mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/owa/FStatsTableViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: FStatsTableViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:02 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.owa;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.InputEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.PrintWriter;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JTable;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.table.JTableHeader;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.table.TableColumn;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.table.TableColumnModel;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.util.QSort;
2 26 Feb 07 jari 45
2 26 Feb 07 jari 46 /**
2 26 Feb 07 jari 47  *
2 26 Feb 07 jari 48  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 49  * @version 
2 26 Feb 07 jari 50  */
2 26 Feb 07 jari 51 public class FStatsTableViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 52     public static final long serialVersionUID = 202010010001L;
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 55     private JComponent content;    
2 26 Feb 07 jari 56     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 57     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 58     private boolean sig;
2 26 Feb 07 jari 59     private int[] rows;
2 26 Feb 07 jari 60     private String[] fieldNames;    
2 26 Feb 07 jari 61
2 26 Feb 07 jari 62     private FValuesTableModel fModel;
2 26 Feb 07 jari 63     private JTable fValuesTable;
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65     private Vector pValues, fValues, dfNumValues, dfDenomValues, ssGroups, ssError;    
2 26 Feb 07 jari 66     private float[][] geneGroupMeans, geneGroupSDs;
2 26 Feb 07 jari 67     private IData data; 
2 26 Feb 07 jari 68     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 69     private Object[][] origData;    
2 26 Feb 07 jari 70     private int univCnt, univCnt2, univCnt3;
2 26 Feb 07 jari 71     private boolean sortedAscending[];    
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /** Creates new FStatsTableViewer */
2 26 Feb 07 jari 74     public FStatsTableViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, IData data, float[][] geneGroupMeans, float[][] geneGroupSDs, Vector pValues, Vector fValues, Vector ssGroups, Vector ssError, Vector dfNumValues, Vector dfDenomValues, boolean sig) {
2 26 Feb 07 jari 75         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 76         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 77         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 78         fieldNames = data.getFieldNames();
2 26 Feb 07 jari 79         this.geneGroupMeans = geneGroupMeans;
2 26 Feb 07 jari 80         this.geneGroupSDs = geneGroupSDs;
2 26 Feb 07 jari 81         this.pValues = pValues;
2 26 Feb 07 jari 82         this.fValues = fValues;
2 26 Feb 07 jari 83         this.ssGroups = ssGroups;
2 26 Feb 07 jari 84         this.ssError = ssError;
2 26 Feb 07 jari 85         this.dfNumValues = dfNumValues;
2 26 Feb 07 jari 86         this.dfDenomValues = dfDenomValues;
2 26 Feb 07 jari 87         this.sig = sig;
2 26 Feb 07 jari 88         if (sig) {
2 26 Feb 07 jari 89             rows = clusters[0];
2 26 Feb 07 jari 90         } else {
2 26 Feb 07 jari 91             rows =clusters[1];
2 26 Feb 07 jari 92         }   
2 26 Feb 07 jari 93         
2 26 Feb 07 jari 94         fModel = new FValuesTableModel(); 
2 26 Feb 07 jari 95         fValuesTable = new JTable(fModel); 
2 26 Feb 07 jari 96         origData = new Object[fModel.getRowCount()][fModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 97         for (int i = 0; i < origData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 98             for (int j = 0; j < origData[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 99                 origData[i][j] = fModel.getValueAt(i, j);
2 26 Feb 07 jari 100             }
2 26 Feb 07 jari 101         } 
2 26 Feb 07 jari 102         this.sortedAscending = new boolean[fModel.getColumnCount()];
2 26 Feb 07 jari 103         for (int i = 0; i < sortedAscending.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 104             sortedAscending[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 105         }        
2 26 Feb 07 jari 106         TableColumn column = null;
2 26 Feb 07 jari 107         for (int i = 0; i < fModel.getColumnCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 108             column = fValuesTable.getColumnModel().getColumn(i);
2 26 Feb 07 jari 109             column.setMinWidth(30);
2 26 Feb 07 jari 110         }  
2 26 Feb 07 jari 111         addMouseListenerToHeaderInTable(fValuesTable);        
2 26 Feb 07 jari 112         header  = fValuesTable.getTableHeader();  
2 26 Feb 07 jari 113         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());         
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     public FStatsTableViewer(JComponent content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 117       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 118       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 119         setMaxWidth(getContentComponent(), getHeaderComponent());     
2 26 Feb 07 jari 120     }
