mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLExperimentCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLExperimentCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:58:50 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class HCLExperimentCentroidsViewer extends ExperimentClusterCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * Constructs a <code>HCLCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 43      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public HCLExperimentCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 46         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 47         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 48         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 49         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 54      * Creates a new HCLExperimentCentroidsViewer.  Used by XMLEncoder/Decoder to restore
2 26 Feb 07 jari 55      * the state of this class.  parameters match the objects provided by 
2 26 Feb 07 jari 56      * ExperimentClusterCentroidsViewer.getExpression().
2 26 Feb 07 jari 57      * @param cv
2 26 Feb 07 jari 58      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public HCLExperimentCentroidsViewer(ExperimentClusterCentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 61       super(cv);
2 26 Feb 07 jari 62         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 63         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 64         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 71         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 72         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 73         return popup;
2 26 Feb 07 jari 74     }
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 80         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 81         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 82         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 83         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 84         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 87         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 88         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 89         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 90         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 93         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 94         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 95         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     /**
2 26 Feb 07 jari 99      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 100      */
2 26 Feb 07 jari 101     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 102         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 103         try {
2 26 Feb 07 jari 104             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 105         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 106             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 107             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 108         }
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 117             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 118             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 119                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 120             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 121                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 122                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 123                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 124                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 125             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 126                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 127                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 128                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 129                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 130             }
2 26 Feb 07 jari 131         }
2 26 Feb 07 jari 132         
2 26 Feb 07 jari 133         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 134             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 135             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 136                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 137                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 138             }
2 26 Feb 07 jari 139         }
2 26 Feb 07 jari 140         
2 26 Feb 07 jari 141         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 142             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 150             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 151                 return;
2 26 Feb 07 jari 152             }
2 26 Feb 07 jari 153             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 154         }
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156 }
2 26 Feb 07 jari 157

Generated on Thu Jul 20 09:27:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)