mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/lem/LEMViewerAttributeDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2006, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.lem;
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.util.Properties;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JSeparator;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.border.BevelBorder;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ParameterPanel;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 /**
2 26 Feb 07 jari 38  * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 39  * 
2 26 Feb 07 jari 40  * The LEMViewerAttributDialog presents controls to permit customization of
2 26 Feb 07 jari 41  * the LEM.  This includes fixed vs. scaled arrow length, gradient vs. binned
2 26 Feb 07 jari 42  * arrow color, fixed vs. scaled/constrained intergenic length, showing replicates 
2 26 Feb 07 jari 43  */
2 26 Feb 07 jari 44 public class LEMViewerAttributeDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46
2 26 Feb 07 jari 47   private LinearExpressionMapViewer lem;
2 26 Feb 07 jari 48   
2 26 Feb 07 jari 49   private boolean isFixedArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 50   private boolean isFixedOpenLength;
2 26 Feb 07 jari 51   private int fixedArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 52   private int bpPerPixel;
2 26 Feb 07 jari 53   private int minArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 54   private int maxArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 55   private int maxOpenLength;
2 26 Feb 07 jari 56   private boolean showReps;
2 26 Feb 07 jari 57   
2 26 Feb 07 jari 58   private JRadioButton fixedArrowButton;  
2 26 Feb 07 jari 59   private JRadioButton scaledArrowButton;
2 26 Feb 07 jari 60   
2 26 Feb 07 jari 61   private JLabel minArrowLabel;
2 26 Feb 07 jari 62   private JTextField minArrowField;
2 26 Feb 07 jari 63
2 26 Feb 07 jari 64   private JLabel maxArrowLabel;
2 26 Feb 07 jari 65   private JTextField maxArrowField;
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67   private JLabel fixedArrowLabel;
2 26 Feb 07 jari 68   private JTextField fixedArrowField;
2 26 Feb 07 jari 69
2 26 Feb 07 jari 70   private JLabel basePairScaleLabel;
2 26 Feb 07 jari 71   private JTextField basePairScaleField;
2 26 Feb 07 jari 72   
2 26 Feb 07 jari 73   private JCheckBox fixedOpenBox;
2 26 Feb 07 jari 74   private JLabel maxOpenLabel;
2 26 Feb 07 jari 75   private JTextField maxOpenField;
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77   private JCheckBox showReplicatesBox;
2 26 Feb 07 jari 78
2 26 Feb 07 jari 79   /**
2 26 Feb 07 jari 80    * Constructs a LEMViewerAttributDialog
2 26 Feb 07 jari 81    * @param parent parent frame
2 26 Feb 07 jari 82    * @param lem associated LEM
2 26 Feb 07 jari 83    * @param isFixedArrowLength current arrow length mode (fixed/scaled)
2 26 Feb 07 jari 84    * @param isFixedOpenLength current intergenic mode (fixed/scaled)
2 26 Feb 07 jari 85    * @param fixedArrowLength current arrow length (when fixed)
2 26 Feb 07 jari 86    * @param minArrowLength current min. arrow length when scaled
2 26 Feb 07 jari 87    * @param maxArrowLength current max. arrow length when scaled
2 26 Feb 07 jari 88    * @param maxOpenLength current max. intergenic lenght when scaled
2 26 Feb 07 jari 89    * @param bpPerPixel scaling factor, bases per pixel
2 26 Feb 07 jari 90    * @param showReps indicates state of replicate display mode
2 26 Feb 07 jari 91    */
2 26 Feb 07 jari 92   public LEMViewerAttributeDialog(Frame parent, LinearExpressionMapViewer lem, boolean isFixedArrowLength, boolean isFixedOpenLength,
2 26 Feb 07 jari 93       int fixedArrowLength, int minArrowLength, int maxArrowLength, int maxOpenLength, int bpPerPixel, boolean showReps) {
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     super(parent, "Customize LEM Viewer", true);
2 26 Feb 07 jari 96     this.lem = lem;
2 26 Feb 07 jari 97     this.isFixedArrowLength = isFixedArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 98     this.isFixedOpenLength = isFixedOpenLength;
