mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/gdm/GDMGeneSpotInfoDisplay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: GDMGeneSpotInfoDisplay.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:22:01 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.gdm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JTextPane;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.ScrollPaneConstants;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.util.awt.ActionInfoDialog;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.util.awt.GBA;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 public class GDMGeneSpotInfoDisplay extends ActionInfoDialog {
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     private int colIndex;
2 26 Feb 07 jari 48     private int rowIndex;
2 26 Feb 07 jari 49     private int colNumber;
2 26 Feb 07 jari 50     private int rowNumber;
2 26 Feb 07 jari 51     private FloatMatrix geneDistMatrix;
2 26 Feb 07 jari 52     private FloatMatrix rawMatrix;
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     private int LINEAR = 0; // to return just ratio
2 26 Feb 07 jari 55     private int LOG = 1;   //for log2(ratio)
2 26 Feb 07 jari 56     private String distanceMetric;
2 26 Feb 07 jari 57     private int vectorSize=0;
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     private int rowMissingValues=0;
2 26 Feb 07 jari 60     private int colMissingValues=0;
2 26 Feb 07 jari 61     private int distanceBasedOn=0;
2 26 Feb 07 jari 62     private IData expData;
2 26 Feb 07 jari 63     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 64     private Color rowGeneColor;
2 26 Feb 07 jari 65     private Color columnGeneColor;
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     public static Color zeroColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 68     public static Color NaNColor = Color.gray;
2 26 Feb 07 jari 69     public static Color diagColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     private boolean haveColor = true;
2 26 Feb 07 jari 72     FloatMatrix data;
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     public GDMGeneSpotInfoDisplay(JFrame parent, Experiment experiment, IData expData, FloatMatrix gdMatrix,
2 26 Feb 07 jari 75     FloatMatrix rawMatrix, String distMetric, int colIndex, int rowIndex, int column, int row) {
2 26 Feb 07 jari 76         super(parent, false);
2 26 Feb 07 jari 77         this.expData = expData;
2 26 Feb 07 jari 78         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 79         data = this.experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         this.geneDistMatrix = gdMatrix;
2 26 Feb 07 jari 82         this.rawMatrix = rawMatrix;
2 26 Feb 07 jari 83         this.colIndex = colIndex;
2 26 Feb 07 jari 84         this.rowIndex = rowIndex;
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         this.colNumber = column;
2 26 Feb 07 jari 87         this.rowNumber = row;
2 26 Feb 07 jari 88         this.distanceMetric = distMetric;
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         this.vectorSize = this.expData.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         this.rowGeneColor = expData.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(rowIndex));
2 26 Feb 07 jari 93         this.columnGeneColor = expData.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(colIndex));
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         if(this.rowGeneColor == null && this.columnGeneColor == null)
2 26 Feb 07 jari 96             this.haveColor = false;
2 26 Feb 07 jari 97         else{            
2 26 Feb 07 jari 98          if(this.rowGeneColor == null)
2 26 Feb 07 jari 99             this.rowGeneColor = new Color(Integer.parseInt("FFFFCC",16));
2 26 Feb 07 jari 100         if(this.columnGeneColor == null)
2 26 Feb 07 jari 101             this.columnGeneColor = new Color(Integer.parseInt("FFFFCC",16));
2 26 Feb 07 jari 102         }
2 26 Feb 07 jari 103         
2 26 Feb 07 jari 104         this.setValues(colIndex, rowIndex);
2 26 Feb 07 jari 105         init();
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     private void init(){
2 26 Feb 07 jari 109         
2 26 Feb 07 jari 110         Font infoDisplayFont = new Font("monospaced", Font.PLAIN, 10);
2 26 Feb 07 jari 111         JLabel spotImage = new JLabel(GUIFactory.getIcon("spot.gif"));
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 114         
