mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/pca/Content3D.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: Content3D.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/23 20:59:53 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: caliente $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.pca;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GraphicsConfiguration;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.media.j3d.AmbientLight;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.media.j3d.Appearance;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.media.j3d.Background;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.media.j3d.BoundingSphere;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.media.j3d.BranchGroup;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.media.j3d.Canvas3D;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.media.j3d.ColoringAttributes;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.media.j3d.Font3D;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.media.j3d.FontExtrusion;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.media.j3d.ImageComponent;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.media.j3d.ImageComponent2D;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.media.j3d.Light;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.media.j3d.LineAttributes;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.media.j3d.Material;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.media.j3d.PointArray;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.media.j3d.PointAttributes;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.media.j3d.PointLight;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.media.j3d.Screen3D;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.media.j3d.Shape3D;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.media.j3d.Text3D;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.media.j3d.Transform3D;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.media.j3d.TransformGroup;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.media.j3d.TransparencyAttributes;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.vecmath.Color3f;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.vecmath.Point3d;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.vecmath.Point3f;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.vecmath.Vector3d;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.vecmath.Vector3f;
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 55
2 26 Feb 07 jari 56 import com.sun.j3d.utils.geometry.Box;
2 26 Feb 07 jari 57 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cone;
2 26 Feb 07 jari 58 import com.sun.j3d.utils.geometry.Cylinder;
2 26 Feb 07 jari 59 import com.sun.j3d.utils.geometry.Sphere;
2 26 Feb 07 jari 60 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickRotateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 61 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickTranslateBehavior;
2 26 Feb 07 jari 62 import com.sun.j3d.utils.picking.behaviors.PickZoomBehavior;
2 26 Feb 07 jari 63 import com.sun.j3d.utils.universe.SimpleUniverse;
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65 public class Content3D extends JPanel {
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 68     private int mode;    
2 26 Feb 07 jari 69     private int xAxis, yAxis, zAxis;
2 26 Feb 07 jari 70     private int geneLabelIndex;
2 26 Feb 07 jari 71     private FloatMatrix U;
2 26 Feb 07 jari 72     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 73     private SimpleUniverse universe;
2 26 Feb 07 jari 74     private Canvas3D onScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 75     private Canvas3D offScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 76     private BranchGroup scene;
2 26 Feb 07 jari 77     private TransformGroup spinGroup;
2 26 Feb 07 jari 78     private boolean whiteBackground = false;
2 26 Feb 07 jari 79     private boolean selection = false;
2 26 Feb 07 jari 80     private boolean selectionBox = false;
2 26 Feb 07 jari 81     private boolean showSpheres = false;
2 26 Feb 07 jari 82     private boolean showText = false;
2 26 Feb 07 jari 83     private boolean geneViewer = true;
2 26 Feb 07 jari 84     private float scaleAxisX = 3f;
2 26 Feb 07 jari 85     private float scaleAxisY = 3f;
2 26 Feb 07 jari 86     private float scaleAxisZ = 3f;
2 26 Feb 07 jari 87     private float boxSizeX = 5f;
2 26 Feb 07 jari 88     private float boxSizeY = 5f;
2 26 Feb 07 jari 89     private float boxSizeZ = 5f;
2 26 Feb 07 jari 90     private float boxPositionX = 0f;
2 26 Feb 07 jari 91     private float boxPositionY = 0f;
2 26 Feb 07 jari 92     private float boxPositionZ = 0f;
2 26 Feb 07 jari 93     private float pointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 94     private float selectedPointSize = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 95     private Color3f blackColor = new Color3f(0f, 0f, 0f);
2 26 Feb 07 jari 96     // private Color3f whiteColor = new Color3f(0.8f, 0.8f, 0.8f);
2 26 Feb 07 jari 97     //private Color3f whiteColor = new Color3f(0.98f, 0.98f, 0.98f);
2 26 Feb 07 jari 98     private Color3f whiteColor = new Color3f(1f, 1f, 1f);    
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     /**
2 26 Feb 07 jari 101      * Constructs a <code>Content3D</code> with specified mode,
2 26 Feb 07 jari 102      * U-matrix and an experiment data.
2 26 Feb 07 jari 103      *
2 26 Feb 07 jari 104      * @param mode the annotations drawing mode.
2 26 Feb 07 jari 105      * @param U the pca U-matrix.
2 26 Feb 07 jari 106      * @param experiment the experiment data.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     public Content3D(int mode, FloatMatrix U, Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 109         this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 110         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 111         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 112         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 113         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 114         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 115         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 116         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 117         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 118         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 121         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 122         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f); 
2 26 Feb 07 jari 123         //System.out.println("boxSize X, Y, Z = " + boxSizeX + ", " +boxSizeY + ", " + boxSizeZ);       
2 26 Feb 07 jari 124         
2 26 Feb 07 jari 125         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 126         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 127         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 128         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 129         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 130         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 131         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 132         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     /**
2 26 Feb 07 jari 138      * Constructs a <code>Content3D</code> with specified mode,
2 26 Feb 07 jari 139      * U-matrix and an experiment data.
2 26 Feb 07 jari 140      *
2 26 Feb 07 jari 141      * @param mode the annotations drawing mode.
2 26 Feb 07 jari 142      * @param U the pca U-matrix.
2 26 Feb 07 jari 143      * @param experiment the experiment data.
2 26 Feb 07 jari 144      */
2 26 Feb 07 jari 145     public Content3D(int mode, FloatMatrix U, Experiment experiment, boolean geneViewer) {
2 26 Feb 07 jari 146         this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 147         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 148         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 149         this.geneViewer = geneViewer;
2 26 Feb 07 jari 150         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 151         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 152         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 153         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 154         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 155         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 156         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 157         
2 26 Feb 07 jari 158         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 159         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 160         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);        
2 26 Feb 07 jari 161         
2 26 Feb 07 jari 162         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 163         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 164         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 165         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 166         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 167         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 168         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 169         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 170         
2 26 Feb 07 jari 171         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     public Content3D(int mode, FloatMatrix U, Experiment experiment, boolean geneViewer, int xAxis, int yAxis, int zAxis) {
2 26 Feb 07 jari 175         this.mode = mode;
2 26 Feb 07 jari 176         this.U = U;
2 26 Feb 07 jari 177         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 178         this.geneViewer = geneViewer;
2 26 Feb 07 jari 179         this.xAxis = xAxis;
2 26 Feb 07 jari 180         this.yAxis = yAxis;
2 26 Feb 07 jari 181         this.zAxis = zAxis;
2 26 Feb 07 jari 182         initScales(U);
2 26 Feb 07 jari 183         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 184         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 185         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 186         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 187         this.universe = new SimpleUniverse(onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 188         universe.getViewingPlatform().setNominalViewingTransform();
2 26 Feb 07 jari 189         
2 26 Feb 07 jari 190         boxSizeX = (float)(scaleAxisX/5f);
2 26 Feb 07 jari 191         boxSizeY = (float)(scaleAxisY/5f);
2 26 Feb 07 jari 192         boxSizeZ = (float)(scaleAxisZ/5f);        
2 26 Feb 07 jari 193         
2 26 Feb 07 jari 194         offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 195         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 196         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 197         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 198         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 199         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 200         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 201         universe.getViewer().getView().addCanvas3D(offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 202         
2 26 Feb 07 jari 203         add(onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 204     }    
2 26 Feb 07 jari 205     
2 26 Feb 07 jari 206     /**
2 26 Feb 07 jari 207      * Sets the content data.
