mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * KNNCGUI.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on September 2, 2003, 4:59 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AbortException;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.Progress;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLGUI;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55 /**
2 26 Feb 07 jari 56  *
2 26 Feb 07 jari 57  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 58  */
2 26 Feb 07 jari 59 public class KNNCGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 62     private Progress progress;
2 26 Feb 07 jari 63     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 64     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 65     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 66     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 67     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 68     private int k, usedNumNeibs;
2 26 Feb 07 jari 69     KNNClassificationEditor kcEditor;
2 26 Feb 07 jari 70     boolean validate, classifyGenes, useVarianceFilter, useCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 71     int numClasses, numVarFilteredVectors, numNeighbors, numPerms;
2 26 Feb 07 jari 72     double correlPValue;
2 26 Feb 07 jari 73     Vector[] classificationVector;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     int[] classIndices, classes, origNumInFiltTrgSetByClass, numberCorrectlyClassifiedByClass, numberIncorrectlyClassifiedByClass;
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /** Creates a new instance of KNNCGUI */
2 26 Feb 07 jari 78     public KNNCGUI() {
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /** This method should return a tree with calculation results or
2 26 Feb 07 jari 82      * null, if analysis start was canceled.
2 26 Feb 07 jari 83      *
2 26 Feb 07 jari 84      * @param framework the reference to <code>IFramework</code> implementation,
2 26 Feb 07 jari 85      *        which is used to obtain an initial analysis data and parameters.
2 26 Feb 07 jari 86      * @throws AlgorithmException if calculation was failed.
2 26 Feb 07 jari 87      * @throws AbortException if calculation was canceled.
2 26 Feb 07 jari 88      * @see IFramework
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 91         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 92         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 93         //this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 96         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         KNNClassifyOrValidateDialog kCOrVDialog = new KNNClassifyOrValidateDialog((JFrame)framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 99         kCOrVDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 100         validate = !(kCOrVDialog.classify());
2 26 Feb 07 jari 101         if (!kCOrVDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 102             return null;
2 26 Feb 07 jari 103         }
2 26 Feb 07 jari 104         
2 26 Feb 07 jari 105         if (!validate) {
2 26 Feb 07 jari 106             KNNCStatusDialog kStatDialog = new KNNCStatusDialog((JFrame)framework.getFrame(), false);
2 26 Feb 07 jari 107             kStatDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 108             KNNCFirstDialog kDialog = new KNNCFirstDialog((JFrame)framework.getFrame(), true, framework);
2 26 Feb 07 jari 109             kDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 110             
2 26 Feb 07 jari 111             if (!kDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 112                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 113                 return null;
2 26 Feb 07 jari 114             }
2 26 Feb 07 jari 115             
2 26 Feb 07 jari 116             classifyGenes = kDialog.classifyGenes();
2 26 Feb 07 jari 117             numClasses = kDialog.getNumClasses();
2 26 Feb 07 jari 118             numNeighbors = kDialog.getNumNeighbors();
2 26 Feb 07 jari 119             useVarianceFilter = kDialog.useVarianceFilter();
2 26 Feb 07 jari 120             if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 121                 numVarFilteredVectors = kDialog.getNumVectors();
2 26 Feb 07 jari 122             }
2 26 Feb 07 jari 123             useCorrelFilter = kDialog.useCorrelFilter();
2 26 Feb 07 jari 124             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 125                 correlPValue = kDialog.getCorrPValue();
2 26 Feb 07 jari 126                 numPerms = kDialog.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 127             }
2 26 Feb 07 jari 128             k = numClasses*4 + 1;
2 26 Feb 07 jari 129             kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 130             if (kDialog.createNewTrgSet()) {
2 26 Feb 07 jari 131                 kcEditor.showModal(true);
2 26 Feb 07 jari 132             } else {
2 26 Feb 07 jari 133                 final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 134                 fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 135                 int returnVal = fc.showOpenDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 136                 if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 137                     kcEditor.loadFromFile(fc.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 138                 } else {
2 26 Feb 07 jari 139                     kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 140                     return null;
2 26 Feb 07 jari 141                 }
2 26 Feb 07 jari 142             }
2 26 Feb 07 jari 143             
2 26 Feb 07 jari 144             if (kcEditor.fileIsIncompatible()) {
2 26 Feb 07 jari 145                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 146                 return null;
2 26 Feb 07 jari 147             }
2 26 Feb 07 jari 148             
2 26 Feb 07 jari 149             while (!kcEditor.isNextPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 150                 continue;
2 26 Feb 07 jari 151             }
2 26 Feb 07 jari 152             
2 26 Feb 07 jari 153             //System.out.println("KNNCGUI: kcEditor.proceed() = " + kcEditor.proceed());
2 26 Feb 07 jari 154             
2 26 Feb 07 jari 155             if (!kcEditor.proceed()) {
2 26 Feb 07 jari 156                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 157                 return null;
2 26 Feb 07 jari 158             }
2 26 Feb 07 jari 159             
2 26 Feb 07 jari 160             // **** DONE UP TO HERE: 9_25_03, AT THIS POINT, NEED TO getClassificaiton() from kcEditor
2 26 Feb 07 jari 161             
2 26 Feb 07 jari 162             classificationVector = kcEditor.getClassification();
2 26 Feb 07 jari 163             classIndices = new int[classificationVector[0].size()];
2 26 Feb 07 jari 164             classes = new int[classificationVector[1].size()];
2 26 Feb 07 jari 165             
2 26 Feb 07 jari 166             for (int i = 0; i < classIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 167                 classIndices[i] = ((Integer)(classificationVector[0].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 168                 classes[i] = ((Integer)(classificationVector[1].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 169             }
2 26 Feb 07 jari 170             
2 26 Feb 07 jari 171             boolean isHierarchicalTree = kDialog.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 172
2 26 Feb 07 jari 173             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();                 
2 26 Feb 07 jari 174             int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 175             if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 176                 function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 177             }
2 26 Feb 07 jari 178
2 26 Feb 07 jari 179             // hcl init
2 26 Feb 07 jari 180             int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 181             boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 182             boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 183             int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 184             boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 185             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 186                 HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 187                 if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 188                     return null;
2 26 Feb 07 jari 189                 }
2 26 Feb 07 jari 190                 hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 191                 hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 192                 hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 193                 hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 194                 hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 195             }
2 26 Feb 07 jari 196
2 26 Feb 07 jari 197             Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 198             
2 26 Feb 07 jari 199             try {
2 26 Feb 07 jari 200                 //System.out.println("Proceeded to algorithm");
2 26 Feb 07 jari 201                 algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("KNNC");
2 26 Feb 07 jari 202                 algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 203                 
2 26 Feb 07 jari 204                 this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "KNN classification", listener);
2 26 Feb 07 jari 205                 this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 206                 
2 26 Feb 07 jari 207                 AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 208                 
2 26 Feb 07 jari 209                 data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 210                 data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 211
2 26 Feb 07 jari 212                 data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 213                 
2 26 Feb 07 jari 214                 data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 215                 
2 26 Feb 07 jari 216                 data.addParam("validate", String.valueOf(validate));
2 26 Feb 07 jari 217                 data.addParam("classifyGenes", String.valueOf(classifyGenes));
2 26 Feb 07 jari 218                 if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 219                     data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 220                 } else {
2 26 Feb 07 jari 221                     data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix().transpose());
2 26 Feb 07 jari 222                 }
2 26 Feb 07 jari 223                 data.addParam("useVarianceFilter", String.valueOf(useVarianceFilter));
2 26 Feb 07 jari 224                 data.addParam("useCorrelFilter", String.valueOf(useCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 225                 data.addParam("numClasses", String.valueOf(numClasses));
2 26 Feb 07 jari 226                 data.addParam("numNeighbors", String.valueOf(numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 227                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 228                     data.addParam("numVarFilteredVectors", String.valueOf(numVarFilteredVectors));
2 26 Feb 07 jari 229                 }
2 26 Feb 07 jari 230                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 231                     data.addParam("correlPValue", String.valueOf((float)correlPValue));
2 26 Feb 07 jari 232                     data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 233                 }
2 26 Feb 07 jari 234                 data.addIntArray("classIndices", classIndices);
2 26 Feb 07 jari 235                 data.addIntArray("classes", classes);
2 26 Feb 07 jari 236                 // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 237                 if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 238                     data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 239                     data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 240                     data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 241                     data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 242                     data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 243                     data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 244                 }
2 26 Feb 07 jari 245                 
2 26 Feb 07 jari 246                 long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 247                 AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 248                 long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 249                 // getting the results
2 26 Feb 07 jari 250                 Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 251                 NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 252                 this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 253                 for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 254                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 255                 }