2 26 Feb 07 jari 115         JTextPane infoDisplayTextPane = new JTextPane();
2 26 Feb 07 jari 116         infoDisplayTextPane.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 117         infoDisplayTextPane.setFont(infoDisplayFont);
2 26 Feb 07 jari 118         infoDisplayTextPane.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 119         infoDisplayTextPane.setBackground(new Color(Integer.parseInt("FFFFCC",16)));
2 26 Feb 07 jari 120         infoDisplayTextPane.setMargin(new Insets(10,15,10,10));
2 26 Feb 07 jari 121         infoDisplayTextPane.setText(createMessage());             
2 26 Feb 07 jari 122         infoDisplayTextPane.setCaretPosition(0);    
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124         infoDisplayTextPane.addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 125         JButton closeButton = new JButton("Close");
2 26 Feb 07 jari 126         closeButton.setActionCommand("close");
2 26 Feb 07 jari 127         closeButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 128         closeButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 129         JButton graphButton = new JButton("Expression Graph");
2 26 Feb 07 jari 130         graphButton.setActionCommand("show-graph-command");
2 26 Feb 07 jari 131         graphButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 132         graphButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         contentPane.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 135         JScrollPane scrollPane = new JScrollPane(infoDisplayTextPane, ScrollPaneConstants.VERTICAL_SCROLLBAR_AS_NEEDED, ScrollPaneConstants.HORIZONTAL_SCROLLBAR_AS_NEEDED);
2 26 Feb 07 jari 136         scrollPane.getViewport().setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 137         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValues(0, 10, 0, 100);
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         GBA gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 140         gba.add(contentPane, scrollPane, 0, 0, 3, 2, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 141         
2 26 Feb 07 jari 142         gba.add(contentPane, graphButton, 0, 3, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 143         gba.add(contentPane, closeButton, 1, 3, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 144      //   gba.add(contentPane, spotImage, 2, 3, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.E, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 145         
2 26 Feb 07 jari 146         pack();
2 26 Feb 07 jari 147         setSize(550, 600);
2 26 Feb 07 jari 148         setResizable(true);
2 26 Feb 07 jari 149         setTitle("Gene Distance Spot Information");
2 26 Feb 07 jari 150         setLocation(400, 100);
2 26 Feb 07 jari 151         show();
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154     private String createMessage(){
2 26 Feb 07 jari 155         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 156         
2 26 Feb 07 jari 157         int colTrueRow = expData.getProbeRow(0,this.colNumber); // eCol.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 158         int colTrueColumn = expData.getProbeColumn(0,this.colNumber);//= eCol.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160         int rowTrueRow = expData.getProbeRow(0,this.rowNumber); // eRow.getRow(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 161         int rowTrueColumn = expData.getProbeColumn(0,this.rowNumber);//eRow.getColumn(ISlideDataElement.BASE);
2 26 Feb 07 jari 162         
2 26 Feb 07 jari 163         String[] fieldNames = expData.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 164         int num_fields = fieldNames.length;
2 26 Feb 07 jari 165         
2 26 Feb 07 jari 166         int displayRowNum = this.rowNumber + 1;
2 26 Feb 07 jari 167         int displayColNum = this.colNumber + 1;
2 26 Feb 07 jari 168         
2 26 Feb 07 jari 169         String colColor= "";
2 26 Feb 07 jari 170         String rowColor= "";
2 26 Feb 07 jari 171         if(haveColor){
2 26 Feb 07 jari 172             colColor = '#' + (Integer.toHexString(columnGeneColor.getRGB())).substring(2, 8);
2 26 Feb 07 jari 173             rowColor = '#' + (Integer.toHexString(rowGeneColor.getRGB())).substring(2, 8);
2 26 Feb 07 jari 174         }
2 26 Feb 07 jari 175         
2 26 Feb 07 jari 176         String message = "<h3>Annotation</h3>"; 