2 26 Feb 07 jari 208      */
2 26 Feb 07 jari 209     public void setData(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 210         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 211     }
2 26 Feb 07 jari 212     
2 26 Feb 07 jari 213     /**
2 26 Feb 07 jari 214      * Returns x coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 215      */
2 26 Feb 07 jari 216     public float getPositionX() {
2 26 Feb 07 jari 217         return boxPositionX;
2 26 Feb 07 jari 218     }
2 26 Feb 07 jari 219     
2 26 Feb 07 jari 220     /**
2 26 Feb 07 jari 221      * Returns y coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 222      */
2 26 Feb 07 jari 223     public float getPositionY() {
2 26 Feb 07 jari 224         return boxPositionY;
2 26 Feb 07 jari 225     }
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     /**
2 26 Feb 07 jari 228      * Returns z coordinate of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public float getPositionZ() {
2 26 Feb 07 jari 231         return boxPositionZ;
2 26 Feb 07 jari 232     }
2 26 Feb 07 jari 233     
2 26 Feb 07 jari 234     /**
2 26 Feb 07 jari 235      * Returns x size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 236      */
2 26 Feb 07 jari 237     public float getSizeX() {
2 26 Feb 07 jari 238         return boxSizeX;
2 26 Feb 07 jari 239     }
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     /**
2 26 Feb 07 jari 242      * Returns y size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 243      */
2 26 Feb 07 jari 244     public float getSizeY() {
2 26 Feb 07 jari 245         return boxSizeY;
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     
2 26 Feb 07 jari 248     /**
2 26 Feb 07 jari 249      * Returns z size of the selection box.
2 26 Feb 07 jari 250      */
2 26 Feb 07 jari 251     public float getSizeZ() {
2 26 Feb 07 jari 252         return boxSizeZ;
2 26 Feb 07 jari 253     }
2 26 Feb 07 jari 254     
2 26 Feb 07 jari 255     public void setGeneLabelIndex(int index){
2 26 Feb 07 jari 256         geneLabelIndex = index;
2 26 Feb 07 jari 257     }
2 26 Feb 07 jari 258     
2 26 Feb 07 jari 259     /**
2 26 Feb 07 jari 260      * Sets the selection box position.
2 26 Feb 07 jari 261      */
2 26 Feb 07 jari 262     public void setBoxPosition(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 263         boxPositionX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 264         boxPositionY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 265         boxPositionZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 266     }
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     /**
2 26 Feb 07 jari 269      * Sets the selection box size.
2 26 Feb 07 jari 270      */
2 26 Feb 07 jari 271     public void setBoxSize(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 272         boxSizeX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 273         boxSizeY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 274         boxSizeZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 275     }
2 26 Feb 07 jari 276     
2 26 Feb 07 jari 277     /**
2 26 Feb 07 jari 278      * Returns size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 279      */
2 26 Feb 07 jari 280     public float getSelectedPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 281         return selectedPointSize;
2 26 Feb 07 jari 282     }
2 26 Feb 07 jari 283     
2 26 Feb 07 jari 284     /**
2 26 Feb 07 jari 285      * Sets size of a selected point.
2 26 Feb 07 jari 286      */
2 26 Feb 07 jari 287     public void setSelectedPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 288         selectedPointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 289     }
2 26 Feb 07 jari 290     
2 26 Feb 07 jari 291     /**
2 26 Feb 07 jari 292      * Returns a point size.
2 26 Feb 07 jari 293      */
2 26 Feb 07 jari 294     public float getPointSize() {
2 26 Feb 07 jari 295         return pointSize;
2 26 Feb 07 jari 296     }
2 26 Feb 07 jari 297     
2 26 Feb 07 jari 298     /**
2 26 Feb 07 jari 299      * Returns a specified point size.
2 26 Feb 07 jari 300      */
2 26 Feb 07 jari 301     private float getPointSize(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 302         return selected ? getSelectedPointSize() : getPointSize();
2 26 Feb 07 jari 303     }
2 26 Feb 07 jari 304     
2 26 Feb 07 jari 305     /**
2 26 Feb 07 jari 306      * Sets a point size.
2 26 Feb 07 jari 307      */
2 26 Feb 07 jari 308     public void setPointSize(float size) {
2 26 Feb 07 jari 309         pointSize = size;
2 26 Feb 07 jari 310     }
2 26 Feb 07 jari 311     
2 26 Feb 07 jari 312     /**
2 26 Feb 07 jari 313      * Returns a scale of the x axis.
2 26 Feb 07 jari 314      */
2 26 Feb 07 jari 315     public float getScaleAxisX() {
2 26 Feb 07 jari 316         return scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 317     }
2 26 Feb 07 jari 318     
2 26 Feb 07 jari 319     /**
2 26 Feb 07 jari 320      * Returns a scale of the y axis.
2 26 Feb 07 jari 321      */
2 26 Feb 07 jari 322     public float getScaleAxisY() {
2 26 Feb 07 jari 323         return scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325     
2 26 Feb 07 jari 326     /**
2 26 Feb 07 jari 327      * Returns a scale of the z axis.
2 26 Feb 07 jari 328      */
2 26 Feb 07 jari 329     public float getScaleAxisZ() {
2 26 Feb 07 jari 330         return scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 331     }
2 26 Feb 07 jari 332     
2 26 Feb 07 jari 333     /**
2 26 Feb 07 jari 334      * Sets scales.
2 26 Feb 07 jari 335      */
2 26 Feb 07 jari 336     public void setScale(float dimX, float dimY, float dimZ) {
2 26 Feb 07 jari 337         scaleAxisX = dimX;
2 26 Feb 07 jari 338         scaleAxisY = dimY;
2 26 Feb 07 jari 339         scaleAxisZ = dimZ;
2 26 Feb 07 jari 340     }
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     public float getMaxValue() {
2 26 Feb 07 jari 343         return Math.max(scaleAxisX, Math.max(scaleAxisY, scaleAxisZ));
2 26 Feb 07 jari 344     }    
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     /**
2 26 Feb 07 jari 347      * Sets white background attribute.
