mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/pca/ValuesViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-20034, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ValuesViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:05 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.pca;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class ValuesViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 30     public static final long serialVersionUID = 202011050001L;
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 33     private JComponent content;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>ValuesViewer</code> with specified S-matrix.
2 26 Feb 07 jari 37      */
2 26 Feb 07 jari 38     public ValuesViewer(FloatMatrix S) {
2 26 Feb 07 jari 39   content = createContent(S);
2 26 Feb 07 jari 40   header = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 41   setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     public ValuesViewer(JComponent content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 44       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 45       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 46     setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     
2 26 Feb 07 jari 49     /**
2 26 Feb 07 jari 50      * Returns the viewer content.
2 26 Feb 07 jari 51      */
2 26 Feb 07 jari 52     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 53   return content;
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 60   return header;
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     /**
2 26 Feb 07 jari 64      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 65      */
2 26 Feb 07 jari 66     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 67   JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 68   panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 69   JLabel label = new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Eigenvalues</b></font></body></html>");
2 26 Feb 07 jari 70   GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 71   gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 72   gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 73   panel.add(label, gbc);
2 26 Feb 07 jari 74   return panel;
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Creates the viewer content.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private JComponent createContent(FloatMatrix S) {
2 26 Feb 07 jari 81   JTextArea area = new JTextArea();
2 26 Feb 07 jari 82   area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 83         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));  
2 26 Feb 07 jari 84   DecimalFormat format = new DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 85   format.setMinimumIntegerDigits(2);
2 26 Feb 07 jari 86   format.setMaximumFractionDigits(3);
2 26 Feb 07 jari 87   format.setMinimumFractionDigits(3);
2 26 Feb 07 jari 88   format.setGroupingUsed(false);
2 26 Feb 07 jari 89   float sum = 0f;
2 26 Feb 07 jari 90   final int columns = S.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 91   for (int i=0; i<columns; i++) {
2 26 Feb 07 jari 92       sum += S.get(i, i);
2 26 Feb 07 jari 93   }
2 26 Feb 07 jari 94   float factor = 100f/sum;
2 26 Feb 07 jari 95   for (int i=0; i<columns; i++) {
2 26 Feb 07 jari 96       area.append("Principal Component "+new Integer(i+1).toString()+"\t"+format.format(S.get(i,i))+"\t"+format.format(S.get(i,i)*factor)+" %\n");
2 26 Feb 07 jari 97   }
2 26 Feb 07 jari 98   if (columns > 1) {
2 26 Feb 07 jari 99       area.append("\n");
2 26 Feb 07 jari 100       area.append("First 2 components: "+format.format((S.get(0,0)+S.get(1,1))*factor)+" %\n");
2 26 Feb 07 jari 101       if (columns > 2) {
2 26 Feb 07 jari 102     area.append("First 3 components: "+format.format((S.get(0,0)+S.get(1,1)+S.get(2,2))*factor)+" %\n");
2 26 Feb 07 jari 103       }
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105   return area;
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * Synchronize header and content sizes.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 112   int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 113   int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 114   if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 115       header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 116   } else {
2 26 Feb 07 jari 117       content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 118   }
2 26 Feb 07 jari 119     }
2 26 Feb 07 jari 120     
2 26 Feb 07 jari 121     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 122      */
2 26 Feb 07 jari 123     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 124         return null;
2 26 Feb 07 jari 125     }
2 26 Feb 07 jari 126     
2 26 Feb 07 jari 127 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)