mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/knnc/KNNCInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * KNNCInitDialog.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on September 3, 2003, 2:32 PM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.knnc;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JComboBox;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JTabbedPane;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.HCLSelectionPanel;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42 /**
2 26 Feb 07 jari 43  *
2 26 Feb 07 jari 44  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 45  */
2 26 Feb 07 jari 46 public class KNNCInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 47     
2 26 Feb 07 jari 48     boolean okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 49     JRadioButton genesButton, expsButton, createNewTrgSetButton, useExistTrgSetButton, trgSetFromCurrent, trgSetNotFromCurrent;
2 26 Feb 07 jari 50     JButton classEditorButton, browseTrgFileButton, previewTrgSetButton;
2 26 Feb 07 jari 51     JCheckBox useVarianceFilterBox, useCorrelFilterBox;
2 26 Feb 07 jari 52     JTextField numGenesField, pValueField, numClassesField, numNeighborsField, pathFileField;
2 26 Feb 07 jari 53     JComboBox annotSelectBox;
2 26 Feb 07 jari 54     JLabel varLabel, corrLabel, pathLabel, questionLabel;
2 26 Feb 07 jari 55     JPanel trgSetSpecPanel;
2 26 Feb 07 jari 56     JTabbedPane classifyOrValidatePane;
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     HCLSelectionPanel hclOpsPanel;
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 61     Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 62     KNNClassificationEditor knnEditor;
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     int numExps, numGenes;
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /** Creates a new instance of KNNCInitDialog */
2 26 Feb 07 jari 67     public KNNCInitDialog(JFrame parentFrame, boolean modality, IFramework framework_1) {
2 26 Feb 07 jari 68         super(parentFrame, "KNN Classification", modality);
2 26 Feb 07 jari 69         setBounds(0, 0, 550, 800);
2 26 Feb 07 jari 70         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 71         setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
2 26 Feb 07 jari 72         
2 26 Feb 07 jari 73         this.framework = framework_1;
2 26 Feb 07 jari 74         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 75         this.knnEditor = new KNNClassificationEditor(framework, true, 5);
2 26 Feb 07 jari 76         
2 26 Feb 07 jari 77         numExps = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 78         numGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 81         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 82         //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 83         
2 26 Feb 07 jari 84         JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 85         mainPanel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 86         
2 26 Feb 07 jari 87         JPanel classifyPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 88         GridBagLayout classGrid = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 89         classifyPanel.setLayout(classGrid);
2 26 Feb 07 jari 90         
2 26 Feb 07 jari 91         
2 26 Feb 07 jari 92         JPanel genesOrExpsPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 93         genesOrExpsPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 94         genesOrExpsPanel.setBorder(new TitledBorder("Classify genes or samples"));
2 26 Feb 07 jari 95         GridBagLayout grid1 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 96         genesOrExpsPanel.setLayout(grid1);
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         genesButton = new JRadioButton("Classify genes", true);
2 26 Feb 07 jari 99         genesButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 100         expsButton = new JRadioButton("Classify samples", false);
2 26 Feb 07 jari 101         expsButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 102         ButtonGroup genesOrExpsGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 103         genesOrExpsGroup.add(genesButton);
2 26 Feb 07 jari 104         genesOrExpsGroup.add(expsButton);
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 100);
2 26 Feb 07 jari 107         grid1.setConstraints(genesButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 108         genesOrExpsPanel.add(genesButton);
2 26 Feb 07 jari 109         
2 26 Feb 07 jari 110         buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 111         grid1.setConstraints(expsButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 112         genesOrExpsPanel.add(expsButton);
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 115         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 116         classGrid.setConstraints(genesOrExpsPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 117         classifyPanel.add(genesOrExpsPanel);
2 26 Feb 07 jari 118         
2 26 Feb 07 jari 119         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 120         
2 26 Feb 07 jari 121         JPanel variancePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 122         variancePanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 123         variancePanel.setBorder(new TitledBorder("Variance filter"));
2 26 Feb 07 jari 124         GridBagLayout grid3 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 125         variancePanel.setLayout(grid3);
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         useVarianceFilterBox = new JCheckBox("Use variance filter (if unchecked, use all vectors)", false);
2 26 Feb 07 jari 128         useVarianceFilterBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 129         varLabel = new JLabel("Use only the following number of highest-variance vectors: ");
2 26 Feb 07 jari 130         varLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 131         numGenesField = new JTextField("1000",7);
2 26 Feb 07 jari 132         numGenesField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 133         numGenesField.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 134         