2 26 Feb 07 jari 177         message += "<table border=2 cellpadding=4 valign=top>" +
2 26 Feb 07 jari 178         "<tr><td  valign=top></td><td  align=top><b>Column Gene</b></td><td  align=top><b>Row Gene</b></td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 179         "<tr><td  valign=top><b>Row</b></td><td  valign=top>" + colTrueRow + "</td><td valign=top>" + rowTrueRow + "</td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 180         "<tr><td  valign=top><b>Column</b></td><td  valign=top>" + colTrueColumn + "</td><td valign=top>" + rowTrueColumn + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 181         if(haveColor)
2 26 Feb 07 jari 182             message += "<tr><td valign=top><b>Gene Color</b></td><td   valign=top bgcolor=" + colColor +"></td><td valign=top bgcolor=" + rowColor + "></td></tr>" ;
2 26 Feb 07 jari 183         
2 26 Feb 07 jari 184         for (int i = 0; i < num_fields; i++) {
2 26 Feb 07 jari 185             message += "<tr><td valign=top><b>" + fieldNames[i] + "</b></td><td  valign=top>" + expData.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(colIndex), i) + "</td><td valign=top>" + expData.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(rowIndex), i) + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 186         }       
2 26 Feb 07 jari 187         message += "</table>";
2 26 Feb 07 jari 188         
2 26 Feb 07 jari 189         message += "<h3>Distance Information</h3>" +
2 26 Feb 07 jari 190         "<table border=2 cellpadding=4 valign=top>" +
2 26 Feb 07 jari 191         "<tr><td valign=top><b>GDM Matrix Row</b></td><td valign=top>" +  displayRowNum + "</td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 192         "<tr><td valign=top><b>GDM Matrix Column</b></td><td valign=top>" + displayColNum + "</td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 193         "<tr><td valign=top><b>Scaled Gene Distance</b></td><td valign=top><b>" + geneDistMatrix.get(colIndex, rowIndex) + "<b></td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 194         "<tr><td valign=top><b>Actual Gene Distance</b></td><td valign=top><b>" + rawMatrix.get(colIndex, rowIndex) + "<b></td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 195         "<tr><td valign=top><b>Distance Metric</b></td><td valign=top>" + distanceMetric + "</td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 196         "<tr><td valign=top><b>Vector Size</b></td><td valign=top>" + this.vectorSize + "</td></tr>" +
2 26 Feb 07 jari 197         "<tr><td  valign=top><b>Missing Values</b></td><td  valign=top>" + colMissingValues + ", " + rowMissingValues + "</td></tr>"+
2 26 Feb 07 jari 198         "<tr><td valign=top><b>Distance Based on</b></td><td valign=top>" + this.distanceBasedOn + "</td></tr>";
2 26 Feb 07 jari 199         
2 26 Feb 07 jari 200         return message;
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     public void createGeneGraph() {
2 26 Feb 07 jari 204         JFrame graphFrame;
2 26 Feb 07 jari 205         GraphViewer graph;
2 26 Feb 07 jari 206         GraphPoint gp;
2 26 Feb 07 jari 207         GraphLine gl;
2 26 Feb 07 jari 208         GraphTick gt;
2 26 Feb 07 jari 209        
2 26 Feb 07 jari 210         //accumulate data
2 26 Feb 07 jari 211         float [] rowData = this.data.A[rowIndex];
2 26 Feb 07 jari 212         float [] colData = this.data.A[colIndex];
2 26 Feb 07 jari 213         float rowMin = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 214         float rowMax = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 215         float colMin = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 216         float colMax = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 217         int numberOfExp = this.data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 218         float val;
2 26 Feb 07 jari 219         //get min and max
2 26 Feb 07 jari 220         for (int i = 0; i < numberOfExp; i++) {
2 26 Feb 07 jari 221             if(!Float.isNaN(rowData[i])){
2 26 Feb 07 jari 222                 if(rowData[i] < rowMin)
2 26 Feb 07 jari 223                     rowMin = rowData[i];
2 26 Feb 07 jari 224                 if(rowData[i] > rowMax)
2 26 Feb 07 jari 225                     rowMax = rowData[i];                
2 26 Feb 07 jari 226             }
2 26 Feb 07 jari 227             if(!Float.isNaN(colData[i])){
2 26 Feb 07 jari 228                 if(colData[i] < colMin)