2 26 Feb 07 jari 99     this.fixedArrowLength = fixedArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 100     this.minArrowLength = minArrowLength;
2 26 Feb 07 jari 101     this.maxArrowLength = maxArrowLength; 
2 26 Feb 07 jari 102     this.maxOpenLength = maxOpenLength;
2 26 Feb 07 jari 103     this.bpPerPixel = bpPerPixel;
2 26 Feb 07 jari 104     this.showReps = showReps;
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     ParameterPanel arrowPanel = new ParameterPanel("Locus Arrow Dimensions");
2 26 Feb 07 jari 109     arrowPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     fixedArrowButton = createRadioButton("Use Fixed Arrow Length", "fixed-arrow-length", listener, this.isFixedArrowLength, bg);
2 26 Feb 07 jari 114   
2 26 Feb 07 jari 115     fixedArrowLabel = new JLabel("Fixed Arrow Length (pixels, >= 15))");    
2 26 Feb 07 jari 116     fixedArrowField = new JTextField(String.valueOf(this.fixedArrowLength),10);
2 26 Feb 07 jari 117   
2 26 Feb 07 jari 118     Dimension dim = new Dimension(60,22);
2 26 Feb 07 jari 119     
2 26 Feb 07 jari 120     fixedArrowField.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 121     fixedArrowField.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     this.scaledArrowButton = createRadioButton("Use Scaled Arrow Length", "scale-arrow-command", listener, !this.isFixedArrowLength, bg);
2 26 Feb 07 jari 124     
2 26 Feb 07 jari 125     basePairScaleLabel = new JLabel("Scaling Factor (bases/pixel)");
2 26 Feb 07 jari 126     basePairScaleField = new JTextField(String.valueOf(this.bpPerPixel));    
2 26 Feb 07 jari 127     basePairScaleField.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 128     basePairScaleField.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     minArrowLabel = new JLabel("Minimum Scaled Arrow Length (>=15)");        
2 26 Feb 07 jari 131     minArrowField = new JTextField(String.valueOf(this.minArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 132     minArrowField.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 133     minArrowField.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     maxArrowLabel = new JLabel("Maximum Scaled Arrow Length");
2 26 Feb 07 jari 136     maxArrowField = new JTextField(String.valueOf(this.maxArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 137     maxArrowField.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 138     maxArrowField.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     //validate state
2 26 Feb 07 jari 141     if(fixedArrowButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 142       minArrowField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 143       minArrowLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 144       maxArrowField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 145       maxArrowLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 146
2 26 Feb 07 jari 147       basePairScaleLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 148       basePairScaleField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 149     } else {
2 26 Feb 07 jari 150       fixedArrowField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153     arrowPanel.add(fixedArrowButton, new GridBagConstraints(0,0,2,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 154     arrowPanel.add(fixedArrowLabel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 155     arrowPanel.add(fixedArrowField, new GridBagConstraints(1,1,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,5,10,40), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     JSeparator sep = new JSeparator(JSeparator.HORIZONTAL);    
2 26 Feb 07 jari 158     sep.setPreferredSize(new Dimension(150, 2));
2 26 Feb 07 jari 159     sep.setSize(150,2);
2 26 Feb 07 jari 160     
2 26 Feb 07 jari 161     arrowPanel.add(sep, new GridBagConstraints(0,2,2,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,15,0,15), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 162
2 26 Feb 07 jari 163     arrowPanel.add(scaledArrowButton, new GridBagConstraints(0,3,2,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 164