2 26 Feb 07 jari 348      */
2 26 Feb 07 jari 349     public void setWhiteBackround(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 350         whiteBackground = value;
2 26 Feb 07 jari 351     }
2 26 Feb 07 jari 352     
2 26 Feb 07 jari 353     /**
2 26 Feb 07 jari 354      * @return true, if background is white.
2 26 Feb 07 jari 355      */
2 26 Feb 07 jari 356     public boolean isWhiteBackground() {
2 26 Feb 07 jari 357         return whiteBackground;
2 26 Feb 07 jari 358     }
2 26 Feb 07 jari 359     
2 26 Feb 07 jari 360     /**
2 26 Feb 07 jari 361      * Sets the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 362      */
2 26 Feb 07 jari 363     public void setSelection(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 364         selection = value;
2 26 Feb 07 jari 365     }
2 26 Feb 07 jari 366     
2 26 Feb 07 jari 367     /**
2 26 Feb 07 jari 368      * Returns value of the selection attribute.
2 26 Feb 07 jari 369      */
2 26 Feb 07 jari 370     public boolean isSelection() {
2 26 Feb 07 jari 371         return selection;
2 26 Feb 07 jari 372     }
2 26 Feb 07 jari 373     
2 26 Feb 07 jari 374     /**
2 26 Feb 07 jari 375      * Sets the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 376      */
2 26 Feb 07 jari 377     public void setSelectionBox(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 378         selectionBox = value;
2 26 Feb 07 jari 379     }
2 26 Feb 07 jari 380     
2 26 Feb 07 jari 381     /**
2 26 Feb 07 jari 382      * Returns value of the selection box attribute.
2 26 Feb 07 jari 383      */
2 26 Feb 07 jari 384     public boolean isSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 385         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 386     }
2 26 Feb 07 jari 387     
2 26 Feb 07 jari 388     /**
2 26 Feb 07 jari 389      * Sets the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 390      */
2 26 Feb 07 jari 391     public void setShowSpheres(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 392         showSpheres = value;
2 26 Feb 07 jari 393     }
2 26 Feb 07 jari 394     
2 26 Feb 07 jari 395     /**
2 26 Feb 07 jari 396      * Returns value of the show spheres attribute.
2 26 Feb 07 jari 397      */
2 26 Feb 07 jari 398     public boolean isShowSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 399         return showSpheres;
2 26 Feb 07 jari 400     }
2 26 Feb 07 jari 401     
2 26 Feb 07 jari 402     /**
2 26 Feb 07 jari 403      * Sets the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 404      */
2 26 Feb 07 jari 405     public void setShowText(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 406         showText = value;
2 26 Feb 07 jari 407     }
2 26 Feb 07 jari 408     
2 26 Feb 07 jari 409     /**
2 26 Feb 07 jari 410      * Returns value of the show text attribute.
2 26 Feb 07 jari 411      */
2 26 Feb 07 jari 412     public boolean isShowText() {
2 26 Feb 07 jari 413         return showText;
2 26 Feb 07 jari 414     }
2 26 Feb 07 jari 415     
2 26 Feb 07 jari 416     /**
2 26 Feb 07 jari 417      * Returns the content image.
2 26 Feb 07 jari 418      */
2 26 Feb 07 jari 419     public BufferedImage createImage() {
2 26 Feb 07 jari 420 //        ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)this.createImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 421         ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight()));
2 26 Feb 07 jari 422         offScreenCanvas.setOffScreenLocation(onScreenCanvas.getLocationOnScreen());
2 26 Feb 07 jari 423         offScreenCanvas.setOffScreenBuffer(buffer);
2 26 Feb 07 jari 424         offScreenCanvas.renderOffScreenBuffer();
2 26 Feb 07 jari 425         offScreenCanvas.waitForOffScreenRendering();
2 26 Feb 07 jari 426         BufferedImage offImage = offScreenCanvas.getOffScreenBuffer().getImage();
2 26 Feb 07 jari 427         BufferedImage image = new BufferedImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight(), BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 428         //BufferedImage image = (BufferedImage)this.createImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());
2 26 Feb 07 jari 429         //BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight());        
2 26 Feb 07 jari 430         image.setData(offImage.getData());
2 26 Feb 07 jari 431         return image;
2 26 Feb 07 jari 432     }
2 26 Feb 07 jari 433     
2 26 Feb 07 jari 434     /**
2 26 Feb 07 jari 435      * Resets spin coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 436      */
2 26 Feb 07 jari 437     public void reset() {
2 26 Feb 07 jari 438         spinGroup.setTransform(new Transform3D());
2 26 Feb 07 jari 439     }
2 26 Feb 07 jari 440     
2 26 Feb 07 jari 441     /**
2 26 Feb 07 jari 442      * Updates the universe scene.
2 26 Feb 07 jari 443      */
2 26 Feb 07 jari 444     protected void updateScene() {
2 26 Feb 07 jari 445         Transform3D spinTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 446         if (scene != null) {
2 26 Feb 07 jari 447             spinGroup.getTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 448             scene.detach();
2 26 Feb 07 jari 449         }
2 26 Feb 07 jari 450         this.scene = createSceneGraph(onScreenCanvas, spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 451         universe.addBranchGraph(scene);
2 26 Feb 07 jari 452     }
2 26 Feb 07 jari 453     
2 26 Feb 07 jari 454     /**
2 26 Feb 07 jari 455      * Sets scales according to U-matrix values.
2 26 Feb 07 jari 456      */
2 26 Feb 07 jari 457     private void initScales(FloatMatrix U) {
2 26 Feb 07 jari 458         float max = 0f;
2 26 Feb 07 jari 459         final int rows = U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 460         for (int i = rows; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 461             //max = Math.max(max, Math.max(Math.max(Math.abs(U.get(i, 0)), Math.abs(U.get(i, 1))), Math.abs(U.get(i, 2))));
2 26 Feb 07 jari 462             max = Math.max(max, Math.max(Math.max(Math.abs(U.get(i, xAxis)), Math.abs(U.get(i, yAxis))), Math.abs(U.get(i, zAxis))));
2 26 Feb 07 jari 463         }
2 26 Feb 07 jari 464         setScale(max, max, max);
2 26 Feb 07 jari 465     }
2 26 Feb 07 jari 466     
2 26 Feb 07 jari 467     /**
2 26 Feb 07 jari 468      * Creates a branch group with specified canvas.
