mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmc/KMCExperimentViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCExperimentViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:01:26 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.util.StringSplitter;
2 26 Feb 07 jari 32 //import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc.KMCExperimentViewer.Listener;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 public class KMCExperimentViewer extends ExperimentViewer {
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private JPopupMenu popup; 
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     /**
2 26 Feb 07 jari 39      * Reconstitute a saved instance of this class from an XML file.
2 26 Feb 07 jari 40      * 
2 26 Feb 07 jari 41      * TODO 
2 26 Feb 07 jari 42      * Save clusters as a long, tab-delimited string rather than an int[][].  Same for samplesOrder.
2 26 Feb 07 jari 43      * 
2 26 Feb 07 jari 44      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 45      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 46      * @param samplesOrder
2 26 Feb 07 jari 47      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 48      * @param header
2 26 Feb 07 jari 49      * @param insets
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public KMCExperimentViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] samplesOrder,
2 26 Feb 07 jari 52         Boolean drawAnnotations){//, ExperimentHeader header, Insets insets) {
2 26 Feb 07 jari 53       super(e, clusters, samplesOrder, drawAnnotations.booleanValue());//, header, insets);
2 26 Feb 07 jari 54     } 
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Constructs a <code>KMCExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 58      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public KMCExperimentViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 61         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 62         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 63         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 64         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 65         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 72         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 73         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 74         return popup;
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 81         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 82         try {
2 26 Feb 07 jari 83             saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 84         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 85             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 86             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 87         }
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     /**
2 26 Feb 07 jari 91      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 92      */
2 26 Feb 07 jari 93     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 94         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 95         try {
2 26 Feb 07 jari 96             saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 97         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 98             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 99             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 100         }
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102     
2 26 Feb 07 jari 103     /**
2 26 Feb 07 jari 104      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 107         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 108         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 109         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 110             setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     /**
2 26 Feb 07 jari 115      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 118         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 119     }
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     /**
2 26 Feb 07 jari 122      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 123      */
2 26 Feb 07 jari 124     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 125         
2 26 Feb 07 jari 126         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 127             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 128             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 129                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 130             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 131                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 132             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 133                 storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 134             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 135                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 136             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 137                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 138             }
2 26 Feb 07 jari 139         }
2 26 Feb 07 jari 140         
2 26 Feb 07 jari 141         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 142             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 150             
2 26 Feb 07 jari 151             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 152                 return;
2 26 Feb 07 jari 153             }
2 26 Feb 07 jari 154             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 155         }
2 26 Feb 07 jari 156     }
2 26 Feb 07 jari 157 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)