2 26 Feb 07 jari 165     arrowPanel.add(basePairScaleLabel, new GridBagConstraints(0,4,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 166     arrowPanel.add(basePairScaleField, new GridBagConstraints(1,4,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,5,0,40), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168     arrowPanel.add(minArrowLabel, new GridBagConstraints(0,5,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 169     arrowPanel.add(minArrowField, new GridBagConstraints(1,5,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,5,0,40), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 170
2 26 Feb 07 jari 171     arrowPanel.add(maxArrowLabel, new GridBagConstraints(0,6,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 172     arrowPanel.add(maxArrowField, new GridBagConstraints(1,6,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,5,0,40), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 173         
2 26 Feb 07 jari 174     
2 26 Feb 07 jari 175     ParameterPanel openPanel = new ParameterPanel("Intergenic or Unsampled Region Dimensions");
2 26 Feb 07 jari 176     openPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 177             
2 26 Feb 07 jari 178     this.fixedOpenBox = createCheckBox("Use Fixed Intergenic Length (1 pixel)", "fixed-open-length", listener, this.isFixedOpenLength);
2 26 Feb 07 jari 179     this.maxOpenLabel = new JLabel("Max Intergenic (or unsampled) Length");
2 26 Feb 07 jari 180     this.maxOpenField = new JTextField(String.valueOf(this.maxOpenLength));
2 26 Feb 07 jari 181     maxOpenField.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 182     maxOpenField.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 183     
2 26 Feb 07 jari 184     boolean fixedOpen = this.fixedOpenBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 185     
2 26 Feb 07 jari 186     this.maxOpenField.setEnabled(!fixedOpen);    
2 26 Feb 07 jari 187     this.maxOpenLabel.setEnabled(!fixedOpen);
2 26 Feb 07 jari 188     
2 26 Feb 07 jari 189     openPanel.add(fixedOpenBox, new GridBagConstraints(0,0,1,1,0,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 190     openPanel.add(maxOpenLabel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,10,10,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 191     openPanel.add(maxOpenField, new GridBagConstraints(1,1,1,1,0,0,GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(10,5,10,40),0,0));
2 26 Feb 07 jari 192     
2 26 Feb 07 jari 193     ParameterPanel repPanel = new ParameterPanel("Locus Replicate Rendering");
2 26 Feb 07 jari 194     repPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196     String label = "<html><body>This option will display an arrow";
2 26 Feb 07 jari 197     label += " for each of the spots related to the locus.<br>";
2 26 Feb 07 jari 198     label += "Because of the complex structure, arrow lengths and intergenic lengths <br>will be fixed when this option is selected.</body><html>";  
2 26 Feb 07 jari 199     
2 26 Feb 07 jari 200     JLabel repLabel = new JLabel(label);
2 26 Feb 07 jari 201     this.showReplicatesBox = createCheckBox("Show Locus Replicates (representative spots)", "show-reps-command", listener, showReps);
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     repPanel.add(repLabel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 204     repPanel.add(showReplicatesBox, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(10,10,10,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 205          
2 26 Feb 07 jari 206     JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 207     panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 208     panel.add(arrowPanel, new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 209     panel.add(openPanel, new GridBagConstraints(0,1,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 210     panel.add(repPanel, new GridBagConstraints(0,2,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(5,0,0,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 211
2 26 Feb 07 jari 212     reconfigureButtons(listener);
2 26 Feb 07 jari 213     
