mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmcs/KMCSuppCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCSuppCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmcs;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 public class KMCSuppCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     /**
2 26 Feb 07 jari 35      * Construct a <code>HJCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 36      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 37      */
2 26 Feb 07 jari 38     public KMCSuppCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 39         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 40         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 41         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 42         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * Used by XMLDecoder when reconstructing this class from saved file.  Signature
2 26 Feb 07 jari 46      * specified by CentroidViewer.getPersistenceDelegateArgs().
2 26 Feb 07 jari 47      * 
2 26 Feb 07 jari 48      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 49      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 50      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public KMCSuppCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 53       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 60         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 61         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 62         return popup;
2 26 Feb 07 jari 63     }
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /**
2 26 Feb 07 jari 67      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 68      */
2 26 Feb 07 jari 69     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 70         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 71         try {
2 26 Feb 07 jari 72             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 73         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 74             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 75             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 76         }
2 26 Feb 07 jari 77     }
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     /**
2 26 Feb 07 jari 80      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 83         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 84         try {
2 26 Feb 07 jari 85             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 86         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 87             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 88             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 89         }
2 26 Feb 07 jari 90     }
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     /**
2 26 Feb 07 jari 93      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 96         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 97         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 98         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 99             setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 100         }
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102     
2 26 Feb 07 jari 103     /**
2 26 Feb 07 jari 104      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 107         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 108     }
2 26 Feb 07 jari 109     
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     
2 26 Feb 07 jari 112     /**
2 26 Feb 07 jari 113      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 114      */
2 26 Feb 07 jari 115     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 116         
2 26 Feb 07 jari 117         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 118             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 119             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 122                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 125             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 126                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 127                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 128                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 129                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 130             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 131                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 132                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 133                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 134                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 135             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 136     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 137       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 138                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 139             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 140                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 141                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 142             }
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 150             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 154             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 155                 return;
2 26 Feb 07 jari 156             }
2 26 Feb 07 jari 157             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160     }
2 26 Feb 07 jari 161     
2 26 Feb 07 jari 162 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)