2 26 Feb 07 jari 135         useVarianceFilterBox.addItemListener(new ItemListener() {
2 26 Feb 07 jari 136             public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 137                 if (evt.getStateChange() == ItemEvent.DESELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 138                     varLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 139                     numGenesField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 140                     numGenesField.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 141                 } else {
2 26 Feb 07 jari 142                     varLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 143                     numGenesField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 144                     numGenesField.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 145                 }
2 26 Feb 07 jari 146             }
2 26 Feb 07 jari 147         });
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 150         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 50);
2 26 Feb 07 jari 151         grid3.setConstraints(useVarianceFilterBox, constraints);
2 26 Feb 07 jari 152         variancePanel.add(useVarianceFilterBox);
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         //JLabel varLabel = new JLabel("Use only the following number of highest-variance vectors: ");
2 26 Feb 07 jari 155         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 70, 50);
2 26 Feb 07 jari 156         grid3.setConstraints(varLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 157         variancePanel.add(varLabel);
2 26 Feb 07 jari 158         
2 26 Feb 07 jari 159         //numGenesField = new JTextField(7);
2 26 Feb 07 jari 160         buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 30, 0);
2 26 Feb 07 jari 161         grid3.setConstraints(numGenesField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 162         variancePanel.add(numGenesField);
2 26 Feb 07 jari 163         
2 26 Feb 07 jari 164         //constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 165         
2 26 Feb 07 jari 166         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 167         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 168         classGrid.setConstraints(variancePanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 169         classifyPanel.add(variancePanel);
2 26 Feb 07 jari 170         
2 26 Feb 07 jari 171         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 172         
2 26 Feb 07 jari 173         
2 26 Feb 07 jari 174         JPanel correlPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 175         correlPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 176         correlPanel.setBorder(new TitledBorder("Correlation filter"));
2 26 Feb 07 jari 177         GridBagLayout grid2 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 178         correlPanel.setLayout(grid2);
2 26 Feb 07 jari 179         
2 26 Feb 07 jari 180         useCorrelFilterBox = new JCheckBox("Use correlation filter", false);
2 26 Feb 07 jari 181         useCorrelFilterBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 182         corrLabel = new JLabel("Cutoff p-value for correlation: ");
2 26 Feb 07 jari 183         corrLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 184         pValueField = new JTextField("0.01",7);
2 26 Feb 07 jari 185         pValueField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 186         pValueField.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 187         
2 26 Feb 07 jari 188         useCorrelFilterBox.addItemListener(new ItemListener() {
2 26 Feb 07 jari 189             public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 190                 if (evt.getStateChange() == ItemEvent.DESELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 191                     corrLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 192                     pValueField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 193                     pValueField.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 194                 } else {
2 26 Feb 07 jari 195                     corrLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 196                     pValueField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 197                     pValueField.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 198                 }
2 26 Feb 07 jari 199             }
2 26 Feb 07 jari 200         });
2 26 Feb 07 jari 201         
2 26 Feb 07 jari 202         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 50);
2 26 Feb 07 jari 203         grid2.setConstraints(useCorrelFilterBox, constraints);
2 26 Feb 07 jari 204         correlPanel.add(useCorrelFilterBox);
2 26 Feb 07 jari 205         
2 26 Feb 07 jari 206         //corrLabel = new JLabel("Cutoff p-value for correlation: ");
2 26 Feb 07 jari 207         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 70, 50);
2 26 Feb 07 jari 208         grid2.setConstraints(corrLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 209         correlPanel.add(corrLabel);
2 26 Feb 07 jari 210         
2 26 Feb 07 jari 211         //pValueField = new JTextField(7);
2 26 Feb 07 jari 212         buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 30, 0);
2 26 Feb 07 jari 213         grid2.setConstraints(pValueField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 214         correlPanel.add(pValueField);
2 26 Feb 07 jari 215         
2 26 Feb 07 jari 216         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 217         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 218         classGrid.setConstraints(correlPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 219         classifyPanel.add(correlPanel);
2 26 Feb 07 jari 220         
2 26 Feb 07 jari 221         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 222         
2 26 Feb 07 jari 223         
2 26 Feb 07 jari 224         JPanel knnParamPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 225         knnParamPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 226         knnParamPanel.setBorder(new TitledBorder("KNN classification parameters"));
2 26 Feb 07 jari 227         GridBagLayout grid4 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 228         knnParamPanel.setLayout(grid4);
