mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/lem/LEMInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2006, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.lem;
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 15 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 16 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JTextPane;
2 26 Feb 07 jari 18
2 26 Feb 07 jari 19 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 /**
2 26 Feb 07 jari 22  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 23  * 
2 26 Feb 07 jari 24  * LEMInfoViewer displays text describing locus mapping
2 26 Feb 07 jari 25  */
2 26 Feb 07 jari 26 public class LEMInfoViewer extends ViewerAdapter {
2 26 Feb 07 jari 27     
2 26 Feb 07 jari 28     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 29     private JTextPane  content;
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JLabel label;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Constructs a <code>LEMInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 35      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public LEMInfoViewer(String locusField, String startField, String endField, boolean hasMultipleChr, String chrField, boolean useFileInput, String coordFileName,
2 26 Feb 07 jari 38       int totSpotCount, int lemSpotCount, int numberOfMappedSpots, String [] chrNames, int [] mappingCounts, int [] locusCounts) {      
2 26 Feb 07 jari 39         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 40         content = createContent(locusField, startField, endField, hasMultipleChr, chrField, useFileInput, coordFileName, totSpotCount, lemSpotCount, numberOfMappedSpots, chrNames, mappingCounts, locusCounts);
2 26 Feb 07 jari 41         setMaxWidth(content, header);        
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43         
2 26 Feb 07 jari 44     public LEMInfoViewer(JComponent content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 45       this.content = (JTextPane)content;
2 26 Feb 07 jari 46       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 47       setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     /**
2 26 Feb 07 jari 50      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 53       //return label;
2 26 Feb 07 jari 54       return content;
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     /**
2 26 Feb 07 jari 58      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 61         return header;
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 68         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 69         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 70         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 71         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 72         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 73         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' color='#000080'><h1>LEM Construction Summary<h1></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 74         return panel;
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private JTextPane createContent(String locusField, String startField, String endField, boolean hasMultipleChr, String chrField, boolean useFileInput, String coordFileName,
2 26 Feb 07 jari 81         int totSpotCount, int lemSpotCount, int numberOfMappedSpots, String [] chrNames, int [] mappingCounts, int [] locusCounts) {
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83       JTextPane area = new JTextPane();
2 26 Feb 07 jari 84         area.setContentType("text/html");
2 26 Feb 07 jari 85         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 86         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 87         Font font = new Font("Serif", Font.PLAIN, 10);
2 26 Feb 07 jari 88         area.setFont(font);
2 26 Feb 07 jari 89  
2 26 Feb 07 jari 90         String text = "<html><body><font face=\"sanserif\">";// color='#000080'>";
2 26 Feb 07 jari 91
2 26 Feb 07 jari 92         text += "<h2>Parameters</h2>";
2 26 Feb 07 jari 93         text += "<b>Locus ID Annotation Field:</b>"+locusField+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 94         text += "<b>Use Coordinate File:</b>"+(useFileInput?"Yes":"No")+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 95         if(useFileInput)
2 26 Feb 07 jari 96             text += "<b>Coordinate File:</b>"+coordFileName+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98         text += "<b>Multiple Chromosomes Indicated:</b>"+(hasMultipleChr?"Yes":"No")+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 99                 
2 26 Feb 07 jari 100         if(!useFileInput) {
2 26 Feb 07 jari 101           if(hasMultipleChr)
2 26 Feb 07 jari 102                 text += "<b>Chromosome ID Annotation Field:</b>"+chrField+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 103             
2 26 Feb 07 jari 104           text += "<b>5' End Annotation Field:</b>"+startField+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 105             text += "<b>3' End Annotation Field:</b>"+endField+"<br>";          
2 26 Feb 07 jari 106         }
2 26 Feb 07 jari 107         
2 26 Feb 07 jari 108         text += "<h2>Global Mapping Information</h2>";
2 26 Feb 07 jari 109         if(totSpotCount != lemSpotCount) {
2 26 Feb 07 jari 110             text += "<b>Number of Spots Loaded in MeV: </b>"+String.valueOf(totSpotCount)+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 111           text += "<b>Number of Spots Entering LEM (after filtering): </b>"+String.valueOf(lemSpotCount)+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 112         } else {
2 26 Feb 07 jari 113           text += "<b>Number of Spots Entering LEM: </b>"+String.valueOf(lemSpotCount)+"<br>";          
2 26 Feb 07 jari 114         }
2 26 Feb 07 jari 115         
2 26 Feb 07 jari 116         text += "<b>Number of Spots Mapped to Loci: </b>"+String.valueOf(numberOfMappedSpots)+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 117         text += "<b>Fraction of Spots Mapped to Loci: </b>"+String.valueOf((numberOfMappedSpots)/(float)lemSpotCount)+"<br>";        
2 26 Feb 07 jari 118         text += "<b>Number of Unique Chromosome IDs: </b>"+String.valueOf(locusCounts.length)+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         text += "<h2>Chromosomal Mapping Information</h2>";
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         for(int i = 0; i < chrNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 123           text += "<b>Chromosome ID:</b>"+(String)chrNames[i]+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 124           text += "<b>Number of Unique Locus IDs Found:</b>"+String.valueOf(locusCounts[i])+"<br>";
2 26 Feb 07 jari 125           text += "<b>Number of Spots Mapped to Loci on Chromosome:</b>"+String.valueOf(mappingCounts[i])+"<br><br>";
2 26 Feb 07 jari 126         }
2 26 Feb 07 jari 127         
2 26 Feb 07 jari 128         text += "</font></body></html>";
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         area.setText(text);
2 26 Feb 07 jari 131         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 132         
2 26 Feb 07 jari 133         label = new JLabel(text);
2 26 Feb 07 jari 134         return area;
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     /**
2 26 Feb 07 jari 138      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 139      */
2 26 Feb 07 jari 140     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 141         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 142         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 143         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 144             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 145         } else {
2 26 Feb 07 jari 146             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 151      */
2 26 Feb 07 jari 152     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 153         return null;
2 26 Feb 07 jari 154     }
2 26 Feb 07 jari 155     
2 26 Feb 07 jari 156 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)