2 26 Feb 07 jari 121     
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 128         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 129         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 130         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 131         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 132         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 133         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 134         constraints.anchor = GridBagConstraints.NORTH;
2 26 Feb 07 jari 135         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 136         gridbag.setConstraints(fValuesTable, constraints);
2 26 Feb 07 jari 137         panel.add(fValuesTable);    
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139         final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 140         fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));   
2 26 Feb 07 jari 141         fc.setDialogTitle("Save F-Ratio information");
2 26 Feb 07 jari 142         
2 26 Feb 07 jari 143         popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 144         JMenuItem menuItem = new JMenuItem("Save F-Ratio information", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 145         menuItem.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 146             public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 147                     int returnVal = fc.showSaveDialog(FStatsTableViewer.this.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 148                     if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 149                         File file = fc.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 150                         try {
2 26 Feb 07 jari 151                             PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(file));
2 26 Feb 07 jari 152                             for (int i = 0; i < fieldNames.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 153                                 out.print(fieldNames[i]);
2 26 Feb 07 jari 154                                 //if (i < fieldNames.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 155                                     
2 26 Feb 07 jari 156                                     out.print("\t");
2 26 Feb 07 jari 157                                 //}
2 26 Feb 07 jari 158                             }
2 26 Feb 07 jari 159                             for (int i = 0; i < geneGroupMeans[0].length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 160                                 out.print("Group" + (i+1) + " mean\t");
2 26 Feb 07 jari 161                                 out.print("Group" + (i + 1) + " std.dev.\t");
2 26 Feb 07 jari 162                             }
2 26 Feb 07 jari 163                             out.print("F-ratio\tSS(Groups)\tSS(Error)\tdf(Groups)\tdf(Error)\tp-value\n");                      
2 26 Feb 07 jari 164                             for (int i = 0; i < rows.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 165                                 for (int k = 0; k < fieldNames.length; k++) {
2 26 Feb 07 jari 166                                     out.print(data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(rows[i]), k));
2 26 Feb 07 jari 167                                     //if (k < fieldNames.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 168                                         out.print("\t");
2 26 Feb 07 jari 169                                     //}
2 26 Feb 07 jari 170                                 }
2 26 Feb 07 jari 171                                 for (int j = 0; j < geneGroupMeans[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 172                                     out.print(geneGroupMeans[rows[i]][j] + "\t");
2 26 Feb 07 jari 173                                     out.print(geneGroupSDs[rows[i]][j] + "\t");
2 26 Feb 07 jari 174                                 }
2 26 Feb 07 jari 175                                 out.print(((Float)(fValues.get(rows[i]))).floatValue());
2 26 Feb 07 jari 176                                 out.print("\t" + ((Float)(ssGroups.get(rows[i]))).floatValue());
2 26 Feb 07 jari 177                                 out.print("\t" + ((Float)(ssError.get(rows[i]))).floatValue());
2 26 Feb 07 jari 178                                 out.print("\t" + ((Float)(dfNumValues.get(rows[i]))).intValue());
2 26 Feb 07 jari 179                                 out.print("\t" + ((Float)(dfDenomValues.get(rows[i]))).intValue());
2 26 Feb 07 jari 180                                 out.print("\t" + ((Float)(pValues.get(rows[i]))).floatValue());
2 26 Feb 07 jari 181                                 out.print("\n");
2 26 Feb 07 jari 182                             }
2 26 Feb 07 jari 183                             out.println();
2 26 Feb 07 jari 184                             out.flush();
2 26 Feb 07 jari 185                             out.close();
2 26 Feb 07 jari 186                        } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 187                             //e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 188                         }
2 26 Feb 07 jari 189                         //this is where a real application would save the file.