2 26 Feb 07 jari 256                 this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 257                 this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 258                 
2 26 Feb 07 jari 259                 this.numberCorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberCorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 260                 this.numberIncorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberIncorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 261                 this.origNumInFiltTrgSetByClass = result.getIntArray("origNumInFiltTrgSetByClass");
2 26 Feb 07 jari 262                 
2 26 Feb 07 jari 263                 GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 264                 //info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 265                 info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 266                 info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 267                 info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 268                 info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 269                 info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 270                 info.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 271                 info.numNeighbors = numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 272                 info.usedVarFilter = useVarianceFilter;
2 26 Feb 07 jari 273                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 274                     info.numVarFiltered = this.numVarFilteredVectors;
2 26 Feb 07 jari 275                     info.postVarDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 276                     info.postVarClassSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 277                 }
2 26 Feb 07 jari 278                 info.usedCorrelFilter = this.useCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 279                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 280                     info.correlPvalue = this.correlPValue;
2 26 Feb 07 jari 281                     info.numPerms = this.numPerms;
2 26 Feb 07 jari 282                     info.postCorrDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postCorrDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 283                 }
2 26 Feb 07 jari 284                 info.usedNumNeibs = (result.getParams()).getInt("usedNumNeibs");
2 26 Feb 07 jari 285                 info.origDataSetSize = (result.getParams()).getInt("origDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 286                 info.origClassSetSize = (result.getParams()).getInt("origClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 287                 
2 26 Feb 07 jari 288                 return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 289                 
2 26 Feb 07 jari 290             } finally {
2 26 Feb 07 jari 291                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 292                 if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 293                     algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 294                 }
2 26 Feb 07 jari 295                 if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 296                     progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 297                 }
2 26 Feb 07 jari 298                 /*
2 26 Feb 07 jari 299                 if (monitor != null) {
2 26 Feb 07 jari 300                     monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 301                 }
2 26 Feb 07 jari 302                  */
2 26 Feb 07 jari 303             }
2 26 Feb 07 jari 304             
2 26 Feb 07 jari 305         } else {// if (validate)
2 26 Feb 07 jari 306             KNNCStatusDialog kStatDialog = new KNNCStatusDialog((JFrame)framework.getFrame(), false);
2 26 Feb 07 jari 307             kStatDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 308             KNNCValidationFirstDialog kvDialog = new KNNCValidationFirstDialog((JFrame)framework.getFrame(), true, framework);
2 26 Feb 07 jari 309             kvDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 310             
2 26 Feb 07 jari 311             if (!kvDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 312                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 313                 return null;
2 26 Feb 07 jari 314             }
2 26 Feb 07 jari 315             
2 26 Feb 07 jari 316             classifyGenes = kvDialog.classifyGenes();
2 26 Feb 07 jari 317             numClasses = kvDialog.getNumClasses();
2 26 Feb 07 jari 318             numNeighbors = kvDialog.getNumNeighbors();
2 26 Feb 07 jari 319             
2 26 Feb 07 jari 320             useCorrelFilter = kvDialog.useCorrelFilter();
2 26 Feb 07 jari 321             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 322                 correlPValue = kvDialog.getCorrPValue();
2 26 Feb 07 jari 323                 numPerms = kvDialog.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 324             }
2 26 Feb 07 jari 325             k = numClasses*4 + 1;
2 26 Feb 07 jari 326             kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 327             if (kvDialog.createNewTrgSet()) {
2 26 Feb 07 jari 328                 //kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 329                 kcEditor.showModal(true);
2 26 Feb 07 jari 330             } else {
2 26 Feb 07 jari 331                 final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 332                 fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 333                 int returnVal = fc.showOpenDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 334                 if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 335                     //kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 336                     //kcEditor.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 337                     kcEditor.loadFromFile(fc.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 338                 } else {
2 26 Feb 07 jari 339                     kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 340                     return null;
2 26 Feb 07 jari 341                 }
2 26 Feb 07 jari 342             }
2 26 Feb 07 jari 343             
2 26 Feb 07 jari 344             if (kcEditor.fileIsIncompatible()) {
2 26 Feb 07 jari 345                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 346                 return null;
2 26 Feb 07 jari 347             }
2 26 Feb 07 jari 348             
2 26 Feb 07 jari 349             while (!kcEditor.isNextPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 350                 continue;
2 26 Feb 07 jari 351             }
2 26 Feb 07 jari 352             if (!kcEditor.proceed()) {
2 26 Feb 07 jari 353                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 354                 return null;
2 26 Feb 07 jari 355             }
2 26 Feb 07 jari 356             
2 26 Feb 07 jari 357             classificationVector = kcEditor.getClassification();
2 26 Feb 07 jari 358             classIndices = new int[classificationVector[0].size()];
2 26 Feb 07 jari 359             classes = new int[classificationVector[1].size()];
2 26 Feb 07 jari 360             
2 26 Feb 07 jari 361             for (int i = 0; i < classIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 362                 classIndices[i] = ((Integer)(classificationVector[0].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 363                 classes[i] = ((Integer)(classificationVector[1].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 364             }
2 26 Feb 07 jari 365             
2 26 Feb 07 jari 366             boolean isHierarchicalTree = kvDialog.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 367             
2 26 Feb 07 jari 368             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();                 
2 26 Feb 07 jari 369             int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 370             if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 371                 function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 372             }
2 26 Feb 07 jari 373
2 26 Feb 07 jari 374             // hcl init
2 26 Feb 07 jari 375             int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 376             boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 377             boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 378             int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 379             boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 380             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 381                 HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 382                 if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 383                     return null;
2 26 Feb 07 jari 384                 }
2 26 Feb 07 jari 385                 hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 386                 hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 387                 hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 388                 hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 389                 hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 390             }
2 26 Feb 07 jari 391             
2 26 Feb 07 jari 392             Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 393             
2 26 Feb 07 jari 394             try {
2 26 Feb 07 jari 395                 //System.out.println("Proceeded to algorithm");
2 26 Feb 07 jari 396                 algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("KNNC");
2 26 Feb 07 jari 397                 algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 398                 
2 26 Feb 07 jari 399                 this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "KNN classification", listener);
2 26 Feb 07 jari 400                 this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 401                 
2 26 Feb 07 jari 402                 AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 403                 
2 26 Feb 07 jari 404                 data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 405                 data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 406                 data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 407                                 
2 26 Feb 07 jari 408                 data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 409                 
2 26 Feb 07 jari 410                 data.addParam("validate", String.valueOf(validate));
2 26 Feb 07 jari 411                 data.addParam("classifyGenes", String.valueOf(classifyGenes));
2 26 Feb 07 jari 412                 if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 413                     data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 414                 } else {
2 26 Feb 07 jari 415                     data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix().transpose());
2 26 Feb 07 jari 416                 }
2 26 Feb 07 jari 417                 //data.addParam("useVarianceFilter", String.valueOf(useVarianceFilter));
2 26 Feb 07 jari 418                 data.addParam("useCorrelFilter", String.valueOf(useCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 419                 data.addParam("numClasses", String.valueOf(numClasses));
2 26 Feb 07 jari 420                 data.addParam("numNeighbors", String.valueOf(numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 421                 /*
2 26 Feb 07 jari 422                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 423                     data.addParam("numVarFilteredVectors", String.valueOf(numVarFilteredVectors));
2 26 Feb 07 jari 424                 }
2 26 Feb 07 jari 425                  */
2 26 Feb 07 jari 426                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 427                     data.addParam("correlPValue", String.valueOf((float)correlPValue));
2 26 Feb 07 jari 428                     data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 429                 }
2 26 Feb 07 jari 430                 data.addIntArray("classIndices", classIndices);
2 26 Feb 07 jari 431                 data.addIntArray("classes", classes);
2 26 Feb 07 jari 432                 // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 433                 
2 26 Feb 07 jari 434                 if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 435                     data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 436                     data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 437                     data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 438                     data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 439                     data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 440                     data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));                    