2 26 Feb 07 jari 229                     colMin = colData[i];
2 26 Feb 07 jari 230                 if(colData[i] > colMax)
2 26 Feb 07 jari 231                     colMax = colData[i];                
2 26 Feb 07 jari 232             }
2 26 Feb 07 jari 233         }
2 26 Feb 07 jari 234         
2 26 Feb 07 jari 235         rowMin = Math.min(rowMin, colMin);
2 26 Feb 07 jari 236         rowMax = Math.max(rowMax, colMax); //use new row values for limits
2 26 Feb 07 jari 237         rowMin = (int)(rowMin - 1);  //extend the bounds
2 26 Feb 07 jari 238         rowMax = (int)(rowMax +1);
2 26 Feb 07 jari 239         if(rowMin > 0)
2 26 Feb 07 jari 240             rowMin = 0;
2 26 Feb 07 jari 241         if(rowMax < 0)
2 26 Feb 07 jari 242             rowMax = 0;
2 26 Feb 07 jari 243         
2 26 Feb 07 jari 244         graphFrame = new JFrame("Samples vs. Log Ratio");
2 26 Feb 07 jari 245         graph = new GraphViewer(graphFrame, 0, 500, 0, 500, 1, numberOfExp, rowMin, rowMax, 100, 100, 100, 100, "Sample vs. Log Ratio", "Sample Name", "Log2 (Cy5 / Cy3)");
2 26 Feb 07 jari 246         graph.setSubTitle("(red line = row gene, blue line = column gene)");
2 26 Feb 07 jari 247         
2 26 Feb 07 jari 248         graph.setXAxisValue(0);
2 26 Feb 07 jari 249         graph.setYAxisValue(1);
2 26 Feb 07 jari 250
2 26 Feb 07 jari 251         
2 26 Feb 07 jari 252         //Add yellow grid lines
2 26 Feb 07 jari 253         for (int i = 1; i <= numberOfExp; i++) {
2 26 Feb 07 jari 254             gl = new GraphLine(i, rowMin, i, rowMax, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 255             graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 256         }        
2 26 Feb 07 jari 257         for (int i = (int)rowMin; i <= rowMax; i++) {
2 26 Feb 07 jari 258             if (i != 0) {
2 26 Feb 07 jari 259                 gl = new GraphLine(1, i, numberOfExp, i, Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 260                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 261             }
2 26 Feb 07 jari 262         }
2 26 Feb 07 jari 263         
2 26 Feb 07 jari 264         //add graph lines
2 26 Feb 07 jari 265         for (int i = 0; i < numberOfExp - 1; i++) {  
2 26 Feb 07 jari 266             if(!Float.isNaN(rowData[i]) && !Float.isNaN(rowData[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 267                 gl = new GraphLine(i+1, rowData[i], i+2, rowData[i+1],Color.red);
2 26 Feb 07 jari 268                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 269             }
2 26 Feb 07 jari 270             if(!Float.isNaN(colData[i]) && !Float.isNaN(colData[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 271                 gl = new GraphLine(i+1, colData[i], i+2, colData[i+1],Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 272                 graph.addGraphElement(gl);
2 26 Feb 07 jari 273             }
2 26 Feb 07 jari 274         }
2 26 Feb 07 jari 275                 
2 26 Feb 07 jari 276         //add graph points
2 26 Feb 07 jari 277         for (int i = 0; i < numberOfExp; i++) {           
2 26 Feb 07 jari 278             if(!Float.isNaN(rowData[i])){
2 26 Feb 07 jari 279                 gp = new GraphPoint(i+1, rowData[i], Color.blue, 3);
2 26 Feb 07 jari 280                 graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 281             }
2 26 Feb 07 jari 282             if(!Float.isNaN(colData[i])){
2 26 Feb 07 jari 283                 gp = new GraphPoint(i+1, colData[i], Color.red, 3);
2 26 Feb 07 jari 284                 graph.addGraphElement(gp);
2 26 Feb 07 jari 285             }
2 26 Feb 07 jari 286         }
2 26 Feb 07 jari 287         
2 26 Feb 07 jari 288         for (int i = (int)rowMin; i <= rowMax; i++) {
2 26 Feb 07 jari 289             if (i == 0) gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "0", Color.black);
2 26 Feb 07 jari 290             //else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "2.0E" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 291             else gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, "" + i, Color.black);
2 26 Feb 07 jari 292             graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 293         }
2 26 Feb 07 jari 294         
2 26 Feb 07 jari 295         for (int i = 1; i <= numberOfExp; i++) {
2 26 Feb 07 jari 296             gt = new GraphTick(i, 8, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, expData.getSampleName(i - 1), Color.black);