2 26 Feb 07 jari 190                         //log.append("Saving: " + file.getName() + "." + newline);
2 26 Feb 07 jari 191                     } else {
2 26 Feb 07 jari 192                         //log.append("Save command cancelled by user." + newline);
2 26 Feb 07 jari 193                     }                
2 26 Feb 07 jari 194             }
2 26 Feb 07 jari 195         });
2 26 Feb 07 jari 196         
2 26 Feb 07 jari 197         popup.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 198         
2 26 Feb 07 jari 199         fValuesTable.addMouseListener(new MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 200             public void mousePressed(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 201                 maybeShowPopup(e);
2 26 Feb 07 jari 202             }
2 26 Feb 07 jari 203             
2 26 Feb 07 jari 204             public void mouseReleased(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 205                 maybeShowPopup(e);
2 26 Feb 07 jari 206             }
2 26 Feb 07 jari 207             
2 26 Feb 07 jari 208             private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 209                 if (e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 210                     popup.show(e.getComponent(),
2 26 Feb 07 jari 211                     e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 212                 }
2 26 Feb 07 jari 213             }            
2 26 Feb 07 jari 214
2 26 Feb 07 jari 215         });        
2 26 Feb 07 jari 216         
2 26 Feb 07 jari 217         return panel;
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /**
2 26 Feb 07 jari 221      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 224         JPanel panel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 225         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 226         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 227         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 228         panel.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 229         constraints.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 230         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 231         gridbag.setConstraints(header, constraints);
2 26 Feb 07 jari 232         panel.add(header); 
2 26 Feb 07 jari 233         return panel;
2 26 Feb 07 jari 234   //return header;
2 26 Feb 07 jari 235     }    
2 26 Feb 07 jari 236
2 26 Feb 07 jari 237     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 238     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 239   
2 26 Feb 07 jari 240   gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 241   gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 242   gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 243   gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 244   gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 245   gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 246     }    
2 26 Feb 07 jari 247
2 26 Feb 07 jari 248     
2 26 Feb 07 jari 249     class FValuesTableModel extends AbstractTableModel {
2 26 Feb 07 jari 250         String[] columnNames;
2 26 Feb 07 jari 251         Object[][] tableData;
2 26 Feb 07 jari 252         
2 26 Feb 07 jari 253         public FValuesTableModel() {
2 26 Feb 07 jari 254             columnNames = new String[fieldNames.length + 2*geneGroupMeans[0].length + 6];
2 26 Feb 07 jari 255             int counter;
2 26 Feb 07 jari 256             for (counter = 0; counter < fieldNames.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 257                 columnNames[counter] = fieldNames[counter];
2 26 Feb 07 jari 258             }
2 26 Feb 07 jari 259             univCnt = counter;
2 26 Feb 07 jari 260             int counter2;
2 26 Feb 07 jari 261             int groupNum = 1;
2 26 Feb 07 jari 262             for (counter2 = 0; counter2 < 2*geneGroupMeans[0].length; counter2++) {
2 26 Feb 07 jari 263                 columnNames[counter + counter2] = "Group" + groupNum + " mean";
2 26 Feb 07 jari 264                 counter2++;
2 26 Feb 07 jari 265                 columnNames[counter + counter2] = "Group" + groupNum + " std.dev.";
2 26 Feb 07 jari 266                 groupNum++;
2 26 Feb 07 jari 267             }
2 26 Feb 07 jari 268             univCnt2 = counter2;
2 26 Feb 07 jari 269             int counter3 = counter + counter2;
2 26 Feb 07 jari 270             univCnt3 = counter3;
2 26 Feb 07 jari 271             columnNames[counter3] = "F-Ratio";
2 26 Feb 07 jari 272             columnNames[counter3 + 1] = "SS (Groups)";
2 26 Feb 07 jari 273             columnNames[counter3 + 2] = "SS (Error)";
