mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/kmcs/KMCSuppInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KMCSuppInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:54 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.kmcs;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 public class KMCSuppInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 31     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 32     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 33     private boolean unassignedExists;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>KMCSuppInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public KMCSuppInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 40         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 41         this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 42         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 43         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     public KMCSuppInfoViewer(JTextArea content, JComponent header, Boolean clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 47       this.content = content; 
2 26 Feb 07 jari 48       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 49       this.clusterGenes = clusterGenes.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 50         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 53       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 54           new Object[]{content, header, new Boolean(clusterGenes)});
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Constructs a <code>KMCSuppInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 58      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public KMCSuppInfoViewer(int[][] clusters, int genes, boolean unassignedExists, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 61         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 62         this.unassignedExists = unassignedExists;
2 26 Feb 07 jari 63         this.clusterGenes = clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 64         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 65         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 72         return content;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 79         return header;
2 26 Feb 07 jari 80     }
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     /**
2 26 Feb 07 jari 83      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 84      */
2 26 Feb 07 jari 85     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 86         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 87         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 88         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 89         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 90         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 91         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 92         return panel;
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     /**
2 26 Feb 07 jari 96      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 99         JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 100         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 101         area.setMargin(new Insets(0,10,0,0));
2 26 Feb 07 jari 102         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 103         int counter;
2 26 Feb 07 jari 104         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 105             if(!unassignedExists){
2 26 Feb 07 jari 106                 for (counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 107                     sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 108                     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 109                     sb.append("# of Genes in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 110                     sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 111                     sb.append("% of Genes in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 112                     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 113                 }
2 26 Feb 07 jari 114             }
2 26 Feb 07 jari 115             else{
2 26 Feb 07 jari 116                 for (counter = 0; counter < clusters.length-1; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 117                     sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 118                     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 119                     sb.append("# of Genes in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 120                     sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 121                     sb.append("% of Genes in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 122                     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 123                 }
2 26 Feb 07 jari 124                 sb.append("Unassigned Genes ");
2 26 Feb 07 jari 125                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 126                 sb.append("# of Unassighed Genes: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 127                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 128                 sb.append("% of Genes Unassigned: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 129                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 130             }
2 26 Feb 07 jari 131             
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         else{
2 26 Feb 07 jari 134             
2 26 Feb 07 jari 135             if(!unassignedExists){
2 26 Feb 07 jari 136                 for (counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 137                     sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 138                     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 139                     sb.append("# of Experiments in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 140                     sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 141                     sb.append("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 142                     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 143                 }
2 26 Feb 07 jari 144             } else {
2 26 Feb 07 jari 145                 for (counter = 0; counter < clusters.length-1; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 146                     sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 147                     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 148                     sb.append("# of Experiments in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 149                     sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 150                     sb.append("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 151                     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 152                 }
2 26 Feb 07 jari 153                 sb.append("Unassigned Experiments ");
2 26 Feb 07 jari 154                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 155                 sb.append("# of Unassiged Experiments: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 156                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 157                 sb.append("% of Experiments Unassigned: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 158                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 159             }
2 26 Feb 07 jari 160         }
2 26 Feb 07 jari 161         area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 162         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 163         return area;
2 26 Feb 07 jari 164     }
2 26 Feb 07 jari 165     
2 26 Feb 07 jari 166     /**
2 26 Feb 07 jari 167      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 168      */
2 26 Feb 07 jari 169     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 170         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 171         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 172         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 173             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 174         } else {
2 26 Feb 07 jari 175             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 176         }
2 26 Feb 07 jari 177     }
2 26 Feb 07 jari 178     
2 26 Feb 07 jari 179     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 180      */
2 26 Feb 07 jari 181     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 182         return null;
2 26 Feb 07 jari 183     }
2 26 Feb 07 jari 184     
2 26 Feb 07 jari 185 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)