2 26 Feb 07 jari 297             graph.addGraphElement(gt);
2 26 Feb 07 jari 298         }
2 26 Feb 07 jari 299         
2 26 Feb 07 jari 300         graphFrame.setSize(500, 500);
2 26 Feb 07 jari 301         Toolkit toolkit = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit();
2 26 Feb 07 jari 302         Dimension d = toolkit.getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 303         graphFrame.setLocation((int)(d.getWidth()/2-250), (int)(d.getHeight()/2-250)); 
2 26 Feb 07 jari 304         graph.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 305     }
2 26 Feb 07 jari 306         
2 26 Feb 07 jari 307     private void setValues(int colIndex, int rowIndex) {
2 26 Feb 07 jari 308         int columns = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 309         boolean [] rowMissingVector = new boolean[columns];
2 26 Feb 07 jari 310         boolean [] colMissingVector = new boolean[columns];
2 26 Feb 07 jari 311         
2 26 Feb 07 jari 312         for( int column=0; column< columns; column++) {
2 26 Feb 07 jari 313             rowMissingVector[column] = false;
2 26 Feb 07 jari 314             colMissingVector[column] = false;
2 26 Feb 07 jari 315         }
2 26 Feb 07 jari 316         
2 26 Feb 07 jari 317         for (int column = 0; column < columns; column++) {
2 26 Feb 07 jari 318             float value = experiment.get(rowIndex, column);
2 26 Feb 07 jari 319             if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 320                 rowMissingVector[column] = true;
2 26 Feb 07 jari 321                 this.rowMissingValues ++;
2 26 Feb 07 jari 322             }
2 26 Feb 07 jari 323         }
2 26 Feb 07 jari 324         
2 26 Feb 07 jari 325         for (int column = 0; column < columns; column++) {
2 26 Feb 07 jari 326             float value = experiment.get(colIndex, column);
2 26 Feb 07 jari 327             if (Float.isNaN(value)) {
2 26 Feb 07 jari 328                 colMissingVector[column] = true;
2 26 Feb 07 jari 329                 this.colMissingValues ++;
2 26 Feb 07 jari 330             }
2 26 Feb 07 jari 331         }
2 26 Feb 07 jari 332         
2 26 Feb 07 jari 333         for(int column =0; column<columns; column++) {
2 26 Feb 07 jari 334             if ((rowMissingVector[column] == false) && (colMissingVector[column] == false) && (rowIndex != colIndex)) {
2 26 Feb 07 jari 335                 this.distanceBasedOn++;
2 26 Feb 07 jari 336             }
2 26 Feb 07 jari 337         }
2 26 Feb 07 jari 338     }
2 26 Feb 07 jari 339     
2 26 Feb 07 jari 340     private void drawGeneColor() {
2 26 Feb 07 jari 341         
2 26 Feb 07 jari 342         Graphics g = getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 343         
2 26 Feb 07 jari 344         if (g != null ){
2 26 Feb 07 jari 345             g.setColor(rowGeneColor);
2 26 Feb 07 jari 346             g.fillRect(0, 0, 10, 10);
2 26 Feb 07 jari 347             
2 26 Feb 07 jari 348             g.setColor(columnGeneColor);
2 26 Feb 07 jari 349             g.fillRect(20, 0, 10, 10);
2 26 Feb 07 jari 350         }
2 26 Feb 07 jari 351     }
2 26 Feb 07 jari 352     
2 26 Feb 07 jari 353     class EventListener implements ActionListener, KeyListener {
2 26 Feb 07 jari 354         
2 26 Feb 07 jari 355         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 356             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 357             if (command.equals("close")) {
2 26 Feb 07 jari 358                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 359             } else if (command.equals("show-graph-command")){
2 26 Feb 07 jari 360                 createGeneGraph();
2 26 Feb 07 jari 361             }
2 26 Feb 07 jari 362         }
2 26 Feb 07 jari 363         
2 26 Feb 07 jari 364         public void keyPressed(KeyEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 365             if (event.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER) {
2 26 Feb 07 jari 366                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 367             }
2 26 Feb 07 jari 368         }
2 26 Feb 07 jari 369         
2 26 Feb 07 jari 370         public void keyReleased(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 371         public void keyTyped(KeyEvent event) {}
2 26 Feb 07 jari 372     }
2 26 Feb 07 jari 373 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)