2 26 Feb 07 jari 441                 }
2 26 Feb 07 jari 442                                 
2 26 Feb 07 jari 443                 long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 444                 AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 445                 long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 446                 // getting the results
2 26 Feb 07 jari 447                 Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 448                 NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 449                 k = numClasses + 1;
2 26 Feb 07 jari 450                 this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 451                 for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 452                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 453                 }
2 26 Feb 07 jari 454                 this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 455                 this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 456                 
2 26 Feb 07 jari 457                 this.numberCorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberCorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 458                 this.numberIncorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberIncorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 459                 this.origNumInFiltTrgSetByClass = result.getIntArray("origNumInFiltTrgSetByClass");
2 26 Feb 07 jari 460                 
2 26 Feb 07 jari 461                 GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 462                 //info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 463                 info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 464                 info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 465                 info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 466                 info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 467                 info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 468                 info.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 469                 info.numNeighbors = numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 470                 //info.usedVarFilter = useVarianceFilter;
2 26 Feb 07 jari 471                 /*
2 26 Feb 07 jari 472                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 473                     info.numVarFiltered = this.numVarFilteredVectors;
2 26 Feb 07 jari 474                     info.postVarDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 475                     info.postVarClassSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 476                 }
2 26 Feb 07 jari 477                  */
2 26 Feb 07 jari 478                 info.usedCorrelFilter = this.useCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 479                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 480                     info.correlPvalue = this.correlPValue;
2 26 Feb 07 jari 481                     info.numPerms = this.numPerms;
2 26 Feb 07 jari 482                     //info.postCorrDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postCorrDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 483                 }
2 26 Feb 07 jari 484                 info.usedNumNeibs = (result.getParams()).getInt("usedNumNeibs");
2 26 Feb 07 jari 485                 //info.origDataSetSize = (result.getParams()).getInt("origDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 486                 //info.origClassSetSize = (result.getParams()).getInt("origClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 487                 
2 26 Feb 07 jari 488                 return createValidationResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 489                 //return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 490                 
2 26 Feb 07 jari 491             }  finally {
2 26 Feb 07 jari 492                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 493                 if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 494                     algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 495                 }
2 26 Feb 07 jari 496                 if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 497                     progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 498                 }
2 26 Feb 07 jari 499             }
2 26 Feb 07 jari 500             
2 26 Feb 07 jari 501         } // end if (validate)
2 26 Feb 07 jari 502         
2 26 Feb 07 jari 503         //return null; //for now
2 26 Feb 07 jari 504     }
2 26 Feb 07 jari 505     
2 26 Feb 07 jari 506     
2 26 Feb 07 jari 507     
2 26 Feb 07 jari 508     
2 26 Feb 07 jari 509     
2 26 Feb 07 jari 510     
2 26 Feb 07 jari 511     
2 26 Feb 07 jari 512     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 513         
2 26 Feb 07 jari 514         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 515         
2 26 Feb 07 jari 516         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 517         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 518         //this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 519         
2 26 Feb 07 jari 520         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 521         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 522         
2 26 Feb 07 jari 523         //KNNCStatusDialog kStatDialog = new KNNCStatusDialog((JFrame)framework.getFrame(), false);
2 26 Feb 07 jari 524         //kStatDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 525         KNNClassifyOrValidateDialog kCOrVDialog = new KNNClassifyOrValidateDialog((JFrame)framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 526         kCOrVDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 527         validate = !(kCOrVDialog.classify());
2 26 Feb 07 jari 528         if (!kCOrVDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 529             //kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 530             return null;
2 26 Feb 07 jari 531         }
2 26 Feb 07 jari 532         //KNNCInitDialog kDialog = new KNNCInitDialog((JFrame)framework.getFrame(), false, framework);
2 26 Feb 07 jari 533         
2 26 Feb 07 jari 534         if (!validate) {
2 26 Feb 07 jari 535             KNNCStatusDialog kStatDialog = new KNNCStatusDialog((JFrame)framework.getFrame(), false);
2 26 Feb 07 jari 536             kStatDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 537             KNNCFirstDialog kDialog = new KNNCFirstDialog((JFrame)framework.getFrame(), true, framework);
2 26 Feb 07 jari 538             kDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 539             
2 26 Feb 07 jari 540             if (!kDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 541                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 542                 return null;
2 26 Feb 07 jari 543             }
2 26 Feb 07 jari 544             
2 26 Feb 07 jari 545             classifyGenes = kDialog.classifyGenes();
2 26 Feb 07 jari 546             numClasses = kDialog.getNumClasses();
2 26 Feb 07 jari 547             numNeighbors = kDialog.getNumNeighbors();
2 26 Feb 07 jari 548             useVarianceFilter = kDialog.useVarianceFilter();
2 26 Feb 07 jari 549             if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 550                 numVarFilteredVectors = kDialog.getNumVectors();
2 26 Feb 07 jari 551             }
2 26 Feb 07 jari 552             useCorrelFilter = kDialog.useCorrelFilter();
2 26 Feb 07 jari 553             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 554                 correlPValue = kDialog.getCorrPValue();
2 26 Feb 07 jari 555                 numPerms = kDialog.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 556             }
2 26 Feb 07 jari 557             k = numClasses*4 + 1;
2 26 Feb 07 jari 558             kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 559             if (kDialog.createNewTrgSet()) {
2 26 Feb 07 jari 560                 kcEditor.showModal(true);
2 26 Feb 07 jari 561             } else {
2 26 Feb 07 jari 562                 final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 563                 fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 564                 int returnVal = fc.showOpenDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 565                 if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 566                     kcEditor.loadFromFile(fc.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 567                 } else {
2 26 Feb 07 jari 568                     kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 569                     return null;
2 26 Feb 07 jari 570                 }
2 26 Feb 07 jari 571             }
2 26 Feb 07 jari 572             
2 26 Feb 07 jari 573             kcEditor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 574             
2 26 Feb 07 jari 575             //    if (kcEditor.fileIsIncompatible()) {
2 26 Feb 07 jari 576             //       kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 577             //      return null;
2 26 Feb 07 jari 578             //  }
2 26 Feb 07 jari 579             
2 26 Feb 07 jari 580             //    while (!kcEditor.isNextPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 581             //       continue;
2 26 Feb 07 jari 582             //   }
2 26 Feb 07 jari 583             
2 26 Feb 07 jari 584             //System.out.println("KNNCGUI: kcEditor.proceed() = " + kcEditor.proceed());
2 26 Feb 07 jari 585             
2 26 Feb 07 jari 586             //    if (!kcEditor.proceed()) {
2 26 Feb 07 jari 587             //       kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 588             //       return null;
2 26 Feb 07 jari 589             //    }
2 26 Feb 07 jari 590             
2 26 Feb 07 jari 591             // **** DONE UP TO HERE: 9_25_03, AT THIS POINT, NEED TO getClassificaiton() from kcEditor
2 26 Feb 07 jari 592             
2 26 Feb 07 jari 593             classificationVector = kcEditor.getClassification();
2 26 Feb 07 jari 594             classIndices = new int[classificationVector[0].size()];
2 26 Feb 07 jari 595             classes = new int[classificationVector[1].size()];
2 26 Feb 07 jari 596             
2 26 Feb 07 jari 597             for (int i = 0; i < classIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 598                 classIndices[i] = ((Integer)(classificationVector[0].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 599                 classes[i] = ((Integer)(classificationVector[1].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 600             }
2 26 Feb 07 jari 601             
2 26 Feb 07 jari 602             boolean isHierarchicalTree = kDialog.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 603
2 26 Feb 07 jari 604             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 605             int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 606             if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 607                 function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 608             }
2 26 Feb 07 jari 609
2 26 Feb 07 jari 610             // hcl init
2 26 Feb 07 jari 611             int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 612             boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 613             boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 614             int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 615             boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 616             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 617                 HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 618                 if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 619                     return null;
2 26 Feb 07 jari 620                 }
2 26 Feb 07 jari 621                 hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 622                 hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 623                 hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 624                 hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 625                 hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 626             }
2 26 Feb 07 jari 627             
2 26 Feb 07 jari 628             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 629             data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));            
2 26 Feb 07 jari 630             
2 26 Feb 07 jari 631             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 632             
2 26 Feb 07 jari 633             data.addParam("validate", String.valueOf(validate));
2 26 Feb 07 jari 634             data.addParam("classifyGenes", String.valueOf(classifyGenes));
2 26 Feb 07 jari 635             
2 26 Feb 07 jari 636             data.addParam("useVarianceFilter", String.valueOf(useVarianceFilter));