2 26 Feb 07 jari 469      */
2 26 Feb 07 jari 470     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas) {
2 26 Feb 07 jari 471         return createSceneGraph(canvas, null);
2 26 Feb 07 jari 472     }
2 26 Feb 07 jari 473     
2 26 Feb 07 jari 474     /**
2 26 Feb 07 jari 475      * Creates a branch group with specified canvas and transformation object.
2 26 Feb 07 jari 476      */
2 26 Feb 07 jari 477     private BranchGroup createSceneGraph(Canvas3D canvas, Transform3D spinTransform) {
2 26 Feb 07 jari 478         BranchGroup objRoot = new BranchGroup();
2 26 Feb 07 jari 479         objRoot.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 480         BoundingSphere bounds = new BoundingSphere(new Point3d(0.0,0.0,0.0), 100.0);
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482         this.spinGroup = createCoordinateSystem(bounds);
2 26 Feb 07 jari 483         if (spinTransform != null) {
2 26 Feb 07 jari 484             spinGroup.setTransform(spinTransform);
2 26 Feb 07 jari 485         }
2 26 Feb 07 jari 486         TransformGroup objScale = createScaleTransformGroup(bounds);
2 26 Feb 07 jari 487         objScale.addChild(spinGroup);
2 26 Feb 07 jari 488         objRoot.addChild(objScale);
2 26 Feb 07 jari 489         
2 26 Feb 07 jari 490         PickRotateBehavior rotateBehavior = new PickRotateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 491         objRoot.addChild(rotateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 492         PickZoomBehavior zoomBehavior = new PickZoomBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 493         objRoot.addChild(zoomBehavior);
2 26 Feb 07 jari 494         PickTranslateBehavior translateBehavior = new PickTranslateBehavior(objRoot, canvas, bounds);
2 26 Feb 07 jari 495         objRoot.addChild(translateBehavior);
2 26 Feb 07 jari 496         
2 26 Feb 07 jari 497         objRoot.compile();
2 26 Feb 07 jari 498         return objRoot;
2 26 Feb 07 jari 499     }
2 26 Feb 07 jari 500     
2 26 Feb 07 jari 501     /**
2 26 Feb 07 jari 502      * Creates a scale transform group.
2 26 Feb 07 jari 503      */
2 26 Feb 07 jari 504     private TransformGroup createScaleTransformGroup(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 505         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 506         t.setScale(0.22);
2 26 Feb 07 jari 507         TransformGroup scale = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 508         
2 26 Feb 07 jari 509         Color3f bgColor = isWhiteBackground() ? whiteColor : blackColor;
2 26 Feb 07 jari 510         Background bg = new Background(bgColor);
2 26 Feb 07 jari 511         bg.setApplicationBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 512         scale.addChild(bg);
2 26 Feb 07 jari 513         
2 26 Feb 07 jari 514         scale.addChild(createAmbientLight(bounds));
2 26 Feb 07 jari 515         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 3.0)));
2 26 Feb 07 jari 516         scale.addChild(createLight(bounds, new Vector3d(0.0, 0.0, 10.0)));
2 26 Feb 07 jari 517         return scale;
2 26 Feb 07 jari 518     }
2 26 Feb 07 jari 519     
2 26 Feb 07 jari 520     /**
2 26 Feb 07 jari 521      * Creates a coordinate system transform group.
2 26 Feb 07 jari 522      */
2 26 Feb 07 jari 523     private TransformGroup createCoordinateSystem(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 524         TransformGroup group = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 525         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 526         group.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 527         group.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 528         // add axises
2 26 Feb 07 jari 529         group.addChild(createXAxis());
2 26 Feb 07 jari 530         group.addChild(createYAxis());
2 26 Feb 07 jari 531         group.addChild(createZAxis());
2 26 Feb 07 jari 532         
2 26 Feb 07 jari 533         if (isShowSpheres()) {
2 26 Feb 07 jari 534             // add spheres
2 26 Feb 07 jari 535             group.addChild(createSpheres());
2 26 Feb 07 jari 536         } else {
2 26 Feb 07 jari 537             // add selected and not selected points
2 26 Feb 07 jari 538             if (getPointSize() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 539                 Shape3D[] pointShapes = createUsualPoints();
2 26 Feb 07 jari 540                 if (pointShapes != null) {
2 26 Feb 07 jari 541                     for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 542                         group.addChild(pointShapes[i]);
2 26 Feb 07 jari 543                     }
2 26 Feb 07 jari 544                 }
2 26 Feb 07 jari 545                 Shape3D points = createSelectedPoints();
2 26 Feb 07 jari 546                 if (points != null) {
2 26 Feb 07 jari 547                     group.addChild(points);
2 26 Feb 07 jari 548                 }
2 26 Feb 07 jari 549             }
2 26 Feb 07 jari 550         }
2 26 Feb 07 jari 551         if (isSelectionBox()) {
2 26 Feb 07 jari 552             group.addChild(createSelectionBox());
2 26 Feb 07 jari 553         }
2 26 Feb 07 jari 554         if (isShowText()) {
2 26 Feb 07 jari 555             group.addChild(createText());
2 26 Feb 07 jari 556         }
2 26 Feb 07 jari 557         OpenBehavior openObject = new OpenBehavior(group);
2 26 Feb 07 jari 558         openObject.setSchedulingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 559         group.addChild(openObject);
2 26 Feb 07 jari 560         return group;
2 26 Feb 07 jari 561     }
2 26 Feb 07 jari 562
2 26 Feb 07 jari 563     
2 26 Feb 07 jari 564     /**
2 26 Feb 07 jari 565      * Creates a light transform group.
2 26 Feb 07 jari 566      */
2 26 Feb 07 jari 567     private TransformGroup createLight(BoundingSphere bounds, Vector3d vector) {
2 26 Feb 07 jari 568         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 569         t.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 570         TransformGroup lightGroup = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 571         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 572         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 573         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 574         
2 26 Feb 07 jari 575         ColoringAttributes attr = new ColoringAttributes();
2 26 Feb 07 jari 576         Color3f color = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 577         attr.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 578         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 579         appearance.setColoringAttributes(attr);
2 26 Feb 07 jari 580         lightGroup.addChild(new Sphere(0.01f, Sphere.GENERATE_NORMALS, 15, appearance));
2 26 Feb 07 jari 581         Light light = new PointLight(color, new Point3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), new Point3f(1.0f, 0.0f, 0.0f));
2 26 Feb 07 jari 582         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 583         lightGroup.addChild(light);
2 26 Feb 07 jari 584         return lightGroup;
2 26 Feb 07 jari 585     }
2 26 Feb 07 jari 586     
2 26 Feb 07 jari 587     
2 26 Feb 07 jari 588     /**
2 26 Feb 07 jari 589      * Creates an ambient light.
