mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmc/KMCExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:01:26 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class KMCExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 33      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 34      */
2 26 Feb 07 jari 35     public KMCExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 36         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 37         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 38         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 39         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * Used to recreate a KMCExperimentCentroidViewer from saved data written by 
2 26 Feb 07 jari 43      * XMLEncoder.  
2 26 Feb 07 jari 44      * 
2 26 Feb 07 jari 45      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 46      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 47      * @param clusterIndex
2 26 Feb 07 jari 48      * @param means
2 26 Feb 07 jari 49      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 50      * @param codes
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public KMCExperimentCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 53       super(e, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 54         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 55         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 56         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     /**
2 26 Feb 07 jari 61      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 64         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 65         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 66         return popup;
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 74         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 75         try {
2 26 Feb 07 jari 76             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 77         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 78             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 79             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 80         }
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 87         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 88         try {
2 26 Feb 07 jari 89             ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 90         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 91             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 92             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 93         }
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     //    private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 100     //  Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 101     //  Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 102     //  if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 103     //      setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 104     ////  }
2 26 Feb 07 jari 105     //    }
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     /**
2 26 Feb 07 jari 108      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 109      */
2 26 Feb 07 jari 110     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 111         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     /**
2 26 Feb 07 jari 115      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 118         
2 26 Feb 07 jari 119         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 120             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 121             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 122                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 125             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 126                 storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 127             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 128                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 129             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 130                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 131                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 132                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 133                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 134             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 135                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 136                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 137                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 138                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 139             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 140                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 141             }
2 26 Feb 07 jari 142             
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 150             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 154             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 155                 return;
2 26 Feb 07 jari 156             }
2 26 Feb 07 jari 157             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160     
2 26 Feb 07 jari 161 }
2 26 Feb 07 jari 162

Generated on Thu Jul 20 09:27:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)