mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/hcl/HCLViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.18 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/07/13 16:14:25 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  *Note from N. Bhagabati, 8/7/2002: I have commented out the statement in the addComponents() method that would add the HCL annotation bar to the viewer,
2 26 Feb 07 jari 14  *as we are now using the Labels as displayed by the ExperimentViewer class, giving us more flexibility to change the label displays as desired. I have,
2 26 Feb 07 jari 15  *however, left in the code dealing with the HCL annotation bar itself, as this was the least intrusive way to make changes to the code, so as not to set
2 26 Feb 07 jari 16  off a whole series of unanticipated (and perhaps undesired) consequences
2 26 Feb 07 jari 17  *
2 26 Feb 07 jari 18  */
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 37 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 38 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 39 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 40 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 58 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 59 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 60 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 61 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 62 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 63 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 64 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 65 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 public class HCLViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69     protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 70     protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 71     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 72     protected static final String DELETE_CLUSTER_CMD = "delete-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 73     protected static final String DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD = "delete-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 74     protected static final String GENE_TREE_PROPERTIES_CMD = "gene-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 75     protected static final String SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD = "sample-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     protected static final String SAVE_GENE_ORDER_CMD = "save-gene-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 78     protected static final String SAVE_EXP_ORDER_CMD = "save-exp-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 79     protected static final String SAVE_GENE_HEIGHT_CMD = "save-gene-height-cmd";
2 26 Feb 07 jari 80     protected static final String SAVE_EXP_HEIGHT_CMD = "save-exp-height-cmd";
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     protected static final String SAVE_GENE_NEWICK_CMD = "save-gene-newick-cmd";
2 26 Feb 07 jari 83     protected static final String SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD = "save-sample-newick-cmd";
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     // wrapped viewers
2 26 Feb 07 jari 86     /** component to draw an experiment data */
2 26 Feb 07 jari 87     protected IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 88     /** component to draw an experiment header */
2 26 Feb 07 jari 89     protected HCLExperimentHeader header;
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /** component to draw genes tree */
2 26 Feb 07 jari 92     protected HCLTree genesTree;
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /** component to draw samples tree */
2 26 Feb 07 jari 95     protected HCLTree sampleTree;
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /** component to draw hcl clusters colors and descriptions */
2 26 Feb 07 jari 98     protected HCLColorBar colorBar;
2 26 Feb 07 jari 99     /** component to draw an experiment annotations */
2 26 Feb 07 jari 100     protected HCLAnnotationBar annotationBar;
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     protected HCLTreeData genes_result;
2 26 Feb 07 jari 103     protected HCLTreeData samples_result;
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     protected IData data;
2 26 Feb 07 jari 106     protected Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 107     protected ArrayList clusters = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 108     protected ArrayList experimentClusters = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 109     protected int [][] sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 110     public HCLCluster selectedCluster;
2 26 Feb 07 jari 111     protected int[] genesOrder;
2 26 Feb 07 jari 112     protected int[] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 113     protected boolean isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 114     protected boolean featureListIsEmpty = false;
2 26 Feb 07 jari 115     protected Dimension elementSize;
2 26 Feb 07 jari 116     protected int numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 117     protected int offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 118     protected int clusterIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 119     protected Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 120     protected JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 121     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 122     protected int[] features;
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     protected DefaultMutableTreeNode node;
2 26 Feb 07 jari 125     protected IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 126     
2 26 Feb 07 jari 127     /**
2 26 Feb 07 jari 128      * Constructs a <code>HCLViewer</code> for specified results.
2 26 Feb 07 jari 129      */
2 26 Feb 07 jari 130     public HCLViewer(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result) {
2 26 Feb 07 jari 131         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 132         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 133         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 134         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 135         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 136         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 137         features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 138         this.expViewer = createExperimentViewer(experiment, features, genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 139         this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 140         this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 141         this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 142         this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 143         this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 144         this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 145         this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 146         this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 147         if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1 && genes_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 148             this.genesTree = new HCLTree(genes_result, HCLTree.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 149             this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 150             this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 151             this.genes_result = genes_result;
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153         if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1 && samples_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 154             this.sampleTree = new HCLTree(samples_result, HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 155             this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result);
2 26 Feb 07 jari 156             if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 157                 this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 158             this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 159             this.sampleTree.setListener(listener);  //added for selection of experiment hcl nodes
2 26 Feb 07 jari 160             this.samples_result = samples_result;
2 26 Feb 07 jari 161         }
2 26 Feb 07 jari 162         this.isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 163         this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples(); //know this is correct for gene clustering constructor
2 26 Feb 07 jari 164         addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 165         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 166     }
2 26 Feb 07 jari 167     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 168       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 169         new Object[]{this.experiment, this.createDefaultFeatures(this.experiment), this.genes_result, this.samples_result, this.sampleClusters, new Boolean(this.isExperimentCluster), this.genesTree, this.sampleTree, new Integer(this.offset), (ExperimentViewer)this.expViewer});
2 26 Feb 07 jari 170     }
2 26 Feb 07 jari 171     /**
2 26 Feb 07 jari 172      * Constructs a <code>HCLViewer</code> for specified results
2 26 Feb 07 jari 173      * This is the XMLEncoder/Decoder constructor
2 26 Feb 07 jari 174      */
2 26 Feb 07 jari 175     public HCLViewer(Experiment e, int[] features, HCLTreeData genesResult, HCLTreeData samplesResult, int [][] sampleClusters, boolean isExperimentCluster, HCLTree genesTree, HCLTree sampleTree, Integer offset, ExperimentViewer expViewer) {
2 26 Feb 07 jari 176         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 177         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 178         //this.exptID = exptID.intValue();
2 26 Feb 07 jari 179         this.offset = offset.intValue();        
2 26 Feb 07 jari 180         this.expViewer = expViewer;
2 26 Feb 07 jari 181         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 182         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 183         this.features = features;
2 26 Feb 07 jari 184         this.isExperimentCluster = isExperimentCluster;
2 26 Feb 07 jari 185         this.sampleClusters = sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 186         this.genes_result = genesResult;
2 26 Feb 07 jari 187         this.samples_result = samplesResult;
2 26 Feb 07 jari 188         this.genesTree = genesTree;
2 26 Feb 07 jari 189         this.sampleTree = sampleTree;
2 26 Feb 07 jari 190         if(genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 191           this.offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 192           expViewer.setLeftInset(0);
2 26 Feb 07 jari 193           expViewer.setInsets(new Insets(0,0,0,0));          
2 26 Feb 07 jari 194         } else {
2 26 Feb 07 jari 195           sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 196         }
2 26 Feb 07 jari 197         setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 198     }
2 26 Feb 07 jari 199
2 26 Feb 07 jari 200     
2 26 Feb 07 jari 201     /**
2 26 Feb 07 jari 202      * Constructs a <code>HCLViewer</code> for specified results
2 26 Feb 07 jari 203      */
2 26 Feb 07 jari 204     public HCLViewer(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result, int [][] sampleClusters, boolean isExperimentCluster) {
2 26 Feb 07 jari 205         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 206         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 207         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 208         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 209         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 210         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 211         features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 212         this.isExperimentCluster = isExperimentCluster;
2 26 Feb 07 jari 213         if(this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 214             this.numberOfSamples = sampleClusters[0].length;  //initial sample count of first cluster
2 26 Feb 07 jari 215         else
2 26 Feb 07 jari 216             this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 217         this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, createDefaultFeatures(experiment), genes_result);
2 26 Feb 07 jari 218         this.sampleClusters = sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 219         this.genes_result = genes_result;
2 26 Feb 07 jari 220         this.samples_result = samples_result;
2 26 Feb 07 jari 221         if(this.isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 222             if(genes_result != null){
2 26 Feb 07 jari 223                 offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 224                 this.expViewer = new ExperimentClusterViewer(experiment, sampleClusters, genesOrder, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 225             }
2 26 Feb 07 jari 226             else{
2 26 Feb 07 jari 227                 offset = 10;
2 26 Feb 07 jari 228                 this.expViewer = new ExperimentClusterViewer(experiment, sampleClusters, genesOrder, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 229             }
2 26 Feb 07 jari 230         }
2 26 Feb 07 jari 231         else {
2 26 Feb 07 jari 232             this.expViewer = createExperimentViewer(experiment, features, genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 233         }
2 26 Feb 07 jari 234         this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 235         this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 236         this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 237         this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 238         this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 239         this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 240         this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 241 /*EH
2 26 Feb 07 jari 242         if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1) {
2 26 Feb 07 jari 243             this.genesTree = new HCLTree(genes_result, HCLTree.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 244             this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 245             this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 246         }
2 26 Feb 07 jari 247         if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1) {
2 26 Feb 07 jari 248             this.sampleTree = new HCLTree(samples_result, HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 249             //           this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result, sampleClusters[0]);
2 26 Feb 07 jari 250             if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 251                 this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 252             this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 253             this.sampleTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 254         }
2 26 Feb 07 jari 255 */
2 26 Feb 07 jari 256         addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 257         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 258     }
2 26 Feb 07 jari 259     
2 26 Feb 07 jari 260     /**
2 26 Feb 07 jari 261      * Constructs a <code>HCLViewer</code> for specified results.
