mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KNNCExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class KNNCExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     /**
2 26 Feb 07 jari 32      * Construct a <code>KMCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 33      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 34      */
2 26 Feb 07 jari 35     public KNNCExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 36   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 37   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 38   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 39   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public KNNCExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 45       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 46     }
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 51   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 52   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 53   return popup;
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     /**
2 26 Feb 07 jari 58      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 61   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 62   try {
2 26 Feb 07 jari 63       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 64   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 65       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 66       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 67   }
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 74   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 75   try {
2 26 Feb 07 jari 76       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 77   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 78       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 79       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 80   }
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86 //    private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 87 //  Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 88 //  Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 89 //  if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 90 //      setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 91 ////  }
2 26 Feb 07 jari 92 //    }
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 98   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 105   
2 26 Feb 07 jari 106   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 107       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 108       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 109     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 110       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 111     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 112       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 113     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 114       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 115     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 116       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 117                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 118                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 119                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 120                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 123                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 124                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 125                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 127                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 128             }
2 26 Feb 07 jari 129             
2 26 Feb 07 jari 130   }
2 26 Feb 07 jari 131   
2 26 Feb 07 jari 132   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 133       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   
2 26 Feb 07 jari 136   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 141       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 142     return;
2 26 Feb 07 jari 143       }
2 26 Feb 07 jari 144       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 145   }
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148 }
2 26 Feb 07 jari 149
2 26 Feb 07 jari 150

Generated on Thu Jul 20 09:27:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)