mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/owa/OneWayANOVAInitBox.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: OneWayANOVAInitBox.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:32:38 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.owa;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.WindowAdapter;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.BufferedReader;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.io.FileOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.io.FileReader;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.io.PrintWriter;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.BorderFactory;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JButton;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.JFileChooser;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.swing.JScrollPane;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.ScrollPaneConstants;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.border.BevelBorder;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 48
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.HCLSigOnlyPanel;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53 /**
2 26 Feb 07 jari 54  *
2 26 Feb 07 jari 55  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 56  * @version 
2 26 Feb 07 jari 57  */
2 26 Feb 07 jari 58 public class OneWayANOVAInitBox extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 59
2 26 Feb 07 jari 60     public static final int JUST_ALPHA = 1;
2 26 Feb 07 jari 61     public static final int STD_BONFERRONI = 2;
2 26 Feb 07 jari 62     public static final int ADJ_BONFERRONI = 3;
2 26 Feb 07 jari 63     public static final int MAX_T = 9; 
2 26 Feb 07 jari 64     public static final int FALSE_NUM = 12;
2 26 Feb 07 jari 65     public static final int FALSE_PROP = 13;    
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     boolean okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 68     Vector exptNames;    
2 26 Feb 07 jari 69     MultiClassPanel mPanel; 
2 26 Feb 07 jari 70     PermOrFDistPanel permPanel;
2 26 Feb 07 jari 71     PValuePanel pPanel;
2 26 Feb 07 jari 72     //HCLSelectionPanel hclOpsPanel;    
2 26 Feb 07 jari 73     HCLSigOnlyPanel hclOpsPanel;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /** Creates new OneWayANOVAInitBox */
2 26 Feb 07 jari 76     public OneWayANOVAInitBox(JFrame parentFrame, boolean modality, Vector exptNames) {
2 26 Feb 07 jari 77         super(parentFrame, "One-way ANOVA Initialization", modality);
2 26 Feb 07 jari 78         this.exptNames = exptNames;  
2 26 Feb 07 jari 79         setBounds(0, 0, 800, 850);
2 26 Feb 07 jari 80         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 81         setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
2 26 Feb 07 jari 82         GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 83         GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 84         constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 87         pane.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         mPanel = new MultiClassPanel();
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91         buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 80);
2 26 Feb 07 jari 92         gridbag.setConstraints(mPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 93         pane.add(mPanel);   
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         permPanel = new PermOrFDistPanel();
2 26 Feb 07 jari 96         buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 5);
2 26 Feb 07 jari 97         gridbag.setConstraints(permPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 98         pane.add(permPanel);        
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100         pPanel = new PValuePanel();
2 26 Feb 07 jari 101         buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 10);
2 26 Feb 07 jari 102         gridbag.setConstraints(pPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 103         pane.add(pPanel);
2 26 Feb 07 jari 104         
2 26 Feb 07 jari 105         hclOpsPanel = new HCLSigOnlyPanel();
2 26 Feb 07 jari 106         buildConstraints(constraints, 0, 3, 1, 1, 0, 5);
2 26 Feb 07 jari 107         gridbag.setConstraints(hclOpsPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 108         pane.add(hclOpsPanel);        
2 26 Feb 07 jari 109         
2 26 Feb 07 jari 110         addContent(pane);
2 26 Feb 07 jari 111         EventListener listener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 112         setActionListeners(listener);
2 26 Feb 07 jari 113         this.addWindowListener(listener);  
2 26 Feb 07 jari 114         //pack();
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     
2 26 Feb 07 jari 118     public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 119         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 120         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 123         
2 26 Feb 07 jari 124         if (visible) {
2 26 Feb 07 jari 125             //bPanel.okButton.requestFocus(); //UNCOMMMENT THIS LATER
2 26 Feb 07 jari 126         }
2 26 Feb 07 jari 127     }
2 26 Feb 07 jari 128     
2 26 Feb 07 jari 129     void buildConstraints(GridBagConstraints gbc, int gx, int gy,
2 26 Feb 07 jari 130     int gw, int gh, int wx, int wy) {
2 26 Feb 07 jari 131         
2 26 Feb 07 jari 132         gbc.gridx = gx;
2 26 Feb 07 jari 133         gbc.gridy = gy;
2 26 Feb 07 jari 134         gbc.gridwidth = gw;
2 26 Feb 07 jari 135         gbc.gridheight = gh;
2 26 Feb 07 jari 136         gbc.weightx = wx;
2 26 Feb 07 jari 137         gbc.weighty = wy;
2 26 Feb 07 jari 138     }
2 26 Feb 07 jari 139     
2 26 Feb 07 jari 140     
2 26 Feb 07 jari 141     public boolean isOkPressed() {
2 26 Feb 07 jari 142         return okPressed;
2 26 Feb 07 jari 143     }    
2 26 Feb 07 jari 144     
2 26 Feb 07 jari 145     public boolean drawTrees() {
2 26 Feb 07 jari 146         return this.hclOpsPanel.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 147     }   
2 26 Feb 07 jari 148     
2 26 Feb 07 jari 149     public boolean drawSigTreesOnly() {
2 26 Feb 07 jari 150         return hclOpsPanel.drawSigTreesOnly();
2 26 Feb 07 jari 151     }    
2 26 Feb 07 jari 152     
2 26 Feb 07 jari 153     class MultiClassPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 154         NumGroupsPanel ngPanel;
2 26 Feb 07 jari 155         GridBagConstraints constraints;
2 26 Feb 07 jari 156         GridBagLayout gridbag;
2 26 Feb 07 jari 157         JPanel dummyPanel;
2 26 Feb 07 jari 158         MultiGroupExperimentsPanel mulgPanel;
2 26 Feb 07 jari 159         int numGroups;
2 26 Feb 07 jari 160         //Vector exptNames;
2 26 Feb 07 jari 161         
2 26 Feb 07 jari 162         public MultiClassPanel(/*Vector exptNames*/) {
2 26 Feb 07 jari 163             constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 164             gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 165             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 166             //this.exptNames = exptNames;
2 26 Feb 07 jari 167             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 168             ngPanel = new NumGroupsPanel();
2 26 Feb 07 jari 169             
2 26 Feb 07 jari 170             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 10);
2 26 Feb 07 jari 171             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 172             gridbag.setConstraints(ngPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 173             ngPanel.okButton.addActionListener(new ActionListener(){
2 26 Feb 07 jari 174                 public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 175                     ngPanel.okPressed = true;
2 26 Feb 07 jari 176                     try {
2 26 Feb 07 jari 177                         numGroups = Integer.parseInt(ngPanel.numGroupsField.getText());
2 26 Feb 07 jari 178                         if (numGroups <= 2) {
2 26 Feb 07 jari 179                             JOptionPane.showMessageDialog(null, "Please enter a positive integer > 2!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 180                         } else {
2 26 Feb 07 jari 181                             mulgPanel = new MultiGroupExperimentsPanel(exptNames, numGroups);
2 26 Feb 07 jari 182                             //System.out.println("OK Pressed");
2 26 Feb 07 jari 183                             //JButton dummyButton  = new JButton("dummyButton");
2 26 Feb 07 jari 184                             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 90);
2 26 Feb 07 jari 185                             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 186                             gridbag.setConstraints(mulgPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 187                             //dummyButton.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 188                             MultiClassPanel.this.remove(dummyPanel);
2 26 Feb 07 jari 189                             MultiClassPanel.this.add(mulgPanel);
2 26 Feb 07 jari 190                             //MultiClassPanel.this.add(dummyButton);
2 26 Feb 07 jari 191                             MultiClassPanel.this.validate();