2 26 Feb 07 jari 262      */
2 26 Feb 07 jari 263     public HCLViewer(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result, DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 264         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 265         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 266         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 267         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 268         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 269         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 270         this.node = node;
2 26 Feb 07 jari 271         features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 272         this.expViewer = createExperimentViewer(experiment, features, genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 273         this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 274         this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 275         this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 276         this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 277         this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 278         this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 279         this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 280         this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 281         if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1 && genes_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 282             this.genesTree = new HCLTree(genes_result, HCLTree.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 283             this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 284             this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 285             this.genes_result = genes_result;
2 26 Feb 07 jari 286         }
2 26 Feb 07 jari 287         if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1 && samples_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 288             this.sampleTree = new HCLTree(samples_result, HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 289             this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result);
2 26 Feb 07 jari 290             if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 291                 this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 292             this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 293             this.sampleTree.setListener(listener);  //added for selection of experiment hcl nodes
2 26 Feb 07 jari 294             this.samples_result = samples_result;
2 26 Feb 07 jari 295         }
2 26 Feb 07 jari 296         this.isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 297         this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples(); //know this is correct for gene clustering constructor
2 26 Feb 07 jari 298         addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 299         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 300     }
2 26 Feb 07 jari 301     
2 26 Feb 07 jari 302     
2 26 Feb 07 jari 303     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 304       this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 305       this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 306       setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 307         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 308         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 309         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 310         features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 311         this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 312         this.expViewer.setExperiment(this.experiment);
2 26 Feb 07 jari 313         this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 314         this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 315         this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 316         this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 317         this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 318         this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 319         this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 320         if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1 && genes_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 321             this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 322             this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 323             this.genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 324         }
2 26 Feb 07 jari 325         if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1 && samples_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 326             this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result);
2 26 Feb 07 jari 327             if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 328                 this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 329             this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 330             this.sampleTree.setListener(listener);  //added for selection of experiment hcl nodes
2 26 Feb 07 jari 331             this.sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 332         }
2 26 Feb 07 jari 333         this.isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 334         this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples(); //know this is correct for gene clustering constructor
2 26 Feb 07 jari 335         addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 336         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338     }
2 26 Feb 07 jari 339     public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 340       this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 341     }
2 26 Feb 07 jari 342     public int getExperimentID() {return this.exptID;}
2 26 Feb 07 jari 343     
2 26 Feb 07 jari 344     /**
2 26 Feb 07 jari 345      * Adds wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 346      */
2 26 Feb 07 jari 347     protected void addComponents(JComponent sTree, JComponent gTree, JComponent exp, JComponent cBar, JComponent aBar) {
2 26 Feb 07 jari 348         final int rows = sTree == null ? 1 : 2;
2 26 Feb 07 jari 349         final int cols = gTree == null ? 3 : 4;
2 26 Feb 07 jari 350         if (sTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 351             add(sTree, new GridBagConstraints(cols-3, rows-2, 1, 1, 0.0, 0.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 352         }
2 26 Feb 07 jari 353         if (gTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 354             add(gTree, new GridBagConstraints(cols-4, rows-1, 1, 1, 0.0, 1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 355         }
2 26 Feb 07 jari 356         add(exp,  new GridBagConstraints(cols-3, rows-1, 1, 1, 1.0, 1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 357     }
2 26 Feb 07 jari 358     
2 26 Feb 07 jari 359     
2 26 Feb 07 jari 360     
2 26 Feb 07 jari 361     protected IViewer createExperimentViewer(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result) {
2 26 Feb 07 jari 362         int[][] clusters = createClusters(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 363         int [] samples = getLeafOrder(samples_result, null);
2 26 Feb 07 jari 364         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 365         if(genes_result != null){
2 26 Feb 07 jari 366             offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 367             viewer = new ExperimentViewer(experiment, clusters, samples, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 368         }
2 26 Feb 07 jari 369         else{
2 26 Feb 07 jari 370             offset = 10;
2 26 Feb 07 jari 371             viewer = new ExperimentViewer(experiment, clusters, samples, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 372         }
2 26 Feb 07 jari 373         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 374     }
2 26 Feb 07 jari 375     
2 26 Feb 07 jari 376     
2 26 Feb 07 jari 377     protected int[] createDefaultFeatures(Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 378         int[] features = new int[experiment.getNumberOfGenes()];
2 26 Feb 07 jari 379         for (int i=0; i<features.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 380             features[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 381         }
2 26 Feb 07 jari 382         return features;
2 26 Feb 07 jari 383     }
2 26 Feb 07 jari 384     
2 26 Feb 07 jari 385     /**
2 26 Feb 07 jari 386      * Creates a cluster for wrapped experiment viewer.
2 26 Feb 07 jari 387      */
2 26 Feb 07 jari 388     private int[][] createClusters(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result) {
2 26 Feb 07 jari 389         int [][] clusters = new int[1][features.length];
2 26 Feb 07 jari 390         clusters[0] = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 391         return clusters;
2 26 Feb 07 jari 392     }
2 26 Feb 07 jari 393     
2 26 Feb 07 jari 394     protected int [] createSamplesOrder(HCLTreeData samples_result){
2 26 Feb 07 jari 395         return createSamplesOrder(samples_result, null);
2 26 Feb 07 jari 396     }
2 26 Feb 07 jari 397     
2 26 Feb 07 jari 398     protected int [] createSamplesOrder(HCLTreeData samples_result, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 399         return getLeafOrder(samples_result, indices);
2 26 Feb 07 jari 400     }
2 26 Feb 07 jari 401     
2 26 Feb 07 jari 402     protected int[] createGenesOrder(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result) {
2 26 Feb 07 jari 403         int[] order = getLeafOrder(genes_result, features);
2 26 Feb 07 jari 404         if (order == null) {
2 26 Feb 07 jari 405             order = features;
2 26 Feb 07 jari 406         }
2 26 Feb 07 jari 407         return order;
2 26 Feb 07 jari 408     }
2 26 Feb 07 jari 409     
2 26 Feb 07 jari 410     private int[] getLeafOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 411         if (result == null || result.node_order.length < 2) {
2 26 Feb 07 jari 412             return null;
2 26 Feb 07 jari 413         }
2 26 Feb 07 jari 414         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 415     }
2 26 Feb 07 jari 416     
2 26 Feb 07 jari 417     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 418         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 419         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 420         
2 26 Feb 07 jari 421         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 422         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 423     }
2 26 Feb 07 jari 424     
2 26 Feb 07 jari 425     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 426         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 427             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 428         }
2 26 Feb 07 jari 429         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 430             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 431         } else {
2 26 Feb 07 jari 432             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 433             pos++;
2 26 Feb 07 jari 434         }
2 26 Feb 07 jari 435         return pos;
2 26 Feb 07 jari 436     }
2 26 Feb 07 jari 437     
2 26 Feb 07 jari 438     /**
2 26 Feb 07 jari 439      * Returns this viewer to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 440      */
2 26 Feb 07 jari 441     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 442         return this;
2 26 Feb 07 jari 443     }
2 26 Feb 07 jari 444     
2 26 Feb 07 jari 445     /**
2 26 Feb 07 jari 446      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 447      */
2 26 Feb 07 jari 448     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 449         return this.header;
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451     
2 26 Feb 07 jari 452     /**
2 26 Feb 07 jari 453      * Updates all wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 454      */
2 26 Feb 07 jari 455     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 456         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 457         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 458         this.expViewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 459         
2 26 Feb 07 jari 460         //   onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 461         
2 26 Feb 07 jari 462         Object userObject = framework.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 463         this.clusterIndex = (userObject != null ? ((Integer)userObject).intValue():0);
2 26 Feb 07 jari 464         if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 465             this.genesTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 466         }
2 26 Feb 07 jari 467         if (this.sampleTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 468             this.sampleTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 469         }
2 26 Feb 07 jari 470         this.annotationBar.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 471         this.colorBar.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 472         // set expression header position
2 26 Feb 07 jari 473         if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 474             this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 475         }
2 26 Feb 07 jari 476         this.elementSize = framework.getDisplayMenu().getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 477         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 478         
2 26 Feb 07 jari 479         if(this.node == null)
2 26 Feb 07 jari 480             this.node = (DefaultMutableTreeNode)(framework.getCurrentNode().getParent());
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482         verifyClusterExistence(this.data);
2 26 Feb 07 jari 483         updateTrees();
2 26 Feb 07 jari 484         refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 485     }
2 26 Feb 07 jari 486     
2 26 Feb 07 jari 487     /**
2 26 Feb 07 jari 488      * Calculate the viewer width.
