mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class PTMExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40    
2 26 Feb 07 jari 41     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 42     private Vector templateVector;
2 26 Feb 07 jari 43     private int numberOfGenes;
2 26 Feb 07 jari 44     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 45     private Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * Construct a <code>PTMExperimentCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 49      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public PTMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Vector templateVector, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 52   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 53         this.numberOfGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 54   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 55   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 56   this.templateVector = templateVector;
2 26 Feb 07 jari 57         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 58         this.auxData = auxData;        
2 26 Feb 07 jari 59   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     public PTMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes, 
2 26 Feb 07 jari 66         Vector templateVector, String[] auxTitles, Object[][] auxData){
2 26 Feb 07 jari 67       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 68         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 69         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 70     this.templateVector = templateVector;
2 26 Feb 07 jari 71         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 72         this.auxData = auxData;        
2 26 Feb 07 jari 73         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 74     }    
2 26 Feb 07 jari 75     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 76       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 77           new Object[]{this.clusters, new Integer(this.getExperimentID()), new Integer(this.clusterIndex), this.means, this.variances, this.codes, this.templateVector, this.auxTitles, this.auxData});
2 26 Feb 07 jari 78     }
2 26 Feb 07 jari 79     public void setExperiment(Experiment e){
2 26 Feb 07 jari 80       super.setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 81       this.numberOfGenes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 82     }
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 86      */
2 26 Feb 07 jari 87     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 88   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 89   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 90   return popup;
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 98   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 99   try {
2 26 Feb 07 jari 100       ExperimentUtil.saveAllExperimentClustersWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getClusters(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 101   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 102       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 103       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105     }
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     /**
2 26 Feb 07 jari 108      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 109      */
2 26 Feb 07 jari 110     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 111   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 112   try {
2 26 Feb 07 jari 113       ExperimentUtil.saveExperimentClusterWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getCluster(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 114   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 115       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 116       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 117   }
2 26 Feb 07 jari 118     }
2 26 Feb 07 jari 119     
2 26 Feb 07 jari 120     /**
2 26 Feb 07 jari 121      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 122      */
2 26 Feb 07 jari 123     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 124   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 125   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 126   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 127       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 128   }
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130     
2 26 Feb 07 jari 131     /**
2 26 Feb 07 jari 132      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 133      */
2 26 Feb 07 jari 134     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 135   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 136     }
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     /**
2 26 Feb 07 jari 139      * Paints chart into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     public void paint(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 142   FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 143   Rectangle rect = new Rectangle(40, 20, getWidth()-80, getHeight() - 40 - getNamesWidth(metrics));
2 26 Feb 07 jari 144   paint((Graphics2D)g, rect, true);
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148         /**
2 26 Feb 07 jari 149      * Paints chart into specified graphics and with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 150      */
2 26 Feb 07 jari 151     public void paint(Graphics2D g, Rectangle rect, boolean drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 152         super.subPaint(g,rect,drawMarks);
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 155             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 156             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 157         }
2 26 Feb 07 jari 158         
2 26 Feb 07 jari 159         final int left = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 160         final int top = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 161         final int width  = rect.width;
2 26 Feb 07 jari 162         final int height = rect.height;
2 26 Feb 07 jari 163         
2 26 Feb 07 jari 164         if (width < 5 || height < 5) {
2 26 Feb 07 jari 165             return;
2 26 Feb 07 jari 166         }
2 26 Feb 07 jari 167         
2 26 Feb 07 jari 168         final int zeroValue = top + (int)Math.round(height/2f);
2 26 Feb 07 jari 169         final int numberOfSamples  = this.getCluster().length;
2 26 Feb 07 jari 170         
2 26 Feb 07 jari 171         //do this outside paint once menu is set up
2 26 Feb 07 jari 172         if(this.yRangeOption == PTMExperimentCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX)
