mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 17:58:50 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class HCLExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 32         
2 26 Feb 07 jari 33     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>HCLExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public HCLExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 40   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 41   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 44   getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 48      * @author eleanorahowe
2 26 Feb 07 jari 49      * 
2 26 Feb 07 jari 50      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 51      * @param genesOrder
2 26 Feb 07 jari 52      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 53      * @param offset
2 26 Feb 07 jari 54      * @param header
2 26 Feb 07 jari 55      * @param hasCentroid
2 26 Feb 07 jari 56      * @param centroids
2 26 Feb 07 jari 57      * @param elementSize
2 26 Feb 07 jari 58      * @param labelIndex
2 26 Feb 07 jari 59      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 60      */
2 26 Feb 07 jari 61     public HCLExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 62         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 63       super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 64       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 65       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 66       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 67       getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 74   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 75   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 76   return popup;
2 26 Feb 07 jari 77     }
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     
2 26 Feb 07 jari 80     /**
2 26 Feb 07 jari 81      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 82      */
2 26 Feb 07 jari 83     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 84   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 85   try {
2 26 Feb 07 jari 86       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 87   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 88       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 89       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 90   }
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     /**
2 26 Feb 07 jari 94      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 95      */
2 26 Feb 07 jari 96     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 97   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 98   try {
2 26 Feb 07 jari 99       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 100   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 101       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 102       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 103   }
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 110   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 111   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 112   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 113       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 114   }
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116     
2 26 Feb 07 jari 117     /**
2 26 Feb 07 jari 118      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 121   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 128   
2 26 Feb 07 jari 129   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 130       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 131       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 132     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 133       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 134     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 135       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 136     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 137       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 138     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 139       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 140                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 141             }
2 26 Feb 07 jari 142   }
2 26 Feb 07 jari 143   
2 26 Feb 07 jari 144   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 145       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147   
2 26 Feb 07 jari 148   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 149       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151   
2 26 Feb 07 jari 152   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 153       
2 26 Feb 07 jari 154       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 155     return;
2 26 Feb 07 jari 156       }
2 26 Feb 07 jari 157       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 158   }
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)