2 26 Feb 07 jari 489      */
2 26 Feb 07 jari 490     protected int getCommonWidth() {
2 26 Feb 07 jari 491         int width = 0;
2 26 Feb 07 jari 492         if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 493             width += this.genesTree.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 494         }
2 26 Feb 07 jari 495         if(this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 496             width += ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).getWidth();
2 26 Feb 07 jari 497         else
2 26 Feb 07 jari 498             width += ((ExperimentViewer)this.expViewer).getWidth();
2 26 Feb 07 jari 499         width += this.colorBar.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 500         width += this.annotationBar.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 501         return width + offset;
2 26 Feb 07 jari 502     }
2 26 Feb 07 jari 503     
2 26 Feb 07 jari 504     /**
2 26 Feb 07 jari 505      * Delegates this invokation to the wrapped experiment viewer.
2 26 Feb 07 jari 506      */
2 26 Feb 07 jari 507     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 508         this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 509         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 510         updateTrees();
2 26 Feb 07 jari 511     }
2 26 Feb 07 jari 512     
2 26 Feb 07 jari 513     
2 26 Feb 07 jari 514     /**
2 26 Feb 07 jari 515      * Delegates this invokation to wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 516      */
2 26 Feb 07 jari 517     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 518         this.expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 519         if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 520             this.genesTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 521         }
2 26 Feb 07 jari 522         if (this.sampleTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 523             this.sampleTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 524         }
2 26 Feb 07 jari 525         this.annotationBar.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 526         this.colorBar.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 527         // expression header can change its size
2 26 Feb 07 jari 528         this.elementSize = menu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 529         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 530     }
2 26 Feb 07 jari 531     
2 26 Feb 07 jari 532     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 533     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 536         return null;
2 26 Feb 07 jari 537     }
2 26 Feb 07 jari 538     
2 26 Feb 07 jari 539     /**
2 26 Feb 07 jari 540      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 541      */
2 26 Feb 07 jari 542     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 543         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 544         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 545         return popup;
2 26 Feb 07 jari 546     }
2 26 Feb 07 jari 547     
2 26 Feb 07 jari 548     /**
2 26 Feb 07 jari 549      * Adds menu items to the specified popup menu.
2 26 Feb 07 jari 550      */
2 26 Feb 07 jari 551     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 552         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 553         menuItem = new JMenuItem("Store Cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 554         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 555         menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 556         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 557         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 558         
2 26 Feb 07 jari 559         menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 560         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 561         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 562         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 563         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 564         
2 26 Feb 07 jari 565         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 566         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 567         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 568         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 569         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 570         
2 26 Feb 07 jari 571         menuItem = new JMenuItem("Delete cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 572         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 573         menuItem.setActionCommand(DELETE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 574         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 575         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 576         
2 26 Feb 07 jari 577         menuItem = new JMenuItem("Delete all clusters", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 578         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 579         menuItem.setActionCommand(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 580         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 581         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 582         
2 26 Feb 07 jari 583         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 584         
2 26 Feb 07 jari 585         menuItem = new JMenuItem("GeneTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 586         menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 587         menuItem.setActionCommand(GENE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 588         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 589         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 590         
2 26 Feb 07 jari 591         menuItem = new JMenuItem("SampleTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 592         menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 593         menuItem.setActionCommand(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 594         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 595         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 596         
2 26 Feb 07 jari 597         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 598         
2 26 Feb 07 jari 599         menuItem = new JMenuItem("Save Gene Node Heights", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 600         menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 601         menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_HEIGHT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 602         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 603         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 604         
2 26 Feb 07 jari 605         menuItem = new JMenuItem("Save Gene Order", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 606         menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 607         menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 608         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 609         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 610         
2 26 Feb 07 jari 611         menuItem = new JMenuItem("Save Sample Node Heights", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 612         menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 613         menuItem.setActionCommand(SAVE_EXP_HEIGHT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 614         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 615         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 616         
2 26 Feb 07 jari 617         menuItem = new JMenuItem("Save Sample Order", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 618         menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 619         menuItem.setActionCommand(SAVE_EXP_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 620         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 621         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 622         
2 26 Feb 07 jari 623         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 624         
2 26 Feb 07 jari 625         if(this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 626             menuItem = new JMenuItem("Save Gene Tree To Newick File", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 627             menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_NEWICK_CMD);
2 26 Feb 07 jari 628             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 629             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 630         }
2 26 Feb 07 jari 631         
2 26 Feb 07 jari 632         if(this.sampleTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 633             menuItem = new JMenuItem("Save Sample Tree to Newick File", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 634             menuItem.setActionCommand(SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD);
2 26 Feb 07 jari 635             menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 636             menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 637         }        
2 26 Feb 07 jari 638     }
2 26 Feb 07 jari 639     
2 26 Feb 07 jari 640     /**
2 26 Feb 07 jari 641      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 642      * @return null, if menu item was not found.
2 26 Feb 07 jari 643      */
2 26 Feb 07 jari 644     protected JMenuItem getJMenuItem(String command) {
2 26 Feb 07 jari 645         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 646         Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 647         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 648             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 649                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 650                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 651             }
2 26 Feb 07 jari 652         }
2 26 Feb 07 jari 653         return null;
2 26 Feb 07 jari 654     }
2 26 Feb 07 jari 655     
2 26 Feb 07 jari 656     /**
2 26 Feb 07 jari 657      * Sets menu enabled flag.
2 26 Feb 07 jari 658      */
2 26 Feb 07 jari 659     protected void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 660         JMenuItem item = getJMenuItem(command);
2 26 Feb 07 jari 661         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 662             return;
2 26 Feb 07 jari 663         }
2 26 Feb 07 jari 664         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 665     }
2 26 Feb 07 jari 666     
2 26 Feb 07 jari 667     /**
2 26 Feb 07 jari 668      * Selects the specified cluster.
2 26 Feb 07 jari 669      */
2 26 Feb 07 jari 670     protected void setSelectedCluster(HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 671         this.selectedCluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 672         if(this.isExperimentCluster){  //viewer type,
2 26 Feb 07 jari 673             if(cluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 674                 ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).selectRows(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 675             else
2 26 Feb 07 jari 676                 ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).selectColumns(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 677         }
2 26 Feb 07 jari 678         else{
2 26 Feb 07 jari 679             if(cluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 680                 ((ExperimentViewer)this.expViewer).selectRows(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 681             else
2 26 Feb 07 jari 682                 ((ExperimentViewer)this.expViewer).selectColumns(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 683         }
2 26 Feb 07 jari 684     }
2 26 Feb 07 jari 685     
2 26 Feb 07 jari 686     /**
2 26 Feb 07 jari 687      * Returns a <code>HCLCluster</code> for specified root node.