2 26 Feb 07 jari 214     this.addContent(panel);
2 26 Feb 07 jari 215     setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 216
2 26 Feb 07 jari 217     pack();    
2 26 Feb 07 jari 218   }
2 26 Feb 07 jari 219   
2 26 Feb 07 jari 220   /**
2 26 Feb 07 jari 221    * Shows the dialog centered on screen
2 26 Feb 07 jari 222    */
2 26 Feb 07 jari 223   public void showModal() {
2 26 Feb 07 jari 224         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 225         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 226         show();
2 26 Feb 07 jari 227   }
2 26 Feb 07 jari 228   
2 26 Feb 07 jari 229   /**
2 26 Feb 07 jari 230    * Returns the value for fixed arrow length
2 26 Feb 07 jari 231    * @return arrow length
2 26 Feb 07 jari 232    */
2 26 Feb 07 jari 233   public int getFixedArrowLength() {
2 26 Feb 07 jari 234     return Integer.parseInt(this.fixedArrowField.getText());
2 26 Feb 07 jari 235   }
2 26 Feb 07 jari 236   
2 26 Feb 07 jari 237   /**
2 26 Feb 07 jari 238    * returns the minium arrow length
2 26 Feb 07 jari 239    * @return returns the minimum arrow length
2 26 Feb 07 jari 240    */
2 26 Feb 07 jari 241   public int getMinArrowLength() {
2 26 Feb 07 jari 242     return Integer.parseInt(this.minArrowField.getText());
2 26 Feb 07 jari 243   }
2 26 Feb 07 jari 244   
2 26 Feb 07 jari 245   /**
2 26 Feb 07 jari 246    * Returns the maximum arrow length
2 26 Feb 07 jari 247    * @return max arrow length
2 26 Feb 07 jari 248    */
2 26 Feb 07 jari 249   public int getMaxArrowLength() {
2 26 Feb 07 jari 250     return Integer.parseInt(this.maxArrowField.getText());
2 26 Feb 07 jari 251   }
2 26 Feb 07 jari 252   
2 26 Feb 07 jari 253   /**
2 26 Feb 07 jari 254    * base per pixel scaling factor
2 26 Feb 07 jari 255    * @return scaling factor (base/pixel)
2 26 Feb 07 jari 256    */
2 26 Feb 07 jari 257   public int getScalingFactor() {
2 26 Feb 07 jari 258     return Integer.parseInt(this.basePairScaleField.getText());
2 26 Feb 07 jari 259   }
2 26 Feb 07 jari 260   
2 26 Feb 07 jari 261   /**
2 26 Feb 07 jari 262    * Returns the maximum intergenic length value
2 26 Feb 07 jari 263    * @return intergenic length constraint
2 26 Feb 07 jari 264    */
2 26 Feb 07 jari 265   public int getMaxIntergenicLength() {
2 26 Feb 07 jari 266     return Integer.parseInt(this.maxOpenField.getText());
2 26 Feb 07 jari 267   }
2 26 Feb 07 jari 268   
2 26 Feb 07 jari 269   /**
2 26 Feb 07 jari 270    * Returns the state of arrow lengths, true if fixed, else false (scaled)
2 26 Feb 07 jari 271    * @return true if fixed, else false (fixed)
2 26 Feb 07 jari 272    */
2 26 Feb 07 jari 273   public boolean areArrowsFixed() {
2 26 Feb 07 jari 274     return this.fixedArrowButton.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 275   }
2 26 Feb 07 jari 276   
2 26 Feb 07 jari 277   /**
2 26 Feb 07 jari 278    * Returns the state of intergenic (open) lengths, 
2 26 Feb 07 jari 279    * true if fixed, else false (scaled)
2 26 Feb 07 jari 280    * @return true if fixed, else false (fixed)
2 26 Feb 07 jari 281    */
2 26 Feb 07 jari 282   public boolean areOpenAreasFixed() {
2 26 Feb 07 jari 283     return this.fixedOpenBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 284   }
2 26 Feb 07 jari 285   
2 26 Feb 07 jari 286   /**
2 26 Feb 07 jari 287    * Returns the state of showing all replicate data vs. hiding
2 26 Feb 07 jari 288    * @return true if replicates should be displayed
2 26 Feb 07 jari 289    */
2 26 Feb 07 jari 290   public boolean showAllReplicates() {
2 26 Feb 07 jari 291     return showReplicatesBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 292   }
2 26 Feb 07 jari 293   
2 26 Feb 07 jari 294   /**
2 26 Feb 07 jari 295    * Sets the current values into a <code>Properties</code> object and
2 26 Feb 07 jari 296    * updates lem as a preview
2 26 Feb 07 jari 297     */
2 26 Feb 07 jari 298   private void previewSettings() {
2 26 Feb 07 jari 299
2 26 Feb 07 jari 300     //check validity
2 26 Feb 07 jari 301     if(!validateValues())
2 26 Feb 07 jari 302       return;
2 26 Feb 07 jari 303     