2 26 Feb 07 jari 637             data.addParam("useCorrelFilter", String.valueOf(useCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 638             data.addParam("numClasses", String.valueOf(numClasses));
2 26 Feb 07 jari 639             data.addParam("numNeighbors", String.valueOf(numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 640             if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 641                 data.addParam("numVarFilteredVectors", String.valueOf(numVarFilteredVectors));
2 26 Feb 07 jari 642             }
2 26 Feb 07 jari 643             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 644                 data.addParam("correlPValue", String.valueOf((float)correlPValue));
2 26 Feb 07 jari 645                 data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 646             }
2 26 Feb 07 jari 647             data.addIntArray("classIndices", classIndices);
2 26 Feb 07 jari 648             data.addIntArray("classes", classes);
2 26 Feb 07 jari 649             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 650             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 651                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 652                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 653                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 654                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 655                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 656                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 657             }
2 26 Feb 07 jari 658             // alg name
2 26 Feb 07 jari 659             data.addParam("name", "KNNC");
2 26 Feb 07 jari 660             
2 26 Feb 07 jari 661         // alg type
2 26 Feb 07 jari 662         if(classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 663             data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 664         else
2 26 Feb 07 jari 665             data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 666             
2 26 Feb 07 jari 667             // output class
2 26 Feb 07 jari 668             data.addParam("output-class", "partition-output");
2 26 Feb 07 jari 669             
2 26 Feb 07 jari 670             //output nodes
2 26 Feb 07 jari 671             String [] outputNodes = new String[4*numClasses+1];
2 26 Feb 07 jari 672             String str;
2 26 Feb 07 jari 673             for(int i = 0; i < numClasses ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 674                 str = String.valueOf(i+1)+"  ";
2 26 Feb 07 jari 675                 outputNodes[i] = "Used classifiers: Class "+str;
2 26 Feb 07 jari 676                 outputNodes[numClasses+i] = "Unused classifiers: Class "+str;
2 26 Feb 07 jari 677                 outputNodes[2*numClasses+i] = "Classified: Class "+str;
2 26 Feb 07 jari 678                 outputNodes[3*numClasses+i] = "Used classifiers + classified: Class "+str;
2 26 Feb 07 jari 679             }
2 26 Feb 07 jari 680             outputNodes[4*numClasses] = "Unclassified";
2 26 Feb 07 jari 681             
2 26 Feb 07 jari 682             data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 683             
2 26 Feb 07 jari 684             kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 685             
2 26 Feb 07 jari 686         } else {
2 26 Feb 07 jari 687                       
2 26 Feb 07 jari 688             KNNCStatusDialog kStatDialog = new KNNCStatusDialog((JFrame)framework.getFrame(), false);
2 26 Feb 07 jari 689             kStatDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 690             KNNCValidationFirstDialog kvDialog = new KNNCValidationFirstDialog((JFrame)framework.getFrame(), true, framework);
2 26 Feb 07 jari 691             kvDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 692             
2 26 Feb 07 jari 693             if (!kvDialog.isOkPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 694                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 695                 return null;
2 26 Feb 07 jari 696             }
2 26 Feb 07 jari 697             
2 26 Feb 07 jari 698             classifyGenes = kvDialog.classifyGenes();
2 26 Feb 07 jari 699             numClasses = kvDialog.getNumClasses();
2 26 Feb 07 jari 700             numNeighbors = kvDialog.getNumNeighbors();
2 26 Feb 07 jari 701             
2 26 Feb 07 jari 702             useCorrelFilter = kvDialog.useCorrelFilter();
2 26 Feb 07 jari 703             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 704                 correlPValue = kvDialog.getCorrPValue();
2 26 Feb 07 jari 705                 numPerms = kvDialog.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 706             }
2 26 Feb 07 jari 707             k = numClasses*4 + 1;
2 26 Feb 07 jari 708             kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 709             if (kvDialog.createNewTrgSet()) {
2 26 Feb 07 jari 710                 //kcEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes, numClasses);
2 26 Feb 07 jari 711                 kcEditor.showModal(true);
2 26 Feb 07 jari 712             } else {
2 26 Feb 07 jari 713                 final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 714                 fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 715                 int returnVal = fc.showOpenDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 716                 if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 717                     kcEditor.loadFromFile(fc.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 718                 } else {
2 26 Feb 07 jari 719                     kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 720                     return null;
2 26 Feb 07 jari 721                 }
2 26 Feb 07 jari 722             }
2 26 Feb 07 jari 723             
2 26 Feb 07 jari 724             if (kcEditor.fileIsIncompatible()) {
2 26 Feb 07 jari 725                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 726                 return null;
2 26 Feb 07 jari 727             }
2 26 Feb 07 jari 728             
2 26 Feb 07 jari 729             while (!kcEditor.isNextPressed()) {
2 26 Feb 07 jari 730                 continue;
2 26 Feb 07 jari 731             }
2 26 Feb 07 jari 732             if (!kcEditor.proceed()) {
2 26 Feb 07 jari 733                 kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 734                 return null;
2 26 Feb 07 jari 735             }
2 26 Feb 07 jari 736             
2 26 Feb 07 jari 737             classificationVector = kcEditor.getClassification();
2 26 Feb 07 jari 738             classIndices = new int[classificationVector[0].size()];
2 26 Feb 07 jari 739             classes = new int[classificationVector[1].size()];
2 26 Feb 07 jari 740             
2 26 Feb 07 jari 741             for (int i = 0; i < classIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 742                 classIndices[i] = ((Integer)(classificationVector[0].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 743                 classes[i] = ((Integer)(classificationVector[1].get(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 744             }
2 26 Feb 07 jari 745             
2 26 Feb 07 jari 746             boolean isHierarchicalTree = kvDialog.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 747             
2 26 Feb 07 jari 748
2 26 Feb 07 jari 749             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 750             int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 751             if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 752                 function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 753             }
2 26 Feb 07 jari 754
2 26 Feb 07 jari 755             // hcl init
2 26 Feb 07 jari 756             int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 757             boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 758             boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 759             int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 760             boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 761             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 762                 HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 763                 if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 764                     return null;
2 26 Feb 07 jari 765                 }
2 26 Feb 07 jari 766                 hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 767                 hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 768                 hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 769                 hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 770                 hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 771             }
2 26 Feb 07 jari 772             
2 26 Feb 07 jari 773             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 774             data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));           
2 26 Feb 07 jari 775             
2 26 Feb 07 jari 776             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 777             
2 26 Feb 07 jari 778             data.addParam("validate", String.valueOf(validate));
2 26 Feb 07 jari 779             data.addParam("classifyGenes", String.valueOf(classifyGenes));
2 26 Feb 07 jari 780             
2 26 Feb 07 jari 781             //data.addParam("useVarianceFilter", String.valueOf(useVarianceFilter));
2 26 Feb 07 jari 782             data.addParam("useCorrelFilter", String.valueOf(useCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 783             data.addParam("numClasses", String.valueOf(numClasses));
2 26 Feb 07 jari 784             data.addParam("numNeighbors", String.valueOf(numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 785                 /*
2 26 Feb 07 jari 786                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 787                     data.addParam("numVarFilteredVectors", String.valueOf(numVarFilteredVectors));
2 26 Feb 07 jari 788                 }
2 26 Feb 07 jari 789                  */
2 26 Feb 07 jari 790             if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 791                 data.addParam("correlPValue", String.valueOf((float)correlPValue));
2 26 Feb 07 jari 792                 data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 793             }
2 26 Feb 07 jari 794             data.addIntArray("classIndices", classIndices);
2 26 Feb 07 jari 795             data.addIntArray("classes", classes);
2 26 Feb 07 jari 796             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 797             
2 26 Feb 07 jari 798             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 799                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 800                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 801                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 802                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 803                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 804                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 805             }
2 26 Feb 07 jari 806             
2 26 Feb 07 jari 807             k = numClasses + 1;
2 26 Feb 07 jari 808             
2 26 Feb 07 jari 809             // alg name
2 26 Feb 07 jari 810             data.addParam("name", "KNNC");
2 26 Feb 07 jari 811             
2 26 Feb 07 jari 812             // alg type
2 26 Feb 07 jari 813             if(classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 814                 data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 815             else
2 26 Feb 07 jari 816                 data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 817             
2 26 Feb 07 jari 818             // output class
2 26 Feb 07 jari 819             data.addParam("output-class", "partition-output");
2 26 Feb 07 jari 820             
2 26 Feb 07 jari 821             //output nodes
2 26 Feb 07 jari 822             String [] outputNodes = new String[numClasses+1];
2 26 Feb 07 jari 823             
2 26 Feb 07 jari 824             for(int i = 0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 825                 outputNodes[i] = "Training Class "+String.valueOf(i+1)+"  ";
2 26 Feb 07 jari 826             }
2 26 Feb 07 jari 827             outputNodes[numClasses] = "Not in Training Set  ";
2 26 Feb 07 jari 828             
2 26 Feb 07 jari 829             data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 830             
2 26 Feb 07 jari 831             kStatDialog.dispose();
2 26 Feb 07 jari 832             
2 26 Feb 07 jari 833         }
2 26 Feb 07 jari 834         return data;
2 26 Feb 07 jari 835     }
2 26 Feb 07 jari 836     
2 26 Feb 07 jari 837     
2 26 Feb 07 jari 838     
2 26 Feb 07 jari 839     
2 26 Feb 07 jari 840     
2 26 Feb 07 jari 841     