2 26 Feb 07 jari 688      */
2 26 Feb 07 jari 689     protected HCLCluster getCluster(HCLCluster selCluster) {
2 26 Feb 07 jari 690         int root = selCluster.root;
2 26 Feb 07 jari 691         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 692         if(selCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 693             for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 694                 cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 695                 if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 696                     return cluster;
2 26 Feb 07 jari 697                 }
2 26 Feb 07 jari 698             }
2 26 Feb 07 jari 699         }
2 26 Feb 07 jari 700         else {
2 26 Feb 07 jari 701             for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 702                 cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 703                 if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 704                     return cluster;
2 26 Feb 07 jari 705                 }
2 26 Feb 07 jari 706             }
2 26 Feb 07 jari 707         }
2 26 Feb 07 jari 708         return null;
2 26 Feb 07 jari 709     }
2 26 Feb 07 jari 710     
2 26 Feb 07 jari 711     public void updateTrees(){
2 26 Feb 07 jari 712         if(this.genesTree != null && this.data.getColors().length == 0){
2 26 Feb 07 jari 713             this.genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 714             this.genesTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 715             this.clusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 716         }
2 26 Feb 07 jari 717         if(this.sampleTree != null && this.data.getExperimentColors().length == 0){
2 26 Feb 07 jari 718             this.sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 719             this.sampleTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 720             this.experimentClusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 721         }
2 26 Feb 07 jari 722     }
2 26 Feb 07 jari 723     
2 26 Feb 07 jari 724     /**
2 26 Feb 07 jari 725      * Returns a <code>HCLCluster</code> for specified root node.
2 26 Feb 07 jari 726      */
2 26 Feb 07 jari 727     protected HCLCluster getExperimentCluster(int root) {
2 26 Feb 07 jari 728         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 729         for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 730             cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 731             if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 732                 return cluster;
2 26 Feb 07 jari 733             }
2 26 Feb 07 jari 734         }
2 26 Feb 07 jari 735         return null;
2 26 Feb 07 jari 736     }
2 26 Feb 07 jari 737     
2 26 Feb 07 jari 738     
2 26 Feb 07 jari 739     
2 26 Feb 07 jari 740     /**
2 26 Feb 07 jari 741      * Removes cluster for specified root.
2 26 Feb 07 jari 742      */
2 26 Feb 07 jari 743     protected void removeCluster(HCLCluster oldCluster) {
2 26 Feb 07 jari 744         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 745         if(oldCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 746             for (int i=this.clusters.size(); --i>=0;) {
2 26 Feb 07 jari 747                 cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 748                 if (cluster.root == oldCluster.root) {
2 26 Feb 07 jari 749                     this.clusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 750                     return;
2 26 Feb 07 jari 751                 }
2 26 Feb 07 jari 752             }
2 26 Feb 07 jari 753         }
2 26 Feb 07 jari 754         else {
2 26 Feb 07 jari 755             for (int i=this.experimentClusters.size(); --i>=0;) {
2 26 Feb 07 jari 756                 cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 757                 if (cluster.root == oldCluster.root) {
2 26 Feb 07 jari 758                     this.experimentClusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 759                     return;
2 26 Feb 07 jari 760                 }
2 26 Feb 07 jari 761             }
2 26 Feb 07 jari 762         }
2 26 Feb 07 jari 763     }
2 26 Feb 07 jari 764     
2 26 Feb 07 jari 765     /**
2 26 Feb 07 jari 766      * Returns true, if there is cluster for selected node.
2 26 Feb 07 jari 767      */
2 26 Feb 07 jari 768     protected boolean doesClusterExist() {
2 26 Feb 07 jari 769         if (this.selectedCluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 770             return false;
2 26 Feb 07 jari 771         }
2 26 Feb 07 jari 772         return getCluster(this.selectedCluster) != null;
2 26 Feb 07 jari 773     }
2 26 Feb 07 jari 774     
2 26 Feb 07 jari 775     /**
2 26 Feb 07 jari 776      * Returns count of clusters.
2 26 Feb 07 jari 777      */
2 26 Feb 07 jari 778     protected int getClustersCount() {
2 26 Feb 07 jari 779         return this.clusters.size() + this.experimentClusters.size();
2 26 Feb 07 jari 780     }
2 26 Feb 07 jari 781     
2 26 Feb 07 jari 782     private Frame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 783         return JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 784     }
2 26 Feb 07 jari 785     
2 26 Feb 07 jari 786     /**
2 26 Feb 07 jari 787      * Sets a public color for a selected cluster.
2 26 Feb 07 jari 788      */
2 26 Feb 07 jari 789     public void onSetCluster() {
2 26 Feb 07 jari 790         //Color newColor = JColorChooser.showDialog(getFrame(), "Choose color", new Color(128, 128, 128));
2 26 Feb 07 jari 791         Color newColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 792         if (newColor == null || this.selectedCluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 793             return;
2 26 Feb 07 jari 794         }
2 26 Feb 07 jari 795         HCLCluster cluster = getCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 796         boolean notANewNode = true;
2 26 Feb 07 jari 797         
2 26 Feb 07 jari 798         if (cluster != null) {              //cluster already exists
2 26 Feb 07 jari 799             this.selectedCluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 800             notANewNode = false;
2 26 Feb 07 jari 801         } else {                            //new cluster, add to list
2 26 Feb 07 jari 802             if(selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 803                 this.clusters.add(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 804             else
2 26 Feb 07 jari 805                 this.experimentClusters.add(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 806         }
2 26 Feb 07 jari 807         
2 26 Feb 07 jari 808         this.selectedCluster.color = newColor;
2 26 Feb 07 jari 809         
2 26 Feb 07 jari 810         if(!this.isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 811             if(!this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 812                 this.selectedCluster.color = ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getSubTreeElements(),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 813             else
2 26 Feb 07 jari 814                 this.selectedCluster.color = ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 815         }
2 26 Feb 07 jari 816         else{
2 26 Feb 07 jari 817             if(!this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 818                 this.selectedCluster.color = ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getSubTreeElements(),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 819             else
2 26 Feb 07 jari 820                 this.selectedCluster.color = ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 821         }
2 26 Feb 07 jari 822         
2 26 Feb 07 jari 823         //    if(!notANewNode)
2 26 Feb 07 jari 824         removeSubTreeClusters(this.selectedCluster); //need to remove clusters from the list if they are sub-trees
2 26 Feb 07 jari 825         
2 26 Feb 07 jari 826         if(selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 827             this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 828         
2 26 Feb 07 jari 829         refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 830         
2 26 Feb 07 jari 831         this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 832         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 833         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 834     }
2 26 Feb 07 jari 835     
2 26 Feb 07 jari 836     /**
2 26 Feb 07 jari 837      *  Removes subtree clusters when an enclosing tree
2 26 Feb 07 jari 838      */
2 26 Feb 07 jari 839     private void removeSubTreeClusters(HCLCluster parent){
2 26 Feb 07 jari 840         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 841         if(parent.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 842             //   for(int i = 0; i < this.clusters.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 843             for(int i = this.clusters.size()-1; i >= 0 ; i--){
2 26 Feb 07 jari 844                 cluster = (HCLCluster)clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 845                 if( !parent.equals(cluster) && isSubTree(parent, cluster) ){
2 26 Feb 07 jari 846                     this.removeCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 847                 }
2 26 Feb 07 jari 848             }
2 26 Feb 07 jari 849         }
2 26 Feb 07 jari 850         else {
2 26 Feb 07 jari 851             for(int i = 0; i < this.experimentClusters.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 852                 cluster = (HCLCluster)experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 853                 if( parent != cluster && isSubTree(parent, cluster) )
2 26 Feb 07 jari 854                     this.removeCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 855             }
2 26 Feb 07 jari 856         }
2 26 Feb 07 jari 857     }
2 26 Feb 07 jari 858     
2 26 Feb 07 jari 859     private boolean isSubTree(HCLCluster parent, HCLCluster child){
2 26 Feb 07 jari 860         if( parent.size < child.size )
2 26 Feb 07 jari 861             return false;
2 26 Feb 07 jari 862         if( child.firstElem >= parent.firstElem &&
2 26 Feb 07 jari 863         child.firstElem < parent.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 864             return true;
2 26 Feb 07 jari 865         else
2 26 Feb 07 jari 866             return false;
2 26 Feb 07 jari 867     }
2 26 Feb 07 jari 868     
2 26 Feb 07 jari 869     
2 26 Feb 07 jari 870     /**
2 26 Feb 07 jari 871      * Sets cluster description.
