mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/gsh/GSHInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: GSHInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.gsh;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class GSHInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 30     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 31     private boolean clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 35      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public GSHInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 38         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 39         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 40         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 41     }
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 45      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public GSHInfoViewer(int[][] clusters, int genes, boolean ClusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 48         this.clusterGenes = ClusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 49         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 50         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 51         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * Creates a GSHInfoViewer from stored content and headers.  
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     public GSHInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 57       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 58       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 59         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 65         return content;
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 72         return header;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 79         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 80         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 81         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 82         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 83         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 84         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 85         return panel;
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 92         JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 93         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 94         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 95         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 96         
2 26 Feb 07 jari 97         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 98             for (int counter = 0; counter < clusters.length - 1; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 99                 sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 100                 sb.append("\t\t");
2 26 Feb 07 jari 101                 sb.append("# of Genes in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 102                 sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 103                 sb.append("% of Genes in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 104                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 105             }
2 26 Feb 07 jari 106             
2 26 Feb 07 jari 107             sb.append("Unassigned Genes");
2 26 Feb 07 jari 108             sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 109             sb.append("# of Unassigned Genes: "+clusters[clusters.length - 1].length);
2 26 Feb 07 jari 110             sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 111             sb.append("% of Genes Unassigned: "+Math.round((float)clusters[clusters.length - 1].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 112             sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 113         }
2 26 Feb 07 jari 114         else{
2 26 Feb 07 jari 115             for (int counter = 0; counter < clusters.length - 1; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 116                 sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 117                 sb.append("\t\t");
2 26 Feb 07 jari 118                 sb.append("# of Experiments in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 119                 sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 120                 sb.append("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 121                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 122             }
2 26 Feb 07 jari 123             sb.append("Unassigned Experiments");
2 26 Feb 07 jari 124             sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 125             sb.append("# of Unassigned Experiments: "+clusters[clusters.length - 1].length);
2 26 Feb 07 jari 126             sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 127             sb.append("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[clusters.length - 1].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 128             sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 129         }        
2 26 Feb 07 jari 130         area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 131         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 132         return area;
2 26 Feb 07 jari 133     }
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     /**
2 26 Feb 07 jari 136      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 137      */
2 26 Feb 07 jari 138     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 139         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 140         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 141         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 142             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 143         } else {
2 26 Feb 07 jari 144             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 149      */
2 26 Feb 07 jari 150     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 151         return null;
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)