2 26 Feb 07 jari 192                             ngPanel.okButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 193                             ngPanel.numGroupsField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 194                         }
2 26 Feb 07 jari 195                         //MultiClassPanel.this.repaint();
2 26 Feb 07 jari 196                         //dispose();
2 26 Feb 07 jari 197                     } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 198                         JOptionPane.showMessageDialog(null, "Please enter a positive integer > 2!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 199                     }
2 26 Feb 07 jari 200                 }
2 26 Feb 07 jari 201             });
2 26 Feb 07 jari 202             this.add(ngPanel);
2 26 Feb 07 jari 203             
2 26 Feb 07 jari 204             
2 26 Feb 07 jari 205             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 90);
2 26 Feb 07 jari 206             dummyPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 207             dummyPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 208             gridbag.setConstraints(dummyPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 209             this.add(dummyPanel);
2 26 Feb 07 jari 210         }
2 26 Feb 07 jari 211         
2 26 Feb 07 jari 212         
2 26 Feb 07 jari 213         class NumGroupsPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 214             JTextField numGroupsField;
2 26 Feb 07 jari 215             JButton okButton;
2 26 Feb 07 jari 216             boolean okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 217             
2 26 Feb 07 jari 218             public NumGroupsPanel() {
2 26 Feb 07 jari 219                 setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 220                 GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 221                 GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 222                 
2 26 Feb 07 jari 223                 //JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 224                 this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 225                 
2 26 Feb 07 jari 226                 JLabel numGroupsLabel = new JLabel("Number of groups ");
2 26 Feb 07 jari 227                 buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 30, 100);
2 26 Feb 07 jari 228                 constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 229                 gridbag.setConstraints(numGroupsLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 230                 this.add(numGroupsLabel);
2 26 Feb 07 jari 231                 
2 26 Feb 07 jari 232                 numGroupsField = new JTextField("", 7);
2 26 Feb 07 jari 233                 constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 234                 buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 30, 0);
2 26 Feb 07 jari 235                 gridbag.setConstraints(numGroupsField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 236                 this.add(numGroupsField);
2 26 Feb 07 jari 237                 
2 26 Feb 07 jari 238                 okButton = new JButton("OK");
2 26 Feb 07 jari 239                 buildConstraints(constraints, 2, 0, 1, 1, 40, 0);
2 26 Feb 07 jari 240                 gridbag.setConstraints(okButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 241  
2 26 Feb 07 jari 242                 this.add(okButton);
2 26 Feb 07 jari 243                 
2 26 Feb 07 jari 244             }
2 26 Feb 07 jari 245             
2 26 Feb 07 jari 246             
2 26 Feb 07 jari 247             
2 26 Feb 07 jari 248             public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 249                 //Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 250                 setLocation((MultiClassPanel.this.getWidth() - getSize().width)/2, (MultiClassPanel.this.getHeight() - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 251                 
2 26 Feb 07 jari 252                 super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 253                 
2 26 Feb 07 jari 254                 if (visible) {
2 26 Feb 07 jari 255                     //bPanel.okButton.requestFocus(); //UNCOMMMENT THIS LATER
2 26 Feb 07 jari 256                 }
2 26 Feb 07 jari 257             }
2 26 Feb 07 jari 258             
2 26 Feb 07 jari 259             public boolean isOkPressed() {
2 26 Feb 07 jari 260                 return okPressed;
2 26 Feb 07 jari 261             }
2 26 Feb 07 jari 262             
2 26 Feb 07 jari 263         }
2 26 Feb 07 jari 264         
2 26 Feb 07 jari 265         class MultiGroupExperimentsPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 266             int numPanels = 0;
2 26 Feb 07 jari 267             JLabel[] expLabels;
2 26 Feb 07 jari 268             JRadioButton[][] exptGroupRadioButtons;
2 26 Feb 07 jari 269             JRadioButton[] notInGroupRadioButtons;
2 26 Feb 07 jari 270             MultiGroupExperimentsPanel(Vector exptNames, int numGroups) {
2 26 Feb 07 jari 271                 this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Group Assignments", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 272                 setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 273
2 26 Feb 07 jari 274                // JPanel panel1 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 275                 expLabels = new JLabel[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 276                 exptGroupRadioButtons = new JRadioButton[numGroups][exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 277                 numPanels = exptNames.size()/512 + 1;
2 26 Feb 07 jari 278                 
2 26 Feb 07 jari 279                 //groupARadioButtons = new JRadioButton[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 280                 //groupBRadioButtons = new JRadioButton[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 281                 notInGroupRadioButtons = new JRadioButton[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 282                 ButtonGroup chooseGroup[] = new ButtonGroup[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 283                 
2 26 Feb 07 jari 284                 GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 285                 GridBagLayout gridbag2 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 286                 GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 287                 this.setLayout(gridbag2);
2 26 Feb 07 jari 288 //                panel1.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 289   
2 26 Feb 07 jari 290
2 26 Feb 07 jari 291                 JPanel [] panels = new JPanel[numPanels];
2 26 Feb 07 jari 292                 
2 26 Feb 07 jari 293                 int currPanel = 0;
2 26 Feb 07 jari 294                 for(int i = 0; i < panels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 295                     panels[i] = new JPanel(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 296                 }
2 26 Feb 07 jari 297                 
2 26 Feb 07 jari 298                 for (int i = 0; i < exptNames.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 299                     String s1 = (String)(exptNames.get(i));
2 26 Feb 07 jari 300                     expLabels[i] = new JLabel(s1);
2 26 Feb 07 jari 301                     chooseGroup[i] = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 302                     for (int j = 0; j < numGroups; j++) {
2 26 Feb 07 jari 303                         exptGroupRadioButtons[j][i] = new JRadioButton("Group " + (j + 1) + "     ", j == 0? true: false);
2 26 Feb 07 jari 304                         chooseGroup[i].add(exptGroupRadioButtons[j][i]);
2 26 Feb 07 jari 305                     }
2 26 Feb 07 jari 306                     
2 26 Feb 07 jari 307                     //set current panel
2 26 Feb 07 jari 308                     currPanel = i / 512;
2 26 Feb 07 jari 309                     
2 26 Feb 07 jari 310                     notInGroupRadioButtons[i] = new JRadioButton("Not in groups", false);
2 26 Feb 07 jari 311                     chooseGroup[i].add(notInGroupRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 312                     
2 26 Feb 07 jari 313                 
2 26 Feb 07 jari 314                     for (int j = 0; j < numGroups; j++) {
2 26 Feb 07 jari 315                         buildConstraints(constraints, j, i%512, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 316                         //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 317                         gridbag.setConstraints(exptGroupRadioButtons[j][i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 318                         panels[currPanel].add(exptGroupRadioButtons[j][i]);
2 26 Feb 07 jari 319                         // panel1.add(exptGroupRadioButtons[j][i]);
2 26 Feb 07 jari 320                     }
2 26 Feb 07 jari 321                     
2 26 Feb 07 jari 322                     buildConstraints(constraints, (numGroups + 1), i%512, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 323                     //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 324                     gridbag.setConstraints(notInGroupRadioButtons[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 325                     
