mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLCluster.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLCluster.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.4 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:40 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 public class HCLCluster {
2 26 Feb 07 jari 17     
2 26 Feb 07 jari 18     public int root; // root index
2 26 Feb 07 jari 19     public int firstElem;
2 26 Feb 07 jari 20     public int lastElem;
2 26 Feb 07 jari 21     public Color color; // color of the cluster.
2 26 Feb 07 jari 22     public String text; // cluster description.
2 26 Feb 07 jari 23     public boolean isGeneCluster;
2 26 Feb 07 jari 24     public int size;
2 26 Feb 07 jari 25     /**
2 26 Feb 07 jari 26      * Constructs a <code>HCLCluster</code> with specified root,
2 26 Feb 07 jari 27      * firstRow and lastRow indices.
2 26 Feb 07 jari 28      */
2 26 Feb 07 jari 29     public HCLCluster(int root, int firstElem, int lastElem) {
2 26 Feb 07 jari 30   this.root = root;
2 26 Feb 07 jari 31   this.firstElem = firstElem;
2 26 Feb 07 jari 32   this.lastElem = lastElem;
2 26 Feb 07 jari 33         this.isGeneCluster = true;
2 26 Feb 07 jari 34         this.size = (lastElem - firstElem) + 1;
2 26 Feb 07 jari 35     }
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     public void setFinalSize(){
2 26 Feb 07 jari 38         this.size = (this.lastElem - this.firstElem) + 1;
2 26 Feb 07 jari 39     }
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     //EH These methods and constructor are provided to present a JavaBean
2 26 Feb 07 jari 42     //interface for XMLEncoder/XMLDecoder serializing.
2 26 Feb 07 jari 43     public HCLCluster() {
2 26 Feb 07 jari 44       this.isGeneCluster = true;
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     public void setRoot(int r){this.root = r;}
2 26 Feb 07 jari 47     public void setFirstElem(int fe) {
2 26 Feb 07 jari 48       this.firstElem = fe;
2 26 Feb 07 jari 49       try {
2 26 Feb 07 jari 50         this.size = (lastElem = firstElem)+1;
2 26 Feb 07 jari 51       } catch (NullPointerException npe){}
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     public void setLastElem(int le) {
2 26 Feb 07 jari 54       this.lastElem = le;
2 26 Feb 07 jari 55       try {
2 26 Feb 07 jari 56         this.size = (lastElem = firstElem)+1;
2 26 Feb 07 jari 57       } catch (NullPointerException npe){}
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     public int getRoot() {return this.root;}
2 26 Feb 07 jari 60     public int getFirstElem() {return this.firstElem;}
2 26 Feb 07 jari 61     public int getLastElem() {return this.lastElem;}
2 26 Feb 07 jari 62     //End beanifying methods
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)