2 26 Feb 07 jari 590      */
2 26 Feb 07 jari 591     private AmbientLight createAmbientLight(BoundingSphere bounds) {
2 26 Feb 07 jari 592         AmbientLight light = new AmbientLight(new Color3f(0.2f, 0.2f, 0.2f));
2 26 Feb 07 jari 593         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 594         return light;
2 26 Feb 07 jari 595     }
2 26 Feb 07 jari 596     
2 26 Feb 07 jari 597     /**
2 26 Feb 07 jari 598      * Creates a cone shape.
2 26 Feb 07 jari 599      */
2 26 Feb 07 jari 600     private Cone createCone() {
2 26 Feb 07 jari 601         return new Cone(0.05f, 0.2f);
2 26 Feb 07 jari 602     }
2 26 Feb 07 jari 603     
2 26 Feb 07 jari 604     /**
2 26 Feb 07 jari 605      * Creates a cylinder shape with specified color.
2 26 Feb 07 jari 606      */
2 26 Feb 07 jari 607     private Cylinder createCylinder(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 608         Material material = new Material(color, blackColor, color, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 609         if (isWhiteBackground()) {
2 26 Feb 07 jari 610             material.setEmissiveColor(new Color3f(0.0f, 0.0f, 1.0f));
2 26 Feb 07 jari 611         }
2 26 Feb 07 jari 612         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 613         appearance.setLineAttributes(new LineAttributes(10, LineAttributes.PATTERN_SOLID, true));
2 26 Feb 07 jari 614         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 615         return new Cylinder(0.025f, 6f, appearance);
2 26 Feb 07 jari 616         //return new Cylinder(0.025f, getMaxValue(), appearance);
2 26 Feb 07 jari 617     }
2 26 Feb 07 jari 618     
2 26 Feb 07 jari 619     /**
2 26 Feb 07 jari 620      * Creates a selection box transform group.
2 26 Feb 07 jari 621      */
2 26 Feb 07 jari 622     private TransformGroup createSelectionBox() {
2 26 Feb 07 jari 623         Material material = new Material(new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), blackColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 624         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 625         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 626         TransparencyAttributes ta = new TransparencyAttributes();
2 26 Feb 07 jari 627         ta.setTransparency(0.5f);
2 26 Feb 07 jari 628         ta.setTransparencyMode(TransparencyAttributes.BLENDED);
2 26 Feb 07 jari 629         appearance.setTransparencyAttributes(ta);
2 26 Feb 07 jari 630         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 631         Transform3D transform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 632         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 633         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 634         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 635         Vector3f vector = new Vector3f(boxPositionX*factorX, boxPositionY*factorY, boxPositionZ*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 636         transform.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 637         TransformGroup selectionBox = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 638         selectionBox.addChild(new Box(boxSizeX*factorX/2f, boxSizeY*factorY/2f, boxSizeZ*factorZ/2f, appearance));
2 26 Feb 07 jari 639         return selectionBox;
2 26 Feb 07 jari 640     }
2 26 Feb 07 jari 641     
2 26 Feb 07 jari 642     /**
2 26 Feb 07 jari 643      * Checkes if specified point is selected.
2 26 Feb 07 jari 644      */
2 26 Feb 07 jari 645     private boolean isPointSelected(float x, float y, float z) {
2 26 Feb 07 jari 646         float X1 = boxPositionX-boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 647         float X2 = boxPositionX+boxSizeX/2f;
2 26 Feb 07 jari 648         float Y1 = boxPositionY-boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 649         float Y2 = boxPositionY+boxSizeY/2f;
2 26 Feb 07 jari 650         float Z1 = boxPositionZ-boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 651         float Z2 = boxPositionZ+boxSizeZ/2f;
2 26 Feb 07 jari 652         return x>=X1 && x<=X2 && y>=Y1 && y<=Y2 && z>=Z1 && z<=Z2;
2 26 Feb 07 jari 653     }
2 26 Feb 07 jari 654     
2 26 Feb 07 jari 655     /**
2 26 Feb 07 jari 656      * Returns an array of selected genes.
2 26 Feb 07 jari 657      */
2 26 Feb 07 jari 658     protected int[] getSelectedGenes() {
2 26 Feb 07 jari 659         int[] genes = new int[getPointsCount(true)];
2 26 Feb 07 jari 660         int pos = 0;
2 26 Feb 07 jari 661         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 662             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 663             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 664                 if (this.geneViewer) {
2 26 Feb 07 jari 665                     genes[pos] = experiment.getGeneIndexMappedToData(i);
2 26 Feb 07 jari 666                 } else {
2 26 Feb 07 jari 667                     genes[pos] = experiment.getSampleIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 668                 }
2 26 Feb 07 jari 669                 pos++;
2 26 Feb 07 jari 670             }
2 26 Feb 07 jari 671         }
2 26 Feb 07 jari 672         return genes;
2 26 Feb 07 jari 673     }
2 26 Feb 07 jari 674     
2 26 Feb 07 jari 675     /**
2 26 Feb 07 jari 676      * @param selected true if we need number of the selected points.
2 26 Feb 07 jari 677      */
2 26 Feb 07 jari 678     private int getPointsCount(boolean selected) {
2 26 Feb 07 jari 679         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 680         int selCount = 0;
2 26 Feb 07 jari 681         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 682             //if (isPointSelected(U.get(i,0), U.get(i,1), U.get(i,2))) {
2 26 Feb 07 jari 683             if (isPointSelected(U.get(i,xAxis), U.get(i,yAxis), U.get(i,zAxis))) {
2 26 Feb 07 jari 684                 selCount++;
2 26 Feb 07 jari 685             } else {
2 26 Feb 07 jari 686                 count++;
2 26 Feb 07 jari 687             }
2 26 Feb 07 jari 688         }
2 26 Feb 07 jari 689         return selected ? selCount : count;
2 26 Feb 07 jari 690     }
2 26 Feb 07 jari 691     
2 26 Feb 07 jari 692     /**
2 26 Feb 07 jari 693      * Returns number of unselected points.
2 26 Feb 07 jari 694      */
2 26 Feb 07 jari 695     private int getUsualPointsCount() {
2 26 Feb 07 jari 696         if (isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 697             return getPointsCount(false);
2 26 Feb 07 jari 698         }
2 26 Feb 07 jari 699         return U.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 700     }
2 26 Feb 07 jari 701     
2 26 Feb 07 jari 702     /**
2 26 Feb 07 jari 703      * Creates a 3D shape which is set of selected points.
