mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLNodeHeightGraph.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLNodeHeightGraph.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:40 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 public class HCLNodeHeightGraph extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 38     GraphViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 39     HCLTreeData treeData;
2 26 Feb 07 jari 40     float minX;
2 26 Feb 07 jari 41     float maxX;
2 26 Feb 07 jari 42     float minY;
2 26 Feb 07 jari 43     float maxY;
2 26 Feb 07 jari 44     boolean firstView = true;
2 26 Feb 07 jari 45     DecimalFormat format;
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47     /** Creates new HCLAvalancheViewer */
2 26 Feb 07 jari 48     public HCLNodeHeightGraph(HCLTreeData data, boolean gene) {   
2 26 Feb 07 jari 49         treeData = data;
2 26 Feb 07 jari 50         initializeViewer();        
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52     public HCLNodeHeightGraph(HCLTreeData data){
2 26 Feb 07 jari 53       this(data, false);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * This constructor is used by XMLEncoder
2 26 Feb 07 jari 57      *
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     public HCLNodeHeightGraph() { }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 63      * @author eleanorahowe
2 26 Feb 07 jari 64      * 
2 26 Feb 07 jari 65      */
2 26 Feb 07 jari 66     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 67       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 68           new Object[]{this.treeData});
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     private void initializeViewer(){
2 26 Feb 07 jari 72         minX = findMinDistance();
2 26 Feb 07 jari 73         maxX = findMaxDistance();
2 26 Feb 07 jari 74         minY = 0;
2 26 Feb 07 jari 75         maxY = treeData.node_order.length;
2 26 Feb 07 jari 76         viewer = new GraphViewer(null, (int)minX, (int)maxX, (int)minY, (int)maxY, minX, maxX, minY, maxY,
2 26 Feb 07 jari 77                     50, 50, 50, 50, "Node Heights", "Distance", "Number of Terminal Nodes");
2 26 Feb 07 jari 78         
2 26 Feb 07 jari 79         viewer.setYAxisValue(minX);
2 26 Feb 07 jari 80         viewer.setXAxisValue(minY);
2 26 Feb 07 jari 81         viewer.setShowCoordinates(true);
2 26 Feb 07 jari 82         
2 26 Feb 07 jari 83   /*          public GraphViewer(JFrame frame, int startx, int stopx, int starty, int stopy,
2 26 Feb 07 jari 84     double graphstartx, double graphstopx, double graphstarty, double graphstopy,
2 26 Feb 07 jari 85     int preXSpacing, int postXSpacing, int preYSpacing, int postYSpacing,
2 26 Feb 07 jari 86     String title, String xLabel, String yLabel)
2 26 Feb 07 jari 87     */
2 26 Feb 07 jari 88         enterGraphData();
2 26 Feb 07 jari 89     }
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91         /**
2 26 Feb 07 jari 92      *  finds min dist in tree, initializes zeroThreshold
2 26 Feb 07 jari 93      */
2 26 Feb 07 jari 94     private float findMinDistance(){
2 26 Feb 07 jari 95         float min = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 96         for(int i = 0; i < treeData.height.length;i++){
2 26 Feb 07 jari 97             min = Math.min(min, treeData.height[i]);
2 26 Feb 07 jari 98         }
2 26 Feb 07 jari 99         return min;
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102         /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Returns min height of the tree nodes.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     private float findMaxDistance() {
2 26 Feb 07 jari 106         float max = Float.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 107         for (int i=0; i<treeData.node_order.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 108             max = Math.max(max, treeData.height[treeData.node_order[i]]);
2 26 Feb 07 jari 109         }
2 26 Feb 07 jari 110         return max;
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     private void enterGraphData(){
2 26 Feb 07 jari 114         int [] nodeOrder = this.treeData.node_order;
2 26 Feb 07 jari 115         float [] height = this.treeData.height;
2 26 Feb 07 jari 116         double nodeHeight = 0d;
2 26 Feb 07 jari 117         double terminalNodes = nodeOrder.length;
2 26 Feb 07 jari 118         int numberOfNodes = (int)terminalNodes;
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         if(nodeOrder.length>1){
2 26 Feb 07 jari 121             viewer.addGraphElement(new GraphLine(minX, terminalNodes, height[nodeOrder[0]], terminalNodes, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 122             viewer.addGraphElement(new GraphLine(height[nodeOrder[0]], terminalNodes, height[nodeOrder[0]], terminalNodes-1, Color.blue));
2 26 Feb 07 jari 123         }
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         for(int i = 0; i < nodeOrder.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 126             if(nodeOrder[i] > -1){
2 26 Feb 07 jari 127             nodeHeight = height[nodeOrder[i]];
2 26 Feb 07 jari 128             terminalNodes--;
2 26 Feb 07 jari 129             viewer.addGraphElement(new GraphPoint(nodeHeight, terminalNodes, Color.blue, 2));
2 26 Feb 07 jari 130             if(i+1<nodeOrder.length && nodeOrder[i+1] > -1){
2 26 Feb 07 jari 131                 viewer.addGraphElement(new GraphLine(nodeHeight, terminalNodes, height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 132                 viewer.addGraphElement(new GraphLine(height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes, height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes-1, Color.blue));
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134             }
2 26 Feb 07 jari 135                 
2 26 Feb 07 jari 136             }
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139         format = new java.text.DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 140         format.setMaximumFractionDigits(2);
2 26 Feb 07 jari 141         
2 26 Feb 07 jari 142         for(int i = 0; i < 10 ; i++){
2 26 Feb 07 jari 143     
2 26 Feb 07 jari 144            if(minX >= 0)
2 26 Feb 07 jari 145                 viewer.addGraphElement(new GraphTick((maxX-minX)/10 * i, 5, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, String.valueOf(format.format((maxX-minX)/10 * i)), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 146             else