2 26 Feb 07 jari 326                     
2 26 Feb 07 jari 327                     //panel1.add(notInGroupRadioButtons[i]);
2 26 Feb 07 jari 328                     panels[currPanel].add(notInGroupRadioButtons[i]);                    
2 26 Feb 07 jari 329                     
2 26 Feb 07 jari 330                     
2 26 Feb 07 jari 331                 }
2 26 Feb 07 jari 332                 
2 26 Feb 07 jari 333                 int maxLabelWidth = 0;
2 26 Feb 07 jari 334                 
2 26 Feb 07 jari 335                 for (int i = 0; i < expLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 336                     if (expLabels[i].getPreferredSize().getWidth() > maxLabelWidth) {
2 26 Feb 07 jari 337                         maxLabelWidth = (int)Math.ceil(expLabels[i].getPreferredSize().getWidth());
2 26 Feb 07 jari 338                     }
2 26 Feb 07 jari 339                 }
2 26 Feb 07 jari 340                 
2 26 Feb 07 jari 341                 JPanel bigPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 342                 
2 26 Feb 07 jari 343                 for(int i = 0; i < numPanels; i++) {
2 26 Feb 07 jari 344                     bigPanel.add(panels[i] ,new GridBagConstraints(0,i,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0));
2 26 Feb 07 jari 345                 }
2 26 Feb 07 jari 346                 
2 26 Feb 07 jari 347                 JScrollPane scroll = new JScrollPane(bigPanel);
2 26 Feb 07 jari 348                 scroll.setHorizontalScrollBarPolicy(ScrollPaneConstants.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 349                 scroll.setVerticalScrollBarPolicy(ScrollPaneConstants.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
2 26 Feb 07 jari 350                 
2 26 Feb 07 jari 351                 
2 26 Feb 07 jari 352                 
2 26 Feb 07 jari 353                 JPanel [] exptNameHeaderPanels = new JPanel[this.numPanels];
2 26 Feb 07 jari 354                 GridBagLayout exptHeaderGridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 355                 //exptNameHeaderPanel.HEIGHT = panel1.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 356                 //System.out.println("panel1.preferredSise().height = " + panel1.getPreferredSize().height);
2 26 Feb 07 jari 357                 for(int i = 0; i < exptNameHeaderPanels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 358                     exptNameHeaderPanels[i] = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 359                     exptNameHeaderPanels[i].setSize(50, panels[i].getPreferredSize().height);
2 26 Feb 07 jari 360                     exptNameHeaderPanels[i].setPreferredSize(new Dimension(maxLabelWidth + 10, panels[i].getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 361                     exptNameHeaderPanels[i].setLayout(exptHeaderGridbag);
2 26 Feb 07 jari 362                 }
2 26 Feb 07 jari 363                 //scroll.getRowHeader().setLayout(exptHeaderGridbag);
2 26 Feb 07 jari 364                 
2 26 Feb 07 jari 365                 //need to possibly add to additional panels if number of exp. excedes 512
2 26 Feb 07 jari 366                 for (int i = 0; i < expLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 367                     currPanel = i / 512;
2 26 Feb 07 jari 368                     buildConstraints(constraints, 0, i%512, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 369                     constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 370                     exptHeaderGridbag.setConstraints(expLabels[i], constraints);
2 26 Feb 07 jari 371                     exptNameHeaderPanels[currPanel].add(expLabels[i]);
2 26 Feb 07 jari 372                 }
2 26 Feb 07 jari 373
2 26 Feb 07 jari 374                 JPanel headerPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 375                 for(int i = 0; i < exptNameHeaderPanels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 376                     headerPanel.add(exptNameHeaderPanels[i], new GridBagConstraints(0,i,1,1,1,1, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0,0,0,0),0,0)); 
2 26 Feb 07 jari 377                 }
2 26 Feb 07 jari 378                 
2 26 Feb 07 jari 379                 scroll.setRowHeaderView(headerPanel);
2 26 Feb 07 jari 380                 
2 26 Feb 07 jari 381                 buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 90);
2 26 Feb 07 jari 382                 constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 383                 gridbag2.setConstraints(scroll, constraints);
2 26 Feb 07 jari 384                 this.add(scroll);
2 26 Feb 07 jari 385                 
2 26 Feb 07 jari 386                 JLabel label1 = new JLabel("Note: Each group MUST each contain more than one sample.");
2 26 Feb 07 jari 387                 label1.setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 388                 buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 0, 5);
2 26 Feb 07 jari 389                 constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 390                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 391                 gridbag2.setConstraints(label1, constraints);
2 26 Feb 07 jari 392                 this.add(label1);
2 26 Feb 07 jari 393                 
2 26 Feb 07 jari 394                 JPanel panel2 = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 395                 GridBagLayout gridbag3 = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 396                 panel2.setLayout(gridbag3);
2 26 Feb 07 jari 397                 panel2.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 398                 JButton saveButton = new JButton("  Save settings  ");
2 26 Feb 07 jari 399                 saveButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 400                 saveButton.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.RAISED, Color.lightGray, Color.darkGray));
2 26 Feb 07 jari 401                 JButton loadButton = new JButton("  Load settings  ");
2 26 Feb 07 jari 402                 loadButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 403                 loadButton.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.RAISED, Color.lightGray, Color.darkGray));
2 26 Feb 07 jari 404                 JButton resetButton = new JButton("  Reset  ");
2 26 Feb 07 jari 405                 resetButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 406                 resetButton.setBorder(BorderFactory.createBevelBorder(BevelBorder.RAISED, Color.lightGray, Color.darkGray));
2 26 Feb 07 jari 407                 
2 26 Feb 07 jari 408                 
2 26 Feb 07 jari 409                 final int finNum = exptNames.size();
2 26 Feb 07 jari 410                 
2 26 Feb 07 jari 411                 resetButton.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 412                     public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 413                         for (int i = 0; i < finNum; i++) {
2 26 Feb 07 jari 414                             exptGroupRadioButtons[0][i].setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 415                         }
2 26 Feb 07 jari 416                     }
2 26 Feb 07 jari 417                 });
2 26 Feb 07 jari 418                 
2 26 Feb 07 jari 419                 final JFileChooser fc = new JFileChooser();
2 26 Feb 07 jari 420                 fc.setCurrentDirectory(new File("Data"));
2 26 Feb 07 jari 421                 
2 26 Feb 07 jari 422                 saveButton.addActionListener(new ActionListener(){
2 26 Feb 07 jari 423                     public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 424                         int returnVal = fc.showSaveDialog(MultiGroupExperimentsPanel.this);
2 26 Feb 07 jari 425                         if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 426                             File file = fc.getSelectedFile();
2 26 Feb 07 jari 427                             try {
2 26 Feb 07 jari 428                                 PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(file));
2 26 Feb 07 jari 429                                 int[] groupAssgn = getGroupAssignments();
2 26 Feb 07 jari 430                                 for (int i = 0; i < groupAssgn.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 431                                     out.print(groupAssgn[i]);
2 26 Feb 07 jari 432                                     if (i < groupAssgn.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 433                                         out.print("\n");
2 26 Feb 07 jari 434                                     }
2 26 Feb 07 jari 435                                 }
2 26 Feb 07 jari 436                                 out.println();
2 26 Feb 07 jari 437                                 out.flush();
2 26 Feb 07 jari 438                                 out.close();
2 26 Feb 07 jari 439                             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 440                                 //e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 441                             }
2 26 Feb 07 jari 442                             //this is where a real application would save the file.