2 26 Feb 07 jari 872      */
2 26 Feb 07 jari 873     public void onSetClusterText() {
2 26 Feb 07 jari 874         HCLCluster cluster = getCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 875         if (cluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 876             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Not a cluster!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 877         } else {
2 26 Feb 07 jari 878             String text = JOptionPane.showInputDialog(getFrame(), "Cluster text");
2 26 Feb 07 jari 879             if (text != null && text.length() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 880                 cluster.text = text;
2 26 Feb 07 jari 881                 this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 882                 this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 883                 revalidate();
2 26 Feb 07 jari 884             }
2 26 Feb 07 jari 885         }
2 26 Feb 07 jari 886     }
2 26 Feb 07 jari 887     
2 26 Feb 07 jari 888     public void verifyClusterExistence(IData data){
2 26 Feb 07 jari 889         HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 890         int geneIndex;
2 26 Feb 07 jari 891         boolean [] clusterGone = new boolean[this.clusters.size()];
2 26 Feb 07 jari 892         boolean [] expClusterGone = new boolean[this.experimentClusters.size()];
2 26 Feb 07 jari 893         
2 26 Feb 07 jari 894         for( int i = 0; i < this.clusters.size() ; i++){
2 26 Feb 07 jari 895             currCluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 896             if(currCluster.firstElem == currCluster.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 897                 continue;
2 26 Feb 07 jari 898             geneIndex = experiment.getGeneIndexMappedToData(this.genesOrder[currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 899             if(data.getProbeColor(geneIndex) != currCluster.color){
2 26 Feb 07 jari 900                 clusterGone[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 901             }
2 26 Feb 07 jari 902         }
2 26 Feb 07 jari 903         for(int i = clusterGone.length-1; i >= 0; i--){
2 26 Feb 07 jari 904             if(clusterGone[i]){
2 26 Feb 07 jari 905                 this.genesTree.setNodeColor(((HCLCluster)this.clusters.get(i)).root, null);
2 26 Feb 07 jari 906                 //   this.clusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 907             }
2 26 Feb 07 jari 908         }
2 26 Feb 07 jari 909         int expIndex;
2 26 Feb 07 jari 910         for( int i = 0; i < this.experimentClusters.size() ; i++){
2 26 Feb 07 jari 911             currCluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 912             if(currCluster.firstElem == currCluster.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 913                 continue;
2 26 Feb 07 jari 914             if(this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 915                 expIndex = experiment.getSampleIndex(this.sampleClusters[this.clusterIndex][currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 916             else
2 26 Feb 07 jari 917                 expIndex = experiment.getSampleIndex(this.samplesOrder[currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 918             if(data.getExperimentColor(expIndex) != currCluster.color){
2 26 Feb 07 jari 919                 expClusterGone[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 920             }
2 26 Feb 07 jari 921         }
2 26 Feb 07 jari 922         for(int i = expClusterGone.length-1; i >= 0; i--){
2 26 Feb 07 jari 923             if(expClusterGone[i]){
2 26 Feb 07 jari 924                 this.sampleTree.setNodeColor(((HCLCluster)this.experimentClusters.get(i)).root, null);
2 26 Feb 07 jari 925                 //  this.experimentClusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 926             }
2 26 Feb 07 jari 927         }
2 26 Feb 07 jari 928     }
2 26 Feb 07 jari 929     
2 26 Feb 07 jari 930     private int[] getSubTreeElements() {
2 26 Feb 07 jari 931         return getSubTreeElements(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 932     }
2 26 Feb 07 jari 933     
2 26 Feb 07 jari 934     private int[] getSubTreeElements(HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 935         int size = cluster.lastElem-cluster.firstElem+1;
2 26 Feb 07 jari 936         int[] elements = new int[size];
2 26 Feb 07 jari 937         
2 26 Feb 07 jari 938         //cluster is a cluster of genes
2 26 Feb 07 jari 939         if(cluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 940             for (int i=0; i<size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 941                 elements[i] = this.genesOrder[cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 942             }
2 26 Feb 07 jari 943         }
2 26 Feb 07 jari 944         
2 26 Feb 07 jari 945         //cluster is a cluster of experiments
2 26 Feb 07 jari 946         else {
2 26 Feb 07 jari 947             if(!this.isExperimentCluster){  //created by gene clustering algorithm
2 26 Feb 07 jari 948                 for (int i= 0; i< size ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 949                     elements[i] = this.samplesOrder[cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 950                 }
2 26 Feb 07 jari 951             }
2 26 Feb 07 jari 952             else {  //created by experiment clustering algorthm
2 26 Feb 07 jari 953                 for (int i= 0; i< size ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 954                     elements[i] = this.sampleClusters[this.clusterIndex][cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 955                 }
2 26 Feb 07 jari 956             }
2 26 Feb 07 jari 957         }
2 26 Feb 07 jari 958         return elements;
2 26 Feb 07 jari 959     }
2 26 Feb 07 jari 960     
2 26 Feb 07 jari 961     public void saveGenesOrder(){
2 26 Feb 07 jari 962         try{
2 26 Feb 07 jari 963             ExperimentUtil.saveExperiment(getFrame(), this.experiment, this.data, this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 964         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 965             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save data!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 966             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 967         }
2 26 Feb 07 jari 968     }
2 26 Feb 07 jari 969     
2 26 Feb 07 jari 970     public void saveExperimentOrder(){
2 26 Feb 07 jari 971         try{
2 26 Feb 07 jari 972             if(!this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 973                 ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, this.samplesOrder);
2 26 Feb 07 jari 974             else{
2 26 Feb 07 jari 975                 int elements[] = new int[this.sampleClusters[this.clusterIndex].length];
2 26 Feb 07 jari 976                 for (int i= 0; i< this.sampleClusters[this.clusterIndex].length ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 977                     elements[i] = this.sampleClusters[this.clusterIndex][i];
2 26 Feb 07 jari 978                 }
2 26 Feb 07 jari 979                 ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, elements);
2 26 Feb 07 jari 980             }
2 26 Feb 07 jari 981         }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 982             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save data!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 983             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 984         }
2 26 Feb 07 jari 985     }
2 26 Feb 07 jari 986     
2 26 Feb 07 jari 987     /**
2 26 Feb 07 jari 988      * Saves cluster.
2 26 Feb 07 jari 989      */
2 26 Feb 07 jari 990     public void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 991         if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 992             return;
2 26 Feb 07 jari 993         try {
2 26 Feb 07 jari 994             if(this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 995                 ExperimentUtil.saveExperiment(getFrame(), this.experiment, this.data, getSubTreeElements());
2 26 Feb 07 jari 996             else
2 26 Feb 07 jari 997                 ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, getSubTreeElements());
2 26 Feb 07 jari 998             
2 26 Feb 07 jari 999         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 1000             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 1001             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 1002         }
2 26 Feb 07 jari 1003     }
2 26 Feb 07 jari 1004     
2 26 Feb 07 jari 1005     /**
2 26 Feb 07 jari 1006      * Deletes the selected cluster.
