mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 public class PTMCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 37        
2 26 Feb 07 jari 38     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 39     private Vector templateVector;
2 26 Feb 07 jari 40     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 41     private Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * Construct a <code>PTMCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 45      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public PTMCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Vector templateVector, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 48     super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 49     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 50     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 51     this.templateVector = templateVector;
2 26 Feb 07 jari 52         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 53         this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 54     getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     public PTMCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes, Vector templateVector, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 60       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 61       this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 62       this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 63       this.templateVector = templateVector;
2 26 Feb 07 jari 64     }    
2 26 Feb 07 jari 65     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 66       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 67           new Object[]{this.experiment, this.clusters, this.variances, this.means, this.codes, this.templateVector, this.auxTitles, this.auxData});
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 74     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 75     addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 76     return popup;
2 26 Feb 07 jari 77     }    
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     /**
2 26 Feb 07 jari 80      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 83   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 84   try {
2 26 Feb 07 jari 85       ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getClusters(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 86   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 87       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 88       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 89   }
2 26 Feb 07 jari 90     }
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     /**
2 26 Feb 07 jari 93      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 96   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 97   try {
2 26 Feb 07 jari 98       ExperimentUtil.saveGeneClusterWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getCluster(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 99   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 100       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 101       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 102   }
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     /**
2 26 Feb 07 jari 106      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 109   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 110   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 111   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 112       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 113   }
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 120   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 121     }
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     /**
2 26 Feb 07 jari 124      * Paints chart into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 125      */
2 26 Feb 07 jari 126     public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 127   FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 128   Rectangle rect = new Rectangle(40, 20, getWidth()-80, getHeight() - 40 - getNamesWidth(metrics));
2 26 Feb 07 jari 129   paint((Graphics2D)g, rect, true);
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131     
2 26 Feb 07 jari 132     /**
2 26 Feb 07 jari 133      * Paints chart into specified graphics and with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 134      */
2 26 Feb 07 jari 135     public void paint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 136   super.subPaint(g, rect, drawMarks);
2 26 Feb 07 jari 137   
2 26 Feb 07 jari 138   if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 139       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 140       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 141   }
2 26 Feb 07 jari 142   
2 26 Feb 07 jari 143   final int left = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 144   final int top = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 145   final int width  = rect.width;
2 26 Feb 07 jari 146   final int height = rect.height;
2 26 Feb 07 jari 147   if (width < 5 || height < 5) {
2 26 Feb 07 jari 148       return;
2 26 Feb 07 jari 149   }
2 26 Feb 07 jari 150   
2 26 Feb 07 jari 151   final int zeroValue = top + (int)Math.round(height/2f);
2 26 Feb 07 jari 152   final int numberOfSamples  = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 153   
2 26 Feb 07 jari 154   //System.out.println("maxYValue = " + maxYValue);
2 26 Feb 07 jari 155   
2 26 Feb 07 jari 156         if(yRangeOption == CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX)
2 26 Feb 07 jari 157             maxYValue = maxExperimentValue;
2 26 Feb 07 jari 158         else if(this.yRangeOption == CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 159             maxYValue = maxClusterValue;
2 26 Feb 07 jari 160         
2 26 Feb 07 jari 161   if (maxYValue == 0) {
2 26 Feb 07 jari 162       maxYValue = 1;
2 26 Feb 07 jari 163   }
2 26 Feb 07 jari 164   
2 26 Feb 07 jari 165   final float factor = height/(2f*maxYValue);
2 26 Feb 07 jari 166   
2 26 Feb 07 jari 167   //System.out.println("factor = " + factor);
2 26 Feb 07 jari 168   final float stepX  = width/(float)(numberOfSamples-1);
2 26 Feb 07 jari 169   final int   stepsY = (int)maxYValue+1;
2 26 Feb 07 jari 170   
2 26 Feb 07 jari 171   if (this.drawVariances /*&& clusters[clusterIndex].length > 0*/) {
2 26 Feb 07 jari 172       // draw variances
2 26 Feb 07 jari 173       g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 174       for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 175     //System.out.println("(this.means[this.clusterIndex][" + i + "] = " + this.means[this.clusterIndex][i]);
2 26 Feb 07 jari 176     //System.out.println("this.variances[this.clusterIndex][" + i + "] = " + this.variances[this.clusterIndex][i]);
