mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/gsh/GSHExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: GSHExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:57:27 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.gsh;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class GSHExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>HJCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public GSHExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     /*
2 26 Feb 07 jari 44      * This constructor is used by XMLEncoder/Decoder and IViewerPersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 45      * to re-create an ExperimentClusterCentroidViewer from a saved xml file
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public GSHExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 48       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 49       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 50       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 51       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 59   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 60   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 61   return popup;
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63         
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 68   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 69   try {
2 26 Feb 07 jari 70       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 71   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 72       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 73       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 74   }
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 81   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 82   try {
2 26 Feb 07 jari 83       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 84   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 85       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 86       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 87   }
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 92      */
2 26 Feb 07 jari 93     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 94   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 95   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 96   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 97       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 105   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 112   
2 26 Feb 07 jari 113   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 114       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 115       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 116     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 117       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 118     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 119       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 121       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 123                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 124                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 125                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 128                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 129                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 130                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 131             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 132     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 133       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 135             }
2 26 Feb 07 jari 136             
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141   }
2 26 Feb 07 jari 142   
2 26 Feb 07 jari 143   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 144       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 145   }
2 26 Feb 07 jari 146   
2 26 Feb 07 jari 147   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 148       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 149     return;
2 26 Feb 07 jari 150       }
2 26 Feb 07 jari 151       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 152   }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155 }
2 26 Feb 07 jari 156

Generated on Thu Jul 20 09:27:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)