2 26 Feb 07 jari 229         
2 26 Feb 07 jari 230         JLabel numClassesLabel = new JLabel("Number of classes");
2 26 Feb 07 jari 231         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 50);
2 26 Feb 07 jari 232         grid4.setConstraints(numClassesLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 233         knnParamPanel.add(numClassesLabel);
2 26 Feb 07 jari 234         
2 26 Feb 07 jari 235         numClassesField = new JTextField("5", 7);
2 26 Feb 07 jari 236         buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 237         grid4.setConstraints(numClassesField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 238         knnParamPanel.add(numClassesField);
2 26 Feb 07 jari 239         
2 26 Feb 07 jari 240         JLabel numNeighborsLabel = new JLabel("Number of neighbors");
2 26 Feb 07 jari 241         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 50, 50);
2 26 Feb 07 jari 242         grid4.setConstraints(numNeighborsLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 243         knnParamPanel.add(numNeighborsLabel);
2 26 Feb 07 jari 244         
2 26 Feb 07 jari 245         numNeighborsField = new JTextField("3", 7);
2 26 Feb 07 jari 246         buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 247         grid4.setConstraints(numNeighborsField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 248         knnParamPanel.add(numNeighborsField);
2 26 Feb 07 jari 249         
2 26 Feb 07 jari 250         buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 251         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 252         classGrid.setConstraints(knnParamPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 253         classifyPanel.add(knnParamPanel);
2 26 Feb 07 jari 254         
2 26 Feb 07 jari 255         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         JPanel makeTrainingSetPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 259         makeTrainingSetPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 260         makeTrainingSetPanel.setBorder(new TitledBorder("Create / import training set"));
2 26 Feb 07 jari 261         GridBagLayout grid5 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 262         makeTrainingSetPanel.setLayout(grid5);
2 26 Feb 07 jari 263         
2 26 Feb 07 jari 264         trgSetSpecPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 265         trgSetSpecPanel.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 266         trgSetSpecPanel.setBorder(new TitledBorder("Training file specifications"));
2 26 Feb 07 jari 267         GridBagLayout grid6 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 268         trgSetSpecPanel.setLayout(grid6);
2 26 Feb 07 jari 269         
2 26 Feb 07 jari 270         questionLabel = new JLabel("Was training file created from current data set?");
2 26 Feb 07 jari 271         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 272         grid6.setConstraints(questionLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 273         trgSetSpecPanel.add(questionLabel);
2 26 Feb 07 jari 274         
2 26 Feb 07 jari 275         String[] annotFields = {"field1", "field2", "field3", "field4"}; // for now
2 26 Feb 07 jari 276         annotSelectBox = new JComboBox(annotFields);
2 26 Feb 07 jari 277         annotSelectBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         trgSetFromCurrent = new JRadioButton("Yes", true);
2 26 Feb 07 jari 280         trgSetFromCurrent.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 281         trgSetNotFromCurrent = new JRadioButton("No - select annotation column of current data set to match to: ", false);
2 26 Feb 07 jari 282         trgSetNotFromCurrent.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 283         
2 26 Feb 07 jari 284         trgSetFromCurrent.addItemListener(new ItemListener() {
2 26 Feb 07 jari 285             public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 286                 if (evt.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 287                     annotSelectBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 288                 } else {
2 26 Feb 07 jari 289                     annotSelectBox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 290                 }
2 26 Feb 07 jari 291             }
2 26 Feb 07 jari 292         });
2 26 Feb 07 jari 293         
2 26 Feb 07 jari 294         ButtonGroup currentOrNot = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 295         currentOrNot.add(trgSetFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 296         currentOrNot.add(trgSetNotFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 297         
2 26 Feb 07 jari 298         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 299         grid6.setConstraints(trgSetFromCurrent, constraints);
2 26 Feb 07 jari 300         trgSetSpecPanel.add(trgSetFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 301         
2 26 Feb 07 jari 302         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 80, 25);
2 26 Feb 07 jari 303         grid6.setConstraints(trgSetNotFromCurrent, constraints);
2 26 Feb 07 jari 304         trgSetSpecPanel.add(trgSetNotFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 305         
2 26 Feb 07 jari 306         //String[] annotFields = {"field1", "field2", "field3", "field4"}; // for now
2 26 Feb 07 jari 307         //annotSelectBox = new JComboBox(annotFields);
2 26 Feb 07 jari 308         buildConstraints(constraints, 1, 2, 1, 1, 20, 0);
2 26 Feb 07 jari 309         grid6.setConstraints(annotSelectBox, constraints);
2 26 Feb 07 jari 310         trgSetSpecPanel.add(annotSelectBox);
2 26 Feb 07 jari 311         
2 26 Feb 07 jari 312         previewTrgSetButton = new JButton("View / modify training set assignments from file");
2 26 Feb 07 jari 313         constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 314         buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 315         grid6.setConstraints(previewTrgSetButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 316         trgSetSpecPanel.add(previewTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 317         
2 26 Feb 07 jari 318         
2 26 Feb 07 jari 319         