2 26 Feb 07 jari 443                             //log.append("Saving: " + file.getName() + "." + newline);
2 26 Feb 07 jari 444                         } else {
2 26 Feb 07 jari 445                             //log.append("Save command cancelled by user." + newline);
2 26 Feb 07 jari 446                         }
2 26 Feb 07 jari 447                     }
2 26 Feb 07 jari 448                 });
2 26 Feb 07 jari 449                 
2 26 Feb 07 jari 450                 
2 26 Feb 07 jari 451                 //NEED TO REWORK THIS FOR MULTICLASS
2 26 Feb 07 jari 452                 
2 26 Feb 07 jari 453                 loadButton.addActionListener(new ActionListener(){
2 26 Feb 07 jari 454                     public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 455                         int returnVal = fc.showOpenDialog(MultiGroupExperimentsPanel.this);
2 26 Feb 07 jari 456                         if (returnVal == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 457                             try {
2 26 Feb 07 jari 458                                 FileReader file = new FileReader(fc.getSelectedFile());
2 26 Feb 07 jari 459                                 BufferedReader buff = new BufferedReader(file);
2 26 Feb 07 jari 460                                // String line = buff.readLine();
2 26 Feb 07 jari 461                                 //System.out.println(line);
2 26 Feb 07 jari 462                                // StringSplitter st = new StringSplitter('\t');
2 26 Feb 07 jari 463                                 //st.init(line);
2 26 Feb 07 jari 464                                 Vector groupsVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 465                                 String current;
2 26 Feb 07 jari 466                                 while ((current = buff.readLine()) != null) {
2 26 Feb 07 jari 467                                     //current = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 468                                     groupsVector.add(new Integer(current));
2 26 Feb 07 jari 469                                     //System.out.print(current);
2 26 Feb 07 jari 470                                 }
2 26 Feb 07 jari 471                                 buff.close();
2 26 Feb 07 jari 472                                 int[] groupAssgn = getGroupAssignments();
2 26 Feb 07 jari 473                                 if (groupsVector.size() != groupAssgn.length) {
2 26 Feb 07 jari 474                                     JOptionPane.showMessageDialog(mPanel, "Incompatible file!", "Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 475                                 } else {
2 26 Feb 07 jari 476                                     for (int i = 0; i < groupsVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 477                                         int currentGroup = ((Integer)groupsVector.get(i)).intValue();
2 26 Feb 07 jari 478                                         if (currentGroup != 0) {
2 26 Feb 07 jari 479                                             exptGroupRadioButtons[currentGroup - 1][i].setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 480                                         } else {
2 26 Feb 07 jari 481                                             notInGroupRadioButtons[i].setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 482                                         }
2 26 Feb 07 jari 483  
2 26 Feb 07 jari 484                                     }
2 26 Feb 07 jari 485                                 }
2 26 Feb 07 jari 486                             } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 487                                 JOptionPane.showMessageDialog(mPanel, "Incompatible file!", "Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 488                                 for (int i = 0; i < finNum; i++) {
2 26 Feb 07 jari 489                                     exptGroupRadioButtons[0][i].setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 490                                 }
2 26 Feb 07 jari 491                                 //e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 492                             }
2 26 Feb 07 jari 493                             
2 26 Feb 07 jari 494                             //this is where a real application would save the file.
2 26 Feb 07 jari 495                             //log.append("Saving: " + file.getName() + "." + newline);
2 26 Feb 07 jari 496                         } else {
2 26 Feb 07 jari 497                             //log.append("Save command cancelled by user." + newline);
2 26 Feb 07 jari 498                         }
2 26 Feb 07 jari 499                     }
2 26 Feb 07 jari 500                 });
2 26 Feb 07 jari 501                 //
2 26 Feb 07 jari 502                 
2 26 Feb 07 jari 503                 
2 26 Feb 07 jari 504                 constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 505                 constraints.fill = GridBagConstraints.NONE;
2 26 Feb 07 jari 506                 constraints.insets = new Insets(5,5,5,5);
2 26 Feb 07 jari 507                 buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 33, 100);
2 26 Feb 07 jari 508                 gridbag3.setConstraints(saveButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 509                 panel2.add(saveButton);
2 26 Feb 07 jari 510                 
2 26 Feb 07 jari 511                 buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 33, 0);
2 26 Feb 07 jari 512                 gridbag3.setConstraints(loadButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 513                 panel2.add(loadButton);
2 26 Feb 07 jari 514                 
2 26 Feb 07 jari 515                 buildConstraints(constraints, 2, 0, 1, 1, 34, 0);
2 26 Feb 07 jari 516                 gridbag3.setConstraints(resetButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 517                 panel2.add(resetButton);
2 26 Feb 07 jari 518                 constraints.insets = new Insets(0,0,0,0);
2 26 Feb 07 jari 519                 buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 0, 5);
2 26 Feb 07 jari 520                 constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 521                 //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 522                 gridbag2.setConstraints(panel2, constraints);
2 26 Feb 07 jari 523                 this.add(panel2);
2 26 Feb 07 jari 524                 
2 26 Feb 07 jari 525             /*
2 26 Feb 07 jari 526             JButton gButton = new JButton("groupExpts");
2 26 Feb 07 jari 527             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 100, 100);
2 26 Feb 07 jari 528             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 529             gridbag.setConstraints(gButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 530             this.add(gButton);
2 26 Feb 07 jari 531              */
2 26 Feb 07 jari 532                 
2 26 Feb 07 jari 533             }
2 26 Feb 07 jari 534             
2 26 Feb 07 jari 535             /**
2 26 Feb 07 jari 536              *  resets group assignments
2 26 Feb 07 jari 537              */
2 26 Feb 07 jari 538             private void reset(){
2 26 Feb 07 jari 539                 for (int i = 0; i < exptNames.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 540                     exptGroupRadioButtons[0][i].setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 541                 }
2 26 Feb 07 jari 542             }
2 26 Feb 07 jari 543         }
2 26 Feb 07 jari 544         private void reset(){
2 26 Feb 07 jari 545             mulgPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 546         }
2 26 Feb 07 jari 547     }
2 26 Feb 07 jari 548     
2 26 Feb 07 jari 549     class PermOrFDistPanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 550         JRadioButton tDistButton, permutButton; // randomGroupsButton, allCombsButton;
2 26 Feb 07 jari 551         JLabel numPermsLabel;
2 26 Feb 07 jari 552         JTextField timesField;//, alphaInputField;
2 26 Feb 07 jari 553         //JButton permParamButton;
