1716                 " Row " + row +
2 26 Feb 07 jari 1717                 "     " +  //some padding
2 26 Feb 07 jari 1718                 " Scaled Distance: "    + expDistMatrix.get(indices[column], indices[row]) +
2 26 Feb 07 jari 1719                 "     " +  //some padding
2 26 Feb 07 jari 1720                 " Actual Distance: " + rawMatrix.get(indices[column], indices[row]));
2 26 Feb 07 jari 1721                 
2 26 Feb 07 jari 1722             } else {
2 26 Feb 07 jari 1723                 framework.setStatusText(oldStatusText);
2 26 Feb 07 jari 1724             }
2 26 Feb 07 jari 1725             if (isLegalPosition(oldRow, oldColumn)) {
2 26 Feb 07 jari 1726                 g2D = g != null ? (Graphics2D)g : (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1727                 drawSlideDataElement(g2D, oldRow, oldColumn);
2 26 Feb 07 jari 1728             }
2 26 Feb 07 jari 1729             setOldPosition(row, column);
2 26 Feb 07 jari 1730
2 26 Feb 07 jari 1731             if(g != null) {
2 26 Feb 07 jari 1732                 if(isDrawClusterBorders && numOfClusters > 0)
2 26 Feb 07 jari 1733                     drawClusterBorder((Graphics2D)g);
2 26 Feb 07 jari 1734             } else if (g2D != null) {
2 26 Feb 07 jari 1735                 if(isDrawClusterBorders && numOfClusters > 0)
2 26 Feb 07 jari 1736                     drawClusterBorder(g2D);
2 26 Feb 07 jari 1737             }
2 26 Feb 07 jari 1738             
2 26 Feb 07 jari 1739             if (g != null) {                               
2 26 Feb 07 jari 1740               if(isDrawClusterBorders && numOfClusters > 0)
2 26 Feb 07 jari 1741                  drawClusterBorder((Graphics2D)g);            
2 26 Feb 07 jari 1742               g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1743             }
2 26 Feb 07 jari 1744         }
2 26 Feb 07 jari 1745         
2 26 Feb 07 jari 1746         public void mouseExited(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1747             if (isLegalPosition(oldRow, oldColumn)) {
2 26 Feb 07 jari 1748                 
2 26 Feb 07 jari 1749                 Graphics g = getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1750                 Graphics2D g2D = (Graphics2D)g;
2 26 Feb 07 jari 1751                 drawSlideDataElement(g2D, oldRow, oldColumn);                
2 26 Feb 07 jari 1752                 g2D.dispose();         
2 26 Feb 07 jari 1753                 if(isDrawClusterBorders && numOfClusters > 0)                
2 26 Feb 07 jari 1754                     drawClusterBorder(g2D);                      
2 26 Feb 07 jari 1755             }           
2 26 Feb 07 jari 1756             setOldPosition(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1757             framework.setStatusText("  ");  // blank Status bar
2 26 Feb 07 jari 1758         }
2 26 Feb 07 jari 1759         
2 26 Feb 07 jari 1760         public void mouseEntered(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1761             oldStatusText = framework.getStatusText();
2 26 Feb 07 jari 1762         }
2 26 Feb 07 jari 1763         
2 26 Feb 07 jari 1764         private void setOldPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 1765             oldColumn = column;
2 26 Feb 07 jari 1766             oldRow = row;
2 26 Feb 07 jari 1767         }
2 26 Feb 07 jari 1768         
2 26 Feb 07 jari 1769         private boolean isCurrentPosition(int row, int column) {
2 26 Feb 07 jari 1770             return(row == oldRow && column == oldColumn);
2 26 Feb 07 jari 1771         }
2 26 Feb 07 jari 1772         
2 26 Feb 07 jari 1773         public void mouseDragged(MouseEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 1774         public void keyReleased(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 1775         public void keyPressed(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1776         public void keyTyped(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1777         public void windowClosing(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1778         public void windowOpened(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1779         public void windowClosed(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1780         public void windowIconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1781         public void windowDeiconified(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1782         public void windowActivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1783         public void windowDeactivated(WindowEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1784     }
2 26 Feb 07 jari 1785     
2 26 Feb 07 jari 1786     
2 26 Feb 07 jari 1787     private class ScaleListener extends GDMScaleListener{
2 26 Feb 07 jari 1788         
2 26 Feb 07 jari 1789         public void scaleChanged(float lower, float upper) {
2 26 Feb 07 jari 1790             minValue = lower;
2 26 Feb 07 jari 1791             maxValue = upper;
2 26 Feb 07 jari 1792             expColumnHeaderSP.setValues(minValue, maxValue);
2 26 Feb 07 jari 1793             expRowHeaderSP.setValues(minValue, maxValue);
2 26 Feb 07 jari 1794             expColumnHeaderSP.updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 1795             expRowHeaderSP.updateSize(NOT_UPDATE_ANNOTATION_SIZE);
2 26 Feb 07 jari 1796             validate();
2 26 Feb 07 jari 1797             expColumnHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1798             expRowHeaderSP.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1799             repaint();
2 26 Feb 07 jari 1800         }
2 26 Feb 07 jari 1801     }
2 26 Feb 07 jari 1802     
2 26 Feb 07 jari 1803
2 26 Feb 07 jari 1804
2 26 Feb 07 jari 1805   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1806    */
2 26 Feb 07 jari 1807   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1808     return 0;
2 26 Feb 07 jari 1809   }
2 26 Feb 07 jari 1810
2 26 Feb 07 jari 1811   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1812    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1813    */
2 26 Feb 07 jari 1814   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1815     ;
2 26 Feb 07 jari 1816   }
2 26 Feb 07 jari 1817
2 26 Feb 07 jari 1818 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)