2 26 Feb 07 jari 177     
2 26 Feb 07 jari 178     if(Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.variances[this.clusterIndex][i]) || (this.variances[this.clusterIndex][i] < 0.0f)) {
2 26 Feb 07 jari 179         continue;
2 26 Feb 07 jari 180     }
2 26 Feb 07 jari 181     
2 26 Feb 07 jari 182     g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 183     left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 184     g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 185     left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 186     g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 187     left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 188       }
2 26 Feb 07 jari 189   }
2 26 Feb 07 jari 190   
2 26 Feb 07 jari 191   //System.out.println("PTMCentroidViewer: After if(drawVariances)");
2 26 Feb 07 jari 192   
2 26 Feb 07 jari 193   if (this.drawValues /*&& clusters[clusterIndex].length > 0*/) {
2 26 Feb 07 jari 194       // draw values
2 26 Feb 07 jari 195       float fValue, sValue;
2 26 Feb 07 jari 196       Color color;
2 26 Feb 07 jari 197       for (int sample=0; sample<numberOfSamples-1; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 198     for (int probe=0; probe<getCluster().length; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 199         fValue = this.experiment.get(getProbe(probe), sample);
2 26 Feb 07 jari 200         sValue = this.experiment.get(getProbe(probe), sample+1);
2 26 Feb 07 jari 201         if (Float.isNaN(fValue) || Float.isNaN(sValue)) {
2 26 Feb 07 jari 202       continue;
2 26 Feb 07 jari 203         }
2 26 Feb 07 jari 204         color = this.data.getProbeColor(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(getProbe(probe)));
2 26 Feb 07 jari 205         color = color == null ? DEF_CLUSTER_COLOR : color;
2 26 Feb 07 jari 206         g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 207         g.drawLine(left+(int)Math.round(sample*stepX)    , zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor),
2 26 Feb 07 jari 208         left+(int)Math.round((sample+1)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(sValue*factor));
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210       }
2 26 Feb 07 jari 211   }
2 26 Feb 07 jari 212   
2 26 Feb 07 jari 213   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after if(drawValues)");
2 26 Feb 07 jari 214   
2 26 Feb 07 jari 215   if (this.drawCodes && this.codes != null && clusters[clusterIndex].length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 216       g.setColor(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 217       for (int i=0; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 218     g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 219       }
2 26 Feb 07 jari 220   }
2 26 Feb 07 jari 221   
2 26 Feb 07 jari 222   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after if(drawCodes)");
2 26 Feb 07 jari 223   
2 26 Feb 07 jari 224   // draw zero line
2 26 Feb 07 jari 225   g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 226   g.drawLine(left, zeroValue, left+width, zeroValue);
2 26 Feb 07 jari 227   
2 26 Feb 07 jari 228   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw zero line");
2 26 Feb 07 jari 229   
2 26 Feb 07 jari 230   // draw magenta line
2 26 Feb 07 jari 231   if (getCluster() != null && getCluster().length > 0 /*&& clusters[clusterIndex].length > 0*/) {
2 26 Feb 07 jari 232       g.setColor(Color.magenta);
2 26 Feb 07 jari 233       for (int i=0; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 234     
2 26 Feb 07 jari 235     if(Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 236         continue;
2 26 Feb 07 jari 237     }
2 26 Feb 07 jari 238     
2 26 Feb 07 jari 239     g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 240       }
2 26 Feb 07 jari 241   }
2 26 Feb 07 jari 242   
2 26 Feb 07 jari 243   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw magenta line");
2 26 Feb 07 jari 244   //draw template
2 26 Feb 07 jari 245   float[] templateArray = new float[templateVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 246   //System.out.println("templateVector.size()" + templateVector.size());
2 26 Feb 07 jari 247   
2 26 Feb 07 jari 248   for (int i = 0; i < templateArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 249       
2 26 Feb 07 jari 250       templateArray[i] = ((Float)(templateVector.get(i))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 251       //System.out.println("templateArray[" + i + "] = " + templateArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 252   }
2 26 Feb 07 jari 253   
2 26 Feb 07 jari 254   for (int i = 0; i < templateArray.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 255       templateArray[i] = templateArray[i] - 0.5f;
2 26 Feb 07 jari 256   }
2 26 Feb 07 jari 257   
2 26 Feb 07 jari 258   //System.out.println("before drawing template, after creating templateArray");
2 26 Feb 07 jari 259   
2 26 Feb 07 jari 260   for (int i = 0; i < numberOfSamples - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 261       g.setColor(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 262       //System.out.println("drawing template point " + i);
2 26 Feb 07 jari 263       //System.out.println("templateArray[" + i + "] = " + templateArray[i]);
2 26 Feb 07 jari 264       //System.out.println("templateArray[" + (i + 1) + "] = " + templateArray[i +1]);
2 26 Feb 07 jari 265       if (!Float.isNaN(templateArray[i])) {
2 26 Feb 07 jari 266     g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX) - 2, zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i]*factor) - 2, 5, 5);
2 26 Feb 07 jari 267       }
2 26 Feb 07 jari 268       if (!Float.isNaN(templateArray[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 269     g.fillOval(left+(int)Math.round((i+1)*stepX) - 2, zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i+1]*factor) - 2, 5, 5);
2 26 Feb 07 jari 270       }
2 26 Feb 07 jari 271       if (Float.isNaN(templateArray[i]) || Float.isNaN(templateArray[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 272     continue;
2 26 Feb 07 jari 273       }
2 26 Feb 07 jari 274       g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 275       g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 276   }
2 26 Feb 07 jari 277   
2 26 Feb 07 jari 278   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw template");
2 26 Feb 07 jari 279   
2 26 Feb 07 jari 280   // draw rectangle
2 26 Feb 07 jari 281   g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 282   g.drawRect(left, top, width, height);
2 26 Feb 07 jari 283   
2 26 Feb 07 jari 284   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw rectangle");
2 26 Feb 07 jari 285   
2 26 Feb 07 jari 286   // draw X items