2 26 Feb 07 jari 554         
2 26 Feb 07 jari 555         PermOrFDistPanel() {
2 26 Feb 07 jari 556             // this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "P-Value parameters"));
2 26 Feb 07 jari 557             this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.LOWERED), "Permutations or F-distribution", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 558             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 559             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 560             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 561             //constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 562             //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 563             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 564             
2 26 Feb 07 jari 565             //permParamButton = new JButton("Permutation parameters");
2 26 Feb 07 jari 566             //permParamButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 567             
2 26 Feb 07 jari 568             ButtonGroup chooseP = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 569             
2 26 Feb 07 jari 570             tDistButton = new JRadioButton("p-values based on F-distribution", true);
2 26 Feb 07 jari 571             tDistButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 572             tDistButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 573             tDistButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 574             
2 26 Feb 07 jari 575             numPermsLabel = new JLabel("Enter number of permutations");
2 26 Feb 07 jari 576             numPermsLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 577             
2 26 Feb 07 jari 578             timesField = new JTextField("1000", 7);
2 26 Feb 07 jari 579             timesField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 580             timesField.setBackground(Color.darkGray);
2 26 Feb 07 jari 581             
2 26 Feb 07 jari 582             tDistButton.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 583                 public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 584                     numPermsLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 585                     timesField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 586                     timesField.setBackground(Color.darkGray); 
2 26 Feb 07 jari 587                     if (pPanel.maxTButton.isSelected() || pPanel.falseNumButton.isSelected() || pPanel.falsePropButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 588                         pPanel.justAlphaButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 589                     }
2 26 Feb 07 jari 590                     pPanel.maxTButton.setEnabled(false);                    
2 26 Feb 07 jari 591                     pPanel.falseNumButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 592                     pPanel.falsePropButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 593                     pPanel.falseNumField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 594                     pPanel.falsePropField.setEnabled(false);                    
2 26 Feb 07 jari 595                     //pAdjPanel.minPButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 596                 }
2 26 Feb 07 jari 597             });
2 26 Feb 07 jari 598             
2 26 Feb 07 jari 599             chooseP.add(tDistButton);
2 26 Feb 07 jari 600             
2 26 Feb 07 jari 601             permutButton = new JRadioButton("p-values based on permutation:  ", false);
2 26 Feb 07 jari 602             permutButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 603             permutButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 604             permutButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 605             
2 26 Feb 07 jari 606             permutButton.addActionListener(new ActionListener() {
2 26 Feb 07 jari 607                 public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
2 26 Feb 07 jari 608                     numPermsLabel.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 609                     timesField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 610                     timesField.setBackground(Color.white);                  
2 26 Feb 07 jari 611                     pPanel.maxTButton.setEnabled(true);  //UNCOMMENT THIS WHEN MAXT METHOD HAS BEEN IMPLEMEMTED
2 26 Feb 07 jari 612                     //pAdjPanel.minPButton.setEnabled(true);  //UNCOMMENT THIS WHEN MINP METHOD HAS BEEN DEBUGGED    
2 26 Feb 07 jari 613                     pPanel.falseNumButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 614                     pPanel.falsePropButton.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 615                     pPanel.falseNumField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 616                     pPanel.falsePropField.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 617                 }                
2 26 Feb 07 jari 618             });
2 26 Feb 07 jari 619             
2 26 Feb 07 jari 620             chooseP.add(permutButton);
2 26 Feb 07 jari 621             
2 26 Feb 07 jari 622             
2 26 Feb 07 jari 623             //constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 624             
2 26 Feb 07 jari 625             //numCombsLabel = new JLabel("                                       ");
2 26 Feb 07 jari 626             //numCombsLabel.setOpaque(false);
2 26 Feb 07 jari 627             /*
2 26 Feb 07 jari 628             constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 629             buildConstraints(constraints, 1, 2, 1, 1, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 630             gridbag.setConstraints(numCombsLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 631             this.add(numCombsLabel);
2 26 Feb 07 jari 632              */
2 26 Feb 07 jari 633             
2 26 Feb 07 jari 634             
2 26 Feb 07 jari 635             buildConstraints(constraints, 0, 0, 3, 1, 100, 50);
2 26 Feb 07 jari 636             //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 637             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 638             gridbag.setConstraints(tDistButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 639             this.add(tDistButton);
2 26 Feb 07 jari 640             
2 26 Feb 07 jari 641             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 30, 50);
2 26 Feb 07 jari 642             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 643             gridbag.setConstraints(permutButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 644             this.add(permutButton);
2 26 Feb 07 jari 645             
2 26 Feb 07 jari 646             //JLabel numPermsLabel = new JLabel("Enter number of permutations");
2 26 Feb 07 jari 647             //numPermsLabel.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 648             buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 30, 0);
2 26 Feb 07 jari 649             gridbag.setConstraints(numPermsLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 650             this.add(numPermsLabel);
2 26 Feb 07 jari 651             
2 26 Feb 07 jari 652             buildConstraints(constraints, 2, 1, 1, 1, 40, 0);
2 26 Feb 07 jari 653             gridbag.setConstraints(timesField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 654             this.add(timesField);
2 26 Feb 07 jari 655             /*
2 26 Feb 07 jari 656             JLabel alphaLabel = new JLabel("Enter critical p-value");
2 26 Feb 07 jari 657             buildConstraints(constraints, 0, 2, 2, 1, 60, 40);
2 26 Feb 07 jari 658             //constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 659             gridbag.setConstraints(alphaLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 660             this.add(alphaLabel);
2 26 Feb 07 jari 661             
2 26 Feb 07 jari 662             alphaInputField = new JTextField("0.01", 7);