2 26 Feb 07 jari 147                 viewer.addGraphElement(new GraphTick(minX + (maxX-minX)/10 * i, 5, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, String.valueOf(format.format(minX + (maxX-minX)/10 * i)), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 148
2 26 Feb 07 jari 149             viewer.addGraphElement(new GraphTick(nodeOrder.length/10 * i, 5, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, String.valueOf(nodeOrder.length/10 * i), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 150     
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154      /*   for(int i = height.length - nodeOrder.length; i < height.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 155             nodeHeight = height[this.treeData.node_order[i]];
2 26 Feb 07 jari 156             terminalNodes -=i;
2 26 Feb 07 jari 157             viewer.addGraphPoint(nodeHeight, terminalNodes); 
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159        */
2 26 Feb 07 jari 160         
2 26 Feb 07 jari 161     }
2 26 Feb 07 jari 162     
2 26 Feb 07 jari 163     /**
2 26 Feb 07 jari 164      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 165      */
2 26 Feb 07 jari 166     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 167     }
2 26 Feb 07 jari 168     
2 26 Feb 07 jari 169     /**
2 26 Feb 07 jari 170      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 171      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 172      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 173      */
2 26 Feb 07 jari 174     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 175     }
2 26 Feb 07 jari 176     
2 26 Feb 07 jari 177     /**
2 26 Feb 07 jari 178      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 179      */
2 26 Feb 07 jari 180     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     /**
2 26 Feb 07 jari 184      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 185      */
2 26 Feb 07 jari 186     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 187         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 188     }
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191     /**
2 26 Feb 07 jari 192      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 193      */
2 26 Feb 07 jari 194     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 195         return null;
2 26 Feb 07 jari 196     }
2 26 Feb 07 jari 197     
2 26 Feb 07 jari 198     /**
2 26 Feb 07 jari 199      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 200      */
2 26 Feb 07 jari 201     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 202         if(firstView && this.viewer.isVisible()){
2 26 Feb 07 jari 203            Graphics g = viewer.getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 204            FontMetrics metrics = g.getFontMetrics(new Font("SansSerif", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 205            int preX = metrics.stringWidth(String.valueOf(format.format(this.maxX)));
2 26 Feb 07 jari 206            int preY = metrics.stringWidth(String.valueOf(format.format(this.maxY)));
2 26 Feb 07 jari 207            metrics = g.getFontMetrics(new Font("SansSerif", Font.BOLD, 12));
2 26 Feb 07 jari 208            preX += metrics.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 209            preY += metrics.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 210            this.viewer.setPreXSpacing(preY+10);
2 26 Feb 07 jari 211            this.viewer.setPostYSpacing(preX+20);
2 26 Feb 07 jari 212            firstView = false;
2 26 Feb 07 jari 213         }                            
2 26 Feb 07 jari 214     }
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     /**
2 26 Feb 07 jari 217      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 218      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 219      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 222     }
2 26 Feb 07 jari 223     
2 26 Feb 07 jari 224     /**
2 26 Feb 07 jari 225      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 226      */
2 26 Feb 07 jari 227     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 228         return null;
2 26 Feb 07 jari 229     }    
2 26 Feb 07 jari 230     
2 26 Feb 07 jari 231     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 232      */
2 26 Feb 07 jari 233     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 234         return null;
2 26 Feb 07 jari 235     }
2 26 Feb 07 jari 236     
2 26 Feb 07 jari 237     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 238      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 239      */
2 26 Feb 07 jari 240     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 241         return null;
2 26 Feb 07 jari 242     }
2 26 Feb 07 jari 243     
2 26 Feb 07 jari 244     public void setViewer(GraphViewer val){
2 26 Feb 07 jari 245         viewer = val;
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     public GraphViewer getViewer(){
2 26 Feb 07 jari 248         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 249     }
2 26 Feb 07 jari 250     
2 26 Feb 07 jari 251     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 252      */
2 26 Feb 07 jari 253     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 254         return null;
2 26 Feb 07 jari 255     }    
2 26 Feb 07 jari 256     
2 26 Feb 07 jari 257     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 258      */
2 26 Feb 07 jari 259     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 260         return null;
2 26 Feb 07 jari 261     }        
2 26 Feb 07 jari 262     
2 26 Feb 07 jari 263     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 264  //     this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 265     }
2 26 Feb 07 jari 266     public int getExperimentID() {return 0;}
2 26 Feb 07 jari 267     public void setExperimentID(int id) {}
2 26 Feb 07 jari 268     
2 26 Feb 07 jari 269     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 270      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 271      */
2 26 Feb 07 jari 272     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 273         return -1;
2 26 Feb 07 jari 274     }
2 26 Feb 07 jari 275     
2 26 Feb 07 jari 276 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)