mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmc/KMCInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCInitDialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:52 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DistanceMetricPanel;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.HCLSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.SampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 public class KMCInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 42     private int result;
2 26 Feb 07 jari 43     private int k, iter;
2 26 Feb 07 jari 44     private JTextField textField1;
2 26 Feb 07 jari 45     private JTextField textField2;
2 26 Feb 07 jari 46     private JRadioButton calcMeans;
2 26 Feb 07 jari 47     private JRadioButton calcMedians;
2 26 Feb 07 jari 48     private ButtonGroup meanMedianGroup;
2 26 Feb 07 jari 49     private SampleSelectionPanel sampleSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 50     private HCLSelectionPanel hclPanel;
2 26 Feb 07 jari 51     private DistanceMetricPanel metricPanel;
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * Constructs a <code>KMCInitDialog</code> with specified clusters and
2 26 Feb 07 jari 55      * iterations parameters.
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public KMCInitDialog(javax.swing.JFrame parent, int clusters, int iterations, String globalMetricName, boolean globalAbsoluteValue) {
2 26 Feb 07 jari 58         super(parent, "KMC: K-Means/K-Medians", true);
2 26 Feb 07 jari 59         k = clusters;
2 26 Feb 07 jari 60         iter = iterations;
2 26 Feb 07 jari 61         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 62         addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 63         
2 26 Feb 07 jari 64         sampleSelectionPanel = new SampleSelectionPanel(Color.white, UIManager.getColor("Label.foreground"),true,"Sample Selection");
2 26 Feb 07 jari 65         
2 26 Feb 07 jari 66         metricPanel = new DistanceMetricPanel(globalMetricName, globalAbsoluteValue, "Euclidean Distance", "KMC", true, true);
2 26 Feb 07 jari 67         
2 26 Feb 07 jari 68         meanMedianGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 69         calcMeans = new JRadioButton("Calculate K-Means", true);
2 26 Feb 07 jari 70         calcMeans.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 71         calcMeans.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 72         calcMeans.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 73         calcMedians = new JRadioButton("Calculate K-Medians", false);
2 26 Feb 07 jari 74         calcMedians.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 75         calcMedians.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 76         calcMedians.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 77         meanMedianGroup.add(calcMeans);
2 26 Feb 07 jari 78         meanMedianGroup.add(calcMedians);
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80         ParameterPanel parameters = new ParameterPanel();
2 26 Feb 07 jari 81         parameters.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 82         parameters.add(calcMeans, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(5,0,0,10),0,0));
2 26 Feb 07 jari 83         parameters.add(calcMedians, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(5,10,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 84         parameters.add(new JLabel("Number of clusters"), new GridBagConstraints(0,1,1,1,0.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(10,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 85         parameters.add(new JLabel("Maximum iterations"), new GridBagConstraints(0,2,1,1,0.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(5,0,5,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 86         
2 26 Feb 07 jari 87         textField1 = new JTextField(String.valueOf(clusters), 7);
2 26 Feb 07 jari 88         textField2 = new JTextField(String.valueOf(iterations), 7);
2 26 Feb 07 jari 89         parameters.add(textField1, new GridBagConstraints(1,1,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST,GridBagConstraints.VERTICAL,new Insets(10,10,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 90         parameters.add(textField2, new GridBagConstraints(1,2,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST,GridBagConstraints.VERTICAL,new Insets(5,10,5,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         hclPanel = new HCLSelectionPanel();
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         //construct mainPanel
2 26 Feb 07 jari 95         JPanel mainPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 96         mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 97         mainPanel.add(sampleSelectionPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 98         mainPanel.add(metricPanel,  new GridBagConstraints(0,1,1,1,1.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 99         mainPanel.add(parameters, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 100         mainPanel.add(hclPanel, new GridBagConstraints(0,3,1,1,1.0,0,GridBagConstraints.CENTER,GridBagConstraints.BOTH,new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 101      
2 26 Feb 07 jari 102         JPanel controlPanel = new JPanel(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 103         controlPanel.setForeground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 104         controlPanel.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.gray));
2 26 Feb 07 jari 105         controlPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 106         controlPanel.add(mainPanel, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 107         
2 26 Feb 07 jari 108         addContent(controlPanel); 
2 26 Feb 07 jari 109         okButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 110         cancelButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 111         resetButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 112         infoButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 113         validate();
2 26 Feb 07 jari 114         setSize(420, 410);
2 26 Feb 07 jari 115         setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 116         pack();
2 26 Feb 07 jari 117     }
2 26 Feb 07 jari 118     
2 26 Feb 07 jari 119     /**
2 26 Feb 07 jari 120      * Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 121      */
2 26 Feb 07 jari 122     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 123         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 124         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 125         show();
2 26 Feb 07 jari 126         return result;
2 26 Feb 07 jari 127     }
2 26 Feb 07 jari 128     
2 26 Feb 07 jari 129     /**
2 26 Feb 07 jari 130      * Returns count of clusters.
2 26 Feb 07 jari 131      */
2 26 Feb 07 jari 132     public int getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 133         return Integer.parseInt(textField1.getText());
2 26 Feb 07 jari 134     }
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     /**
2 26 Feb 07 jari 137      * Returns count of iterations.
2 26 Feb 07 jari 138      */
2 26 Feb 07 jari 139     public int getIterations() {
2 26 Feb 07 jari 140         return Integer.parseInt(textField2.getText());
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     /**
2 26 Feb 07 jari 144      * Returns true if the hierarchical checkbox is selected.