2 26 Feb 07 jari 274             columnNames[counter3 + 3] = "df (Groups)";
2 26 Feb 07 jari 275             columnNames[counter3 + 4] = "df (Error)";
2 26 Feb 07 jari 276             columnNames[counter3 + 5] = "p-value";
2 26 Feb 07 jari 277                         
2 26 Feb 07 jari 278             tableData = new Object[rows.length][columnNames.length];
2 26 Feb 07 jari 279             
2 26 Feb 07 jari 280             //groupNum = 0;
2 26 Feb 07 jari 281             //System.out.println("counter = " + counter + ", counter3 = " + counter3);
2 26 Feb 07 jari 282             for (int i = 0; i < tableData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 283                 groupNum = 0;
2 26 Feb 07 jari 284                 for (int j = counter; j < counter3;) {
2 26 Feb 07 jari 285                     //if ((j >= counter) && (j < counter3)) {
2 26 Feb 07 jari 286                     //System.out.println("i = " + i + ", j = " + j + ", groupNum = " + groupNum);
2 26 Feb 07 jari 287                     if (Float.isNaN(geneGroupMeans[rows[i]][groupNum])) {
2 26 Feb 07 jari 288                         tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 289                     } else {
2 26 Feb 07 jari 290                         tableData[i][j] = new Float(geneGroupMeans[rows[i]][groupNum]);
2 26 Feb 07 jari 291                     }
2 26 Feb 07 jari 292                     j++;
2 26 Feb 07 jari 293                     
2 26 Feb 07 jari 294                     if (Float.isNaN(geneGroupSDs[rows[i]][groupNum])) {
2 26 Feb 07 jari 295                         tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 296                     } else {
2 26 Feb 07 jari 297                         tableData[i][j] = new Float(geneGroupSDs[rows[i]][groupNum]);
2 26 Feb 07 jari 298                     }
2 26 Feb 07 jari 299                     groupNum++;
2 26 Feb 07 jari 300                     j++;
2 26 Feb 07 jari 301                     //}
2 26 Feb 07 jari 302                 }
2 26 Feb 07 jari 303             }
2 26 Feb 07 jari 304              
2 26 Feb 07 jari 305             
2 26 Feb 07 jari 306             for (int i = 0; i < tableData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 307                 for (int j = 0; j < tableData[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 308                     if (j < counter) {
2 26 Feb 07 jari 309                         tableData[i][j] = data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(rows[i]), j);
2 26 Feb 07 jari 310                     } else if ((j >= counter) && (j < counter3)) {
2 26 Feb 07 jari 311                         //do nothing
2 26 Feb 07 jari 312                     } else if (j == counter3) {
2 26 Feb 07 jari 313                         float f = ((Float)(fValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 314                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 315                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 316                         } else {
2 26 Feb 07 jari 317                             tableData[i][j] = (Float)(fValues.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 318                         }
2 26 Feb 07 jari 319                         
2 26 Feb 07 jari 320                     } else if (j == counter3 + 1) {
2 26 Feb 07 jari 321                         
2 26 Feb 07 jari 322                         float f = ((Float)(ssGroups.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 323                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 324                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 325                         } else {
2 26 Feb 07 jari 326                             tableData[i][j] = (Float)(ssGroups.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 327                         }
2 26 Feb 07 jari 328
2 26 Feb 07 jari 329                     } else if (j == counter3 + 2) {
2 26 Feb 07 jari 330                         
2 26 Feb 07 jari 331                         float f = ((Float)(ssError.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 332                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 333                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 334                         } else {
2 26 Feb 07 jari 335                             tableData[i][j] = (Float)(ssError.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 336                         }
2 26 Feb 07 jari 337                        
2 26 Feb 07 jari 338                     } else if (j == counter3 + 3) {
2 26 Feb 07 jari 339                         