2 26 Feb 07 jari 704      */
2 26 Feb 07 jari 705     private Shape3D createSelectedPoints() {
2 26 Feb 07 jari 706         if (!isSelection()) {
2 26 Feb 07 jari 707             return null;
2 26 Feb 07 jari 708         }
2 26 Feb 07 jari 709         int count = getPointsCount(true);
2 26 Feb 07 jari 710         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 711             return null;
2 26 Feb 07 jari 712         }
2 26 Feb 07 jari 713         Color3f color = new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 714         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 715         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 716         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 717         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getSelectedPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 718         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 719         
2 26 Feb 07 jari 720         PointArray points = new PointArray(count, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 721         
2 26 Feb 07 jari 722         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 723         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 724         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 725         
2 26 Feb 07 jari 726         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 727         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 728         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 729             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 730             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 731             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 732             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 733             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 734             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 735             if (isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 736                 points.setCoordinate(index, new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 737                 index++;
2 26 Feb 07 jari 738             }
2 26 Feb 07 jari 739         }
2 26 Feb 07 jari 740         Shape3D pointsShape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 741         pointsShape.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 742         pointsShape.setGeometry(points);
2 26 Feb 07 jari 743         return pointsShape;
2 26 Feb 07 jari 744     }
2 26 Feb 07 jari 745     
2 26 Feb 07 jari 746     /**
2 26 Feb 07 jari 747      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 748      */
2 26 Feb 07 jari 749     private Appearance createPointAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 750         Material material = new Material(color, color, color, color, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 751         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 752         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 753         appearance.setPointAttributes(new PointAttributes(getPointSize(), false));
2 26 Feb 07 jari 754         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 755         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 756     }
2 26 Feb 07 jari 757     
2 26 Feb 07 jari 758     /**
2 26 Feb 07 jari 759      * Creates an array of 3D shapes which are sets of not selected points.
2 26 Feb 07 jari 760      */
2 26 Feb 07 jari 761     private Shape3D[] createUsualPoints() {
2 26 Feb 07 jari 762         int count = getUsualPointsCount();
2 26 Feb 07 jari 763         if (count < 1) {
2 26 Feb 07 jari 764             return null;
2 26 Feb 07 jari 765         }
2 26 Feb 07 jari 766         int uncoloredCount;
2 26 Feb 07 jari 767         if (geneViewer) {
2 26 Feb 07 jari 768             uncoloredCount = data.getColoredProbesCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 769         } else {
2 26 Feb 07 jari 770             uncoloredCount = data.getColoredExperimentsCount(-1);
2 26 Feb 07 jari 771         }
2 26 Feb 07 jari 772
2 26 Feb 07 jari 773         int delta = uncoloredCount == 0 ? 0 : 1;
2 26 Feb 07 jari 774         
2 26 Feb 07 jari 775         Color[] colors;
2 26 Feb 07 jari 776         if(geneViewer)
2 26 Feb 07 jari 777             colors = data.getColors(); // get colored gene clusters
2 26 Feb 07 jari 778         else
2 26 Feb 07 jari 779             colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 780
2 26 Feb 07 jari 781         PointArray[] pointArrays = new PointArray[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 782         Appearance[] appearances = new Appearance[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 783         int[] counters = new int[colors.length+delta];
2 26 Feb 07 jari 784         Color3f color;
2 26 Feb 07 jari 785         
2 26 Feb 07 jari 786         // not published probes
2 26 Feb 07 jari 787         if (uncoloredCount > 0) {
2 26 Feb 07 jari 788             appearances[0] = createPointAppearance(isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor);
2 26 Feb 07 jari 789             pointArrays[0] = new PointArray(uncoloredCount, PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 790             counters[0]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 791         }
2 26 Feb 07 jari 792         if(geneViewer){
2 26 Feb 07 jari 793             // published ones
2 26 Feb 07 jari 794             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 795                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 796                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 797                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredProbesCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 798                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 799             }
2 26 Feb 07 jari 800         } else{ //Experiment Viewer
2 26 Feb 07 jari 801             for (int i=0; i<colors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 802                 color = new Color3f(colors[i]);
2 26 Feb 07 jari 803                 appearances[i+delta] = createPointAppearance(color);
2 26 Feb 07 jari 804                 pointArrays[i+delta] = new PointArray(data.getColoredExperimentsCount(i), PointArray.COORDINATES | PointArray.COLOR_3 | PointArray.NORMALS);
2 26 Feb 07 jari 805                 counters[i+delta]    = 0;
2 26 Feb 07 jari 806             }
2 26 Feb 07 jari 807         }
2 26 Feb 07 jari 808         
2 26 Feb 07 jari 809         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 810         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 811         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 812         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 813         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 814         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 815             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 816             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 817             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 818             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 819             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 820             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 821             if (!isSelection() || !isPointSelected(x, y, z)) {
2 26 Feb 07 jari 822                 if(geneViewer)
2 26 Feb 07 jari 823                     index = data.getProbeColorIndex(experiment.getGeneIndexMappedToData(i))+delta;
2 26 Feb 07 jari 824                 else
2 26 Feb 07 jari 825                     index = data.getExperimentColorIndex(i)+delta;
2 26 Feb 07 jari 826
2 26 Feb 07 jari 827                 pointArrays[index].setCoordinate(counters[index], new Point3f(x*factorX, y*factorY, z*factorZ));
2 26 Feb 07 jari 828                 counters[index]++;
2 26 Feb 07 jari 829             }
2 26 Feb 07 jari 830         }
2 26 Feb 07 jari 831    
2 26 Feb 07 jari 832         Shape3D[] pointShapes = new Shape3D[pointArrays.length];
2 26 Feb 07 jari 833         for (int i=0; i<pointShapes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 834             pointShapes[i] = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 835             pointShapes[i].setAppearance(appearances[i]);
2 26 Feb 07 jari 836             pointShapes[i].setGeometry(pointArrays[i]);
2 26 Feb 07 jari 837         }
2 26 Feb 07 jari 838         return pointShapes;
2 26 Feb 07 jari 839     }
2 26 Feb 07 jari 840     
2 26 Feb 07 jari 841     /**
2 26 Feb 07 jari 842      * Creates a point appearance with specified color.
2 26 Feb 07 jari 843      */
2 26 Feb 07 jari 844     private Appearance createSphereAppearance(Color3f color) {
2 26 Feb 07 jari 845         Material material = new Material(color, this.blackColor, color, this.whiteColor, 100.0f);
2 26 Feb 07 jari 846         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 847         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 848         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 849         return appearance;
2 26 Feb 07 jari 850     }
2 26 Feb 07 jari 851     
2 26 Feb 07 jari 852     /**
2 26 Feb 07 jari 853      * Creates a spheres transform group.