2 26 Feb 07 jari 304     System.out.println("preview method, fixed arrows = "+this.fixedArrowButton.isSelected());
2 26 Feb 07 jari 305     System.out.println("preview method, fixed arrows, methodCall = "+this.areArrowsFixed());
2 26 Feb 07 jari 306     Properties props = new Properties();
2 26 Feb 07 jari 307     props.setProperty("fixed-arrows", String.valueOf(areArrowsFixed()));
2 26 Feb 07 jari 308     props.setProperty("fixed-arrow-length", String.valueOf(getFixedArrowLength()));
2 26 Feb 07 jari 309     props.setProperty("scaling-factor", String.valueOf(getScalingFactor()));
2 26 Feb 07 jari 310     props.setProperty("min-arrow-length", String.valueOf(getMinArrowLength()));
2 26 Feb 07 jari 311     props.setProperty("max-arrow-length", String.valueOf(getMaxArrowLength()));
2 26 Feb 07 jari 312     props.setProperty("fixed-open", String.valueOf(areOpenAreasFixed()));
2 26 Feb 07 jari 313     props.setProperty("max-open-length", String.valueOf(getMaxIntergenicLength()));
2 26 Feb 07 jari 314     props.setProperty("show-replicates", String.valueOf(showAllReplicates()));
2 26 Feb 07 jari 315     
2 26 Feb 07 jari 316     //apply to viewer
2 26 Feb 07 jari 317     lem.setViewerSettings(props);
2 26 Feb 07 jari 318   }
2 26 Feb 07 jari 319   
2 26 Feb 07 jari 320   /**
2 26 Feb 07 jari 321    * Reconfigures buttons based on current settings.
2 26 Feb 07 jari 322    * @param listener
2 26 Feb 07 jari 323    */
2 26 Feb 07 jari 324   private void reconfigureButtons(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 325     JButton previewButton = new JButton("Preview");    
2 26 Feb 07 jari 326     previewButton.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.RAISED));
2 26 Feb 07 jari 327     previewButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 328     previewButton.setActionCommand("preview-command");
2 26 Feb 07 jari 329     previewButton.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 330     Dimension dim = new Dimension(65, 30);
2 26 Feb 07 jari 331     previewButton.setPreferredSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 332     previewButton.setSize(dim);
2 26 Feb 07 jari 333     
2 26 Feb 07 jari 334     okButton.setText("Apply");
2 26 Feb 07 jari 335     
2 26 Feb 07 jari 336     Component [] comp = buttonPanel.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 337     
2 26 Feb 07 jari 338     //remove buttons
2 26 Feb 07 jari 339     for(int i = 0; i < comp.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 340       buttonPanel.remove(comp[i]);
2 26 Feb 07 jari 341     }
2 26 Feb 07 jari 342
2 26 Feb 07 jari 343     buttonPanel.add(comp[0], new GridBagConstraints(0,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,5,2,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 344     buttonPanel.add(comp[1], new GridBagConstraints(1,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,10,2,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 345     buttonPanel.add(previewButton, new GridBagConstraints(2,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,5,2,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 346     buttonPanel.add(comp[2], new GridBagConstraints(3,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,5,2,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 347     buttonPanel.add(comp[3], new GridBagConstraints(4,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,5,2,0), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 348     buttonPanel.add(comp[4], new GridBagConstraints(5,0,1,1,1,0,GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(2,5,2,5), 0,0));
2 26 Feb 07 jari 349   }  
2 26 Feb 07 jari 350
2 26 Feb 07 jari 351   /**
2 26 Feb 07 jari 352    * Validates the input values
2 26 Feb 07 jari 353    * @return true if values are valid based on parsing and values
2 26 Feb 07 jari 354    */
2 26 Feb 07 jari 355   private boolean validateValues() {
2 26 Feb 07 jari 356     boolean valid = true;
2 26 Feb 07 jari 357     //fixed length arrows, check validity of fixed lenght
2 26 Feb 07 jari 358     int val, minVal, maxVal;
2 26 Feb 07 jari 359     int level = 0;
2 26 Feb 07 jari 360     if(areArrowsFixed()) {