2 26 Feb 07 jari 340                         float f = ((Float)(dfNumValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 341                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 342                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 343                         } else {
2 26 Feb 07 jari 344                             tableData[i][j] = (Float)(dfNumValues.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 345                         }
2 26 Feb 07 jari 346
2 26 Feb 07 jari 347                     } else if (j == counter3 + 4) {
2 26 Feb 07 jari 348                         float f = ((Float)(dfDenomValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 349                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 350                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 351                         } else {
2 26 Feb 07 jari 352                             tableData[i][j] = (Float)(dfDenomValues.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 353                         }
2 26 Feb 07 jari 354                     } else if (j == counter3 + 5) {
2 26 Feb 07 jari 355                         float f = ((Float)(pValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 356                         if (Float.isNaN(f)) {
2 26 Feb 07 jari 357                             tableData[i][j] = "N/A";
2 26 Feb 07 jari 358                         } else {                        
2 26 Feb 07 jari 359                             tableData[i][j] = (Float)(pValues.get(rows[i]));
2 26 Feb 07 jari 360                         }
2 26 Feb 07 jari 361                     } 
2 26 Feb 07 jari 362                 }
2 26 Feb 07 jari 363             }
2 26 Feb 07 jari 364         }
2 26 Feb 07 jari 365         
2 26 Feb 07 jari 366         public int getColumnCount() {
2 26 Feb 07 jari 367             return columnNames.length;
2 26 Feb 07 jari 368         }
2 26 Feb 07 jari 369         
2 26 Feb 07 jari 370         public int getRowCount() {
2 26 Feb 07 jari 371             return tableData.length;
2 26 Feb 07 jari 372         }
2 26 Feb 07 jari 373         
2 26 Feb 07 jari 374         public String getColumnName(int col) {
2 26 Feb 07 jari 375             return columnNames[col];
2 26 Feb 07 jari 376         }
2 26 Feb 07 jari 377         
2 26 Feb 07 jari 378         public Object getValueAt(int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 379             return tableData[row][col];
2 26 Feb 07 jari 380         }
2 26 Feb 07 jari 381         
2 26 Feb 07 jari 382         public void setValueAt(Object value, int row, int col) {
2 26 Feb 07 jari 383             tableData[row][col] = value;
2 26 Feb 07 jari 384             fireTableCellUpdated(row, col);
2 26 Feb 07 jari 385         }        
2 26 Feb 07 jari 386         /*
2 26 Feb 07 jari 387         public Class getColumnClass(int c) {
2 26 Feb 07 jari 388             if (c < fieldNames.length) {
2 26 Feb 07 jari 389                 return (new String()).getClass();
2 26 Feb 07 jari 390             } else {
2 26 Feb 07 jari 391                 return (new Float(1.0f)).getClass();
2 26 Feb 07 jari 392             }
2 26 Feb 07 jari 393             //return getValueAt(0, c).getClass();
2 26 Feb 07 jari 394         }
2 26 Feb 07 jari 395          */
2 26 Feb 07 jari 396     }    
2 26 Feb 07 jari 397
2 26 Feb 07 jari 398     
2 26 Feb 07 jari 399     /**
2 26 Feb 07 jari 400      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 401      */
2 26 Feb 07 jari 402     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 403   int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 404   int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 405   if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 406       header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 407   } else {
2 26 Feb 07 jari 408       content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 409   }
2 26 Feb 07 jari 410     } 
2 26 Feb 07 jari 411     
2 26 Feb 07 jari 412     public void addMouseListenerToHeaderInTable(JTable table) { 
2 26 Feb 07 jari 413         //final TableSorter sorter = this; 
2 26 Feb 07 jari 414         final JTable tableView = table; 
2 26 Feb 07 jari 415         tableView.setColumnSelectionAllowed(false); 
2 26 Feb 07 jari 416         MouseAdapter listMouseListener = new MouseAdapter() {
2 26 Feb 07 jari 417             public void mouseClicked(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 418                 TableColumnModel columnModel = tableView.getColumnModel();
2 26 Feb 07 jari 419                 int viewColumn = columnModel.getColumnIndexAtX(e.getX()); 
2 26 Feb 07 jari 420                 int column = tableView.convertColumnIndexToModel(viewColumn); 