2 26 Feb 07 jari 842     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 843         AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 844          Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 845                     
2 26 Feb 07 jari 846         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 847         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 848         this.classifyGenes = params.getBoolean("classifyGenes");
2 26 Feb 07 jari 849         this.numClasses = params.getInt("numClasses");
2 26 Feb 07 jari 850         this.numNeighbors = params.getInt("numNeighbors");
2 26 Feb 07 jari 851         this.useCorrelFilter = params.getBoolean("useCorrelFilter");
2 26 Feb 07 jari 852         this.validate = params.getBoolean("validate");
2 26 Feb 07 jari 853         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 854         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 855         
2 26 Feb 07 jari 856         if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 857             this.correlPValue = params.getFloat("correlPValue");
2 26 Feb 07 jari 858             this.numPerms = params.getInt("numPerms");
2 26 Feb 07 jari 859         }
2 26 Feb 07 jari 860         
2 26 Feb 07 jari 861         if (!validate) {
2 26 Feb 07 jari 862             
2 26 Feb 07 jari 863             this.useVarianceFilter = params.getBoolean("useVarianceFilter");
2 26 Feb 07 jari 864             if(this.useVarianceFilter)
2 26 Feb 07 jari 865                 this.numVarFilteredVectors = params.getInt("numVarFilteredVectors");
2 26 Feb 07 jari 866             
2 26 Feb 07 jari 867    
2 26 Feb 07 jari 868             try {
2 26 Feb 07 jari 869                 algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("KNNC");
2 26 Feb 07 jari 870                 algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 871                 
2 26 Feb 07 jari 872                 this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "KNN classification", listener);
2 26 Feb 07 jari 873                 this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 874                 
2 26 Feb 07 jari 875                 if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 876                     algData.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 877                 } else {
2 26 Feb 07 jari 878                     algData.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix().transpose());
2 26 Feb 07 jari 879                 }
2 26 Feb 07 jari 880                 
2 26 Feb 07 jari 881                 long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 882                 AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 883                 long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 884                 // getting the results
2 26 Feb 07 jari 885                 Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 886                 NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 887                 k = numClasses*4 + 1;
2 26 Feb 07 jari 888                 this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 889                 for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 890                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 891                 }
2 26 Feb 07 jari 892                 this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 893                 this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 894                 
2 26 Feb 07 jari 895                 this.numberCorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberCorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 896                 this.numberIncorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberIncorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 897                 this.origNumInFiltTrgSetByClass = result.getIntArray("origNumInFiltTrgSetByClass");
2 26 Feb 07 jari 898                 
2 26 Feb 07 jari 899                 GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 900                 //info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 901                 info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 902                 info.hcl = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 903                 info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 904                 info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-experiments");
2 26 Feb 07 jari 905                 if(info.hcl)
2 26 Feb 07 jari 906                     info.hcl_method = params.getInt("method-linkage");
2 26 Feb 07 jari 907                 info.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 908                 info.numNeighbors = numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 909                 info.usedVarFilter = useVarianceFilter;
2 26 Feb 07 jari 910                 if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 911                     info.numVarFiltered = this.numVarFilteredVectors;
2 26 Feb 07 jari 912                     info.postVarDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 913                     info.postVarClassSetSize = (result.getParams()).getInt("postVarClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 914                 }
2 26 Feb 07 jari 915                 info.usedCorrelFilter = this.useCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 916                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 917                     info.correlPvalue = this.correlPValue;
2 26 Feb 07 jari 918                     info.numPerms = this.numPerms;
2 26 Feb 07 jari 919                     info.postCorrDataSetSize = (result.getParams()).getInt("postCorrDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 920                 }
2 26 Feb 07 jari 921                 info.usedNumNeibs = (result.getParams()).getInt("usedNumNeibs");
2 26 Feb 07 jari 922                 info.origDataSetSize = (result.getParams()).getInt("origDataSetSize");
2 26 Feb 07 jari 923                 info.origClassSetSize = (result.getParams()).getInt("origClassSetSize");
2 26 Feb 07 jari 924                 
2 26 Feb 07 jari 925                 return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 926                 
2 26 Feb 07 jari 927             } finally {
2 26 Feb 07 jari 928                 
2 26 Feb 07 jari 929                 if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 930                     algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 931                 }
2 26 Feb 07 jari 932                 if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 933                     progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 934                 }
2 26 Feb 07 jari 935             }
2 26 Feb 07 jari 936             
2 26 Feb 07 jari 937         } else {// if (validate)
2 26 Feb 07 jari 938
2 26 Feb 07 jari 939             try {
2 26 Feb 07 jari 940                 //System.out.println("Proceeded to algorithm");
2 26 Feb 07 jari 941                 algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("KNNC");
2 26 Feb 07 jari 942                 algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 943                 
2 26 Feb 07 jari 944                 this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "KNN classification", listener);
2 26 Feb 07 jari 945                 this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 946                 
2 26 Feb 07 jari 947                 if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 948                     algData.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 949                 } else {
2 26 Feb 07 jari 950                     algData.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix().transpose());
2 26 Feb 07 jari 951                 }
2 26 Feb 07 jari 952                 
2 26 Feb 07 jari 953                 long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 954                 AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 955                 long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 956                 // getting the results
2 26 Feb 07 jari 957                 Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 958                 NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 959                 k = numClasses + 1;
2 26 Feb 07 jari 960                 this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 961                 for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 962                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 963                 }
2 26 Feb 07 jari 964                 this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 965                 this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 966                 
2 26 Feb 07 jari 967                 this.numberCorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberCorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 968                 this.numberIncorrectlyClassifiedByClass = result.getIntArray("numberIncorrectlyClassifiedByClass");
2 26 Feb 07 jari 969                 this.origNumInFiltTrgSetByClass = result.getIntArray("origNumInFiltTrgSetByClass");
2 26 Feb 07 jari 970                 
2 26 Feb 07 jari 971                 GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 972                 //info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 973                 info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 974                 info.hcl = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 975                 info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 976                 info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-experiments");
2 26 Feb 07 jari 977                 if(info.hcl)
2 26 Feb 07 jari 978                     info.hcl_method = params.getInt("method-linkage");
2 26 Feb 07 jari 979                 info.numClasses = numClasses;
2 26 Feb 07 jari 980                 info.numNeighbors = numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 981                 info.usedCorrelFilter = this.useCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 982                 if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 983                     info.correlPvalue = this.correlPValue;
2 26 Feb 07 jari 984                     info.numPerms = this.numPerms;
2 26 Feb 07 jari 985                 }
2 26 Feb 07 jari 986                 info.usedNumNeibs = (result.getParams()).getInt("usedNumNeibs");
2 26 Feb 07 jari 987                 
2 26 Feb 07 jari 988                 return createValidationResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 989             }  finally {
2 26 Feb 07 jari 990                 if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 991                     algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 992                 }
2 26 Feb 07 jari 993                 if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 994                     progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 995                 }
2 26 Feb 07 jari 996             }
2 26 Feb 07 jari 997         }
2 26 Feb 07 jari 998     }
2 26 Feb 07 jari 999     
2 26 Feb 07 jari 1000     
2 26 Feb 07 jari 1001     
2 26 Feb 07 jari 1002     
2 26 Feb 07 jari 1003     
2 26 Feb 07 jari 1004     
2 26 Feb 07 jari 1005     private DefaultMutableTreeNode createValidationResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1006         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 1007         if(classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 1008             root = new DefaultMutableTreeNode("KNNC Validation - genes");
2 26 Feb 07 jari 1009         else
2 26 Feb 07 jari 1010             root = new DefaultMutableTreeNode("KNNC Validation - samples");
2 26 Feb 07 jari 1011         addValidationExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 1012         addValidationHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 1013         addValidationCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 1014         addValidationTableViews(root);
2 26 Feb 07 jari 1015         addValidationInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 1016         addValidationGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 1017         return root;
2 26 Feb 07 jari 1018     }
2 26 Feb 07 jari 1019     
2 26 Feb 07 jari 1020     /**
2 26 Feb 07 jari 1021      * Creates a result tree to be inserted into the framework analysis node.
2 26 Feb 07 jari 1022      */
2 26 Feb 07 jari 1023     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1024         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 1025         if(classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 1026             root = new DefaultMutableTreeNode("KNNC - genes");
2 26 Feb 07 jari 1027         else
2 26 Feb 07 jari 1028             root = new DefaultMutableTreeNode("KNNC - samples");
2 26 Feb 07 jari 1029         addResultNodes(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 1030         return root;
2 26 Feb 07 jari 1031     }
2 26 Feb 07 jari 1032     
2 26 Feb 07 jari 1033     /**
2 26 Feb 07 jari 1034      * Adds result nodes into the tree root.