2 26 Feb 07 jari 145      */
2 26 Feb 07 jari 146     public boolean isHierarchicalTree() {
2 26 Feb 07 jari 147         return hclPanel.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     /**
2 26 Feb 07 jari 151      * Returns true if calculate k-means is selected, false
2 26 Feb 07 jari 152      * if k-medians is selected
2 26 Feb 07 jari 153      */
2 26 Feb 07 jari 154     public boolean calculateMeans(){
2 26 Feb 07 jari 155         return calcMeans.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 156     }
2 26 Feb 07 jari 157     
2 26 Feb 07 jari 158     /**
2 26 Feb 07 jari 159      *
2 26 Feb 07 jari 160      */
2 26 Feb 07 jari 161     public boolean isClusterGenesSelected(){
2 26 Feb 07 jari 162         return this.sampleSelectionPanel.isClusterGenesSelected();
2 26 Feb 07 jari 163     }
2 26 Feb 07 jari 164     
2 26 Feb 07 jari 165     /**
2 26 Feb 07 jari 166      *  Resets the controls
2 26 Feb 07 jari 167      */
2 26 Feb 07 jari 168     private void onReset(){
2 26 Feb 07 jari 169         textField1.setText(String.valueOf(k));
2 26 Feb 07 jari 170         textField2.setText(String.valueOf(iter));
2 26 Feb 07 jari 171         sampleSelectionPanel.setClusterGenesSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 172         hclPanel.setHCLSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 173         calcMeans.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 174         metricPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 175     }
2 26 Feb 07 jari 176     
2 26 Feb 07 jari 177     /**
2 26 Feb 07 jari 178      * Returns the currently selected metric
2 26 Feb 07 jari 179      */
2 26 Feb 07 jari 180     public int getDistanceMetric() {
2 26 Feb 07 jari 181         return metricPanel.getMetricIndex();
2 26 Feb 07 jari 182     }
2 26 Feb 07 jari 183     
2 26 Feb 07 jari 184     /**
2 26 Feb 07 jari 185      *  Returns true if the absolute checkbox is selected, else false
2 26 Feb 07 jari 186      */
2 26 Feb 07 jari 187     public boolean isAbsoluteDistance() {
2 26 Feb 07 jari 188         return metricPanel.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 189     }
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191     /**
2 26 Feb 07 jari 192      * The class to listen to the dialog events.
2 26 Feb 07 jari 193      */
2 26 Feb 07 jari 194     private class Listener extends DialogListener {
2 26 Feb 07 jari 195         
2 26 Feb 07 jari 196         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 197             Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 198             if (source == okButton) {
2 26 Feb 07 jari 199                 try {         
2 26 Feb 07 jari 200                     int k = Integer.parseInt(textField1.getText());
2 26 Feb 07 jari 201                     if(k < 1){
2 26 Feb 07 jari 202                         textField1.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 203                         textField1.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 204                         JOptionPane.showMessageDialog(KMCInitDialog.this, "Number of clusters must be greater than 0!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 205                         return;
2 26 Feb 07 jari 206                     }
2 26 Feb 07 jari 207                     
2 26 Feb 07 jari 208                     int i = Integer.parseInt(textField2.getText());                    
2 26 Feb 07 jari 209                     if(i < 1){
2 26 Feb 07 jari 210                         textField2.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 211                         textField2.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 212                         JOptionPane.showMessageDialog(KMCInitDialog.this, "Number of iterations must be greater than 0!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 213                         return;
2 26 Feb 07 jari 214                     }              
2 26 Feb 07 jari 215                     result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 216                 } catch (NumberFormatException exception) {
2 26 Feb 07 jari 217                     JOptionPane.showMessageDialog(KMCInitDialog.this, "Entry format error.", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 218                     result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 219                     return;
2 26 Feb 07 jari 220                 }
2 26 Feb 07 jari 221                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 222             } else if (source == cancelButton) {
2 26 Feb 07 jari 223                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 224                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 225             }
2 26 Feb 07 jari 226             else if (source == resetButton) {
2 26 Feb 07 jari 227                 onReset();
2 26 Feb 07 jari 228             }
2 26 Feb 07 jari 229             else if (source == infoButton){
2 26 Feb 07 jari 230                 HelpWindow hw = new HelpWindow(KMCInitDialog.this, "KMC Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 231                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 232                     hw.setSize(450,650);
2 26 Feb 07 jari 233                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 234                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 235                 }
2 26 Feb 07 jari 236                 else {
2 26 Feb 07 jari 237                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 238                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 239                 }                    
2 26 Feb 07 jari 240             }
2 26 Feb 07 jari 241         }
2 26 Feb 07 jari 242         
2 26 Feb 07 jari 243         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 244             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 245             dispose();
2 26 Feb 07 jari 246         }
2 26 Feb 07 jari 247     }
2 26 Feb 07 jari 248     
2 26 Feb 07 jari 249     public static void main(String[] args) {
2 26 Feb 07 jari 250         KMCInitDialog dlg = new KMCInitDialog(new javax.swing.JFrame(), 10 , 50, "Pearson Correlation", true);
2 26 Feb 07 jari 251         
2 26 Feb 07 jari 252         dlg.showModal();
2 26 Feb 07 jari 253         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 254     }
2 26 Feb 07 jari 255     
2 26 Feb 07 jari 256     protected void disposeDialog() {
2 26 Feb 07 jari 257     }
2 26 Feb 07 jari 258     
2 26 Feb 07 jari 259 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)