mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: KNNCExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:01:59 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class KNNCExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 32         
2 26 Feb 07 jari 33     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>KMCExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public KNNCExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 40   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 41   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 44   getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 48      */
2 26 Feb 07 jari 49     public KNNCExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 50         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 51         super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 52         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 53         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 54         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 55         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 56     }
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     /**
2 26 Feb 07 jari 59      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 60      */
2 26 Feb 07 jari 61     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 62   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 63   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 64   return popup;
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 72   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 73   try {
2 26 Feb 07 jari 74       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 75   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 76       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 77       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 78   }
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /**
2 26 Feb 07 jari 82      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 85   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 86   try {
2 26 Feb 07 jari 87       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 88   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 89       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 90       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 91   }
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 98   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 99   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 100   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 101       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 102   }
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     /**
2 26 Feb 07 jari 106      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 109   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111     
2 26 Feb 07 jari 112     /**
2 26 Feb 07 jari 113      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 114      */
2 26 Feb 07 jari 115     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 116   
2 26 Feb 07 jari 117   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 118       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 119       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 121       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 122     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 123       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 125       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 126     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 127       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 128                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 129             }
2 26 Feb 07 jari 130   }
2 26 Feb 07 jari 131   
2 26 Feb 07 jari 132   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 133       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   
2 26 Feb 07 jari 136   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 141       
2 26 Feb 07 jari 142       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 143     return;
2 26 Feb 07 jari 144       }
2 26 Feb 07 jari 145       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147     }
2 26 Feb 07 jari 148 }
2 26 Feb 07 jari 149

Generated on Thu Jul 20 09:27:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)