2 26 Feb 07 jari 663             buildConstraints(constraints, 1, 2, 1, 1, 40, 0);
2 26 Feb 07 jari 664             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 665             gridbag.setConstraints(alphaInputField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 666             this.add(alphaInputField);
2 26 Feb 07 jari 667              */
2 26 Feb 07 jari 668         }
2 26 Feb 07 jari 669     }
2 26 Feb 07 jari 670     
2 26 Feb 07 jari 671     
2 26 Feb 07 jari 672     class PValuePanel extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 673         JTextField pValueInputField, falseNumField, falsePropField;
2 26 Feb 07 jari 674         JRadioButton justAlphaButton, stdBonfButton, adjBonfButton, maxTButton, falseNumButton, falsePropButton;
2 26 Feb 07 jari 675         
2 26 Feb 07 jari 676         public PValuePanel() {
2 26 Feb 07 jari 677             this.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "P-value / false discovery parameters", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 678             GridBagLayout gridbag = new GridBagLayout();
2 26 Feb 07 jari 679             GridBagConstraints constraints = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 680             //constraints.fill = GridBagConstraints.BOTH;
2 26 Feb 07 jari 681             this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 682             //JPanel pane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 683             this.setLayout(gridbag);
2 26 Feb 07 jari 684             
2 26 Feb 07 jari 685             JLabel pValueLabel = new JLabel("Enter alpha (critical p-value): ");
2 26 Feb 07 jari 686             buildConstraints(constraints, 0, 0, 1, 1, 33, 25);
2 26 Feb 07 jari 687             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 688             gridbag.setConstraints(pValueLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 689             this.add(pValueLabel);
2 26 Feb 07 jari 690             
2 26 Feb 07 jari 691             pValueInputField = new JTextField("0.01", 7);
2 26 Feb 07 jari 692             buildConstraints(constraints, 1, 0, 1, 1, 33, 0);
2 26 Feb 07 jari 693             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 694             gridbag.setConstraints(pValueInputField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 695             this.add(pValueInputField);
2 26 Feb 07 jari 696             
2 26 Feb 07 jari 697             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 698             
2 26 Feb 07 jari 699             justAlphaButton = new JRadioButton("Just alpha (no correction)", true);
2 26 Feb 07 jari 700             justAlphaButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 701             //justAlphaButton.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 702             stdBonfButton = new JRadioButton("Standard Bonferroni", false);
2 26 Feb 07 jari 703             stdBonfButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 704             //stdBonfButton.setVisible(false); // WILL BE MADE VISIBLE WHEN THESE OPTIONS ARE IMPLEMENTED
2 26 Feb 07 jari 705             adjBonfButton = new JRadioButton("Adjusted Bonferroni", false);
2 26 Feb 07 jari 706             adjBonfButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 707             //adjBonfButton.setVisible(false);// WILL BE MADE VISIBLE WHEN THESE OPTIONS ARE IMPLEMENTED
2 26 Feb 07 jari 708             maxTButton = new JRadioButton("Westfall-Young step-down maxT", false);
2 26 Feb 07 jari 709             maxTButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 710             maxTButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 711             
2 26 Feb 07 jari 712             falseNumButton = new JRadioButton("EITHER, The number of false significant genes should not exceed", false);
2 26 Feb 07 jari 713             falseNumButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 714             //falseNumButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 715             falseNumButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 716             falseNumButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 717             falseNumButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 718             //sigGroup.add(falseNumButton);            
2 26 Feb 07 jari 719             
2 26 Feb 07 jari 720             falsePropButton = new JRadioButton("OR, The proportion of false significant genes should not exceed", false);
2 26 Feb 07 jari 721             falsePropButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 722             //falsePropButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 723             falsePropButton.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 724             falsePropButton.setForeground(UIManager.getColor("Label.foreground"));
2 26 Feb 07 jari 725             falsePropButton.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 726             //sigGroup.add(falsePropButton);            
2 26 Feb 07 jari 727             
2 26 Feb 07 jari 728             falseNumField = new JTextField(10);
2 26 Feb 07 jari 729             falseNumField.setText("10");
2 26 Feb 07 jari 730             falseNumField.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 731             falsePropField = new JTextField(10);
2 26 Feb 07 jari 732             falsePropField.setText("0.05");
2 26 Feb 07 jari 733             falsePropField.setEnabled(false);            
2 26 Feb 07 jari 734             
2 26 Feb 07 jari 735             ButtonGroup chooseCorrection = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 736             chooseCorrection.add(justAlphaButton);
2 26 Feb 07 jari 737             chooseCorrection.add(stdBonfButton);
2 26 Feb 07 jari 738             chooseCorrection.add(adjBonfButton);
2 26 Feb 07 jari 739             chooseCorrection.add(maxTButton);
2 26 Feb 07 jari 740             chooseCorrection.add(falseNumButton);
2 26 Feb 07 jari 741             chooseCorrection.add(falsePropButton);
2 26 Feb 07 jari 742             //stdBonfButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 743             //adjBonfButton.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 744             
2 26 Feb 07 jari 745             JPanel FDRPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 746             FDRPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 747             FDRPanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(EtchedBorder.LOWERED), "False discovery control (permutations only)", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 748             GridBagLayout grid3 = new GridBagLayout(); 
2 26 Feb 07 jari 749             FDRPanel.setLayout(grid3);            
2 26 Feb 07 jari 750             
2 26 Feb 07 jari 751             JLabel FDRLabel = new JLabel("With confidence of [1 - alpha] : ");            
2 26 Feb 07 jari 752             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 753             buildConstraints(constraints, 0, 0, 2, 1, 100, 34);
2 26 Feb 07 jari 754             grid3.setConstraints(FDRLabel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 755             FDRPanel.add(FDRLabel);
2 26 Feb 07 jari 756             
2 26 Feb 07 jari 757             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 758             
2 26 Feb 07 jari 759             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 50, 33);
2 26 Feb 07 jari 760             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 761             grid3.setConstraints(falseNumButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 762             FDRPanel.add(falseNumButton);       
2 26 Feb 07 jari 763             
2 26 Feb 07 jari 764             buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 765             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 766             grid3.setConstraints(falseNumField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 767             FDRPanel.add(falseNumField);    
2 26 Feb 07 jari 768             
2 26 Feb 07 jari 769             buildConstraints(constraints, 0, 2, 1, 1, 50, 33);
2 26 Feb 07 jari 770             constraints.anchor = GridBagConstraints.EAST;
