mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/owa/OWAInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: OWAInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.9 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.owa;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 /**
2 26 Feb 07 jari 29  *
2 26 Feb 07 jari 30  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 31  * @version 
2 26 Feb 07 jari 32  */
2 26 Feb 07 jari 33 public class OWAInfoViewer extends ViewerAdapter {
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 36     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 37     /** Creates new OWAInfoViewer */
2 26 Feb 07 jari 38     public OWAInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 39   header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 40   content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 41   setMaxWidth(content, header);        
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     public OWAInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 44       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 45       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 46       setMaxWidth(content, header);        
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     /**
2 26 Feb 07 jari 49      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 52   return content;
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 59   return header;
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 66   JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 67   panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 68   GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 69   gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 70   gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 71   panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 72   return panel;
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 79   JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 80   area.setEditable(false);        
2 26 Feb 07 jari 81         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));        
2 26 Feb 07 jari 82   StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 83   for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 84       if (counter == 0) {
2 26 Feb 07 jari 85     sb.append("Significant genes ");
2 26 Feb 07 jari 86     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 87     sb.append("# of Significant Genes: " +clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 88     sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 89     sb.append("% of Genes that are Signficant: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 90     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 91       } else {
2 26 Feb 07 jari 92     sb.append("Non-significant genes ");
2 26 Feb 07 jari 93     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 94     sb.append("# of non-significant Genes: " +clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 95     sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 96     sb.append("% of Genes that are not signficant: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 97     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 98       }
2 26 Feb 07 jari 99   }
2 26 Feb 07 jari 100   area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 101   area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 102   return area;
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     /**
2 26 Feb 07 jari 106      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 109   int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 110   int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 111   if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 112       header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 113   } else {
2 26 Feb 07 jari 114       content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 115   }
2 26 Feb 07 jari 116     }    
2 26 Feb 07 jari 117
2 26 Feb 07 jari 118     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 121         return null;
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)