2 26 Feb 07 jari 1035      */
2 26 Feb 07 jari 1036     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1037         addExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 1038         addHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 1039         addCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 1040         addTableViews(root);
2 26 Feb 07 jari 1041         addClusterInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 1042         addValidationInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 1043         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 1044     }
2 26 Feb 07 jari 1045     
2 26 Feb 07 jari 1046     
2 26 Feb 07 jari 1047     private void addValidationTableViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1048         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 1049         IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 1050         if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1051             tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1052         } else {
2 26 Feb 07 jari 1053             tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1054         }
2 26 Feb 07 jari 1055         for (int i = 1; i < this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1056             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class " + String.valueOf(i), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1057         }
2 26 Feb 07 jari 1058         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", tabViewer, new Integer(0))));
2 26 Feb 07 jari 1059         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1060     }
2 26 Feb 07 jari 1061     
2 26 Feb 07 jari 1062     private void addTableViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1063         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 1064         IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 1065         DefaultMutableTreeNode[] nodeArray = new DefaultMutableTreeNode[4];
2 26 Feb 07 jari 1066         nodeArray[0] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1067         nodeArray[1] = new DefaultMutableTreeNode("Unused classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1068         nodeArray[2] = new DefaultMutableTreeNode("Classified");
2 26 Feb 07 jari 1069         nodeArray[3] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers + classified");
2 26 Feb 07 jari 1070         //nodeArray[4] = new DefaultMutableTreeNode("Unclassified");
2 26 Feb 07 jari 1071         if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1072             tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1073         } else {
2 26 Feb 07 jari 1074             tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1075             //return; //placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 1076             //expViewer = new KNNCExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1077         }
2 26 Feb 07 jari 1078         
2 26 Feb 07 jari 1079         for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1080             nodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1081         }
2 26 Feb 07 jari 1082         for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1083             nodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1084         }
2 26 Feb 07 jari 1085         for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1086             nodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1087         }
2 26 Feb 07 jari 1088         for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1089             nodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1090         }
2 26 Feb 07 jari 1091         
2 26 Feb 07 jari 1092         //nodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expViewer, new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1093         
2 26 Feb 07 jari 1094         for (int i = 0; i < nodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1095             node.add(nodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1096         }
2 26 Feb 07 jari 1097         
2 26 Feb 07 jari 1098         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", tabViewer, new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1099         
2 26 Feb 07 jari 1100         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1101     }
2 26 Feb 07 jari 1102     
2 26 Feb 07 jari 1103     private void addValidationExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1104         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 1105         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 1106         if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1107             expViewer = new KNNCExperimentViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1108         } else {
2 26 Feb 07 jari 1109             expViewer = new KNNCExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1110         }
2 26 Feb 07 jari 1111         
2 26 Feb 07 jari 1112         for (int i = 1; i < this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1113             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class " + String.valueOf(i), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1114         }
2 26 Feb 07 jari 1115         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", expViewer, new Integer(0))));
2 26 Feb 07 jari 1116         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1117     }
2 26 Feb 07 jari 1118     
2 26 Feb 07 jari 1119     /**
2 26 Feb 07 jari 1120      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 1121      */
2 26 Feb 07 jari 1122     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1123         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 1124         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 1125         DefaultMutableTreeNode[] nodeArray = new DefaultMutableTreeNode[4];
2 26 Feb 07 jari 1126         nodeArray[0] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1127         nodeArray[1] = new DefaultMutableTreeNode("Unused classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1128         nodeArray[2] = new DefaultMutableTreeNode("Classified");
2 26 Feb 07 jari 1129         nodeArray[3] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers + classified");
2 26 Feb 07 jari 1130         //nodeArray[4] = new DefaultMutableTreeNode("Unclassified");
2 26 Feb 07 jari 1131         if (classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1132             expViewer = new KNNCExperimentViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1133         } else {
2 26 Feb 07 jari 1134             expViewer = new KNNCExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1135         }
2 26 Feb 07 jari 1136         
2 26 Feb 07 jari 1137         for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1138             nodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1139         }
2 26 Feb 07 jari 1140         for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1141             nodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1142         }
2 26 Feb 07 jari 1143         for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1144             nodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1145         }
2 26 Feb 07 jari 1146         for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1147             nodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1148         }
2 26 Feb 07 jari 1149         
2 26 Feb 07 jari 1150         //nodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expViewer, new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1151         
2 26 Feb 07 jari 1152         for (int i = 0; i < nodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1153             node.add(nodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1154         }
2 26 Feb 07 jari 1155         
2 26 Feb 07 jari 1156         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expViewer, new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1157         
2 26 Feb 07 jari 1158         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1159     }
2 26 Feb 07 jari 1160     
2 26 Feb 07 jari 1161     
2 26 Feb 07 jari 1162     private void addValidationHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1163         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 1164             return;
2 26 Feb 07 jari 1165         }
2 26 Feb 07 jari 1166         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 1167         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 1168         int [][] clusters = null;
2 26 Feb 07 jari 1169         
2 26 Feb 07 jari 1170         if(!this.classifyGenes){
2 26 Feb 07 jari 1171             clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 1172             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1173                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 1174             }
2 26 Feb 07 jari 1175             if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 1176                 clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 1177         }
2 26 Feb 07 jari 1178         for (int i=1; i<nodeList.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1179             if(this.classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 1180                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1181             else
2 26 Feb 07 jari 1182                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1183         }
2 26 Feb 07 jari 1184         if (this.classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1185             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set", createHCLViewer(nodeList.getNode(0), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1186         } else
2 26 Feb 07 jari 1187             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set", createHCLViewer(nodeList.getNode(0), info, clusters), new Integer(0))));
2 26 Feb 07 jari 1188         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1189     }
2 26 Feb 07 jari 1190     
2 26 Feb 07 jari 1191     /**
2 26 Feb 07 jari 1192      * Adds nodes to display hierarchical trees.
2 26 Feb 07 jari 1193      */
2 26 Feb 07 jari 1194     private void addHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1195         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 1196             return;
2 26 Feb 07 jari 1197         }
2 26 Feb 07 jari 1198         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 1199         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 1200         int [][] clusters = null;
2 26 Feb 07 jari 1201         
2 26 Feb 07 jari 1202         DefaultMutableTreeNode[] nodeArray = new DefaultMutableTreeNode[4];
2 26 Feb 07 jari 1203         nodeArray[0] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1204         nodeArray[1] = new DefaultMutableTreeNode("Unused classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1205         nodeArray[2] = new DefaultMutableTreeNode("Classified");
2 26 Feb 07 jari 1206         nodeArray[3] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers + classified");
2 26 Feb 07 jari 1207         //nodeArray[4] = new DefaultMutableTreeNode("Unclassified");
2 26 Feb 07 jari 1208         
2 26 Feb 07 jari 1209         if(!this.classifyGenes){
2 26 Feb 07 jari 1210             clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 1211             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1212                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 1213             }
2 26 Feb 07 jari 1214             if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 1215                 clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 1216         }
2 26 Feb 07 jari 1217         //for (int i=0; i<nodeList.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1218         if(this.classifyGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1219             for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1220                 nodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1221             }
2 26 Feb 07 jari 1222             for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1223                 nodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1224             }
2 26 Feb 07 jari 1225             for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1226                 nodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1227             }
2 26 Feb 07 jari 1228             for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1229                 nodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1230             }
2 26 Feb 07 jari 1231             for (int i = 0; i < nodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1232                 node.add(nodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1233             }
2 26 Feb 07 jari 1234             //nodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", createHCLViewer(nodeList.getNode(4*numClasses), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1235             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", createHCLViewer(nodeList.getNode(4*numClasses), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1236             //node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 1237         }
2 26 Feb 07 jari 1238         else {
2 26 Feb 07 jari 1239             for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1240                 nodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1241             }
2 26 Feb 07 jari 1242             for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1243                 nodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1244             }
2 26 Feb 07 jari 1245             for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1246                 nodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1247             }
2 26 Feb 07 jari 1248             for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1249                 nodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1250             }
2 26 Feb 07 jari 1251             for (int i = 0; i < nodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1252                 node.add(nodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1253             }
2 26 Feb 07 jari 1254             
2 26 Feb 07 jari 1255             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", createHCLViewer(nodeList.getNode(4*numClasses), info, clusters), new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1256             //nodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", createHCLViewer(nodeList.getNode(4*numClasses), info, clusters), new Integer(4*numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1257             
2 26 Feb 07 jari 1258             