2 26 Feb 07 jari 771             grid3.setConstraints(falsePropButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 772             FDRPanel.add(falsePropButton);    
2 26 Feb 07 jari 773             
2 26 Feb 07 jari 774             buildConstraints(constraints, 1, 2, 1, 1, 50, 0);
2 26 Feb 07 jari 775             constraints.anchor = GridBagConstraints.WEST;
2 26 Feb 07 jari 776             grid3.setConstraints(falsePropField, constraints);
2 26 Feb 07 jari 777             FDRPanel.add(falsePropField);    
2 26 Feb 07 jari 778             
2 26 Feb 07 jari 779             constraints.anchor = GridBagConstraints.CENTER;
2 26 Feb 07 jari 780             
2 26 Feb 07 jari 781            
2 26 Feb 07 jari 782             
2 26 Feb 07 jari 783             buildConstraints(constraints, 0, 1, 1, 1, 25, 25);
2 26 Feb 07 jari 784             gridbag.setConstraints(justAlphaButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 785             this.add(justAlphaButton);
2 26 Feb 07 jari 786  
2 26 Feb 07 jari 787             buildConstraints(constraints, 1, 1, 1, 1, 25, 0);
2 26 Feb 07 jari 788             gridbag.setConstraints(stdBonfButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 789             this.add(stdBonfButton);  
2 26 Feb 07 jari 790             
2 26 Feb 07 jari 791             buildConstraints(constraints, 2, 1, 1, 1, 25, 0);
2 26 Feb 07 jari 792             gridbag.setConstraints(adjBonfButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 793             this.add(adjBonfButton);     
2 26 Feb 07 jari 794             
2 26 Feb 07 jari 795             buildConstraints(constraints, 3, 1, 1, 1, 25, 0);
2 26 Feb 07 jari 796             gridbag.setConstraints(maxTButton, constraints);
2 26 Feb 07 jari 797             this.add(maxTButton); 
2 26 Feb 07 jari 798             
2 26 Feb 07 jari 799             buildConstraints(constraints, 0, 2, 4, 1, 100, 50);
2 26 Feb 07 jari 800             gridbag.setConstraints(FDRPanel, constraints);
2 26 Feb 07 jari 801             this.add(FDRPanel);            
2 26 Feb 07 jari 802         }
2 26 Feb 07 jari 803         
2 26 Feb 07 jari 804         private void reset() {
2 26 Feb 07 jari 805             pValueInputField.setText("0.01");
2 26 Feb 07 jari 806             justAlphaButton.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 807         }
2 26 Feb 07 jari 808         
2 26 Feb 07 jari 809     }
2 26 Feb 07 jari 810     
2 26 Feb 07 jari 811     public class EventListener extends WindowAdapter implements ActionListener{
2 26 Feb 07 jari 812         
2 26 Feb 07 jari 813         public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
2 26 Feb 07 jari 814             String command = ae.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 815             if(command.equals("ok-command")){
2 26 Feb 07 jari 816                 boolean tooFew = false;
2 26 Feb 07 jari 817                 int[] grpAssignments = getGroupAssignments();
2 26 Feb 07 jari 818                 int numGroups = getNumGroups();
2 26 Feb 07 jari 819                 int[] groupSize = new int[numGroups];
2 26 Feb 07 jari 820                 
2 26 Feb 07 jari 821                 for (int i = 0; i < groupSize.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 822                     groupSize[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 823                 }
2 26 Feb 07 jari 824                 
2 26 Feb 07 jari 825                 for (int i = 0; i < grpAssignments.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 826                     int currentGroup = grpAssignments[i];
2 26 Feb 07 jari 827                     if (currentGroup != 0) {
2 26 Feb 07 jari 828                         groupSize[currentGroup - 1]++;
2 26 Feb 07 jari 829                     }
2 26 Feb 07 jari 830                 }
2 26 Feb 07 jari 831                 
2 26 Feb 07 jari 832                         /*
2 26 Feb 07 jari 833                         for (int i = 0; i < grpAssignments.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 834                             System.out.println("grpAssignments[" + i + "] = "  + grpAssignments[i]);
2 26 Feb 07 jari 835                         }
2 26 Feb 07 jari 836                          
2 26 Feb 07 jari 837                         for (int i = 0; i < groupSize.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 838                             System.out.println("groupSize[" + i + "] = " + groupSize[i] + " (group " + (i +1) + ")");
2 26 Feb 07 jari 839                         }
2 26 Feb 07 jari 840                          */
2 26 Feb 07 jari 841                 
2 26 Feb 07 jari 842                 for (int i = 0; i < groupSize.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 843                     if (groupSize[i] <= 1) {
2 26 Feb 07 jari 844                         JOptionPane.showMessageDialog(null, "Each group must contain more than one sample.", "Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 845                         tooFew = true;
2 26 Feb 07 jari 846                         break;
2 26 Feb 07 jari 847                     }
2 26 Feb 07 jari 848                 }
2 26 Feb 07 jari 849                 
2 26 Feb 07 jari 850                 if (!tooFew) {
2 26 Feb 07 jari 851                     try {               
2 26 Feb 07 jari 852                         if (pPanel.falseNumButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 853                             if (!validateFalseNum()) {
2 26 Feb 07 jari 854                                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 855                                 return;
2 26 Feb 07 jari 856                             }
2 26 Feb 07 jari 857                         }
2 26 Feb 07 jari 858                         if (pPanel.falsePropButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 859                             if (!validateFalseProp()) {
2 26 Feb 07 jari 860                                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 861                                 return;
2 26 Feb 07 jari 862                             }
2 26 Feb 07 jari 863                         }                     
2 26 Feb 07 jari 864                         //HERE, CHECK OTHER INPUTS: P-VALUE VALIDITY - 4/25/03
2 26 Feb 07 jari 865                         double d = Double.parseDouble(pPanel.pValueInputField.getText());
2 26 Feb 07 jari 866                         /*
2 26 Feb 07 jari 867                         if (usePerms()) {
2 26 Feb 07 jari 868                             int p = getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 869                         }
2 26 Feb 07 jari 870                          */
2 26 Feb 07 jari 871                         if ((d <= 0d)||(d > 1d) || (usePerms() && (getNumPerms() <= 1))) {
2 26 Feb 07 jari 872                             JOptionPane.showMessageDialog(null, "Valid inputs: 0 < alpha < 1, and # of permutations (integer only) > 1", "Error!", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);                            
2 26 Feb 07 jari 873                         } else {
2 26 Feb 07 jari 874                             okPressed = true;
2 26 Feb 07 jari 875                             dispose();
2 26 Feb 07 jari 876                         }
2 26 Feb 07 jari 877                     } catch (NumberFormatException nfe) {
2 26 Feb 07 jari 878                         JOptionPane.showMessageDialog(null, "Valid inputs: 0 < alpha < 1, and # of permutations (integer only) > 1", "Error!", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 879                     }
2 26 Feb 07 jari 880
2 26 Feb 07 jari 881                 }
2 26 Feb 07 jari 882             } else if (command.equals("reset-command")) {
2 26 Feb 07 jari 883                 mPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 884                 pPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 885             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 886                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 887                 dispose();