2 26 Feb 07 jari 320         createNewTrgSetButton = new JRadioButton("Create new training set from data   >>", true);
2 26 Feb 07 jari 321         createNewTrgSetButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 322         useExistTrgSetButton = new JRadioButton("Use previously created training set from file   >>", false);
2 26 Feb 07 jari 323         useExistTrgSetButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 324         
2 26 Feb 07 jari 325         classEditorButton = new JButton("Classificaton editor ...");
2 26 Feb 07 jari 326         classEditorButton.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 327             public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 328                 knnEditor = new KNNClassificationEditor(framework, classifyGenes(), getNumClasses());
2 26 Feb 07 jari 329                 knnEditor.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 330             }
2 26 Feb 07 jari 331         });
2 26 Feb 07 jari 332         browseTrgFileButton = new JButton("Browse files ...");
2 26 Feb 07 jari 333         pathLabel = new JLabel("Selected file: ");
2 26 Feb 07 jari 334         pathFileField = new JTextField(80);
2 26 Feb 07 jari 335         
2 26 Feb 07 jari 336         browseTrgFileButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 337         pathLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 338         pathFileField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 339         questionLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 340         trgSetFromCurrent.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 341         trgSetNotFromCurrent.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 342         annotSelectBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 343         previewTrgSetButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 344         
2 26 Feb 07 jari 345         createNewTrgSetButton.addItemListener(new ItemListener() {
2 26 Feb 07 jari 346             public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 347                 if (evt.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 348                     trgSetSpecPanel.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 349                     browseTrgFileButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 350                     pathLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 351                     pathFileField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 352                     questionLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 353                     trgSetFromCurrent.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 354                     trgSetFromCurrent.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 355                     trgSetNotFromCurrent.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 356                     trgSetNotFromCurrent.setBackground(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 357                     annotSelectBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 358                     previewTrgSetButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 359                 } else {
2 26 Feb 07 jari 360                     trgSetSpecPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 361                     browseTrgFileButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 362                     pathLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 363                     pathFileField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 364                     questionLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 365                     trgSetFromCurrent.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 366                     trgSetFromCurrent.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 367                     trgSetNotFromCurrent.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 368                     trgSetNotFromCurrent.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 369                     if (trgSetFromCurrent.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 370                         annotSelectBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 371                     } else {
2 26 Feb 07 jari 372                         annotSelectBox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 373                     }
2 26 Feb 07 jari 374                     previewTrgSetButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 375                 }
2 26 Feb 07 jari 376             }
2 26 Feb 07 jari 377         });
2 26 Feb 07 jari 378         
2 26 Feb 07 jari 379         useExistTrgSetButton.addItemListener(new ItemListener() {
2 26 Feb 07 jari 380             public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 381                 if (evt.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) {
2 26 Feb 07 jari 382                     classEditorButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 383                 } else {
2 26 Feb 07 jari 384                     classEditorButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 385                 }
2 26 Feb 07 jari 386             }
2 26 Feb 07 jari 387         });
2 26 Feb 07 jari 388         
2 26 Feb 07 jari 389         ButtonGroup newOrExisting = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 390         newOrExisting.add(createNewTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 391         newOrExisting.add(useExistTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 392         
2 26 Feb 07 jari 393         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 50, 10);
2 26 Feb 07 jari 394         grid5.setConstraints(createNewTrgSetButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 395         makeTrainingSetPanel.add(createNewTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 396         
2 26 Feb 07 jari 397         //classEditorButton = new JButton("Classificaton editor ...");
2 26 Feb 07 jari 398         buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 399         grid5.setConstraints(classEditorButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 400         makeTrainingSetPanel.add(classEditorButton);
2 26 Feb 07 jari 401         
