mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:58:50 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class HCLCentroidViewer extends CentroidViewer implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28     public static final long serialVersionUID = 202007010001L;
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     /**
2 26 Feb 07 jari 33      * See superclass.  
2 26 Feb 07 jari 34      * 
2 26 Feb 07 jari 35      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 36      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 37      * @param means
2 26 Feb 07 jari 38      * @param codes
2 26 Feb 07 jari 39      * @param id
2 26 Feb 07 jari 40      */
2 26 Feb 07 jari 41     public HCLCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 42       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * Construct a <code>HCLCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 46      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 47      */
2 26 Feb 07 jari 48     public HCLCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 49     super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 50     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 51     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 52     getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 59     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 60     addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 61     return popup;
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     /**
2 26 Feb 07 jari 66      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 69     Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 70     try {
2 26 Feb 07 jari 71         ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 72     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 73         JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 74         e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     /**
2 26 Feb 07 jari 79      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 82     Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 83     try {
2 26 Feb 07 jari 84         ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 85     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 86         JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 87         e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89     }
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     /**
2 26 Feb 07 jari 93      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 96       setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 103   
2 26 Feb 07 jari 104   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 105       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 106       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 107     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 108       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 109     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 110       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 111     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 112       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 113     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 114       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 115                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 116                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 117                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 118                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 119             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 120                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 121                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 122                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 123                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 124             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 125                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 128                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 129             }
2 26 Feb 07 jari 130             
2 26 Feb 07 jari 131   }
2 26 Feb 07 jari 132   
2 26 Feb 07 jari 133   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 134       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 135   }
2 26 Feb 07 jari 136   
2 26 Feb 07 jari 137   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 138       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 139   }
2 26 Feb 07 jari 140   
2 26 Feb 07 jari 141   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 142       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 143     return;
2 26 Feb 07 jari 144       }
2 26 Feb 07 jari 145       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147     }
2 26 Feb 07 jari 148     
2 26 Feb 07 jari 149 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)