mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/lem/LEMInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2006, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * Created on Apr 6, 2005
2 26 Feb 07 jari 7  */
2 26 Feb 07 jari 8 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.lem;
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ItemEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ItemListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JComboBox;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JSeparator;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34 /**
2 26 Feb 07 jari 35  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 36  * 
2 26 Feb 07 jari 37  * LEMInitDialog collects parameters for the LEM algorithm.
2 26 Feb 07 jari 38  */
2 26 Feb 07 jari 39 public class LEMInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41   private int result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 42   
2 26 Feb 07 jari 43   private JCheckBox fileInput;
2 26 Feb 07 jari 44   private JCheckBox multipleChr;
2 26 Feb 07 jari 45   
2 26 Feb 07 jari 46   private JComboBox locusBox;
2 26 Feb 07 jari 47   private JComboBox startBox;
2 26 Feb 07 jari 48   private JComboBox endBox;
2 26 Feb 07 jari 49   private JComboBox chrBox;
2 26 Feb 07 jari 50   private JLabel chrLabel;
2 26 Feb 07 jari 51   private JLabel startLabel;
2 26 Feb 07 jari 52   private JLabel endLabel;
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54   private JLabel coorInfoLabel;
2 26 Feb 07 jari 55   
2 26 Feb 07 jari 56   /**
2 26 Feb 07 jari 57    * Constructor
2 26 Feb 07 jari 58    * @param parent parent component
2 26 Feb 07 jari 59    * @param fieldNames annotation field names
2 26 Feb 07 jari 60    */
2 26 Feb 07 jari 61   public LEMInitDialog(Frame parent, String [] fieldNames) {
2 26 Feb 07 jari 62     super(parent, "Linear Expression Map", true);
2 26 Feb 07 jari 63     EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     //Identifier selection
2 26 Feb 07 jari 66     JLabel locusLabel = new JLabel("Select Locus Identifier Field");
2 26 Feb 07 jari 67     locusBox = new JComboBox(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     ParameterPanel geneIDPanel = new ParameterPanel("Locus Identifier Selection");
2 26 Feb 07 jari 70     geneIDPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 71     geneIDPanel.add(locusLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,0,15,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 72     //geneIDPanel.add(locusLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 73     geneIDPanel.add(locusBox, new GridBagConstraints(1,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,15,15,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     //coordinate data input
2 26 Feb 07 jari 77     fileInput = new JCheckBox("Use Coordinate File", false);    
2 26 Feb 07 jari 78     fileInput.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 79     fileInput.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 80     fileInput.setHorizontalAlignment(JCheckBox.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 81     fileInput.setActionCommand("use-coord-file-command");
2 26 Feb 07 jari 82     fileInput.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 83     JLabel fileInputLabel = new JLabel("<html><body>(Hit the \"i\" button (lower left corner) for <b>File Format Information</b>)</body></html>)");
2 26 Feb 07 jari 84     fileInputLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 85     
2 26 Feb 07 jari 86     String text = "<html>Coordinate information can be supplied via a file input or<br>"
2 26 Feb 07 jari 87       +"via information in the annotation loaded into MeV.  If using a coordinates<br>"
2 26 Feb 07 jari 88       +"file please refer to the help page by hitting the information button (lower left).<br>"
2 26 Feb 07 jari 89       +"If using coordinate information in the MeV annoation please indicate the appropriate<br>"
2 26 Feb 07 jari 90       +"annotation fields for coordinate parameters.<html>";
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     JLabel textLabel = new JLabel(text);    
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     multipleChr = new JCheckBox("Multiple Chromosomes or Plasmids", false);
2 26 Feb 07 jari 95     multipleChr.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 96     multipleChr.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 97     multipleChr.setHorizontalAlignment(JCheckBox.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 98     multipleChr.setActionCommand("multiple-chr-command");
2 26 Feb 07 jari 99     multipleChr.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     chrLabel = new JLabel("Select Chromosome ID Field");
2 26 Feb 07 jari 102     chrLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 103     chrLabel.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 104             
2 26 Feb 07 jari 105     chrBox = new JComboBox(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 106     chrBox.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108     startLabel = new JLabel("Select Start Coordinate (5' End) Field");  
2 26 Feb 07 jari 109     startBox = new JComboBox(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     endLabel = new JLabel("Select End Coordinate (3' End) Field");    
2 26 Feb 07 jari 112     endBox = new JComboBox(fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114     ParameterPanel coordPanel = new ParameterPanel("Coordinate Data Selections");
2 26 Feb 07 jari 115     coordPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 116     