2 26 Feb 07 jari 1007      */
2 26 Feb 07 jari 1008     public void onDeleteCluster() {
2 26 Feb 07 jari 1009         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 1010         removeCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 1011         
2 26 Feb 07 jari 1012         this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1013         if(this.selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 1014             this.genesTree.setNodeColor(this.selectedCluster.root, null);
2 26 Feb 07 jari 1015             this.data.setProbesColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), null);
2 26 Feb 07 jari 1016             this.framework.removeSubCluster(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), this.experiment, Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1017             // restore sub tree colors
2 26 Feb 07 jari 1018             for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1019                 cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1020                 this.data.setProbesColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements(cluster)), cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1021                 this.genesTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1022             }
2 26 Feb 07 jari 1023         }
2 26 Feb 07 jari 1024         else{  //working on sample tree
2 26 Feb 07 jari 1025             this.sampleTree.setNodeColor(this.selectedCluster.root, null);
2 26 Feb 07 jari 1026             this.data.setExperimentColor(getSubTreeElements(), null);
2 26 Feb 07 jari 1027             this.framework.removeSubCluster(getSubTreeElements(), this.experiment, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1028             
2 26 Feb 07 jari 1029             // restore sub tree colors
2 26 Feb 07 jari 1030             for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1031                 cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1032                 this.data.setExperimentColor(getSubTreeElements(cluster), cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1033                 this.sampleTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1034             }
2 26 Feb 07 jari 1035         }
2 26 Feb 07 jari 1036         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1037         this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 1038         refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 1039         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1040     }
2 26 Feb 07 jari 1041     
2 26 Feb 07 jari 1042     private void refreshViewer(){
2 26 Feb 07 jari 1043         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 1044         if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 1045             return;
2 26 Feb 07 jari 1046         
2 26 Feb 07 jari 1047         if(selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 1048             for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1049                 cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1050                 this.genesTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1051                 this.genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1052             }
2 26 Feb 07 jari 1053         }
2 26 Feb 07 jari 1054         else {
2 26 Feb 07 jari 1055             for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1056                 cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1057                 this.sampleTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1058                 this.sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1059             }
2 26 Feb 07 jari 1060         }
2 26 Feb 07 jari 1061         
2 26 Feb 07 jari 1062         if(this.isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1063             ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).selectRows(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1064             ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).selectColumns(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1065         } else {
2 26 Feb 07 jari 1066             ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).selectRows(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1067             ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).selectColumns(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1068         }
2 26 Feb 07 jari 1069     }
2 26 Feb 07 jari 1070     
2 26 Feb 07 jari 1071     private int [] getArrayMappedToData(int [] clusterIndices){
2 26 Feb 07 jari 1072         if( clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 1073             return clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 1074         
2 26 Feb 07 jari 1075         int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 1076         for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1077             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1078         }
2 26 Feb 07 jari 1079         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 1080     }
2 26 Feb 07 jari 1081     
2 26 Feb 07 jari 1082     
2 26 Feb 07 jari 1083     /**
2 26 Feb 07 jari 1084      *  Created viewers for clusters and places them on the analysis tree
2 26 Feb 07 jari 1085      */
2 26 Feb 07 jari 1086     private void createAndAddClusterViews(HCLTree tree){
2 26 Feb 07 jari 1087         int k = tree.getNumberOfTerminalNodes();
2 26 Feb 07 jari 1088         
2 26 Feb 07 jari 1089         DefaultMutableTreeNode newNode;
2 26 Feb 07 jari 1090         if(tree == this.genesTree)
2 26 Feb 07 jari 1091             newNode = new DefaultMutableTreeNode("Gene Tree Cut: "+String.valueOf(k)+" Clusters");
2 26 Feb 07 jari 1092         else
2 26 Feb 07 jari 1093             newNode = new DefaultMutableTreeNode("Sample Tree Cut: "+String.valueOf(k)+" Clusters");
2 26 Feb 07 jari 1094         
2 26 Feb 07 jari 1095         int [][] clusters = tree.getClusterRowIndices();
2 26 Feb 07 jari 1096         
2 26 Feb 07 jari 1097         if(tree == genesTree){
2 26 Feb 07 jari 1098             for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1099                 for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 1100                     clusters[i][j] = this.genesOrder[clusters[i][j]];
2 26 Feb 07 jari 1101             }
2 26 Feb 07 jari 1102         } else {
2 26 Feb 07 jari 1103             for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1104                 for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 1105                     clusters[i][j] = this.samplesOrder[clusters[i][j]];
2 26 Feb 07 jari 1106             }
2 26 Feb 07 jari 1107         }
2 26 Feb 07 jari 1108         
2 26 Feb 07 jari 1109         addExpressionImages(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1110         addCentroidViews(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1111         addClusterTableViews(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1112         addClusterInfo(newNode, clusters, tree == this.genesTree, tree.getZeroThreshold());
2 26 Feb 07 jari 1113         addGeneralInfo(newNode, tree.getZeroThreshold(), k, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1114         this.framework.addNode(this.node, newNode);
2 26 Feb 07 jari 1115     }
2 26 Feb 07 jari 1116     
2 26 Feb 07 jari 1117     private void addClusterTableViews(DefaultMutableTreeNode node, int [][] clusters, boolean geneClusters) {
2 26 Feb 07 jari 1118         DefaultMutableTreeNode tabNode = new DefaultMutableTreeNode("Table Views");   
2 26 Feb 07 jari 1119         IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 1120         if (geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 1121             tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1122         else
2 26 Feb 07 jari 1123             tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1124             //return; // placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 1125         
2 26 Feb 07 jari 1126         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1127             tabNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1128         }
2 26 Feb 07 jari 1129         node.add(tabNode);        
2 26 Feb 07 jari 1130     }
2 26 Feb 07 jari 1131     
2 26 Feb 07 jari 1132     /**
2 26 Feb 07 jari 1133      *  Adds cluster expression images
2 26 Feb 07 jari 1134      */
2 26 Feb 07 jari 1135     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode node, int [][] clusters, boolean geneClusters){
2 26 Feb 07 jari 1136         DefaultMutableTreeNode expNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 1137         
2 26 Feb 07 jari 1138         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 1139         if(geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 1140             expViewer = new HCLExperimentViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1141         else
2 26 Feb 07 jari 1142             expViewer = new HCLExperimentClusterViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1143         
2 26 Feb 07 jari 1144         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1145             expNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1146         }
2 26 Feb 07 jari 1147         node.add(expNode);
2 26 Feb 07 jari 1148     }
2 26 Feb 07 jari 1149     
2 26 Feb 07 jari 1150     
2 26 Feb 07 jari 1151     
2 26 Feb 07 jari 1152     /**
2 26 Feb 07 jari 1153      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 1154      */
2 26 Feb 07 jari 1155     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root, int [][] clusters, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1156         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1157         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1158         FloatMatrix data = this.experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 1159         
2 26 Feb 07 jari 1160         if(!clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 1161             data = data.transpose();
2 26 Feb 07 jari 1162         }
2 26 Feb 07 jari 1163         
2 26 Feb 07 jari 1164         FloatMatrix means = getMeans(data, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1165         FloatMatrix variances = getVariances(data, means, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1166         
2 26 Feb 07 jari 1167         HCLCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1168         ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1169         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 1170             centroidViewer = new HCLCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1171             centroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1172             centroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1173             for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1174                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1175                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1176             }
2 26 Feb 07 jari 1177             
2 26 Feb 07 jari 1178             HCLCentroidsViewer centroidsViewer = new HCLCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1179             centroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1180             centroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1181             
2 26 Feb 07 jari 1182             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1183             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1184             
2 26 Feb 07 jari 1185         }
2 26 Feb 07 jari 1186         else{
2 26 Feb 07 jari 1187             expCentroidViewer = new HCLExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1188             
2 26 Feb 07 jari 1189             expCentroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1190             expCentroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1191             for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1192                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1193                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1194             }
2 26 Feb 07 jari 1195             HCLExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new HCLExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1196             expCentroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1197             expCentroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1198             
2 26 Feb 07 jari 1199             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1200             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1201         }
2 26 Feb 07 jari 1202         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 1203         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 1204     }
2 26 Feb 07 jari 1205     
2 26 Feb 07 jari 1206     /**
2 26 Feb 07 jari 1207      *  Calculates means for the clusters
2 26 Feb 07 jari 1208      */