2 26 Feb 07 jari 854      */
2 26 Feb 07 jari 855     private TransformGroup createSpheres() {
2 26 Feb 07 jari 856         TransformGroup spheres = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 857         
2 26 Feb 07 jari 858         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 859         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 860         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 861         
2 26 Feb 07 jari 862         // usual material
2 26 Feb 07 jari 863         Color3f uColor = isWhiteBackground() ? blackColor : whiteColor;
2 26 Feb 07 jari 864         Appearance uAppearance = createSphereAppearance(uColor);
2 26 Feb 07 jari 865         
2 26 Feb 07 jari 866         // selected material
2 26 Feb 07 jari 867         Color3f sColor = isSelection() ? new Color3f(1.0f, 0.3f, 1.0f) : uColor;
2 26 Feb 07 jari 868         Appearance sAppearance = createSphereAppearance(sColor);
2 26 Feb 07 jari 869         
2 26 Feb 07 jari 870         Transform3D transform;
2 26 Feb 07 jari 871         Vector3d vector3d;
2 26 Feb 07 jari 872         TransformGroup sphere;
2 26 Feb 07 jari 873         boolean selected;
2 26 Feb 07 jari 874         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 875         
2 26 Feb 07 jari 876         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 877             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 878             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 879             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 880             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 881             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 882             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 883             transform  = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 884             vector3d = new Vector3d(x*factorX, y*factorY, z*factorZ);
2 26 Feb 07 jari 885             transform.set(vector3d);
2 26 Feb 07 jari 886             sphere = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 887             selected = (isSelection() && isPointSelected(x, y, z));
2 26 Feb 07 jari 888             if(geneViewer){
2 26 Feb 07 jari 889                 if (data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)) == null) {
2 26 Feb 07 jari 890                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 891                 } else {
2 26 Feb 07 jari 892                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)))))));
2 26 Feb 07 jari 893                 }
2 26 Feb 07 jari 894             }
2 26 Feb 07 jari 895             else{
2 26 Feb 07 jari 896                 if (data.getExperimentColor(i) == null) {
2 26 Feb 07 jari 897                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : uAppearance)));
2 26 Feb 07 jari 898                 } else {
2 26 Feb 07 jari 899                     sphere.addChild(new Sphere(getPointSize(selected)/20f, (selected ? sAppearance : createSphereAppearance(new Color3f(data.getExperimentColor(i))))));
2 26 Feb 07 jari 900                 }
2 26 Feb 07 jari 901             }
2 26 Feb 07 jari 902             spheres.addChild(sphere);
2 26 Feb 07 jari 903         }
2 26 Feb 07 jari 904         return spheres;
2 26 Feb 07 jari 905     }
2 26 Feb 07 jari 906        
2 26 Feb 07 jari 907     
2 26 Feb 07 jari 908
2 26 Feb 07 jari 909     /**
2 26 Feb 07 jari 910      * Creates a text transform group.
2 26 Feb 07 jari 911      */
2 26 Feb 07 jari 912     private TransformGroup createText() {
2 26 Feb 07 jari 913         TransformGroup textGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 914         
2 26 Feb 07 jari 915         float factorX = 3f/scaleAxisX;
2 26 Feb 07 jari 916         float factorY = 3f/scaleAxisY;
2 26 Feb 07 jari 917         float factorZ = 3f/scaleAxisZ;
2 26 Feb 07 jari 918         
2 26 Feb 07 jari 919         //Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 920         Font3D font = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, (int)(Math.round(getPointSize(false)))), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 921         Font origFont = font.getFont();
2 26 Feb 07 jari 922         
2 26 Feb 07 jari 923         FontMetrics fMet = onScreenCanvas.getFontMetrics(origFont);
2 26 Feb 07 jari 924         int ascent = fMet.getAscent();   
2 26 Feb 07 jari 925         
2 26 Feb 07 jari 926         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 927         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 928             color3f = new Color3f(1.0f, 1.0f, 1.0f);
2 26 Feb 07 jari 929         else
2 26 Feb 07 jari 930             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 931         
2 26 Feb 07 jari 932         Material material;
2 26 Feb 07 jari 933         if(!this.whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 934             material = new Material(color3f, whiteColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 935         else
2 26 Feb 07 jari 936             material = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 937         
2 26 Feb 07 jari 938         material.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 939         //material.setLightingEnable(false);
2 26 Feb 07 jari 940         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 941         appearance.setMaterial(material);
2 26 Feb 07 jari 942         
2 26 Feb 07 jari 943         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 944         fontTransform.setScale(0.1);
2 26 Feb 07 jari 945         
2 26 Feb 07 jari 946         TransformGroup tempGroup;
2 26 Feb 07 jari 947         Text3D text3d;
2 26 Feb 07 jari 948         Shape3D shape3d;
2 26 Feb 07 jari 949         String text;
2 26 Feb 07 jari 950         float x, y, z;
2 26 Feb 07 jari 951         for (int i=0; i<U.getRowDimension(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 952             //x = U.get(i,0);
2 26 Feb 07 jari 953             //y = U.get(i,1);
2 26 Feb 07 jari 954             //z = U.get(i,2);
2 26 Feb 07 jari 955             x = U.get(i,xAxis);
2 26 Feb 07 jari 956             y = U.get(i,yAxis);
2 26 Feb 07 jari 957             z = U.get(i,zAxis);            
2 26 Feb 07 jari 958             tempGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 959             //text = (mode == 1) ? data.getUniqueId(i) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 960             text = (mode == 1) ? data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), geneLabelIndex) : data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i));
2 26 Feb 07 jari 961             //text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (y-0.035f)*factorY*10f, z*factorZ*10f));
2 26 Feb 07 jari 962             text3d = new Text3D(font, text, new Point3f(x*factorX*10f+getPointSize(isPointSelected(x, y, z)), (float)(y*factorY*10f - (float)ascent/2f), z*factorZ*10f));            
2 26 Feb 07 jari 963             shape3d = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 964             shape3d.setGeometry(text3d);            
2 26 Feb 07 jari 965             shape3d.setAppearance(appearance);
2 26 Feb 07 jari 966             tempGroup.addChild(shape3d);
2 26 Feb 07 jari 967             textGroup.addChild(tempGroup);
2 26 Feb 07 jari 968         }
2 26 Feb 07 jari 969         return textGroup;
2 26 Feb 07 jari 970     }
2 26 Feb 07 jari 971     
2 26 Feb 07 jari 972     /**
2 26 Feb 07 jari 973      * Creates 3D shape for specified string.