2 26 Feb 07 jari 361
2 26 Feb 07 jari 362       try {        
2 26 Feb 07 jari 363         val = Integer.parseInt(this.fixedArrowField.getText());
2 26 Feb 07 jari 364         if(val < 15) {
2 26 Feb 07 jari 365           JOptionPane.showMessageDialog(this, "The Fixed Arrow Length should be >= 15 pixels. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 366           this.fixedArrowField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 367           this.fixedArrowField.selectAll();    
2 26 Feb 07 jari 368           return false;
2 26 Feb 07 jari 369         }
2 26 Feb 07 jari 370           
2 26 Feb 07 jari 371       } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 372         JOptionPane.showMessageDialog(this, "The Fixed Arrow Length value format is not a valid entry. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 373         this.fixedArrowField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 374         this.fixedArrowField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 375         return false;        
2 26 Feb 07 jari 376       }
2 26 Feb 07 jari 377     } else {
2 26 Feb 07 jari 378       try {
2 26 Feb 07 jari 379         val = Integer.parseInt(this.basePairScaleField.getText());
2 26 Feb 07 jari 380         if(val < 1) {
2 26 Feb 07 jari 381           JOptionPane.showMessageDialog(this, "The Scaling Factor should be > 1 base/pixel. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 382           this.basePairScaleField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 383           this.basePairScaleField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 384           return false;                  
2 26 Feb 07 jari 385         }
2 26 Feb 07 jari 386         level++;        
2 26 Feb 07 jari 387         minVal = Integer.parseInt(this.minArrowField.getText());        
2 26 Feb 07 jari 388         level++;
2 26 Feb 07 jari 389         maxVal = Integer.parseInt(this.maxArrowField.getText());        
2 26 Feb 07 jari 390         level++;
2 26 Feb 07 jari 391         if(minVal < 15 || maxVal < 15 || maxVal <= minVal) {
2 26 Feb 07 jari 392           JOptionPane.showMessageDialog(this, "The min and max values are invalid. (Valid Range: 15 <= min < max). Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 393           return false;                            
2 26 Feb 07 jari 394         }        
2 26 Feb 07 jari 395       } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 396         String fieldName = "";
2 26 Feb 07 jari 397         if(level == 0) {
2 26 Feb 07 jari 398           fieldName = "The Scaling Factor ";
2 26 Feb 07 jari 399           this.basePairScaleField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 400           this.basePairScaleField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 401         } else if(level == 1) {
2 26 Feb 07 jari 402           fieldName = "The Minium Arrow Length ";
2 26 Feb 07 jari 403           this.minArrowField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 404           this.minArrowField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 405         } else if(level == 2) {
2 26 Feb 07 jari 406           fieldName = "The Maximum Arrow Length ";
2 26 Feb 07 jari 407           this.maxArrowField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 408           this.maxArrowField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 409         }
2 26 Feb 07 jari 410         JOptionPane.showMessageDialog(this, fieldName+"value format is not a valid entry. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 411         return false;
2 26 Feb 07 jari 412       }
2 26 Feb 07 jari 413     }
2 26 Feb 07 jari 414     
2 26 Feb 07 jari 415     //if intergenic length is not fixed check the max field
2 26 Feb 07 jari 416     if(!this.fixedOpenBox.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 417       try {
2 26 Feb 07 jari 418         val = Integer.parseInt(this.maxOpenField.getText());      
2 26 Feb 07 jari 419         if(val <= 0) {
2 26 Feb 07 jari 420           JOptionPane.showMessageDialog(this, "Maximum Intergenic Length must be > 0. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);              