2 26 Feb 07 jari 117     coordPanel.add(fileInput, new GridBagConstraints(0,0,2,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,0,5,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 118     coordPanel.add(fileInputLabel, new GridBagConstraints(0,1,2,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,10,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 119     JSeparator sep = new JSeparator(JSeparator.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 120     sep.setPreferredSize(new Dimension(300,2));
2 26 Feb 07 jari 121     sep.setSize(100,2);
2 26 Feb 07 jari 122     coordPanel.add(sep, new GridBagConstraints(0,2,2,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     //coordPanel.add(textLabel, new GridBagConstraints(0,3,2,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 125
2 26 Feb 07 jari 126     coordPanel.add(multipleChr, new GridBagConstraints(0,3,2,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,0,10,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 127   
2 26 Feb 07 jari 128     coordPanel.add(chrLabel, new GridBagConstraints(0,4,1,1,1,0,GridBagConstraints.EAST, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,40,15,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 129     coordPanel.add(chrBox, new GridBagConstraints(1,4,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,15,40),0,0));
2 26 Feb 07 jari 130
2 26 Feb 07 jari 131     JSeparator sep1 = new JSeparator(JSeparator.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 132     sep1.setPreferredSize(new Dimension(300,2));
2 26 Feb 07 jari 133     sep1.setSize(100,2);
2 26 Feb 07 jari 134     coordPanel.add(sep1, new GridBagConstraints(0,5,2,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 135
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     coordPanel.add(startLabel, new GridBagConstraints(0,6,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(20,40,0,10),0,0));
2 26 Feb 07 jari 138     coordPanel.add(startBox, new GridBagConstraints(1,6,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(20,0,0,40),0,0));
2 26 Feb 07 jari 139
2 26 Feb 07 jari 140     coordPanel.add(endLabel, new GridBagConstraints(0,7,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,40,25,10),0,0));
2 26 Feb 07 jari 141     coordPanel.add(endBox, new GridBagConstraints(1,7,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,0,25,40),0,0));
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143     JPanel mainPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 144     mainPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 145     mainPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 146
2 26 Feb 07 jari 147     mainPanel.add(geneIDPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 148     mainPanel.add(coordPanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,1,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 149         
2 26 Feb 07 jari 150     addContent(mainPanel);
2 26 Feb 07 jari 151     setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 152     
2 26 Feb 07 jari 153     pack();  
2 26 Feb 07 jari 154   }
2 26 Feb 07 jari 155   
2 26 Feb 07 jari 156     /** Shows the dialog.
2 26 Feb 07 jari 157      * @return  */
2 26 Feb 07 jari 158     public int showModal() {
2 26 Feb 07 jari 159         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 160         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 161         show();
2 26 Feb 07 jari 162         return result;
2 26 Feb 07 jari 163     }
2 26 Feb 07 jari 164     
2 26 Feb 07 jari 165     /**
2 26 Feb 07 jari 166      * Returns the locus field name
2 26 Feb 07 jari 167      */
2 26 Feb 07 jari 168     public String getLocusField() {
2 26 Feb 07 jari 169       return (String)(this.locusBox.getSelectedItem());    
2 26 Feb 07 jari 170     }
2 26 Feb 07 jari 171     
2 26 Feb 07 jari 172     /**
2 26 Feb 07 jari 173      * Return if a coord. file should be used
2 26 Feb 07 jari 174      * @return
2 26 Feb 07 jari 175      */
2 26 Feb 07 jari 176     public boolean useFileInput() {
2 26 Feb 07 jari 177       return this.fileInput.isSelected();    
2 26 Feb 07 jari 178     }
2 26 Feb 07 jari 179     
2 26 Feb 07 jari 180     /**
2 26 Feb 07 jari 181      * Returns true if there are multiple chr. or plasmids 
2 26 Feb 07 jari 182      * @return true for multiple chromosomes
2 26 Feb 07 jari 183      */    
2 26 Feb 07 jari 184     public boolean hasMultipleChr() {
2 26 Feb 07 jari 185       return this.multipleChr.isSelected();      
2 26 Feb 07 jari 186     }
2 26 Feb 07 jari 187
2 26 Feb 07 jari 188     /**
2 26 Feb 07 jari 189      * Returns the chr field name
2 26 Feb 07 jari 190      * @return chr field name
2 26 Feb 07 jari 191      */
2 26 Feb 07 jari 192     public String getChrIDField() {
2 26 Feb 07 jari 193       return (String)(this.chrBox.getSelectedItem());
2 26 Feb 07 jari 194     }
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196     /**
2 26 Feb 07 jari 197      * Returns the start coord field name
2 26 Feb 07 jari 198      * @return coord start field name
2 26 Feb 07 jari 199      */
2 26 Feb 07 jari 200     public String getStartField() {
2 26 Feb 07 jari 201       return (String)(this.startBox.getSelectedItem());                  
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203
2 26 Feb 07 jari 204     /**
2 26 Feb 07 jari 205      * Returns the end coord field name
2 26 Feb 07 jari 206      * @return coord end field name
2 26 Feb 07 jari 207      */    
2 26 Feb 07 jari 208     public String getEndField() {
2 26 Feb 07 jari 209       return (String)(this.endBox.getSelectedItem());                  
2 26 Feb 07 jari 210     }
2 26 Feb 07 jari 211
2 26 Feb 07 jari 212     /**
2 26 Feb 07 jari 213      * Updates the dialog for file input selection
2 26 Feb 07 jari 214      */
2 26 Feb 07 jari 215   private void fireUseFileInputState() {