2 26 Feb 07 jari 974      */
2 26 Feb 07 jari 975     private Shape3D createTextShape3D(String text) {
2 26 Feb 07 jari 976         Font3D axisFont = new Font3D(new Font("TestFont", Font.BOLD, 1), new FontExtrusion());
2 26 Feb 07 jari 977         Text3D text3D = new Text3D(axisFont, text);
2 26 Feb 07 jari 978         Shape3D shape = new Shape3D();
2 26 Feb 07 jari 979         shape.setGeometry(text3D);
2 26 Feb 07 jari 980         Color3f color3f;
2 26 Feb 07 jari 981         Material axisFontMaterial;
2 26 Feb 07 jari 982         if(!whiteBackground){
2 26 Feb 07 jari 983             color3f = new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f);
2 26 Feb 07 jari 984             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, whiteColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 985         }
2 26 Feb 07 jari 986         else{
2 26 Feb 07 jari 987             color3f = new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);
2 26 Feb 07 jari 988             axisFontMaterial = new Material(color3f, blackColor, color3f, blackColor, 100f);
2 26 Feb 07 jari 989         }
2 26 Feb 07 jari 990         axisFontMaterial.setLightingEnable(true);
2 26 Feb 07 jari 991         Appearance axisFontAppearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 992         axisFontAppearance.setMaterial(axisFontMaterial);
2 26 Feb 07 jari 993         shape.setAppearance(axisFontAppearance);
2 26 Feb 07 jari 994         return shape;
2 26 Feb 07 jari 995     }
2 26 Feb 07 jari 996     
2 26 Feb 07 jari 997     /**
2 26 Feb 07 jari 998      * Creates x-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 999      */
2 26 Feb 07 jari 1000     private TransformGroup createXAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1001         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1002         axisTrans.rotZ(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1003         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1004         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1005         
2 26 Feb 07 jari 1006         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1007             //return createAxis("X", new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1008             return createAxis("" + (xAxis + 1), new Color3f(0.5f, 0.5f, 0.5f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1009         else
2 26 Feb 07 jari 1010             //return createAxis("X", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1011             return createAxis("" + (xAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1012     }
2 26 Feb 07 jari 1013     
2 26 Feb 07 jari 1014     /**
2 26 Feb 07 jari 1015      * Creates y-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1016      */
2 26 Feb 07 jari 1017     private TransformGroup createYAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1018         
2 26 Feb 07 jari 1019         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1020             //return createAxis("Y", new Color3f(0.3f, 0.3f, 1f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1021             return createAxis("" + (yAxis + 1), new Color3f(0.3f, 0.3f, 1f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1022         else
2 26 Feb 07 jari 1023             //return createAxis("Y", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1024             return createAxis("" + (yAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), null, null);
2 26 Feb 07 jari 1025     }
2 26 Feb 07 jari 1026     
2 26 Feb 07 jari 1027     /**
2 26 Feb 07 jari 1028      * Creates z-axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1029      */
2 26 Feb 07 jari 1030     private TransformGroup createZAxis() {
2 26 Feb 07 jari 1031         Transform3D axisTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1032         axisTrans.rotX(-Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1033         Transform3D zTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1034         zTrans.rotY(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1035         axisTrans.mul(zTrans);
2 26 Feb 07 jari 1036         Transform3D fontTrans = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1037         fontTrans.rotZ(Math.PI/2.0d);
2 26 Feb 07 jari 1038         if(!whiteBackground)
2 26 Feb 07 jari 1039             //return createAxis("Z", new Color3f(1f, 0.3f, 1f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1040             return createAxis("" + (zAxis + 1), new Color3f(1f, 0.3f, 1f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1041         else
2 26 Feb 07 jari 1042             //return createAxis("Z", new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1043             return createAxis("" + (zAxis + 1), new Color3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), axisTrans, fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1044     }
2 26 Feb 07 jari 1045     
2 26 Feb 07 jari 1046     /**
2 26 Feb 07 jari 1047      * Creates an axis transform group.
2 26 Feb 07 jari 1048      */
2 26 Feb 07 jari 1049     private TransformGroup createAxis(String name, Color3f color, Transform3D axisTrans, Transform3D fontTrans) {
2 26 Feb 07 jari 1050         TransformGroup axis = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1051         if (axisTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 1052             axis.setTransform(axisTrans);
2 26 Feb 07 jari 1053         }
2 26 Feb 07 jari 1054         axis.addChild(createCylinder(color));
2 26 Feb 07 jari 1055         // Axis Positive End
2 26 Feb 07 jari 1056         Transform3D posTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1057         posTransform.set(new Vector3d(0.0, 3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 1058         TransformGroup posEnd = new TransformGroup(posTransform);
2 26 Feb 07 jari 1059         posEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 1060         // Axis Negative End
2 26 Feb 07 jari 1061         Transform3D negTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1062         negTransform.set(new Vector3d(0.0, -3.1, 0.0));
2 26 Feb 07 jari 1063         Transform3D rotate180X = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1064         rotate180X.rotX(Math.PI);
2 26 Feb 07 jari 1065         negTransform.mul(rotate180X);
2 26 Feb 07 jari 1066         TransformGroup negEnd = new TransformGroup(negTransform);
2 26 Feb 07 jari 1067         negEnd.addChild(createCone());
2 26 Feb 07 jari 1068         // Font
2 26 Feb 07 jari 1069         Transform3D fontTransform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 1070         fontTransform.set(0.22, new Vector3d(0.25, 2.75, -0.0125));
2 26 Feb 07 jari 1071         TransformGroup fontGroup = new TransformGroup(fontTransform);
2 26 Feb 07 jari 1072         
2 26 Feb 07 jari 1073         TransformGroup rotFontGroup = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 1074         if (fontTrans != null) {
2 26 Feb 07 jari 1075             rotFontGroup.setTransform(fontTrans);
2 26 Feb 07 jari 1076         }
2 26 Feb 07 jari 1077         
2 26 Feb 07 jari 1078         Shape3D shape3D = createTextShape3D(name);
2 26 Feb 07 jari 1079         rotFontGroup.addChild(shape3D);
2 26 Feb 07 jari 1080         
2 26 Feb 07 jari 1081         fontGroup.addChild(rotFontGroup);
2 26 Feb 07 jari 1082         
2 26 Feb 07 jari 1083         axis.addChild(fontGroup);
2 26 Feb 07 jari 1084         axis.addChild(posEnd);
2 26 Feb 07 jari 1085         axis.addChild(negEnd);
2 26 Feb 07 jari 1086         return axis;
2 26 Feb 07 jari 1087     }
2 26 Feb 07 jari 1088 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)