mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmc/KMCCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:01:26 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class KMCCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     /**
2 26 Feb 07 jari 33      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 34      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public KMCCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 37   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 38   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 39   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 40   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 41     }
2 26 Feb 07 jari 42     /**
2 26 Feb 07 jari 43      * Used by XMLDecoder when reconstructing this class from saved file.  Signature
2 26 Feb 07 jari 44      * specified by CentroidViewer.getPersistenceDelegateArgs().
2 26 Feb 07 jari 45      * 
2 26 Feb 07 jari 46      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 47      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 48      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public KMCCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 51       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 52       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 53       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 54       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56        
2 26 Feb 07 jari 57     /**
2 26 Feb 07 jari 58      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 61   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 62   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 63   return popup;
2 26 Feb 07 jari 64     }
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 71   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 72   try {
2 26 Feb 07 jari 73       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 74   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 75       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 76       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 77   }
2 26 Feb 07 jari 78     }
2 26 Feb 07 jari 79     
2 26 Feb 07 jari 80     /**
2 26 Feb 07 jari 81      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 82      */
2 26 Feb 07 jari 83     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 84   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 85   try {
2 26 Feb 07 jari 86       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 87   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 88       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 89       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 90   }
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 98   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 105   
2 26 Feb 07 jari 106   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 107       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 108       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 109     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 110       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 111     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 112       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 113     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 114       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 115     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 116       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 117                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 118                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 119                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 120                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 123                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 124                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 125                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 128             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 129                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 130                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 131             }
2 26 Feb 07 jari 132             
2 26 Feb 07 jari 133   }
2 26 Feb 07 jari 134   
2 26 Feb 07 jari 135   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 136       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141   }
2 26 Feb 07 jari 142   
2 26 Feb 07 jari 143   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 144       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 145     return;
2 26 Feb 07 jari 146       }
2 26 Feb 07 jari 147       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 148   }
2 26 Feb 07 jari 149     }
2 26 Feb 07 jari 150     
2 26 Feb 07 jari 151 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)