2 26 Feb 07 jari 402         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 50, 10);
2 26 Feb 07 jari 403         grid5.setConstraints(useExistTrgSetButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 404         makeTrainingSetPanel.add(useExistTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 405         
2 26 Feb 07 jari 406         //browseTrgFileButton = new JButton("Browse files ...");
2 26 Feb 07 jari 407         buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 408         grid5.setConstraints(browseTrgFileButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 409         makeTrainingSetPanel.add(browseTrgFileButton);
2 26 Feb 07 jari 410         
2 26 Feb 07 jari 411         //pathLabel = new JLabel("Selected file: ");
2 26 Feb 07 jari 412         constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 413         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 100, 5);
2 26 Feb 07 jari 414         grid5.setConstraints(pathLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 415         makeTrainingSetPanel.add(pathLabel);
2 26 Feb 07 jari 416         
2 26 Feb 07 jari 417         //pathFileField = new JTextField(60);
2 26 Feb 07 jari 418         pathFileField.setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 419         pathFileField.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 420         pathFileField.setText("No file currently selected");
2 26 Feb 07 jari 421         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 422         constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 423         buildConstraints(constraints, 0, 3, 2, 1, 100, 5);
2 26 Feb 07 jari 424         grid5.setConstraints(pathFileField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 425         makeTrainingSetPanel.add(pathFileField);
2 26 Feb 07 jari 426         
2 26 Feb 07 jari 427         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 428         //constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 429         
2 26 Feb 07 jari 430         /*
2 26 Feb 07 jari 431         JPanel trgSetSpecPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 432         trgSetSpecPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 433         trgSetSpecPanel.setBorder(new TitledBorder("Training file specifications"));
2 26 Feb 07 jari 434         GridBagLayout grid6 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 435         trgSetSpecPanel.setLayout(grid6);
2 26 Feb 07 jari 436          
2 26 Feb 07 jari 437         JLabel questionLabel = new JLabel("Was training file created from current data set?");
2 26 Feb 07 jari 438         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 439         grid6.setConstraints(questionLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 440         trgSetSpecPanel.add(questionLabel);
2 26 Feb 07 jari 441          
2 26 Feb 07 jari 442         trgSetFromCurrent = new JRadioButton("Yes", true);
2 26 Feb 07 jari 443         trgSetFromCurrent.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 444         trgSetNotFromCurrent = new JRadioButton("No - select annotation column of current data set to match to: ", false);
2 26 Feb 07 jari 445         trgSetNotFromCurrent.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 446         ButtonGroup currentOrNot = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 447         currentOrNot.add(trgSetFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 448         currentOrNot.add(trgSetNotFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 449          
2 26 Feb 07 jari 450         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 451         grid6.setConstraints(trgSetFromCurrent, constraints);
2 26 Feb 07 jari 452         trgSetSpecPanel.add(trgSetFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 453          
2 26 Feb 07 jari 454         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 80, 25);
2 26 Feb 07 jari 455         grid6.setConstraints(trgSetNotFromCurrent, constraints);
2 26 Feb 07 jari 456         trgSetSpecPanel.add(trgSetNotFromCurrent);
2 26 Feb 07 jari 457          
2 26 Feb 07 jari 458         String[] annotFields = {"field1", "field2", "field3", "field4"}; // for now
2 26 Feb 07 jari 459         annotSelectBox = new JComboBox(annotFields);
2 26 Feb 07 jari 460         buildConstraints(constraints, 1, 2, 1, 1, 20, 0);
2 26 Feb 07 jari 461         grid6.setConstraints(annotSelectBox, constraints);
2 26 Feb 07 jari 462         trgSetSpecPanel.add(annotSelectBox);
2 26 Feb 07 jari 463          
2 26 Feb 07 jari 464         previewTrgSetButton = new JButton("View / modify training set assignments from file");
2 26 Feb 07 jari 465         constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 466         buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 100, 25);
2 26 Feb 07 jari 467         grid6.setConstraints(previewTrgSetButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 468         trgSetSpecPanel.add(previewTrgSetButton);
2 26 Feb 07 jari 469          */
2 26 Feb 07 jari 470         
2 26 Feb 07 jari 471         buildConstraints(constraints, 0, 4, 2, 1, 100, 70);
2 26 Feb 07 jari 472         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 473         constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 474         grid5.setConstraints(trgSetSpecPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 475         makeTrainingSetPanel.add(trgSetSpecPanel);
2 26 Feb 07 jari 476         
2 26 Feb 07 jari 477         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 478         constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 479         
2 26 Feb 07 jari 480         buildConstraints(constraints, 0, 4, 1, 1, 100, 50);
2 26 Feb 07 jari 481         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 482         classGrid.setConstraints(makeTrainingSetPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 483         classifyPanel.add(makeTrainingSetPanel);
2 26 Feb 07 jari 484         
2 26 Feb 07 jari 485         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 486         
2 26 Feb 07 jari 487         hclOpsPanel = new HCLSelectionPanel();