2 26 Feb 07 jari 421           return false;
2 26 Feb 07 jari 422         }
2 26 Feb 07 jari 423       } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 424         JOptionPane.showMessageDialog(this, "Maximum Intergenic Length value format is not a valid entry. Please try again.", "Invalid Entry", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);      
2 26 Feb 07 jari 425         this.maxOpenField.grabFocus();
2 26 Feb 07 jari 426         this.maxOpenField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 427         return false;
2 26 Feb 07 jari 428       }
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430       
2 26 Feb 07 jari 431     return valid;
2 26 Feb 07 jari 432   }
2 26 Feb 07 jari 433   
2 26 Feb 07 jari 434   /**
2 26 Feb 07 jari 435    * Constructs a <code>JCheckBox</code>
2 26 Feb 07 jari 436    * @param text label
2 26 Feb 07 jari 437    * @param command action command
2 26 Feb 07 jari 438    * @param listener Listener
2 26 Feb 07 jari 439    * @param selected indicates if should be selected
2 26 Feb 07 jari 440    * @return returns the <code>JCheckBox</code>
2 26 Feb 07 jari 441    */
2 26 Feb 07 jari 442   private JCheckBox createCheckBox(String text, String command, Listener listener, boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 443     JCheckBox box = new JCheckBox(text, selected);
2 26 Feb 07 jari 444     box.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 445     box.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 446     box.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 447     box.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 448     return box;
2 26 Feb 07 jari 449   }
2 26 Feb 07 jari 450   
2 26 Feb 07 jari 451   /**
2 26 Feb 07 jari 452    * Constructs a <code>JRadioButton</code>
2 26 Feb 07 jari 453    * @param text label
2 26 Feb 07 jari 454    * @param command action command
2 26 Feb 07 jari 455    * @param listener Listener
2 26 Feb 07 jari 456    * @param selected indicates if should be selected
2 26 Feb 07 jari 457    * @return returns the <code>JRadioButton</code>
2 26 Feb 07 jari 458    */
2 26 Feb 07 jari 459   private JRadioButton createRadioButton(String text, String command, Listener listener, boolean selected, ButtonGroup bg) {
2 26 Feb 07 jari 460     JRadioButton button = new JRadioButton(text, selected);
2 26 Feb 07 jari 461     bg.add(button);
2 26 Feb 07 jari 462     button.setOpaque(false);    
2 26 Feb 07 jari 463     button.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 464     button.setActionCommand(command);
2 26 Feb 07 jari 465     button.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 466     return button;
2 26 Feb 07 jari 467   }
2 26 Feb 07 jari 468   
2 26 Feb 07 jari 469   /**
2 26 Feb 07 jari 470    * Validates the values of the controls based on selections
2 26 Feb 07 jari 471    * enables or disables controls as needed
2 26 Feb 07 jari 472    */
2 26 Feb 07 jari 473   private void validateControls() {
2 26 Feb 07 jari 474     boolean showReplicates = showAllReplicates();
2 26 Feb 07 jari 475     //if we are showing replicates, fix arrow lenght and open areas
2 26 Feb 07 jari 476     if (showReplicates) {
2 26 Feb 07 jari 477       this.fixedArrowButton.setSelected(true);      
2 26 Feb 07 jari 478       this.fixedOpenBox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 479     }
2 26 Feb 07 jari 480     
2 26 Feb 07 jari 481     boolean enable = this.fixedArrowButton.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 482     this.fixedArrowLabel.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 483     this.fixedArrowField.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 484     this.minArrowLabel.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 485     this.minArrowField.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 486     this.maxArrowLabel.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 487     this.maxArrowField.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 488     this.basePairScaleLabel.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 489     this.basePairScaleField.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 490     
