mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/lem/LEMLocusInfo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2006, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * Created on Apr 7, 2005
2 26 Feb 07 jari 7  */
2 26 Feb 07 jari 8 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.lem;
2 26 Feb 07 jari 9
2 26 Feb 07 jari 10 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 11
2 26 Feb 07 jari 12 /**
2 26 Feb 07 jari 13  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 14  */
2 26 Feb 07 jari 15 public class LEMLocusInfo implements Comparable {
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17   public int index;
2 26 Feb 07 jari 18   public String locus;
2 26 Feb 07 jari 19   public String chrID;
2 26 Feb 07 jari 20   public int start;
2 26 Feb 07 jari 21   public int end;
2 26 Feb 07 jari 22   public Vector iDataRefs;
2 26 Feb 07 jari 23   public Vector overLapListIDs;
2 26 Feb 07 jari 24   
2 26 Feb 07 jari 25   public boolean doWeOverlap(LEMLocusInfo other) {
2 26 Feb 07 jari 26     return (inRange(other.start) || inRange(other.end) || other.inRange(this.start));          
2 26 Feb 07 jari 27   }
2 26 Feb 07 jari 28   
2 26 Feb 07 jari 29   public boolean inRange(int coord) {
2 26 Feb 07 jari 30     return (coord >= start && coord <= end);
2 26 Feb 07 jari 31   }
2 26 Feb 07 jari 32   
2 26 Feb 07 jari 33   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 34    * @see java.lang.Comparable#compareTo(java.lang.Object)
2 26 Feb 07 jari 35    */
2 26 Feb 07 jari 36   public int compareTo(Object obj) {
2 26 Feb 07 jari 37     LEMLocusInfo other = (LEMLocusInfo)obj;
2 26 Feb 07 jari 38     if(other.start < this.start)
2 26 Feb 07 jari 39       return -1;
2 26 Feb 07 jari 40     if(other.start > this.start)
2 26 Feb 07 jari 41       return 1;
2 26 Feb 07 jari 42     return 0;
2 26 Feb 07 jari 43   }
2 26 Feb 07 jari 44   
2 26 Feb 07 jari 45   public boolean equals(LEMLocusInfo other) {
2 26 Feb 07 jari 46     return (locus.equals(other.locus));  
2 26 Feb 07 jari 47   }
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)