2 26 Feb 07 jari 1259             //node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1260         }
2 26 Feb 07 jari 1261         /*
2 26 Feb 07 jari 1262         for (int i = 0; i < nodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1263             node.add(nodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1264         }
2 26 Feb 07 jari 1265          */
2 26 Feb 07 jari 1266         //}
2 26 Feb 07 jari 1267         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1268     }
2 26 Feb 07 jari 1269     
2 26 Feb 07 jari 1270     /**
2 26 Feb 07 jari 1271      * Creates an <code>HCLViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 1272      */
2 26 Feb 07 jari 1273     private IViewer createHCLViewer(Node clusterNode, GeneralInfo info, int [][] sampleClusters) {
2 26 Feb 07 jari 1274         HCLTreeData genes_result = info.hcl_genes ? getResult(clusterNode, 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 1275         HCLTreeData samples_result = info.hcl_samples ? getResult(clusterNode, info.hcl_genes ? 4 : 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 1276         if(this.classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 1277             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 1278         else
2 26 Feb 07 jari 1279             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result, sampleClusters, true);
2 26 Feb 07 jari 1280     }
2 26 Feb 07 jari 1281     
2 26 Feb 07 jari 1282     /**
2 26 Feb 07 jari 1283      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 1284      */
2 26 Feb 07 jari 1285     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 1286         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 1287         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 1288         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 1289         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 1290         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 1291         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 1292         return data;
2 26 Feb 07 jari 1293     }
2 26 Feb 07 jari 1294     
2 26 Feb 07 jari 1295     /***************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 1296      * Code to order sample clustering results based on HCL runs.  sampleClusters contain an array
2 26 Feb 07 jari 1297      * of sample indices for each experiment cluster.  Note that these indicies are ordered in
2 26 Feb 07 jari 1298      * an order which matches HCL input matrix sample order so that HCL results (node-order) can
2 26 Feb 07 jari 1299      * be used to order leaf indices to match HCL samples results
2 26 Feb 07 jari 1300      */
2 26 Feb 07 jari 1301     private int [][] getOrderedIndices(NodeList nodeList, int [][] sampleClusters, boolean calcGeneHCL){
2 26 Feb 07 jari 1302         HCLTreeData result;
2 26 Feb 07 jari 1303         for(int i = 0; i < sampleClusters.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 1304             if(sampleClusters[i].length > 0){
2 26 Feb 07 jari 1305                 result = getResult(nodeList.getNode(i), calcGeneHCL ? 4 : 0);  //get sample Result
2 26 Feb 07 jari 1306                 sampleClusters[i] = getSampleOrder(result, sampleClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 1307             }
2 26 Feb 07 jari 1308         }
2 26 Feb 07 jari 1309         return sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 1310     }
2 26 Feb 07 jari 1311     
2 26 Feb 07 jari 1312     private int[] getSampleOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 1313         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 1314     }
2 26 Feb 07 jari 1315     
2 26 Feb 07 jari 1316     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 1317         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 1318         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 1319         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 1320         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 1321     }
2 26 Feb 07 jari 1322     
2 26 Feb 07 jari 1323     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 1324         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1325             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 1326         }
2 26 Feb 07 jari 1327         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1328             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 1329         } else {
2 26 Feb 07 jari 1330             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 1331             pos++;
2 26 Feb 07 jari 1332         }
2 26 Feb 07 jari 1333         return pos;
2 26 Feb 07 jari 1334     }
2 26 Feb 07 jari 1335     
2 26 Feb 07 jari 1336     /****************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 1337      * End of Sample Cluster index ordering code
2 26 Feb 07 jari 1338      */
2 26 Feb 07 jari 1339     
2 26 Feb 07 jari 1340     /**
2 26 Feb 07 jari 1341      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 1342      */
2 26 Feb 07 jari 1343     
2 26 Feb 07 jari 1344     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1345         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 1346         if(this.classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 1347             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Classes (#,%)", new KNNCInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfGenes(), numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1348         else
2 26 Feb 07 jari 1349             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Samples in Classes (#,%)", new KNNCInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), false, numClasses))));
2 26 Feb 07 jari 1350         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1351     }
2 26 Feb 07 jari 1352     
2 26 Feb 07 jari 1353     private void addValidationInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1354         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Validation Information", new KNNCValidationInfoViewer(origNumInFiltTrgSetByClass, numberCorrectlyClassifiedByClass, numberIncorrectlyClassifiedByClass)));
2 26 Feb 07 jari 1355         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1356     }
2 26 Feb 07 jari 1357     
2 26 Feb 07 jari 1358     
2 26 Feb 07 jari 1359     private void addValidationCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1360         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1361         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1362         
2 26 Feb 07 jari 1363         KNNCCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1364         ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1365         
2 26 Feb 07 jari 1366         
2 26 Feb 07 jari 1367         int[][] shuffledClusters = new int[clusters.length][];
2 26 Feb 07 jari 1368         for (int i = 0; i < clusters.length - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1369             shuffledClusters[i] = clusters[i + 1];
2 26 Feb 07 jari 1370         }
2 26 Feb 07 jari 1371         shuffledClusters[clusters.length - 1] = clusters[0];
2 26 Feb 07 jari 1372         
2 26 Feb 07 jari 1373         FloatMatrix shuffledMeans = new FloatMatrix(means.getRowDimension(), means.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 1374         FloatMatrix shuffledVariances = new FloatMatrix(variances.getRowDimension(), variances.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 1375         
2 26 Feb 07 jari 1376         for (int i = 0; i  < clusters.length - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1377             shuffledMeans.A[i] = means.A[i + 1];
2 26 Feb 07 jari 1378             shuffledVariances.A[i] = variances.A[i + 1];
2 26 Feb 07 jari 1379         }
2 26 Feb 07 jari 1380         
2 26 Feb 07 jari 1381         shuffledMeans.A[clusters.length - 1] = means.A[0];
2 26 Feb 07 jari 1382         shuffledVariances.A[clusters.length - 1] = variances.A[0];
2 26 Feb 07 jari 1383         
2 26 Feb 07 jari 1384         if(classifyGenes){
2 26 Feb 07 jari 1385             centroidViewer = new KNNCCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1386             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1387             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1388             for (int i=1; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1389                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1390                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1391             }
2 26 Feb 07 jari 1392             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", centroidViewer, new CentroidUserObject(0, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1393             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", centroidViewer, new CentroidUserObject(0, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1394             
2 26 Feb 07 jari 1395             
2 26 Feb 07 jari 1396             KNNCCentroidsViewer centroidsViewer = new KNNCCentroidsViewer(this.experiment, shuffledClusters);
2 26 Feb 07 jari 1397             centroidsViewer.setMeans(shuffledMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 1398             centroidsViewer.setVariances(shuffledVariances.A);
2 26 Feb 07 jari 1399             
2 26 Feb 07 jari 1400             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1401             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1402             
2 26 Feb 07 jari 1403         }
2 26 Feb 07 jari 1404         else{
2 26 Feb 07 jari 1405             expCentroidViewer = new KNNCExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1406             
2 26 Feb 07 jari 1407             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1408             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1409             for (int i=1; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1410                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1411                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1412             }
2 26 Feb 07 jari 1413             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(0, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1414             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Not in training set ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(0, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1415             
2 26 Feb 07 jari 1416             KNNCExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new KNNCExperimentCentroidsViewer(this.experiment, shuffledClusters);
2 26 Feb 07 jari 1417             expCentroidsViewer.setMeans(shuffledMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 1418             expCentroidsViewer.setVariances(shuffledVariances.A);
2 26 Feb 07 jari 1419             
2 26 Feb 07 jari 1420             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1421             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1422             
2 26 Feb 07 jari 1423             
2 26 Feb 07 jari 1424         }
2 26 Feb 07 jari 1425         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 1426         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 1427     }
2 26 Feb 07 jari 1428     
2 26 Feb 07 jari 1429     /**
2 26 Feb 07 jari 1430      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 1431      */
2 26 Feb 07 jari 1432     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 1433         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1434         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1435         
2 26 Feb 07 jari 1436         KNNCCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1437         ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1438         
2 26 Feb 07 jari 1439         DefaultMutableTreeNode[] centroidNodeArray = new DefaultMutableTreeNode[4];
2 26 Feb 07 jari 1440         DefaultMutableTreeNode[] expressionNodeArray = new DefaultMutableTreeNode[4];
2 26 Feb 07 jari 1441         
2 26 Feb 07 jari 1442         centroidNodeArray[0] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1443         centroidNodeArray[1] = new DefaultMutableTreeNode("Unused classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1444         centroidNodeArray[2] = new DefaultMutableTreeNode("Classified");
2 26 Feb 07 jari 1445         centroidNodeArray[3] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers + classified");
2 26 Feb 07 jari 1446         //centroidNodeArray[4] = new DefaultMutableTreeNode("Unclassified");
2 26 Feb 07 jari 1447         //centroidNodeArray[5] = new DefaultMutableTreeNode("All");
2 26 Feb 07 jari 1448         
2 26 Feb 07 jari 1449         expressionNodeArray[0] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1450         expressionNodeArray[1] = new DefaultMutableTreeNode("Unused classifiers");
2 26 Feb 07 jari 1451         expressionNodeArray[2] = new DefaultMutableTreeNode("Classified");
2 26 Feb 07 jari 1452         expressionNodeArray[3] = new DefaultMutableTreeNode("Used classifiers + classified");
2 26 Feb 07 jari 1453         //expressionNodeArray[4] = new DefaultMutableTreeNode("Unclassified");
2 26 Feb 07 jari 1454         //expressionNodeArray[5] = new DefaultMutableTreeNode("All");
2 26 Feb 07 jari 1455         
2 26 Feb 07 jari 1456         if(classifyGenes){
2 26 Feb 07 jari 1457             centroidViewer = new KNNCCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1458             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1459             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1460             
2 26 Feb 07 jari 1461             for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1462                 centroidNodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1463                 expressionNodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1464             }
2 26 Feb 07 jari 1465             for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1466                 centroidNodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1467                 expressionNodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1468             }
2 26 Feb 07 jari 1469             for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1470                 centroidNodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1471                 expressionNodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 -2*numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1472             }
2 26 Feb 07 jari 1473             for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1474                 centroidNodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1475                 expressionNodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1476             }
2 26 Feb 07 jari 1477             