2 26 Feb 07 jari 421                 if (e.getClickCount() == 1 && column != -1) {
2 26 Feb 07 jari 422                     //System.out.println("Sorting ..."); 
2 26 Feb 07 jari 423                     int shiftPressed = e.getModifiers()&InputEvent.SHIFT_MASK; 
2 26 Feb 07 jari 424                     int controlPressed = e.getModifiers()&InputEvent.CTRL_MASK;
2 26 Feb 07 jari 425                     //boolean ascending = (shiftPressed == 0); 
2 26 Feb 07 jari 426                     boolean originalOrder = (controlPressed != 0);
2 26 Feb 07 jari 427                     sortByColumn(column, !(sortedAscending[column]), originalOrder);
2 26 Feb 07 jari 428                     sortedAscending[column] = !(sortedAscending[column]);  
2 26 Feb 07 jari 429                     if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 430                         for (int i = 0; i < fModel.getColumnCount(); i++)
2 26 Feb 07 jari 431                         sortedAscending[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 432                     }                    
2 26 Feb 07 jari 433                     //sortByColumn(column, ascending, originalOrder); 
2 26 Feb 07 jari 434                 }
2 26 Feb 07 jari 435             }
2 26 Feb 07 jari 436         };
2 26 Feb 07 jari 437         JTableHeader th = tableView.getTableHeader(); 
2 26 Feb 07 jari 438         th.addMouseListener(listMouseListener); 
2 26 Feb 07 jari 439     } 
2 26 Feb 07 jari 440     
2 26 Feb 07 jari 441     public void sortByColumn(int column, boolean ascending, boolean originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 442         if (originalOrder) {
2 26 Feb 07 jari 443             for (int i = 0; i < fModel.getRowCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 444                 for (int j = 0; j < fModel.getColumnCount(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 445                     fModel.setValueAt(origData[i][j], i, j);
2 26 Feb 07 jari 446                 }
2 26 Feb 07 jari 447             } 
2 26 Feb 07 jari 448             return;
2 26 Feb 07 jari 449         }
2 26 Feb 07 jari 450         Object[][] sortedData = new Object[fValuesTable.getRowCount()][fValuesTable.getColumnCount()]; 
2 26 Feb 07 jari 451         float[] origArray = new float[rows.length];
2 26 Feb 07 jari 452         SortableField[] sortFields = new SortableField[rows.length]; 
2 26 Feb 07 jari 453         if (column < fieldNames.length) {
2 26 Feb 07 jari 454             //SortableField[] sortFields = new SortableField[rows.length];
2 26 Feb 07 jari 455             for (int i = 0; i < sortFields.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 456                 sortFields[i] = new SortableField(i, column);
2 26 Feb 07 jari 457                 //Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 458             }
2 26 Feb 07 jari 459             Arrays.sort(sortFields);
2 26 Feb 07 jari 460             //return;
2 26 Feb 07 jari 461         } else if (column == univCnt3) {
2 26 Feb 07 jari 462             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 463                 origArray[i] = ((Float)(fValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 464             }
2 26 Feb 07 jari 465         } else if (column == univCnt3 + 1) {
2 26 Feb 07 jari 466             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 467                 origArray[i] = ((Float)(ssGroups.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 468             }
2 26 Feb 07 jari 469         } else if (column == univCnt3 + 2) {
2 26 Feb 07 jari 470             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 471                 origArray[i] = ((Float)(ssError.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 472             }            
2 26 Feb 07 jari 473         } else if (column == univCnt3 + 3) {
2 26 Feb 07 jari 474             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 475                 origArray[i] = ((Float)(dfNumValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 476             }            
2 26 Feb 07 jari 477         } else if (column == univCnt3 + 4) {
2 26 Feb 07 jari 478             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 479                 origArray[i] = ((Float)(dfDenomValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 480             }            
2 26 Feb 07 jari 481         } else if (column == univCnt3 + 5) {
2 26 Feb 07 jari 482             for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 483                 origArray[i] = ((Float)(pValues.get(rows[i]))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 484             }            