2 26 Feb 07 jari 488         buildConstraints(constraints, 0, 5, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 489         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 490         classGrid.setConstraints(hclOpsPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 491         classifyPanel.add(hclOpsPanel);
2 26 Feb 07 jari 492         
2 26 Feb 07 jari 493         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 494         
2 26 Feb 07 jari 495         classifyOrValidatePane = new JTabbedPane();
2 26 Feb 07 jari 496         classifyOrValidatePane.add("Classify", classifyPanel);
2 26 Feb 07 jari 497         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 498         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 499         gridbag.setConstraints(classifyOrValidatePane, constraints);
2 26 Feb 07 jari 500         mainPanel.add(classifyOrValidatePane);
2 26 Feb 07 jari 501         
2 26 Feb 07 jari 502         constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 503         
2 26 Feb 07 jari 504         
2 26 Feb 07 jari 505         
2 26 Feb 07 jari 506         addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 507         EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 508         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 509         this.addWindowListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 510     }
2 26 Feb 07 jari 511     
2 26 Feb 07 jari 512     public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 513         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 514         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 515         
2 26 Feb 07 jari 516         super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 517     }
2 26 Feb 07 jari 518     
2 26 Feb 07 jari 519     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 520     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 521         
2 26 Feb 07 jari 522         gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 523         gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 524         gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 525         gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 526         gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 527         gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 528     }
2 26 Feb 07 jari 529     
2 26 Feb 07 jari 530     public boolean isOkPressed() {
2 26 Feb 07 jari 531         return okPressed;
2 26 Feb 07 jari 532     }
2 26 Feb 07 jari 533     
2 26 Feb 07 jari 534     public boolean drawTrees() {
2 26 Feb 07 jari 535         return this.hclOpsPanel.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 536     }
2 26 Feb 07 jari 537     
2 26 Feb 07 jari 538     public boolean classifyGenes() {
2 26 Feb 07 jari 539         return genesButton.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 540     }
2 26 Feb 07 jari 541     
2 26 Feb 07 jari 542     public int getNumClasses() {
2 26 Feb 07 jari 543         String s = numClassesField.getText();
2 26 Feb 07 jari 544         return Integer.parseInt(s);
2 26 Feb 07 jari 545     }
2 26 Feb 07 jari 546     
2 26 Feb 07 jari 547     public class EventListener extends WindowAdapter implements ActionListener{
2 26 Feb 07 jari 548         
2 26 Feb 07 jari 549         public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 550             String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 551             if(command.equals("ok-command")){
2 26 Feb 07 jari 552                 okPressed = true;
2 26 Feb 07 jari 553                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 554             } else if (command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 555                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 556                 genesButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 557                 expsButton.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 558                 useVarianceFilterBox.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 559                 useCorrelFilterBox.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 560                 numClassesField.setText("5");
2 26 Feb 07 jari 561                 numNeighborsField.setText("3");
2 26 Feb 07 jari 562                 trgSetFromCurrent.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 563                 createNewTrgSetButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 564                 annotSelectBox.setSelectedIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 565                 hclOpsPanel.setHCLSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 566             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 567                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 568                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 569             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 570                 
2 26 Feb 07 jari 571                 HelpWindow hw = new HelpWindow(KNNCInitDialog.this, "KNNC Parameter Selections");
2 26 Feb 07 jari 572                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 573                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 574                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 575                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 576                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 577                     return;
2 26 Feb 07 jari 578                 }
2 26 Feb 07 jari 579                 else {
2 26 Feb 07 jari 580                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 581                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 582                     return;
2 26 Feb 07 jari 583                 }
2 26 Feb 07 jari 584                 
2 26 Feb 07 jari 585             }
2 26 Feb 07 jari 586         }
2 26 Feb 07 jari 587         
2 26 Feb 07 jari 588     }
2 26 Feb 07 jari 589     
2 26 Feb 07 jari 590     public static void main(String[] args) {
2 26 Feb 07 jari 591         
2 26 Feb 07 jari 592       //  KNNCInitDialog kDialog = new KNNCInitDialog(new JFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 593       //  kDialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 594         
2 26 Feb 07 jari 595     }
2 26 Feb 07 jari 596     
2 26 Feb 07 jari 597 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)