2 26 Feb 07 jari 1209     private FloatMatrix getMeans(FloatMatrix data, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 1210         FloatMatrix means = new FloatMatrix(clusters.length, data.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 1211         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1212             means.A[i] = getMeans(data, clusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 1213         }
2 26 Feb 07 jari 1214         return means;
2 26 Feb 07 jari 1215     }
2 26 Feb 07 jari 1216     
2 26 Feb 07 jari 1217     
2 26 Feb 07 jari 1218     /**
2 26 Feb 07 jari 1219      *  Returns a set of means for an element
2 26 Feb 07 jari 1220      */
2 26 Feb 07 jari 1221     private float [] getMeans(FloatMatrix data, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 1222         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1223         float [] means = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 1224         float sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1225         float n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1226         float value;
2 26 Feb 07 jari 1227         for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 1228             n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1229             sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1230             for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1231                 value = data.get(indices[j],i);
2 26 Feb 07 jari 1232                 if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 1233                     sum += value;
2 26 Feb 07 jari 1234                     n++;
2 26 Feb 07 jari 1235                 }
2 26 Feb 07 jari 1236             }
2 26 Feb 07 jari 1237             if(n > 0)
2 26 Feb 07 jari 1238                 means[i] = sum/n;
2 26 Feb 07 jari 1239             else
2 26 Feb 07 jari 1240                 means[i] = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 1241         }
2 26 Feb 07 jari 1242         return means;
2 26 Feb 07 jari 1243     }
2 26 Feb 07 jari 1244     
2 26 Feb 07 jari 1245     /**
2 26 Feb 07 jari 1246      * Returns a matrix of standard deviations grouped by cluster and element
2 26 Feb 07 jari 1247      */
2 26 Feb 07 jari 1248     private FloatMatrix getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 1249         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1250         FloatMatrix variances = new FloatMatrix(clusters.length, nSamples);
2 26 Feb 07 jari 1251         for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1252             variances.A[i] = getVariances(data, means, clusters[i], i);
2 26 Feb 07 jari 1253         }
2 26 Feb 07 jari 1254         return variances;
2 26 Feb 07 jari 1255     }
2 26 Feb 07 jari 1256     
2 26 Feb 07 jari 1257     private float [] getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [] indices, int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 1258         int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1259         float [] variances = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 1260         float sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 1261         float mean;
2 26 Feb 07 jari 1262         float value;
2 26 Feb 07 jari 1263         int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1264         for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 1265             mean = means.get(clusterIndex, i);
2 26 Feb 07 jari 1266             n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1267             sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 1268             for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1269                 value = data.get(indices[j], i);
2 26 Feb 07 jari 1270                 if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 1271                     sse += (float)Math.pow((value - mean),2);
2 26 Feb 07 jari 1272                     n++;
2 26 Feb 07 jari 1273                 }
2 26 Feb 07 jari 1274             }
2 26 Feb 07 jari 1275             if(n > 1)
2 26 Feb 07 jari 1276                 variances[i] = (float)Math.sqrt(sse/(n-1));
2 26 Feb 07 jari 1277             else
2 26 Feb 07 jari 1278                 variances[i] = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 1279         }
2 26 Feb 07 jari 1280         return variances;
2 26 Feb 07 jari 1281     }
2 26 Feb 07 jari 1282     
2 26 Feb 07 jari 1283     /**
2 26 Feb 07 jari 1284      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 1285      */
2 26 Feb 07 jari 1286     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root, int [][] clusters, boolean clusterGenes, float zThr) {
2 26 Feb 07 jari 1287         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 1288         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 1289             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Clusters (#,%)", new HCLClusterInfoViewer(clusters, this.experiment.getNumberOfGenes(), zThr))));
2 26 Feb 07 jari 1290         else
2 26 Feb 07 jari 1291             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sammples in Clusters (#,%)", new HCLClusterInfoViewer(clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), false, zThr))));
2 26 Feb 07 jari 1292         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1293     }
2 26 Feb 07 jari 1294     
2 26 Feb 07 jari 1295     /**
2 26 Feb 07 jari 1296      *  Adds node with tree cut parameters
2 26 Feb 07 jari 1297      */
2 26 Feb 07 jari 1298     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, float zThr, int k,boolean isGeneTree){
2 26 Feb 07 jari 1299         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Info");
2 26 Feb 07 jari 1300         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Cluster Type: "+(isGeneTree ? "Gene Clusters" : "Sample Clusters")));
2 26 Feb 07 jari 1301         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Distance Threshold: "+ String.valueOf(zThr)));
2 26 Feb 07 jari 1302         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Number of Clusters: "+String.valueOf(k)));
2 26 Feb 07 jari 1303         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1304     }
2 26 Feb 07 jari 1305     
2 26 Feb 07 jari 1306     /**
2 26 Feb 07 jari 1307      * Removes all clusters.
2 26 Feb 07 jari 1308      */
2 26 Feb 07 jari 1309     public void onDeleteAllClusters() {
2 26 Feb 07 jari 1310         refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 1311         this.clusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 1312         this.experimentClusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 1313         this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1314         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1315         if(this.genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1316             this.genesTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 1317         if(this.sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1318             this.sampleTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 1319         this.data.deleteColors();
2 26 Feb 07 jari 1320         this.data.deleteExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1321         this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 1322         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1323         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1324     }
2 26 Feb 07 jari 1325     
2 26 Feb 07 jari 1326     /**
2 26 Feb 07 jari 1327      * Sets genes tree properties.
2 26 Feb 07 jari 1328      */
2 26 Feb 07 jari 1329     public void onGeneTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 1330         setTreeProperties(this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1331         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1332         this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 1333         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1334     }
2 26 Feb 07 jari 1335     
2 26 Feb 07 jari 1336     /**
2 26 Feb 07 jari 1337      * Sets samples tree properties.
2 26 Feb 07 jari 1338      */
2 26 Feb 07 jari 1339     public void onSampleTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 1340         setTreeProperties(this.sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 1341         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1342     }
2 26 Feb 07 jari 1343     
2 26 Feb 07 jari 1344     private void setTreeProperties(HCLTree tree) {
2 26 Feb 07 jari 1345         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 1346         HCLConfigDialog dialog = new HCLConfigDialog(frame, this, tree.getZeroThreshold(), tree.getMinDistance(), tree.getMaxDistance(), tree.getMinNodeDistance(), tree.getMaxNodeDistance());
2 26 Feb 07 jari 1347         dialog.setTree(tree);
2 26 Feb 07 jari 1348         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1349             tree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 1350             if(dialog.isCreateClusterViews())
2 26 Feb 07 jari 1351                 createAndAddClusterViews(tree);
2 26 Feb 07 jari 1352         }
2 26 Feb 07 jari 1353     }
2 26 Feb 07 jari 1354     
2 26 Feb 07 jari 1355     /**
2 26 Feb 07 jari 1356      * Sets the specified cluster as selected.
2 26 Feb 07 jari 1357      */
2 26 Feb 07 jari 1358     public void valueChanged(HCLTree source, HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 1359         setSelectedCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 1360     }
2 26 Feb 07 jari 1361     
2 26 Feb 07 jari 1362     /**
2 26 Feb 07 jari 1363      * Revalidates viewer components
2 26 Feb 07 jari 1364      */
2 26 Feb 07 jari 1365     public void revalidateViewer(){
2 26 Feb 07 jari 1366         if(this.genesTree != null){
2 26 Feb 07 jari 1367             this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1368             this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 1369         }
2 26 Feb 07 jari 1370         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1371     }
2 26 Feb 07 jari 1372     
2 26 Feb 07 jari 1373     /**
2 26 Feb 07 jari 1374      * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 1375      */
2 26 Feb 07 jari 1376     public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 1377         if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 1378             return;
2 26 Feb 07 jari 1379         if(this.selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 1380             framework.launchNewMAV(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1381         } else {
2 26 Feb 07 jari 1382             framework.launchNewMAV(getSubTreeElements(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1383         }
2 26 Feb 07 jari 1384     }
2 26 Feb 07 jari 1385     
2 26 Feb 07 jari 1386     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 1387      */
2 26 Feb 07 jari 1388     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 1389         return null;
2 26 Feb 07 jari 1390     }
2 26 Feb 07 jari 1391     
2 26 Feb 07 jari 1392     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 1393      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 1394      */
2 26 Feb 07 jari 1395     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1396         return null;
2 26 Feb 07 jari 1397     }
2 26 Feb 07 jari 1398     
2 26 Feb 07 jari 1399     public int[][] getClusters() {       
2 26 Feb 07 jari 1400         int [][] leafClusters = new int[2][];
2 26 Feb 07 jari 1401         if(this.genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1402             leafClusters[0] = this.genesOrder;
2 26 Feb 07 jari 1403         else
2 26 Feb 07 jari 1404             leafClusters[0] = null;
2 26 Feb 07 jari 1405         if(this.sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1406             leafClusters[1] = this.samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 1407         else
2 26 Feb 07 jari 1408             leafClusters[1] = null;
2 26 Feb 07 jari 1409             return leafClusters;
2 26 Feb 07 jari 1410     }    
2 26 Feb 07 jari 1411     
2 26 Feb 07 jari 1412     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1413         return this.experiment;
2 26 Feb 07 jari 1414     }
2 26 Feb 07 jari 1415     
2 26 Feb 07 jari 1416     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1417      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1418      */
2 26 Feb 07 jari 1419     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1420         return -1;
2 26 Feb 07 jari 1421     }
2 26 Feb 07 jari 1422     
2 26 Feb 07 jari 1423   /**  Prototyping code for saving state as XML
2 26 Feb 07 jari 1424    *
2 26 Feb 07 jari 1425     public void writeXML(XMLEncoder enc) {
2 26 Feb 07 jari 1426         enc.setPersistenceDelegate(HCLViewer.class,
2 26 Feb 07 jari 1427         new DefaultPersistenceDelegate( new String[]{
2 26 Feb 07 jari 1428             "experiment", "features", "genes_result", "samples_result", "node"}));
2 26 Feb 07 jari 1429             
2 26 Feb 07 jari 1430             enc.writeObject( new HCLViewer(experiment, features, genes_result, samples_result, node) );
2 26 Feb 07 jari 1431             
2 26 Feb 07 jari 1432     }
2 26 Feb 07 jari 1433    */
2 26 Feb 07 jari 1434     
2 26 Feb 07 jari 1435     /**
2 26 Feb 07 jari 1436      * The class to listen to mouse, action and hcl tree events.