2 26 Feb 07 jari 491     enable = this.fixedOpenBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 492     this.maxOpenField.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 493     this.maxOpenLabel.setEnabled(!enable);
2 26 Feb 07 jari 494   }
2 26 Feb 07 jari 495   
2 26 Feb 07 jari 496   /**
2 26 Feb 07 jari 497    * Resets the controls to intial settings
2 26 Feb 07 jari 498    */
2 26 Feb 07 jari 499   private void resetControls() {
2 26 Feb 07 jari 500     this.fixedArrowButton.setSelected(this.isFixedArrowLength);
2 26 Feb 07 jari 501     this.fixedArrowField.setText(String.valueOf(this.fixedArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 502
2 26 Feb 07 jari 503     this.basePairScaleField.setText(String.valueOf(this.bpPerPixel));
2 26 Feb 07 jari 504     this.minArrowField.setText(String.valueOf(this.minArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 505     this.maxArrowField.setText(String.valueOf(this.maxArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 506     
2 26 Feb 07 jari 507     this.fixedOpenBox.setSelected(this.isFixedOpenLength);
2 26 Feb 07 jari 508     this.maxOpenField.setText(String.valueOf(this.fixedArrowLength));
2 26 Feb 07 jari 509     
2 26 Feb 07 jari 510     this.showReplicatesBox.setSelected(this.showReps);
2 26 Feb 07 jari 511   }
2 26 Feb 07 jari 512
2 26 Feb 07 jari 513   /**
2 26 Feb 07 jari 514    * Handles events
2 26 Feb 07 jari 515    * @author braisted
2 26 Feb 07 jari 516    *
2 26 Feb 07 jari 517    * TODO To change the template for this generated type comment go to
2 26 Feb 07 jari 518    * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
2 26 Feb 07 jari 519    */
2 26 Feb 07 jari 520   public class Listener extends WindowAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 521
2 26 Feb 07 jari 522     public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 523       validateControls();
2 26 Feb 07 jari 524       
2 26 Feb 07 jari 525       String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 526       if(command.equals("ok-command")) {        
2 26 Feb 07 jari 527         previewSettings();
2 26 Feb 07 jari 528         dispose();
2 26 Feb 07 jari 529       } else if(command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 530         //roll back controls
2 26 Feb 07 jari 531         resetControls();
2 26 Feb 07 jari 532         //roll back viewer
2 26 Feb 07 jari 533         previewSettings();
2 26 Feb 07 jari 534       } else if(command.equals("preview-command")) {
2 26 Feb 07 jari 535         previewSettings();
2 26 Feb 07 jari 536       } else if(command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 537         resetControls();
2 26 Feb 07 jari 538         previewSettings();
2 26 Feb 07 jari 539         dispose();
2 26 Feb 07 jari 540       } else if(command.equals("info-command")) {
2 26 Feb 07 jari 541                 HelpWindow hw = new HelpWindow(LEMViewerAttributeDialog.this, "LEM Customization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 542                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 543                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 544                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 545                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 546                 }
2 26 Feb 07 jari 547                 else {
2 26 Feb 07 jari 548                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 549                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 550                 }
2 26 Feb 07 jari 551       }
2 26 Feb 07 jari 552     }
2 26 Feb 07 jari 553     
2 26 Feb 07 jari 554     public void windowClosed(WindowEvent we) {
2 26 Feb 07 jari 555       resetControls();
2 26 Feb 07 jari 556       previewSettings();
2 26 Feb 07 jari 557       dispose();
2 26 Feb 07 jari 558     }    
2 26 Feb 07 jari 559   }
2 26 Feb 07 jari 560   
2 26 Feb 07 jari 561 }

Generated on Thu Jul 20 09:27:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)