mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmcs/KMCSuppExperimentCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCSuppExperimentCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmcs;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 public class KMCSuppExperimentCentroidsViewer extends ExperimentClusterCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 39     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     /**
2 26 Feb 07 jari 43      * Constructs a <code>KMCSuppCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 44      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public KMCSuppExperimentCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 47         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 48         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 49         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 50         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * Constructor used by IViewerPersistenceDelegate to reconstruct a given
2 26 Feb 07 jari 54      * KMCSuppExperimentCentroidsViewer from a saved XML file using XMLEncoder/Decoder
2 26 Feb 07 jari 55      * @param eccv the ExperimentClusterCentroidViewer associated with this object.
2 26 Feb 07 jari 56      * @param exptID the ID number of the Experiment object associated with this viewer
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     public KMCSuppExperimentCentroidsViewer(ExperimentClusterCentroidViewer eccv) {
2 26 Feb 07 jari 59       super(eccv);
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 66         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 67         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 68         return popup;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 75         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 76         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 77         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 78         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 79         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 82         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 83         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 84         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 85         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 86         
2 26 Feb 07 jari 87         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 88         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 89         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 90         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     /**
2 26 Feb 07 jari 94      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 95      */
2 26 Feb 07 jari 96     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 97         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 98         try {
2 26 Feb 07 jari 99             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 100         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 101             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 102             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 103         }
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 110         
2 26 Feb 07 jari 111         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 112             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 113             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 114                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 115             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 116                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 117                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 118                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 119                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 120             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 121                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 122                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 123                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 124                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 125             }
2 26 Feb 07 jari 126         }
2 26 Feb 07 jari 127         
2 26 Feb 07 jari 128         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 129             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 130             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 131                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 132                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 133             }
2 26 Feb 07 jari 134         }
2 26 Feb 07 jari 135         
2 26 Feb 07 jari 136         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138         }
2 26 Feb 07 jari 139         
2 26 Feb 07 jari 140         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 141             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 142         }
2 26 Feb 07 jari 143         
2 26 Feb 07 jari 144         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 145             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 146                 return;
2 26 Feb 07 jari 147             }
2 26 Feb 07 jari 148             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 149         }
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151 }
2 26 Feb 07 jari 152

Generated on Thu Jul 20 09:27:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)