2 26 Feb 07 jari 485         } else {
2 26 Feb 07 jari 486             int currentIndex = column - fieldNames.length;
2 26 Feb 07 jari 487             int newIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 488             if ((int)(currentIndex%2) == 0) {
2 26 Feb 07 jari 489                 newIndex = (int)(currentIndex/2);
2 26 Feb 07 jari 490                 for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 491                     origArray[i] = geneGroupMeans[rows[i]][newIndex];
2 26 Feb 07 jari 492                 }
2 26 Feb 07 jari 493             } else {
2 26 Feb 07 jari 494                 newIndex = (int)((currentIndex - 1)/2);
2 26 Feb 07 jari 495                 for (int i = 0; i < origArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 496                     origArray[i] = geneGroupSDs[rows[i]][newIndex];
2 26 Feb 07 jari 497                 }
2 26 Feb 07 jari 498             }
2 26 Feb 07 jari 499         }
2 26 Feb 07 jari 500         
2 26 Feb 07 jari 501         int[] sortedIndices = new int[rows.length];
2 26 Feb 07 jari 502         if (column >= fieldNames.length) {
2 26 Feb 07 jari 503             QSort sortArray = new QSort(origArray);
2 26 Feb 07 jari 504             sortedIndices = sortArray.getOrigIndx();
2 26 Feb 07 jari 505         } else {
2 26 Feb 07 jari 506             for (int i = 0; i < sortedIndices.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 507                 sortedIndices[i] = sortFields[i].getIndex();
2 26 Feb 07 jari 508             }
2 26 Feb 07 jari 509         }
2 26 Feb 07 jari 510         if (!ascending) {
2 26 Feb 07 jari 511             sortedIndices = reverse(sortedIndices);
2 26 Feb 07 jari 512         }
2 26 Feb 07 jari 513         //sortedIndices = sortNaNs(sortedIndices); //QSort does not appear to handle NaN's well, they show up in the middle of the sorted array
2 26 Feb 07 jari 514         for (int i = 0; i < sortedData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 515             for (int j = 0; j < sortedData[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 516                 //sortedData[i][j] = tModel.getValueAt(sortedMeansAIndices[i], j);
2 26 Feb 07 jari 517                 sortedData[i][j] = origData[sortedIndices[i]][j];
2 26 Feb 07 jari 518             }
2 26 Feb 07 jari 519         }
2 26 Feb 07 jari 520         
2 26 Feb 07 jari 521         for (int i = 0; i < sortedData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 522             for (int j = 0; j < sortedData[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 523                 fModel.setValueAt(sortedData[i][j], i, j);
2 26 Feb 07 jari 524             }
2 26 Feb 07 jari 525         }        
2 26 Feb 07 jari 526     }
2 26 Feb 07 jari 527     
2 26 Feb 07 jari 528     private int[] reverse(int[] arr) {
2 26 Feb 07 jari 529         int[] revArr = new int[arr.length];
2 26 Feb 07 jari 530         int  revCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 531         int count = arr.length - 1;
2 26 Feb 07 jari 532         for (int i=0; i < arr.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 533             revArr[revCount] = arr[count];
2 26 Feb 07 jari 534             revCount++;
2 26 Feb 07 jari 535             count--;
2 26 Feb 07 jari 536         }
2 26 Feb 07 jari 537         return revArr; 
2 26 Feb 07 jari 538     }
2 26 Feb 07 jari 539  
2 26 Feb 07 jari 540     private class SortableField implements Comparable {
2 26 Feb 07 jari 541         private String field;
2 26 Feb 07 jari 542         private int index;
2 26 Feb 07 jari 543         
2 26 Feb 07 jari 544         SortableField(int index, int column) {
2 26 Feb 07 jari 545             this.index = index;
2 26 Feb 07 jari 546             this.field = (String)(origData[index][column]);
2 26 Feb 07 jari 547             //System.out.println("SortableField[" + index + "][" + column + "]: index = " + index + ", field = " + field);
2 26 Feb 07 jari 548         }
2 26 Feb 07 jari 549         
2 26 Feb 07 jari 550         public int compareTo(Object other) {
2 26 Feb 07 jari 551             SortableField otherField = (SortableField)other;
2 26 Feb 07 jari 552             return this.field.compareTo(otherField.getField());
2 26 Feb 07 jari 553         }
2 26 Feb 07 jari 554         
2 26 Feb 07 jari 555         public int getIndex() {
2 26 Feb 07 jari 556             return this.index;
2 26 Feb 07 jari 557         }
2 26 Feb 07 jari 558         public String getField() {
2 26 Feb 07 jari 559             return this.field;
2 26 Feb 07 jari 560         }
2 26 Feb 07 jari 561     }    
2 26 Feb 07 jari 562 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)