2 26 Feb 07 jari 888             } else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 889                 HelpWindow hw = new HelpWindow(OneWayANOVAInitBox.this, "One Way ANOVA Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 890                 okPressed = false;
2 26 Feb 07 jari 891                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 892                     hw.setSize(450,600);
2 26 Feb 07 jari 893                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 894                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 895                     return;
2 26 Feb 07 jari 896                 }
2 26 Feb 07 jari 897                 else {
2 26 Feb 07 jari 898                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 899                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 900                     return;
2 26 Feb 07 jari 901                 }
2 26 Feb 07 jari 902     }
2 26 Feb 07 jari 903         }
2 26 Feb 07 jari 904         
2 26 Feb 07 jari 905     }
2 26 Feb 07 jari 906     
2 26 Feb 07 jari 907     public int[] getGroupAssignments() {
2 26 Feb 07 jari 908         int[] groupAssignments = new int[exptNames.size()];
2 26 Feb 07 jari 909         
2 26 Feb 07 jari 910         for (int i = 0; i < exptNames.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 911             if (mPanel.mulgPanel.notInGroupRadioButtons[i].isSelected()) {// "NOT IN GROUP" IS STORED AS ZERO, AND GROUP J IS STORED AS THE INTEGER J (I.E., THERE IS NO GROUP 0)
2 26 Feb 07 jari 912                 groupAssignments[i] = 0;
2 26 Feb 07 jari 913             } else {
2 26 Feb 07 jari 914                 for (int j = 0; j < mPanel.mulgPanel.exptGroupRadioButtons.length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 915                     if (mPanel.mulgPanel.exptGroupRadioButtons[j][i].isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 916                         groupAssignments[i] = j + 1;
2 26 Feb 07 jari 917                         break;
2 26 Feb 07 jari 918                     }
2 26 Feb 07 jari 919                 }
2 26 Feb 07 jari 920             }
2 26 Feb 07 jari 921         }
2 26 Feb 07 jari 922         
2 26 Feb 07 jari 923         
2 26 Feb 07 jari 924         return groupAssignments;
2 26 Feb 07 jari 925     }   
2 26 Feb 07 jari 926     
2 26 Feb 07 jari 927     public int getNumGroups() {
2 26 Feb 07 jari 928         return mPanel.numGroups;
2 26 Feb 07 jari 929     }
2 26 Feb 07 jari 930     
2 26 Feb 07 jari 931     public boolean usePerms() {
2 26 Feb 07 jari 932         return this.permPanel.permutButton.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 933     }
2 26 Feb 07 jari 934     
2 26 Feb 07 jari 935     public int getNumPerms() {
2 26 Feb 07 jari 936         return Integer.parseInt(this.permPanel.timesField.getText());
2 26 Feb 07 jari 937     }
2 26 Feb 07 jari 938     
2 26 Feb 07 jari 939     public double getPValue() {
2 26 Feb 07 jari 940         return Double.parseDouble(pPanel.pValueInputField.getText());
2 26 Feb 07 jari 941     }
2 26 Feb 07 jari 942     
2 26 Feb 07 jari 943     public int getFalseNum() {
2 26 Feb 07 jari 944         return Integer.parseInt(pPanel.falseNumField.getText());
2 26 Feb 07 jari 945     }
2 26 Feb 07 jari 946     
2 26 Feb 07 jari 947     public double getFalseProp() {
2 26 Feb 07 jari 948         return Double.parseDouble(pPanel.falsePropField.getText());
2 26 Feb 07 jari 949     }    
2 26 Feb 07 jari 950     
2 26 Feb 07 jari 951     public boolean validateFalseNum() {
2 26 Feb 07 jari 952         int a;
2 26 Feb 07 jari 953         try {
2 26 Feb 07 jari 954             String falseNum = pPanel.falseNumField.getText();
2 26 Feb 07 jari 955             a = Integer.parseInt(falseNum);
2 26 Feb 07 jari 956         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 957             JOptionPane.showMessageDialog(OneWayANOVAInitBox.this, "False number must be an integer >= 0", "Input Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 958             pPanel.falseNumField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 959             pPanel.falseNumField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 960             return false;
2 26 Feb 07 jari 961         }
2 26 Feb 07 jari 962         if (a < 0) {
2 26 Feb 07 jari 963             JOptionPane.showMessageDialog(OneWayANOVAInitBox.this, "False number must be an integer >= 0", "Input Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 964             pPanel.falseNumField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 965             pPanel.falseNumField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 966             return false;          
2 26 Feb 07 jari 967         }
2 26 Feb 07 jari 968         return true;
2 26 Feb 07 jari 969     }
2 26 Feb 07 jari 970     
2 26 Feb 07 jari 971     public boolean validateFalseProp() {
2 26 Feb 07 jari 972         float a;
2 26 Feb 07 jari 973         try {
2 26 Feb 07 jari 974             String falseProp = pPanel.falsePropField.getText();
2 26 Feb 07 jari 975             a = Float.parseFloat(falseProp);
2 26 Feb 07 jari 976         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 977             JOptionPane.showMessageDialog(OneWayANOVAInitBox.this, "False proportion must be between 0 and 1", "Input Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 978             pPanel.falsePropField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 979             pPanel.falsePropField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 980             return false;
2 26 Feb 07 jari 981         }
2 26 Feb 07 jari 982         if ((a <= 0) || (a > 1)) {
2 26 Feb 07 jari 983             JOptionPane.showMessageDialog(OneWayANOVAInitBox.this, "False proportion must be between 0 and 1", "Input Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 984             pPanel.falsePropField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 985             pPanel.falsePropField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 986             return false;          
2 26 Feb 07 jari 987         }
2 26 Feb 07 jari 988         return true;
2 26 Feb 07 jari 989     }       
2 26 Feb 07 jari 990
2 26 Feb 07 jari 991     public int getCorrectionMethod() {
2 26 Feb 07 jari 992         int method = JUST_ALPHA;
2 26 Feb 07 jari 993         if (pPanel.justAlphaButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 994             method = JUST_ALPHA;
2 26 Feb 07 jari 995         } else if (pPanel.stdBonfButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 996             method = STD_BONFERRONI;
2 26 Feb 07 jari 997         } else if (pPanel.adjBonfButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 998             method = ADJ_BONFERRONI;
2 26 Feb 07 jari 999         } else if (pPanel.maxTButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 1000             method = MAX_T;
2 26 Feb 07 jari 1001         } else if (pPanel.falseNumButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 1002             method = FALSE_NUM;
2 26 Feb 07 jari 1003         } else if (pPanel.falsePropButton.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 1004             method = FALSE_PROP;
2 26 Feb 07 jari 1005         }
2 26 Feb 07 jari 1006         
2 26 Feb 07 jari 1007         return method;
2 26 Feb 07 jari 1008     }
2 26 Feb 07 jari 1009     
2 26 Feb 07 jari 1010     
2 26 Feb 07 jari 1011     public static void main(String[] args) {
2 26 Feb 07 jari 1012         JFrame dummyFrame = new JFrame();
2 26 Feb 07 jari 1013         Vector dummyVect = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 1014         for (int i = 0; i < 100; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1015             dummyVect.add("Expt " + i);
2 26 Feb 07 jari 1016         }
2 26 Feb 07 jari 1017         
2 26 Feb 07 jari 1018         OneWayANOVAInitBox oBox = new OneWayANOVAInitBox(dummyFrame, true, dummyVect);
2 26 Feb 07 jari 1019         oBox.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1020         
2 26 Feb 07 jari 1021     }
2 26 Feb 07 jari 1022 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)