mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KNNCCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:50:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  * KNNCCentroidsViewer.java
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * Created on October 3, 2003, 3:07 PM
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 public class KNNCCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 39     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 40     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 43     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 44     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47 /**
2 26 Feb 07 jari 48  *
2 26 Feb 07 jari 49  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 50  */
2 26 Feb 07 jari 51 //public class KNNCCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     /** Creates a new instance of KNNCCentroidsViewer */
2 26 Feb 07 jari 54     public KNNCCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 55         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 56         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 57         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 58         getContentComponent().addMouseListener(listener);    
2 26 Feb 07 jari 59         
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61   /**
2 26 Feb 07 jari 62    * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 63    */
2 26 Feb 07 jari 64   public KNNCCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 65     super(cv);
2 26 Feb 07 jari 66   }
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 71         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 72         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 73         return popup;
2 26 Feb 07 jari 74     }   
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 80         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 81         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 82         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 83         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 84         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 87         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 88         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 89         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 90         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 93         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 94         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 95         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 96     }  
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     /**
2 26 Feb 07 jari 99      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 100      */
2 26 Feb 07 jari 101     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 102         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 103         try {
2 26 Feb 07 jari 104             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 105         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 106             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 107             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 108         }
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 117             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 118             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 119                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 120             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 121                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 122                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 123                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 124                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 125             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 126                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 127                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 128                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 129                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 130             }
2 26 Feb 07 jari 131         }
2 26 Feb 07 jari 132         
2 26 Feb 07 jari 133         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 134             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 135             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 136                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 137                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 138             }
2 26 Feb 07 jari 139         }
2 26 Feb 07 jari 140         
2 26 Feb 07 jari 141         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 142             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 150             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 151                 return;
2 26 Feb 07 jari 152             }
2 26 Feb 07 jari 153             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 154         }
2 26 Feb 07 jari 155     }    
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157 } 

Generated on Thu Jul 20 09:27:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)