mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * KNNCCentroidViewer.java
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  * Created on October 3, 2003, 3:01 PM
2 26 Feb 07 jari 5  */
2 26 Feb 07 jari 6 /*
2 26 Feb 07 jari 7 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 8 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 9 */
2 26 Feb 07 jari 10 /*
2 26 Feb 07 jari 11  * $RCSfile: KNNCCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 12  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 13  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 14  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 15  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 /**
2 26 Feb 07 jari 34  *
2 26 Feb 07 jari 35  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 36  */
2 26 Feb 07 jari 37 public class KNNCCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     private JPopupMenu popup;    
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     /** Creates a new instance of KNNCCentroidViewer */
2 26 Feb 07 jari 42     public KNNCCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 43   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 44   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 45   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 46   getContentComponent().addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     /**
2 26 Feb 07 jari 49      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public KNNCCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 52       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 60   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 61   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 62   return popup;
2 26 Feb 07 jari 63     }   
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     /**
2 26 Feb 07 jari 66      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 69   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 70   try {
2 26 Feb 07 jari 71       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 72   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 73       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 74       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 75   }
2 26 Feb 07 jari 76     }    
2 26 Feb 07 jari 77
2 26 Feb 07 jari 78     /**
2 26 Feb 07 jari 79      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 82   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 83   try {
2 26 Feb 07 jari 84       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 85   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 86       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 87       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 88   }
2 26 Feb 07 jari 89     }   
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 93      */
2 26 Feb 07 jari 94     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 95   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 96     }  
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     /**
2 26 Feb 07 jari 99      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 100      */
2 26 Feb 07 jari 101     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 102   
2 26 Feb 07 jari 103   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 104       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 105       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 106     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 107       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 108     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 109       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 110     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 111       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 112     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 113       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 114                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 115                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 116                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 117                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 118             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 119                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 120                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 121                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 122                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 124                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 125             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 126                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 127                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 128             }
2 26 Feb 07 jari 129             
2 26 Feb 07 jari 130   }
2 26 Feb 07 jari 131   
2 26 Feb 07 jari 132   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 133       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   
2 26 Feb 07 jari 136   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 141       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 142     return;
2 26 Feb 07 jari 143       }
2 26 Feb 07 jari 144       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 145   }
2 26 Feb 07 jari 146     }    
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)