mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmcs/KMCSuppExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCSuppExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmcs;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class KMCSuppExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {    
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>KMCSuppCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public KMCSuppExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * Used to recreate a KMCExperimentCentroidViewer from saved data written by 
2 26 Feb 07 jari 45      * XMLEncoder.  
2 26 Feb 07 jari 46      * 
2 26 Feb 07 jari 47      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 48      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 49      * @param clusterIndex
2 26 Feb 07 jari 50      * @param means
2 26 Feb 07 jari 51      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 52      * @param codes
2 26 Feb 07 jari 53      */
2 26 Feb 07 jari 54     public KMCSuppExperimentCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 55       super(e, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 56     }
2 26 Feb 07 jari 57    
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     /**
2 26 Feb 07 jari 60      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 63   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 64   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 65   return popup;
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     /**
2 26 Feb 07 jari 70      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 71      */
2 26 Feb 07 jari 72     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 73   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 74   try {
2 26 Feb 07 jari 75       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 76   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 77       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 78       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 79   }
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     /**
2 26 Feb 07 jari 83      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 84      */
2 26 Feb 07 jari 85     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 86   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 87   try {
2 26 Feb 07 jari 88       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 89   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 90       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 91       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 92   }
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     /**
2 26 Feb 07 jari 96      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 99   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 100   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 101   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 102       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 103   }
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 110   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     /**
2 26 Feb 07 jari 114      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 117   
2 26 Feb 07 jari 118   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 119       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 120       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 121     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 122       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 123     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 124       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 125     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 126       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 128                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 129                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 130                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 131             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 132                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 133                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 134                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 135                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 136             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 137     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 138       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 139                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 140             }
2 26 Feb 07 jari 141             
2 26 Feb 07 jari 142   }
2 26 Feb 07 jari 143   
2 26 Feb 07 jari 144   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 145       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147   
2 26 Feb 07 jari 148   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 149       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151   
2 26 Feb 07 jari 152   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 153       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 154     return;
2 26 Feb 07 jari 155       }
2 26 Feb 07 jari 156       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 157   }
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159     
2 26 Feb 07 jari 160 }
2 26 Feb 07 jari 161

Generated on Thu Jul 20 09:27:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)