mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:58:50 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class HCLExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 30     /**
2 26 Feb 07 jari 31      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 32      * @author eleanorahowe
2 26 Feb 07 jari 33      * XMLEncoder/XMLDecoder constructor.
2 26 Feb 07 jari 34      *
2 26 Feb 07 jari 35      */ 
2 26 Feb 07 jari 36     public HCLExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 37       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 38         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 39         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 40         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 41     }
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * Construct a <code>HCLCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 45      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public HCLExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 48         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 49         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 50         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 51         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     /**
2 26 Feb 07 jari 55      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 58         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 59         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 60         return popup;
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 68         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 69         try {
2 26 Feb 07 jari 70             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 71         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 72             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 73             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 74         }
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 81         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 82         try {
2 26 Feb 07 jari 83             ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 84         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 85             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 86             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 87         }
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 92      */
2 26 Feb 07 jari 93     //    private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 94     //  Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 95     //  Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 96     //  if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 97     //      setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 98     ////  }
2 26 Feb 07 jari 99     //    }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 105         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 114             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 115             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 116                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 117             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 118                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 119             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120                 storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 122                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 124                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 125                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 126                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 127                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 128             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 129                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 130                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 131                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 132                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 133             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 135             }
2 26 Feb 07 jari 136             
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141         }
2 26 Feb 07 jari 142         
2 26 Feb 07 jari 143         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 144             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146         
2 26 Feb 07 jari 147         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 148             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 149                 return;
2 26 Feb 07 jari 150             }
2 26 Feb 07 jari 151             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155 }
2 26 Feb 07 jari 156

Generated on Thu Jul 20 09:27:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)