2 26 Feb 07 jari 173             maxYValue = this.maxExperimentValue;
2 26 Feb 07 jari 174         else if(this.yRangeOption == PTMExperimentCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX)
2 26 Feb 07 jari 175             maxYValue = this.maxClusterValue;
2 26 Feb 07 jari 176         
2 26 Feb 07 jari 177         if (maxYValue == 0.0f) {
2 26 Feb 07 jari 178             maxYValue = 1.0f;
2 26 Feb 07 jari 179         }
2 26 Feb 07 jari 180         
2 26 Feb 07 jari 181         final float factor = height/(2f*maxYValue);
2 26 Feb 07 jari 182         final float stepX  = width/(float)(numberOfGenes-1);
2 26 Feb 07 jari 183         final int   stepsY = (int)maxYValue+1;
2 26 Feb 07 jari 184         
2 26 Feb 07 jari 185         if (this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 186             // draw variances
2 26 Feb 07 jari 187             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 188             for (int i=0; i<numberOfGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 189                 if(Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.variances[this.clusterIndex][i]) || (this.variances[this.clusterIndex][i] < 0.0f)) {
2 26 Feb 07 jari 190                     continue;
2 26 Feb 07 jari 191                 }
2 26 Feb 07 jari 192                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 193                 left+(int)Math.round(i*stepX)  , zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 194                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 195                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]-this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 196                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor),
2 26 Feb 07 jari 197                 left+(int)Math.round(i*stepX)+3, zeroValue - (int)Math.round((this.means[this.clusterIndex][i]+this.variances[this.clusterIndex][i])*factor));
2 26 Feb 07 jari 198             }
2 26 Feb 07 jari 199         }
2 26 Feb 07 jari 200         if (this.drawValues) {
2 26 Feb 07 jari 201             // draw values
2 26 Feb 07 jari 202             float fValue, sValue;
2 26 Feb 07 jari 203             Color color;
2 26 Feb 07 jari 204             for (int sample=0; sample<getCluster().length; sample++) {
2 26 Feb 07 jari 205                 for (int probe=0; probe<numberOfGenes-1; probe++) {
2 26 Feb 07 jari 206                     fValue = this.experiment.get(probe, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 207                     sValue = this.experiment.get(probe+1, getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 208                     if (Float.isNaN(fValue) || Float.isNaN(sValue)) {
2 26 Feb 07 jari 209                         continue;
2 26 Feb 07 jari 210                     }
2 26 Feb 07 jari 211                     color = this.data.getExperimentColor(getCluster()[sample]);
2 26 Feb 07 jari 212                     color = color == null ? DEF_CLUSTER_COLOR : color;
2 26 Feb 07 jari 213                     g.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 214                     g.drawLine(left+(int)Math.round(probe*stepX)    , zeroValue - (int)Math.round(fValue*factor),
2 26 Feb 07 jari 215                     left+(int)Math.round((probe+1)*stepX), zeroValue - (int)Math.round(sValue*factor));
2 26 Feb 07 jari 216                 }
2 26 Feb 07 jari 217             }
2 26 Feb 07 jari 218         }
2 26 Feb 07 jari 219         
2 26 Feb 07 jari 220         if (this.drawCodes && this.codes != null && clusters[clusterIndex].length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 221             g.setColor(Color.gray);
2 26 Feb 07 jari 222             for (int i=0; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 223                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.codes[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 224             }
2 26 Feb 07 jari 225         }
2 26 Feb 07 jari 226         
2 26 Feb 07 jari 227         // draw zero line
2 26 Feb 07 jari 228         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 229         g.drawLine(left, zeroValue, left+width, zeroValue);
2 26 Feb 07 jari 230         // draw magenta line
2 26 Feb 07 jari 231         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 232             g.setColor(Color.magenta);
2 26 Feb 07 jari 233             for (int i=0; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 234                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i]) || Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 235                     continue;
2 26 Feb 07 jari 236                 }
2 26 Feb 07 jari 237                 g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 238             }
2 26 Feb 07 jari 239         }
2 26 Feb 07 jari 240         
2 26 Feb 07 jari 241         
2 26 Feb 07 jari 242         
2 26 Feb 07 jari 243         
2 26 Feb 07 jari 244           //draw template
2 26 Feb 07 jari 245   float[] templateArray = new float[templateVector.size()];
2 26 Feb 07 jari 246
2 26 Feb 07 jari 247   for (int i = 0; i < templateArray.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 248       templateArray[i] = ((Float)(templateVector.get(i))).floatValue();
2 26 Feb 07 jari 249   }  
2 26 Feb 07 jari 250   for (int i = 0; i < templateArray.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 251       templateArray[i] = templateArray[i] - 0.5f;
2 26 Feb 07 jari 252   }
2 26 Feb 07 jari 253
2 26 Feb 07 jari 254   for (int i = 0; i < numberOfGenes - 1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 255       g.setColor(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 256       if (!Float.isNaN(templateArray[i])) {
2 26 Feb 07 jari 257     g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX) - 2, zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i]*factor) - 2, 5, 5);
2 26 Feb 07 jari 258       }
2 26 Feb 07 jari 259       if (!Float.isNaN(templateArray[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 260     g.fillOval(left+(int)Math.round((i+1)*stepX) - 2, zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i+1]*factor) - 2, 5, 5);
2 26 Feb 07 jari 261       }
2 26 Feb 07 jari 262       if (Float.isNaN(templateArray[i]) || Float.isNaN(templateArray[i+1])) {
2 26 Feb 07 jari 263     continue;
2 26 Feb 07 jari 264       }
2 26 Feb 07 jari 265       g.setColor(Color.blue);
2 26 Feb 07 jari 266       g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i]*factor), left+(int)Math.round((i+1)*stepX), zeroValue-(int)Math.round(templateArray[i+1]*factor));
2 26 Feb 07 jari 267   }
2 26 Feb 07 jari 268         