2 26 Feb 07 jari 1437      */
2 26 Feb 07 jari 1438     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, HCLTreeListener, java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 1439         
2 26 Feb 07 jari 1440         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1441             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1442             if(command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1443                 onSetCluster();
2 26 Feb 07 jari 1444             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1445                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 1446             } if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1447                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 1448             } else if (command.equals(DELETE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1449                 onDeleteCluster();
2 26 Feb 07 jari 1450             } else if (command.equals(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1451                 onDeleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 1452             } else if (command.equals(GENE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1453                 onGeneTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 1454             } else if (command.equals(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1455                 onSampleTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 1456             } else if (command.equals(SAVE_GENE_ORDER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1457                 saveGenesOrder();
2 26 Feb 07 jari 1458             } else if (command.equals(SAVE_GENE_HEIGHT_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1459                 genesTree.saveGeneNodeHeights();
2 26 Feb 07 jari 1460             } else if (command.equals(SAVE_EXP_ORDER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1461                 saveExperimentOrder();
2 26 Feb 07 jari 1462             } else if (command.equals(SAVE_EXP_HEIGHT_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1463                 sampleTree.saveExperimentNodeHeights();
2 26 Feb 07 jari 1464             } else if (command.equals(SAVE_GENE_NEWICK_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1465                 genesTree.saveAsNewickFile();
2 26 Feb 07 jari 1466             } else if (command.equals(SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1467                 sampleTree.saveAsNewickFile();                
2 26 Feb 07 jari 1468             }
2 26 Feb 07 jari 1469         }
2 26 Feb 07 jari 1470         
2 26 Feb 07 jari 1471         public void valueChanged(HCLTree source, HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 1472             if(source == sampleTree)
2 26 Feb 07 jari 1473                 cluster.isGeneCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 1474             HCLViewer.this.valueChanged(source, cluster);
2 26 Feb 07 jari 1475         }
2 26 Feb 07 jari 1476         
2 26 Feb 07 jari 1477         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1478             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 1479         }
2 26 Feb 07 jari 1480         
2 26 Feb 07 jari 1481         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1482             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 1483             if (SwingUtilities.isRightMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 1484                 return;
2 26 Feb 07 jari 1485             }
2 26 Feb 07 jari 1486             deselect(event);
2 26 Feb 07 jari 1487         }
2 26 Feb 07 jari 1488         
2 26 Feb 07 jari 1489         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1490             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1491                 return;
2 26 Feb 07 jari 1492             }
2 26 Feb 07 jari 1493             int node = HCLViewer.this.selectedCluster == null ? -1 : HCLViewer.this.selectedCluster.root;
2 26 Feb 07 jari 1494             setEnableMenuItem(STORE_CLUSTER_CMD, node >= 0);
2 26 Feb 07 jari 1495             setEnableMenuItem(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD, node >= 0);
2 26 Feb 07 jari 1496             //    setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_TEXT_CMD, doesClusterExist() && node != -1 && HCLViewer.this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 1497             setEnableMenuItem(DELETE_CLUSTER_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 1498             setEnableMenuItem(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 1499             setEnableMenuItem(SAVE_CLUSTER_CMD, HCLViewer.this.selectedCluster != null && HCLViewer.this.selectedCluster.root != -1);
2 26 Feb 07 jari 1500             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1501         }
2 26 Feb 07 jari 1502         
2 26 Feb 07 jari 1503         
2 26 Feb 07 jari 1504         
2 26 Feb 07 jari 1505         private void deselect(MouseEvent e){
2 26 Feb 07 jari 1506             Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 1507             
2 26 Feb 07 jari 1508             if(source instanceof HCLTree){  //in a tree don't deselect
2 26 Feb 07 jari 1509                 if(source == genesTree) { //if colloring rows (genes)
2 26 Feb 07 jari 1510                     
2 26 Feb 07 jari 1511                     if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1512                         ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1513                     }
2 26 Feb 07 jari 1514                     else{
2 26 Feb 07 jari 1515                         ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1516                     }
2 26 Feb 07 jari 1517                     if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1518                         sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1519                 }
2 26 Feb 07 jari 1520                 else{  // coloring columns (experiment)
2 26 Feb 07 jari 1521                     
2 26 Feb 07 jari 1522                     if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1523                         ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1524                     }
2 26 Feb 07 jari 1525                     else{
2 26 Feb 07 jari 1526                         ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1527                     }
2 26 Feb 07 jari 1528                     if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1529                         genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1530                 }
2 26 Feb 07 jari 1531                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1532                 return;
2 26 Feb 07 jari 1533             }
2 26 Feb 07 jari 1534             
2 26 Feb 07 jari 1535             int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 1536             int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 1537             
2 26 Feb 07 jari 1538             //now know we are not on a tree
2 26 Feb 07 jari 1539             if(!(source instanceof HCLViewer) && (source != expViewer)){
2 26 Feb 07 jari 1540                 deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1541                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1542             }
2 26 Feb 07 jari 1543             //know we are in the HCLViewer but not in the tree areas but above matrix
2 26 Feb 07 jari 1544             else if(source instanceof HCLViewer && sampleTree != null && y < sampleTree.getHeight()){
2 26 Feb 07 jari 1545                 deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1546                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1547             }
2 26 Feb 07 jari 1548             else if(source == expViewer){
2 26 Feb 07 jari 1549                 int numSamples = numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 1550                 if(source instanceof ExperimentClusterViewer)
2 26 Feb 07 jari 1551                     numSamples = ((ExperimentClusterViewer)expViewer).getCurrentNumberOfExperiments();
2 26 Feb 07 jari 1552                 if(x > elementSize.width * numSamples + offset || x < offset){
2 26 Feb 07 jari 1553                     deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1554                     repaint();
2 26 Feb 07 jari 1555                 }
2 26 Feb 07 jari 1556             }
2 26 Feb 07 jari 1557             else if(((source == expViewer) || (source instanceof ExperimentClusterViewer)) && x < offset){
2 26 Feb 07 jari 1558                 deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1559                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 1560             }
2 26 Feb 07 jari 1561         }
2 26 Feb 07 jari 1562         
2 26 Feb 07 jari 1563         
2 26 Feb 07 jari 1564         private void deselectAllNodes(){
2 26 Feb 07 jari 1565             if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1566                 genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1567             if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1568                 sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1569             if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1570                 ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1571                 ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1572             }
2 26 Feb 07 jari 1573             else{
2 26 Feb 07 jari 1574                 ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1575                 ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1576             }
2 26 Feb 07 jari 1577         }
2 26 Feb 07 jari 1578         
2 26 Feb 07 jari 1579     }
2 26 Feb 07 jari 1580 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)