mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMExperimentCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMExperimentCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:08 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class PTMExperimentCentroidsViewer extends PTMExperimentSubCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 42     private Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 43     
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * Constructs a <code>PTMCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 46      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 47      */
2 26 Feb 07 jari 48     public PTMExperimentCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Vector template, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 49         super(experiment, clusters, template, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 50         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 51         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 52         this.auxData = auxData;         
2 26 Feb 07 jari 53         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 54         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     public PTMExperimentCentroidsViewer(PTMExperimentCentroidViewer cv, String[] auxTitles, Object[][] auxData){
2 26 Feb 07 jari 57       super(cv);
2 26 Feb 07 jari 58       this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 59       this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 60         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 61         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 62         this.auxData = auxData;         
2 26 Feb 07 jari 63   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 64   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 65     }    
2 26 Feb 07 jari 66     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 67       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 68           new Object[]{this.centroidViewer, this.auxTitles, this.auxData});
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71   /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 75         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 76         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 77         return popup;
2 26 Feb 07 jari 78     }
2 26 Feb 07 jari 79     
2 26 Feb 07 jari 80     /**
2 26 Feb 07 jari 81      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 82      */
2 26 Feb 07 jari 83     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 84         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 85         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 86         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 87         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 88         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 91         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 92         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 93         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 94         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 95         
2 26 Feb 07 jari 96         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 97         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 98         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 99         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 106         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 107         try {
2 26 Feb 07 jari 108             ExperimentUtil.saveAllExperimentClustersWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getClusters(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 109         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 110             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 111             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 112         }
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     /**
2 26 Feb 07 jari 116      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 117      */
2 26 Feb 07 jari 118     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 121             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 122             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 123                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 124             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 125                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 126                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 127                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 128                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 129             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 130                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 131                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 132                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 133                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 134             }
2 26 Feb 07 jari 135         }
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 138             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 139             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 140                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 141                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 142             }
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 150             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 151         }
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 154             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 155                 return;
2 26 Feb 07 jari 156             }
2 26 Feb 07 jari 157             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160 }
2 26 Feb 07 jari 161

Generated on Thu Jul 20 09:28:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)