2 26 Feb 07 jari 287   for (int i=1; i<numberOfSamples-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 288       g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), top+height-5, left+(int)Math.round(i*stepX), top+height);
2 26 Feb 07 jari 289   }
2 26 Feb 07 jari 290   
2 26 Feb 07 jari 291   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw X items");
2 26 Feb 07 jari 292   
2 26 Feb 07 jari 293   //draw Y items
2 26 Feb 07 jari 294   for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 295       g.drawLine(left, zeroValue-(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 296       g.drawLine(left, zeroValue+(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 297   }
2 26 Feb 07 jari 298   
2 26 Feb 07 jari 299   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw Y Items");
2 26 Feb 07 jari 300   if(this.showRefLine && this.drawReferenceBlock){          
2 26 Feb 07 jari 301            java.awt.Composite initComposite = g.getComposite();
2 26 Feb 07 jari 302            g.setComposite(java.awt.AlphaComposite.getInstance(java.awt.AlphaComposite.SRC_OVER, 0.3f));
2 26 Feb 07 jari 303            g.setColor(Color.yellow);
2 26 Feb 07 jari 304            g.fillRect(xref-3, 20, 7, height); 
2 26 Feb 07 jari 305            g.setComposite(initComposite);
2 26 Feb 07 jari 306            g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 307            g.drawLine(xref, 20, xref, height+20);
2 26 Feb 07 jari 308            framework.setStatusText("Sample = "+data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(currExpRefLine))+",   mean = "+ this.means[this.clusterIndex][currExpRefLine]+",   sd = "+ this.variances[this.clusterIndex][currExpRefLine]);
2 26 Feb 07 jari 309         }
2 26 Feb 07 jari 310         
2 26 Feb 07 jari 311   // draw genes info
2 26 Feb 07 jari 312   g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 313   if (drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 314       FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 315       String str;
2 26 Feb 07 jari 316       int strWidth;
2 26 Feb 07 jari 317       //draw Y digits
2 26 Feb 07 jari 318       for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 319     str = String.valueOf(i);
2 26 Feb 07 jari 320     strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 321     g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 322     str = String.valueOf(-i);
2 26 Feb 07 jari 323     strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 324     g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 325       }
2 26 Feb 07 jari 326       // draw X samples names
2 26 Feb 07 jari 327       g.rotate(-Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 328       final int max_name_width = getNamesWidth(metrics);
2 26 Feb 07 jari 329       for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 330     g.drawString(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(i)), -height-top-10-max_name_width, left+(int)Math.round(i*stepX)+3);
2 26 Feb 07 jari 331       }
2 26 Feb 07 jari 332       g.rotate(Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 333   }
2 26 Feb 07 jari 334   
2 26 Feb 07 jari 335   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after if(drawMarks)");
2 26 Feb 07 jari 336   
2 26 Feb 07 jari 337   if (getCluster() != null && getCluster().length > 0 && this.drawVariances /*&& clusters[clusterIndex].length > 0*/) {
2 26 Feb 07 jari 338       // draw points
2 26 Feb 07 jari 339       g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 340       for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i])) {
2 26 Feb 07 jari 343         continue;
2 26 Feb 07 jari 344     }
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor)-3, 6, 6);
2 26 Feb 07 jari 347       }
2 26 Feb 07 jari 348   }
2 26 Feb 07 jari 349   
2 26 Feb 07 jari 350   //System.out.println("PTMCentroidViewer: after draw points");
2 26 Feb 07 jari 351   
2 26 Feb 07 jari 352   g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 353   if (getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 354       g.drawString("No Genes", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 355   } else {
2 26 Feb 07 jari 356       g.drawString(getCluster().length+" Genes", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 357   }
2 26 Feb 07 jari 358     }
2 26 Feb 07 jari 359     
2 26 Feb 07 jari 360     /**
2 26 Feb 07 jari 361      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 362      */
2 26 Feb 07 jari 363     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 364   
2 26 Feb 07 jari 365   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 366       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 367       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 368     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 369       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 370     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 371       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 372     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 373       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 374                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 375                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 376                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 377                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 378             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 379                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 380                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 381                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 382                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 383             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 384     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 385       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 386                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 387             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 388                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 389                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 390             }  
2 26 Feb 07 jari 391   }
2 26 Feb 07 jari 392   
2 26 Feb 07 jari 393   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 394       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 395   }
2 26 Feb 07 jari 396   
2 26 Feb 07 jari 397   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 398       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 399     return;
2 26 Feb 07 jari 400       }
2 26 Feb 07 jari 401       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 402   }
2 26 Feb 07 jari 403     }
2 26 Feb 07 jari 404     
2 26 Feb 07 jari 405 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)