mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:08 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class PTMCentroidsViewer extends CentroidsViewer { //PTMSubCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";        
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 41     private Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 42
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * Constructs a <code>PTMCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 45      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public PTMCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Vector templateVector, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 48   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 49         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 50         this.auxData = auxData;       
2 26 Feb 07 jari 51   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 52   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 53   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     /**
2 26 Feb 07 jari 56      * Constructs a <code>CentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 57      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 58      */    
2 26 Feb 07 jari 59   public PTMCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 60     super(cv);
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 68   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 69   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 70   return popup;
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /**
2 26 Feb 07 jari 74      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 77   JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 78   menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 79   menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 80   menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 81   menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 82         
2 26 Feb 07 jari 83         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 84         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 85         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 86         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 87         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 90         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 91         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 92         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     /**
2 26 Feb 07 jari 96      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 99   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 100   try {
2 26 Feb 07 jari 101       ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getClusters(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 102   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 103       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 104       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 105   }
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108             private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 109             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 110             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 111                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 112                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 113             }
2 26 Feb 07 jari 114         }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 120   
2 26 Feb 07 jari 121   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 122       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 123       if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 125       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){ 
2 26 Feb 07 jari 126                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 127                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 128                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 129                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 130             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 131                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 132                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 133                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 134                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 135             }
2 26 Feb 07 jari 136   }
2 26 Feb 07 jari 137   
2 26 Feb 07 jari 138   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 139       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 140   }
2 26 Feb 07 jari 141   
2 26 Feb 07 jari 142   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 143       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 144   }
2 26 Feb 07 jari 145   
2 26 Feb 07 jari 146   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 147       if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 148     return;
2 26 Feb 07 jari 149       }
2 26 Feb 07 jari 150       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 151   }
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)