mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmc/KMCExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:01:26 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class KMCExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 32         
2 26 Feb 07 jari 33     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>KMCExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public KMCExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 40     super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 41     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43     getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 44     getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * Used to reconstruct a KMCExperimentClusterViewer from saved xml data written 
2 26 Feb 07 jari 48      * by XMLEncoder.  
2 26 Feb 07 jari 49      * 
2 26 Feb 07 jari 50      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 51      * @param genesOrder
2 26 Feb 07 jari 52      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 53      * @param offset
2 26 Feb 07 jari 54      * @param header
2 26 Feb 07 jari 55      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public KMCExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, Integer offset){//, ExperimentClusterHeader header, Boolean hasCentroid, float[][] centroids, Dimension elementSize, Integer labelIndex) {
2 26 Feb 07 jari 58       super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);//, header, hasCentroid, centroids, elementSize, labelIndex);
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 61     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 62     getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 63     getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 64     }
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /**
2 26 Feb 07 jari 67      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 68      */
2 26 Feb 07 jari 69     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 70     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 71     addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 72     return popup;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 80   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 81   try {
2 26 Feb 07 jari 82       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 83   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 84       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 85       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 86   }
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     /**
2 26 Feb 07 jari 90      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 91      */
2 26 Feb 07 jari 92     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 93   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 94   try {
2 26 Feb 07 jari 95       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 96   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 97       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 98       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 99   }
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 106   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 107   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 108   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 109       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 110   }
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     /**
2 26 Feb 07 jari 114      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 117   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119     
2 26 Feb 07 jari 120     /**
2 26 Feb 07 jari 121      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 122      */
2 26 Feb 07 jari 123     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 124   
2 26 Feb 07 jari 125   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 126       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 127       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 128     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 129       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 130     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 131       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 132     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 133       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 134     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 135       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 136                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 137             }
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 141       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 142   }
2 26 Feb 07 jari 143   
2 26 Feb 07 jari 144   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 145       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147   
2 26 Feb 07 jari 148   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 149       
2 26 Feb 07 jari 150       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 151     return;
2 26 Feb 07 jari 152       }
2 26 Feb 07 jari 153       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 154   }
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)