2 26 Feb 07 jari 269         
2 26 Feb 07 jari 270         
2 26 Feb 07 jari 271         
2 26 Feb 07 jari 272         
2 26 Feb 07 jari 273         
2 26 Feb 07 jari 274         
2 26 Feb 07 jari 275         
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         
2 26 Feb 07 jari 280         
2 26 Feb 07 jari 281         
2 26 Feb 07 jari 282         // draw rectangle
2 26 Feb 07 jari 283         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 284         g.drawRect(left, top, width, height);
2 26 Feb 07 jari 285         // draw X items
2 26 Feb 07 jari 286         for (int i=1; i<numberOfGenes-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 287             g.drawLine(left+(int)Math.round(i*stepX), top+height-5, left+(int)Math.round(i*stepX), top+height);
2 26 Feb 07 jari 288         }
2 26 Feb 07 jari 289         //draw Y items
2 26 Feb 07 jari 290         for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 291             g.drawLine(left, zeroValue-(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 292             g.drawLine(left, zeroValue+(int)Math.round(i*factor), left+5, zeroValue+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 293         }
2 26 Feb 07 jari 294         // draw genes info
2 26 Feb 07 jari 295         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 296  /*      if (drawMarks) {
2 26 Feb 07 jari 297             FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 298             String str;
2 26 Feb 07 jari 299             int strWidth;
2 26 Feb 07 jari 300             //draw Y digits
2 26 Feb 07 jari 301             for (int i=1; i<stepsY; i++) {
2 26 Feb 07 jari 302                 str = String.valueOf(i);
2 26 Feb 07 jari 303                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 304                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5-(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 305                 str = String.valueOf(-i);
2 26 Feb 07 jari 306                 strWidth = metrics.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 307                 g.drawString(str, left-10-strWidth, zeroValue+5+(int)Math.round(i*factor));
2 26 Feb 07 jari 308             }
2 26 Feb 07 jari 309             // draw X samples names
2 26 Feb 07 jari 310             g.rotate(-Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 311             final int max_name_width = getNamesWidth(metrics);
2 26 Feb 07 jari 312             for (int i=0; i<numberOfSamples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 313                 g.drawString(data.getSampleName(experiment.getSampleIndex(getCluster()[i])), -height-top-10-max_name_width, left+(int)Math.round(i*stepX)+3);
2 26 Feb 07 jari 314             }
2 26 Feb 07 jari 315             g.rotate(Math.PI/2.0);
2 26 Feb 07 jari 316         }
2 26 Feb 07 jari 317   */
2 26 Feb 07 jari 318         if (getCluster() != null && getCluster().length > 0 && this.drawVariances) {
2 26 Feb 07 jari 319             // draw points
2 26 Feb 07 jari 320             g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 321             for (int i=0; i<numberOfGenes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 322                 if (Float.isNaN(this.means[this.clusterIndex][i])) {
2 26 Feb 07 jari 323                     continue;
2 26 Feb 07 jari 324                 }
2 26 Feb 07 jari 325                 g.fillOval(left+(int)Math.round(i*stepX)-3, zeroValue-(int)Math.round(this.means[this.clusterIndex][i]*factor)-3, 6, 6);
2 26 Feb 07 jari 326             }
2 26 Feb 07 jari 327         }
2 26 Feb 07 jari 328         
2 26 Feb 07 jari 329         
2 26 Feb 07 jari 330         
2 26 Feb 07 jari 331         g.setColor(bColor);
2 26 Feb 07 jari 332         if (getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 333             g.drawString("No Experiments In Cluster", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 334         } else {
2 26 Feb 07 jari 335             if(getCluster().length == 1)
2 26 Feb 07 jari 336                 g.drawString(1 + " Experiment", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 337             else
2 26 Feb 07 jari 338                 g.drawString(getCluster().length+" Experiments", left+10, top+20);
2 26 Feb 07 jari 339         }
2 26 Feb 07 jari 340     }
2 26 Feb 07 jari 341
2 26 Feb 07 jari 342     /**
2 26 Feb 07 jari 343      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 344      */
2 26 Feb 07 jari 345     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 346   
2 26 Feb 07 jari 347   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 348       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 349       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 350     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 351       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 352     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 353       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 354     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 355       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 356                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 357                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 358                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 359                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 360             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 361                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 362                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 363                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 364                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 365             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 366     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 367       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 368                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 369             }
2 26 Feb 07 jari 370   }
2 26 Feb 07 jari 371   
2 26 Feb 07 jari 372   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 373       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 374   }
2 26 Feb 07 jari 375   
2 26 Feb 07 jari 376   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 377       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 378     return;
2 26 Feb 07 jari 379       }
2 26 Feb 07 jari 380       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 381   }
2 26 Feb 07 jari 382     }
2 26 Feb 07 jari 383     
2 26 Feb 07 jari 384 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)