2 26 Feb 07 jari 1478             //centroidNodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", centroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1479             //expressionNodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", centroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1480              /*
2 26 Feb 07 jari 1481             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1482                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1483                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1484             }
2 26 Feb 07 jari 1485               */
2 26 Feb 07 jari 1486             
2 26 Feb 07 jari 1487             KNNCCentroidsViewer centroidsViewer = new KNNCCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1488             centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1489             centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1490             
2 26 Feb 07 jari 1491             for (int i = 0; i < centroidNodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1492                 centroidNode.add(centroidNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1493                 expressionNode.add(expressionNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1494             }
2 26 Feb 07 jari 1495             
2 26 Feb 07 jari 1496             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", centroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1497             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", centroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1498             
2 26 Feb 07 jari 1499             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All ", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1500             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All ", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1501             
2 26 Feb 07 jari 1502         }
2 26 Feb 07 jari 1503         else{
2 26 Feb 07 jari 1504             expCentroidViewer = new KNNCExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1505             
2 26 Feb 07 jari 1506             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1507             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1508             for (int i =0; i < numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1509                 centroidNodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1510                 expressionNodeArray[0].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1511             }
2 26 Feb 07 jari 1512             for (int i = numClasses; i < 2*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1513                 centroidNodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1514                 expressionNodeArray[1].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1515             }
2 26 Feb 07 jari 1516             for (int i =2*numClasses; i < 3*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1517                 centroidNodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 2*numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1518                 expressionNodeArray[2].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 -2*numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1519             }
2 26 Feb 07 jari 1520             for (int i =3*numClasses; i < 4*numClasses; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1521                 centroidNodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1522                 expressionNodeArray[3].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Class "+String.valueOf(i+1 - 3*numClasses), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1523             }
2 26 Feb 07 jari 1524             
2 26 Feb 07 jari 1525             //centroidNodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1526             //expressionNodeArray[4].add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1527             
2 26 Feb 07 jari 1528             /*
2 26 Feb 07 jari 1529             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1530                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1531                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1532             }
2 26 Feb 07 jari 1533              */
2 26 Feb 07 jari 1534             KNNCExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new KNNCExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1535             expCentroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 1536             expCentroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1537             
2 26 Feb 07 jari 1538             for (int i = 0; i < centroidNodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1539                 centroidNode.add(centroidNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1540                 expressionNode.add(expressionNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1541             }
2 26 Feb 07 jari 1542             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1543             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unclassified ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(4*numClasses, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1544             
2 26 Feb 07 jari 1545             
2 26 Feb 07 jari 1546             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All ", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1547             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All ", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1548             
2 26 Feb 07 jari 1549             
2 26 Feb 07 jari 1550         }
2 26 Feb 07 jari 1551         /*
2 26 Feb 07 jari 1552         for (int i = 0; i < centroidNodeArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1553             centroidNode.add(centroidNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1554             expressionNode.add(expressionNodeArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 1555         }
2 26 Feb 07 jari 1556          */
2 26 Feb 07 jari 1557         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 1558         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 1559     }
2 26 Feb 07 jari 1560     
2 26 Feb 07 jari 1561     /**
2 26 Feb 07 jari 1562      * Adds node with general iformation.
2 26 Feb 07 jari 1563      */
2 26 Feb 07 jari 1564     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1565         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 1566         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Original total data set size: " + info.origDataSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1567         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Original training set size: " + info.origClassSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1568         
2 26 Feb 07 jari 1569         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Used variance filter: " + info.usedVarFilter));
2 26 Feb 07 jari 1570         if (useVarianceFilter) {
2 26 Feb 07 jari 1571             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Total data set size after var. filtering: " + info.numVarFiltered));
2 26 Feb 07 jari 1572             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Var. filtered training set size: " + info.postVarClassSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1573             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Size of set to classify after var. filtering: " + info.postVarDataSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1574         }
2 26 Feb 07 jari 1575         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Used correlation filter: " + info.usedCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 1576         if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 1577             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Threshold p-value: " + info.correlPvalue));
2 26 Feb 07 jari 1578             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Number of permutations: " + info.numPerms));
2 26 Feb 07 jari 1579             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Size of set to classify after corr. filtering: " + info.postCorrDataSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1580         }
2 26 Feb 07 jari 1581         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Num. classes: " + info.numClasses));
2 26 Feb 07 jari 1582         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Input num. neighbors: " + info.numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 1583         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Num. neighbors used: " + info.usedNumNeibs));
2 26 Feb 07 jari 1584         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 1585         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 1586         //node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 1587         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1588     }
2 26 Feb 07 jari 1589     
2 26 Feb 07 jari 1590     private void addValidationGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 1591         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 1592         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Used correlation filter: " + info.usedCorrelFilter));
2 26 Feb 07 jari 1593         if (useCorrelFilter) {
2 26 Feb 07 jari 1594             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Threshold p-value: " + info.correlPvalue));
2 26 Feb 07 jari 1595             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Number of permutations: " + info.numPerms));
2 26 Feb 07 jari 1596             //node.add(new DefaultMutableTreeNode("Size of set to classify after corr. filtering: " + info.postCorrDataSetSize));
2 26 Feb 07 jari 1597         }
2 26 Feb 07 jari 1598         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Num. classes: " + info.numClasses));
2 26 Feb 07 jari 1599         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Input num. neighbors: " + info.numNeighbors));
2 26 Feb 07 jari 1600         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Num. neighbors used: " + info.usedNumNeibs));
2 26 Feb 07 jari 1601         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 1602         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 1603         //node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 1604         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1605     }
2 26 Feb 07 jari 1606     
2 26 Feb 07 jari 1607     /**
2 26 Feb 07 jari 1608      * The class to listen to progress, monitor and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 1609      */
2 26 Feb 07 jari 1610     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 1611         
2 26 Feb 07 jari 1612         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1613             switch (event.getId()) {
2 26 Feb 07 jari 1614                 case AlgorithmEvent.SET_UNITS:
2 26 Feb 07 jari 1615                     progress.setUnits(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 1616                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 1617                     break;
2 26 Feb 07 jari 1618                 case AlgorithmEvent.PROGRESS_VALUE:
2 26 Feb 07 jari 1619                     progress.setValue(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 1620                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 1621                     break;
2 26 Feb 07 jari 1622                 case AlgorithmEvent.MONITOR_VALUE:
2 26 Feb 07 jari 1623                     int value = event.getIntValue();
2 26 Feb 07 jari 1624                     if (value == -1) {
2 26 Feb 07 jari 1625                         //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1626                     } else {
2 26 Feb 07 jari 1627                         //monitor.update(value);
2 26 Feb 07 jari 1628                     }
2 26 Feb 07 jari 1629                     break;
2 26 Feb 07 jari 1630             }
2 26 Feb 07 jari 1631         }
2 26 Feb 07 jari 1632         
2 26 Feb 07 jari 1633         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1634             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1635             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 1636                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 1637                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1638                 //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1639             }
2 26 Feb 07 jari 1640         }
2 26 Feb 07 jari 1641         
2 26 Feb 07 jari 1642         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1643             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 1644             progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1645             //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1646         }
2 26 Feb 07 jari 1647     }
2 26 Feb 07 jari 1648     
2 26 Feb 07 jari 1649     // the general info structure
2 26 Feb 07 jari 1650     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 1651         
2 26 Feb 07 jari 1652         public long time;
2 26 Feb 07 jari 1653         public String function;
2 26 Feb 07 jari 1654         
2 26 Feb 07 jari 1655         private boolean hcl;
2 26 Feb 07 jari 1656         private int hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 1657         private boolean hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 1658         private boolean hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 1659         
2 26 Feb 07 jari 1660         private int numClasses, numNeighbors, numVarFiltered, numPerms, usedNumNeibs, postVarClassSetSize, postVarDataSetSize, postCorrDataSetSize;
2 26 Feb 07 jari 1661         private int origDataSetSize, origClassSetSize;
2 26 Feb 07 jari 1662         private boolean usedVarFilter, usedCorrelFilter;
2 26 Feb 07 jari 1663         private double correlPvalue;
2 26 Feb 07 jari 1664         
2 26 Feb 07 jari 1665         public String getMethodName() {
2 26 Feb 07 jari 1666             return hcl ? HCLGUI.GeneralInfo.getMethodName(hcl_method) : "no linkage";
2 26 Feb 07 jari 1667         }
2 26 Feb 07 jari 1668         
2 26 Feb 07 jari 1669     }
2 26 Feb 07 jari 1670     
2 26 Feb 07 jari 1671 }
2 26 Feb 07 jari 1672
2 26 Feb 07 jari 1673
2 26 Feb 07 jari 1674
2 26 Feb 07 jari 1675
2 26 Feb 07 jari 1676
2 26 Feb 07 jari 1677
2 26 Feb 07 jari 1678
2 26 Feb 07 jari 1679
2 26 Feb 07 jari 1680
2 26 Feb 07 jari 1681
2 26 Feb 07 jari 1682
2 26 Feb 07 jari 1683
2 26 Feb 07 jari 1684
2 26 Feb 07 jari 1685
2 26 Feb 07 jari 1686
2 26 Feb 07 jari 1687
2 26 Feb 07 jari 1688
2 26 Feb 07 jari 1689
2 26 Feb 07 jari 1690
2 26 Feb 07 jari 1691

Generated on Thu Jul 20 09:27:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)