2 26 Feb 07 jari 216     boolean enable = !this.fileInput.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 217     if(enable && this.multipleChr.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 218       this.chrLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 219       this.chrBox.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 220     } else if(!enable) {
2 26 Feb 07 jari 221       this.chrLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 222       this.chrBox.setEnabled(false);            
2 26 Feb 07 jari 223     }
2 26 Feb 07 jari 224     this.startLabel.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 225     this.startBox.setEnabled(enable);    
2 26 Feb 07 jari 226     this.endLabel.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 227     this.endBox.setEnabled(enable);      
2 26 Feb 07 jari 228   }
2 26 Feb 07 jari 229   
2 26 Feb 07 jari 230   /**
2 26 Feb 07 jari 231    * Updates the dialog for multiple chr selection
2 26 Feb 07 jari 232    */
2 26 Feb 07 jari 233   private void fireMultipleChrState() {
2 26 Feb 07 jari 234     boolean enable = this.multipleChr.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 235     if(this.fileInput.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 236       this.chrLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 237       this.chrBox.setEnabled(false);    
2 26 Feb 07 jari 238     } else {
2 26 Feb 07 jari 239       this.chrLabel.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 240       this.chrBox.setEnabled(enable);        
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242   }
2 26 Feb 07 jari 243
2 26 Feb 07 jari 244   /**
2 26 Feb 07 jari 245    * Resets the dialog controls
2 26 Feb 07 jari 246    */
2 26 Feb 07 jari 247   private void resetControls() {
2 26 Feb 07 jari 248     this.locusBox.setSelectedIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 249     this.fileInput.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 250     fireUseFileInputState();
2 26 Feb 07 jari 251     this.chrBox.setSelectedIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 252     this.multipleChr.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 253     fireMultipleChrState();
2 26 Feb 07 jari 254     this.startBox.setSelectedIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 255     this.endBox.setSelectedIndex(0);
2 26 Feb 07 jari 256   }
2 26 Feb 07 jari 257
2 26 Feb 07 jari 258     /**
2 26 Feb 07 jari 259      * The class to listen to the dialog and check boxes items events.
2 26 Feb 07 jari 260      */
2 26 Feb 07 jari 261     private class EventListener extends DialogListener implements ItemListener {
2 26 Feb 07 jari 262         
2 26 Feb 07 jari 263       /**
2 26 Feb 07 jari 264        * handles action events
2 26 Feb 07 jari 265        */
2 26 Feb 07 jari 266         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 267             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 268             if(command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 269               result = JOptionPane.OK_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 270               dispose();
2 26 Feb 07 jari 271             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 272               result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 273               dispose();
2 26 Feb 07 jari 274             } else if (command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 275               resetControls();
2 26 Feb 07 jari 276             } else if(command.equals("use-coord-file-command")) {
2 26 Feb 07 jari 277               fireUseFileInputState();
2 26 Feb 07 jari 278             } else if (command.equals("multiple-chr-command")) {
2 26 Feb 07 jari 279               fireMultipleChrState();
2 26 Feb 07 jari 280             } else if (command.equals("info-command")) {                        
2 26 Feb 07 jari 281                 HelpWindow hw = new HelpWindow(LEMInitDialog.this, "LEM Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 282                 result = JOptionPane.CANCEL_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 283                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 284                     hw.setSize(600,600);
2 26 Feb 07 jari 285                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 286                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 287                 }
2 26 Feb 07 jari 288                 else {
2 26 Feb 07 jari 289                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 290                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 291                 }
2 26 Feb 07 jari 292             }
2 26 Feb 07 jari 293         }
2 26 Feb 07 jari 294         
2 26 Feb 07 jari 295         public void itemStateChanged(ItemEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 296             //okButton.setEnabled(genes_box.isSelected() || cluster_box.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 297         }
2 26 Feb 07 jari 298         
2 26 Feb 07 jari 299         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 300             result = JOptionPane.CLOSED_OPTION;
2 26 Feb 07 jari 301             dispose();
2 26 Feb 07 jari 302         }
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304
2 26 Feb 07 jari 305     /* test launch */
2 26 Feb 07 jari 306   public static void main(String [] args) {
2 26 Feb 07 jari 307     String [] fields = {"Locus", "Chr#", "Start", "End"};
2 26 Feb 07 jari 308     
2 26 Feb 07 jari 309     LEMInitDialog dialog = new LEMInitDialog(new Frame(), fields);
2 26 Feb 07 jari 310     dialog.showModal();
2 26 Feb 07 jari 311     
2 26 Feb 07 jari 312   }
2 26 Feb 07 jari 313 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)